Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1995
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1995, 979 aa
1>>>pF1KA1995 979 - 979 aa - 979 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0861+/-0.0011; mu= 9.2754+/- 0.065
mean_var=248.0501+/-55.079, 0's: 0 Z-trim(111.0): 673 B-trim: 239 in 1/50
Lambda= 0.081434
statistics sampled from 11270 (12048) to 11270 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.37), width: 16
Scan time: 5.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9839.1 NEK9 gene_id:91754|Hs108|chr14 ( 979) 6620 792.2 0
CCDS56348.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1189) 754 103.2 3.3e-21
CCDS56349.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1214) 754 103.2 3.3e-21
CCDS56350.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1242) 754 103.2 3.4e-21
CCDS47162.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1258) 754 103.2 3.4e-21
CCDS56351.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1286) 754 103.2 3.5e-21
CCDS32597.1 NEK8 gene_id:284086|Hs108|chr17 ( 692) 717 98.6 4.7e-20
CCDS2863.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 ( 841) 712 98.1 8e-20
CCDS31979.1 NEK5 gene_id:341676|Hs108|chr13 ( 708) 698 96.3 2.2e-19
CCDS73576.1 NEK3 gene_id:4752|Hs108|chr13 ( 506) 668 92.7 2.1e-18
CCDS1394.1 NEK7 gene_id:140609|Hs108|chr1 ( 302) 578 81.8 2.2e-15
CCDS6854.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 313) 566 80.4 6.1e-15
CCDS55338.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 331) 566 80.5 6.3e-15
CCDS55339.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 338) 566 80.5 6.4e-15
CCDS48015.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 347) 566 80.5 6.5e-15
CCDS46915.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 470) 543 77.9 5.2e-14
CCDS82836.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 482) 543 78.0 5.3e-14
CCDS54639.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 599) 543 78.1 6.1e-14
CCDS3069.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 645) 543 78.1 6.4e-14
CCDS55682.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 384) 478 70.2 9e-12
CCDS73024.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 388) 478 70.2 9.1e-12
CCDS1500.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 445) 478 70.3 9.9e-12
CCDS75250.1 PLK2 gene_id:10769|Hs108|chr5 ( 671) 467 69.2 3.2e-11
CCDS3974.1 PLK2 gene_id:10769|Hs108|chr5 ( 685) 463 68.7 4.5e-11
CCDS54593.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 ( 752) 463 68.8 4.8e-11
CCDS34290.1 STK10 gene_id:6793|Hs108|chr5 ( 968) 465 69.1 4.8e-11
CCDS515.1 PLK3 gene_id:1263|Hs108|chr1 ( 646) 454 67.6 9e-11
>>CCDS9839.1 NEK9 gene_id:91754|Hs108|chr14 (979 aa)
initn: 6620 init1: 6620 opt: 6620 Z-score: 4219.8 bits: 792.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6620; 99.9% identity (100.0% similar) in 979 aa overlap (1-979:1-979)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSVLGEYERHCDSINSDFGSESGGCGDSSPGPSASQGPRAGGGAAEQEELHYIPIRVLGR
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CCDS98 MSVLGEYERHCDSINSDFGSESGGCGDSSPGPSASQGPRAGGGAAEQEELHYIPIRVLGR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 GAFGEATLYRRTEDDSLVVWKEVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 GAFGEATLYRRTEDDSLVVWKEVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NTTLLIELEYCNGGNLYDKILRQKDKLFEEEMVVWYLFQIVSAVSCIHKAGILHRDIKTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 NTTLLIELEYCNGGNLYDKILRQKDKLFEEEMVVWYLFQIVSAVSCIHKAGILHRDIKTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 NIFLTKANLIKLGDYGLAKKLNSEYSMAETLVGTPYYMSPELCQGVKYNFKSDIWAVGCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 NIFLTKANLIKLGDYGLAKKLNSEYSMAETLVGTPYYMSPELCQGVKYNFKSDIWAVGCV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 IFELLTLKRTFDATNPLNLCVKIVQGIRAMEVDSSQYSLELIQMVHSCLDQDPEQRPTAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 IFELLTLKRTFDATNPLNLCVKIVQGIRAMEVDSSQYSLELIQMVHSCLDQDPEQRPTAD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ELLDRPLLRKRRREMEEKVTLLNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGKSTPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ELLDRPLLRKRRREMEEKVTLLNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGKSTPQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 KLDVIKSGCSARQVCAGNTHFAVVTVEKELYTWVNMQGGTKLHGQLGHGDKASYRQPKHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 KLDVIKSGCSARQVCAGNTHFAVVTVEKELYTWVNMQGGTKLHGQLGHGDKASYRQPKHV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 EKLQGKAIHQVSCGDDFTVCVTDEGQLYAFGSDYYGCMGVDKVAGPEVLEPMQLNFFLSN
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EKLQGKAIRQVSCGDDFTVCVTDEGQLYAFGSDYYGCMGVDKVAGPEVLEPMQLNFFLSN
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490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PVEQVSCGDNHVVVLTRNKEVYSWGCGEYGRLGLDSEEDYYTPQKVDVPKALIIVAVQCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PVEQVSCGDNHVVVLTRNKEVYSWGCGEYGRLGLDSEEDYYTPQKVDVPKALIIVAVQCG
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pF1KA1 CDGTFLLTQSGKVLACGLNEFNKLGLNQCMSGIINHEAYHEVPYTTSFTLAKQLSFYKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 CDGTFLLTQSGKVLACGLNEFNKLGLNQCMSGIINHEAYHEVPYTTSFTLAKQLSFYKIR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 TIAPGKTHTAAIDERGRLLTFGCNKCGQLGVGNYKKRLGINLLGGPLGGKQVIRVSCGDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TIAPGKTHTAAIDERGRLLTFGCNKCGQLGVGNYKKRLGINLLGGPLGGKQVIRVSCGDE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 FTIAATDDNHIFAWGNGGNGRLAMTPTERPHGSDICTSWPRPIFGSLHHVPDLSCRGWHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FTIAATDDNHIFAWGNGGNGRLAMTPTERPHGSDICTSWPRPIFGSLHHVPDLSCRGWHT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 ILIVEKVLNSKTIRSNSSGLSIGTVFQSSSPGGGGGGGGGEEEDSQQESETPDPSGGFRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ILIVEKVLNSKTIRSNSSGLSIGTVFQSSSPGGGGGGGGGEEEDSQQESETPDPSGGFRG
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790 800 810 820 830 840
pF1KA1 TMEADRGMEGLISPTEAMGNSNGASSSCPGWLRKELENAEFIPMPDSPSPLSAAFSESEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TMEADRGMEGLISPTEAMGNSNGASSSCPGWLRKELENAEFIPMPDSPSPLSAAFSESEK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 DTLPYEELQGLKVASEAPLEHKPQVEASSPRLNPAVTCAGKGTPLTPPACACSSLQVEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 DTLPYEELQGLKVASEAPLEHKPQVEASSPRLNPAVTCAGKGTPLTPPACACSSLQVEVE
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pF1KA1 RLQGLVLKCLAEQQKLQQENLQIFTQLQKLNKKLEGGQQVGMHSKGTQTAKEEMEMDPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 RLQGLVLKCLAEQQKLQQENLQIFTQLQKLNKKLEGGQQVGMHSKGTQTAKEEMEMDPKP
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970
pF1KA1 DLDSDSWCLLGTDSCRPSL
:::::::::::::::::::
CCDS98 DLDSDSWCLLGTDSCRPSL
970
>>CCDS56348.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1189 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 754 Z-score: 494.2 bits: 103.2 E(32554): 3.3e-21
Smith-Waterman score: 754; 42.3% identity (75.0% similar) in 260 aa overlap (52-311:4-261)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 SGGCGDSSPGPSASQGPRAGGGAAEQEELHYIPIRVLGRGAFGEATLYRRTEDDSLVVWK
:. .. .:.:.::.: : . ::: : :
CCDS56 MEKYVRLQKIGEGSFGKAILVKSTEDGRQYVIK
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 EVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMDNTTLLIELEYCNGGNLYDKIL
:....:.: :::... :...:: ..: ::. : . : .: .: : ..::.::.:. .:
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150 160 170 180 190 200
pF1KA1 RQKDKLFEEEMVVWYLFQIVSAVSCIHKAGILHRDIKTLNIFLTKANLIKLGDYGLAKKL
:: ::.:.... .. :: :.. .: :::::::. :::::: . ..:::.:.:. :
CCDS56 AQKGVLFQEDQILDWFVQICLALKHVHDRKILHRDIKSQNIFLTKDGTVQLGDFGIARVL
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210 220 230 240 250 260
pF1KA1 NSEYSMAETLVGTPYYMSPELCQGVKYNFKSDIWAVGCVIFELLTLKRTFDATNPLNLCV
:: .:.: .:::::.:::.:.. :: ::::::.:::..:: :::..:.: . :: .
CCDS56 NSTVELARTCIGTPYYLSPEICENKPYNNKSDIWALGCVLYELCTLKHAFEAGSMKNLVL
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270 280 290 300 310 320
pF1KA1 KIVQGIRAMEVDSSQYSLELIQMVHSCLDQDPEQRPTADELLDRPLLRKRRREMEEKVTL
::..: .. : .:: .: ..: . . ..:..::... .:.. .. ::
CCDS56 KIISG--SFPPVSLHYSYDLRSLVSQLFKRNPRDRPSVNSILEKGFIAKRIEKFLSPQLI
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330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGKSTPQKLDVIKSGCSARQVCAGNTHF
CCDS56 AEEFCLKTFSKFGSQPIPAKRPASGQNSISVMPAQKITKPAAKYGIPLAYKKYGDKKLHE
280 290 300 310 320 330
>>CCDS56349.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1214 aa)
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Smith-Waterman score: 754; 42.3% identity (75.0% similar) in 260 aa overlap (52-311:4-261)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 SGGCGDSSPGPSASQGPRAGGGAAEQEELHYIPIRVLGRGAFGEATLYRRTEDDSLVVWK
:. .. .:.:.::.: : . ::: : :
CCDS56 MEKYVRLQKIGEGSFGKAILVKSTEDGRQYVIK
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90 100 110 120 130 140
pF1KA1 EVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMDNTTLLIELEYCNGGNLYDKIL
:....:.: :::... :...:: ..: ::. : . : .: .: : ..::.::.:. .:
CCDS56 EINISRMSSKEREESRREVAVLANMKHPNIVQYRESFEENGSLYIVMDYCEGGDLFKRIN
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pF1KA1 RQKDKLFEEEMVVWYLFQIVSAVSCIHKAGILHRDIKTLNIFLTKANLIKLGDYGLAKKL
:: ::.:.... .. :: :.. .: :::::::. :::::: . ..:::.:.:. :
CCDS56 AQKGVLFQEDQILDWFVQICLALKHVHDRKILHRDIKSQNIFLTKDGTVQLGDFGIARVL
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210 220 230 240 250 260
pF1KA1 NSEYSMAETLVGTPYYMSPELCQGVKYNFKSDIWAVGCVIFELLTLKRTFDATNPLNLCV
:: .:.: .:::::.:::.:.. :: ::::::.:::..:: :::..:.: . :: .
CCDS56 NSTVELARTCIGTPYYLSPEICENKPYNNKSDIWALGCVLYELCTLKHAFEAGSMKNLVL
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270 280 290 300 310 320
pF1KA1 KIVQGIRAMEVDSSQYSLELIQMVHSCLDQDPEQRPTADELLDRPLLRKRRREMEEKVTL
::..: .. : .:: .: ..: . . ..:..::... .:.. .. ::
CCDS56 KIISG--SFPPVSLHYSYDLRSLVSQLFKRNPRDRPSVNSILEKGFIAKRIEKFLSPQLI
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGKSTPQKLDVIKSGCSARQVCAGNTHF
CCDS56 AEEFCLKTFSKFGSQPIPAKRPASGQNSISVMPAQKITKPAAKYGIPLAYKKYGDKKLHE
280 290 300 310 320 330
>>CCDS56350.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1242 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 754 Z-score: 494.0 bits: 103.2 E(32554): 3.4e-21
Smith-Waterman score: 754; 42.3% identity (75.0% similar) in 260 aa overlap (52-311:4-261)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 SGGCGDSSPGPSASQGPRAGGGAAEQEELHYIPIRVLGRGAFGEATLYRRTEDDSLVVWK
:. .. .:.:.::.: : . ::: : :
CCDS56 MEKYVRLQKIGEGSFGKAILVKSTEDGRQYVIK
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 EVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMDNTTLLIELEYCNGGNLYDKIL
:....:.: :::... :...:: ..: ::. : . : .: .: : ..::.::.:. .:
CCDS56 EINISRMSSKEREESRREVAVLANMKHPNIVQYRESFEENGSLYIVMDYCEGGDLFKRIN
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 RQKDKLFEEEMVVWYLFQIVSAVSCIHKAGILHRDIKTLNIFLTKANLIKLGDYGLAKKL
:: ::.:.... .. :: :.. .: :::::::. :::::: . ..:::.:.:. :
CCDS56 AQKGVLFQEDQILDWFVQICLALKHVHDRKILHRDIKSQNIFLTKDGTVQLGDFGIARVL
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pF1KA1 NSEYSMAETLVGTPYYMSPELCQGVKYNFKSDIWAVGCVIFELLTLKRTFDATNPLNLCV
:: .:.: .:::::.:::.:.. :: ::::::.:::..:: :::..:.: . :: .
CCDS56 NSTVELARTCIGTPYYLSPEICENKPYNNKSDIWALGCVLYELCTLKHAFEAGSMKNLVL
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pF1KA1 KIVQGIRAMEVDSSQYSLELIQMVHSCLDQDPEQRPTADELLDRPLLRKRRREMEEKVTL
::..: .. : .:: .: ..: . . ..:..::... .:.. .. ::
CCDS56 KIISG--SFPPVSLHYSYDLRSLVSQLFKRNPRDRPSVNSILEKGFIAKRIEKFLSPQLI
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGKSTPQKLDVIKSGCSARQVCAGNTHF
CCDS56 AEEFCLKTFSKFGSQPIPAKRPASGQNSISVMPAQKITKPAAKYGIPLAYKKYGDKKLHE
280 290 300 310 320 330
>>CCDS47162.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1258 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 754 Z-score: 494.0 bits: 103.2 E(32554): 3.4e-21
Smith-Waterman score: 754; 42.3% identity (75.0% similar) in 260 aa overlap (52-311:4-261)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 SGGCGDSSPGPSASQGPRAGGGAAEQEELHYIPIRVLGRGAFGEATLYRRTEDDSLVVWK
:. .. .:.:.::.: : . ::: : :
CCDS47 MEKYVRLQKIGEGSFGKAILVKSTEDGRQYVIK
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 EVDLTRLSEKERRDALNEIVILALLQHDNIIAYYNHFMDNTTLLIELEYCNGGNLYDKIL
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CCDS47 EINISRMSSKEREESRREVAVLANMKHPNIVQYRESFEENGSLYIVMDYCEGGDLFKRIN
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 RQKDKLFEEEMVVWYLFQIVSAVSCIHKAGILHRDIKTLNIFLTKANLIKLGDYGLAKKL
:: ::.:.... .. :: :.. .: :::::::. :::::: . ..:::.:.:. :
CCDS47 AQKGVLFQEDQILDWFVQICLALKHVHDRKILHRDIKSQNIFLTKDGTVQLGDFGIARVL
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 NSEYSMAETLVGTPYYMSPELCQGVKYNFKSDIWAVGCVIFELLTLKRTFDATNPLNLCV
:: .:.: .:::::.:::.:.. :: ::::::.:::..:: :::..:.: . :: .
CCDS47 NSTVELARTCIGTPYYLSPEICENKPYNNKSDIWALGCVLYELCTLKHAFEAGSMKNLVL
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 KIVQGIRAMEVDSSQYSLELIQMVHSCLDQDPEQRPTADELLDRPLLRKRRREMEEKVTL
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CCDS47 KIISG--SFPPVSLHYSYDLRSLVSQLFKRNPRDRPSVNSILEKGFIAKRIEKFLSPQLI
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGKSTPQKLDVIKSGCSARQVCAGNTHF
CCDS47 AEEFCLKTFSKFGSQPIPAKRPASGQNSISVMPAQKITKPAAKYGIPLAYKKYGDKKLHE
280 290 300 310 320 330
>>CCDS56351.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1286 aa)
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CCDS32 SVSCCHGNTLLAVRSVTDEPVPP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]