Result of FASTA (omim) for
pF1KA1926
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1926, 402 aa
1>>>pF1KA1926 402 - 402 aa - 402 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0914+/-0.000339; mu= 15.0506+/- 0.021
mean_var=129.8877+/-26.927, 0's: 0 Z-trim(118.8): 65 B-trim: 65 in 1/55
Lambda= 0.112536
statistics sampled from 32116 (32213) to 32116 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.378), width: 16
Scan time: 9.190
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016864541 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 354) 779 137.6 4.7e-32
NP_001875 (OMIM: 115435) hyaluronan and proteoglyc ( 354) 779 137.6 4.7e-32
XP_016864540 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 354) 779 137.6 4.7e-32
XP_011541470 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 354) 779 137.6 4.7e-32
XP_016864542 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 353) 776 137.1 6.5e-32
XP_016864543 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan ( 353) 776 137.1 6.5e-32
NP_940819 (OMIM: 600347) brevican core protein iso ( 671) 407 77.5 1.1e-13
XP_011508168 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican co ( 911) 407 77.6 1.3e-13
NP_068767 (OMIM: 600347) brevican core protein iso ( 911) 407 77.6 1.3e-13
XP_016857536 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican co ( 956) 407 77.6 1.4e-13
NP_004377 (OMIM: 600826) neurocan core protein pre (1321) 406 77.6 1.9e-13
NP_001119808 (OMIM: 118661,143200) versican core p ( 655) 388 74.4 9.1e-13
NP_001126 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) aggr (2431) 387 74.8 2.5e-12
XP_011519616 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2492) 387 74.8 2.6e-12
XP_016877476 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2515) 387 74.8 2.6e-12
XP_011519615 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2530) 387 74.8 2.6e-12
NP_037359 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) aggr (2530) 387 74.8 2.6e-12
XP_016877474 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2553) 387 74.8 2.6e-12
XP_016877475 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2553) 387 74.8 2.6e-12
XP_006720482 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2568) 387 74.8 2.6e-12
NP_001157570 (OMIM: 118661,143200) versican core p (1642) 382 73.8 3.4e-12
NP_001157569 (OMIM: 118661,143200) versican core p (2409) 382 74.0 4.4e-12
NP_004376 (OMIM: 118661,143200) versican core prot (3396) 382 74.2 5.5e-12
NP_009046 (OMIM: 600410) tumor necrosis factor-ind ( 277) 236 49.3 1.4e-05
XP_016861492 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2555) 197 44.0 0.005
XP_016861491 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2565) 197 44.0 0.005
XP_005265031 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2569) 197 44.0 0.005
NP_055951 (OMIM: 608560) stabilin-1 precursor [Hom (2570) 197 44.0 0.005
XP_016861490 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2583) 197 44.0 0.0051
XP_016861489 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2589) 197 44.0 0.0051
XP_016861488 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2590) 197 44.0 0.0051
XP_005265030 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2595) 197 44.0 0.0051
XP_016861487 (OMIM: 608560) PREDICTED: stabilin-1 (2615) 197 44.0 0.0051
XP_011536844 (OMIM: 608561) PREDICTED: stabilin-2 (1238) 192 42.8 0.0054
XP_011536843 (OMIM: 608561) PREDICTED: stabilin-2 (1684) 192 43.0 0.0066
XP_011536841 (OMIM: 608561) PREDICTED: stabilin-2 (1994) 192 43.1 0.0074
NP_060034 (OMIM: 608561) stabilin-2 precursor [Hom (2551) 192 43.2 0.0088
>>XP_016864541 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan and (354 aa)
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Smith-Waterman score: 1216; 50.9% identity (76.8% similar) in 336 aa overlap (35-366:28-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 RAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS-VVVQTAPGQVVSHRGGT
...:. ..:.: ..:.. ..: :::::.
XP_016 MKSLLLLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHI-QAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGN
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pF1KA1 IVLPCRYHYEAAAHGHD--GVRLKWTKVV-DPLAFTDVFVALGPQHRAFGSYRGRAELQG
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pF1KA1 DGPGDASLVLRNVTLQDYGRYECEVTNELEDDAGMVKLDLEGVVFPYHPRGGRYKLTFAE
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pF1KA1 AQRACAEQDGILASAEQLHAAWRDGLDWCNAGWLRDGSVQYPVNRPREPCGGLGGTGSAG
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pF1KA1 GGGDANGGLRNYGYRHNAEERYDAFCFTSNLPGRVFFLKPLRPVPFSGAARACAARGAAV
: .. :.::::. . . :::.::::::. :: ..: . .. :..:: :: .
XP_016 -GQNTVPGVRNYGFWDKDKSRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQI
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pF1KA1 AKVGQLFAAWKLQLLDRCTAGWLADGSARYPIVNPRARCGGRRPGVRSLGFPDATRRLFG
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XP_016 AKVGQIFAAWKILGYDRCDAGWLADGSVRYPISRPRRRCSPTEAAVRFVGFPDKKHKLYG
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pF1KA1 VYCYRAPGAPDPAPGGWGWGWAGGGGWAGGARDPAAWTPLHV
:::.::
XP_016 VYCFRAYN
350
>>NP_001875 (OMIM: 115435) hyaluronan and proteoglycan l (354 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KA1 RAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS-VVVQTAPGQVVSHRGGT
...:. ..:.: ..:.. ..: :::::.
NP_001 MKSLLLLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHI-QAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGN
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pF1KA1 IVLPCRYHYEAAAHGHD--GVRLKWTKVV-DPLAFTDVFVALGPQHRAFGSYRGRAELQG
..:::... . .: : .:.::::.. : : .::::..: .....:.:.::. :.:
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pF1KA1 DGPGDASLVLRNVTLQDYGRYECEVTNELEDDAGMVKLDLEGVVFPYHPRGGRYKLTFAE
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pF1KA1 AQRACAEQDGILASAEQLHAAWRDGLDWCNAGWLRDGSVQYPVNRPREPCGGLGGTGSAG
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pF1KA1 GGGDANGGLRNYGYRHNAEERYDAFCFTSNLPGRVFFLKPLRPVPFSGAARACAARGAAV
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pF1KA1 VYCYRAPGAPDPAPGGWGWGWAGGGGWAGGARDPAAWTPLHV
:::.::
NP_001 VYCFRAYN
350
>>XP_016864540 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan and (354 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KA1 RAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS-VVVQTAPGQVVSHRGGT
...:. ..:.: ..:.. ..: :::::.
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pF1KA1 IVLPCRYHYEAAAHGHD--GVRLKWTKVV-DPLAFTDVFVALGPQHRAFGSYRGRAELQG
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pF1KA1 AKVGQLFAAWKLQLLDRCTAGWLADGSARYPIVNPRARCGGRRPGVRSLGFPDATRRLFG
:::::.:::::. ::: ::::::::.:::: :: ::. . .:: .:::: ..:.:
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370 380 390 400
pF1KA1 VYCYRAPGAPDPAPGGWGWGWAGGGGWAGGARDPAAWTPLHV
:::.::
XP_016 VYCFRAYN
350
>>XP_011541470 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan and (354 aa)
initn: 916 init1: 646 opt: 779 Z-score: 696.5 bits: 137.6 E(85289): 4.7e-32
Smith-Waterman score: 1216; 50.9% identity (76.8% similar) in 336 aa overlap (35-366:28-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 RAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS-VVVQTAPGQVVSHRGGT
...:. ..:.: ..:.. ..: :::::.
XP_011 MKSLLLLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHI-QAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGN
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pF1KA1 IVLPCRYHYEAAAHGHD--GVRLKWTKVV-DPLAFTDVFVALGPQHRAFGSYRGRAELQG
..:::... . .: : .:.::::.. : : .::::..: .....:.:.::. :.:
XP_011 VTLPCKFYRDPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKG
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pF1KA1 DGPGDASLVLRNVTLQDYGRYECEVTNELEDDAGMVKLDLEGVVFPYHPRGGRYKLTFAE
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XP_011 GSDSDASLVITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHE
120 130 140 150 160 170
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pF1KA1 AQRACAEQDGILASAEQLHAAWRDGLDWCNAGWLRDGSVQYPVNRPREPCGGLGGTGSAG
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XP_011 AQQACLDQDAVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCG---------
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pF1KA1 GGGDANGGLRNYGYRHNAEERYDAFCFTSNLPGRVFFLKPLRPVPFSGAARACAARGAAV
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XP_011 -GQNTVPGVRNYGFWDKDKSRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQI
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pF1KA1 VYCYRAPGAPDPAPGGWGWGWAGGGGWAGGARDPAAWTPLHV
:::.::
XP_011 VYCFRAYN
350
>>XP_016864542 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan and (353 aa)
initn: 916 init1: 646 opt: 776 Z-score: 693.9 bits: 137.1 E(85289): 6.5e-32
Smith-Waterman score: 1213; 50.7% identity (76.4% similar) in 335 aa overlap (35-366:28-351)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 RAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGSVVVQTAPGQVVSHRGGTI
...:. :. . ..:.. ..: :::::..
XP_016 MKSLLLLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHIQEN-GPHLLVEAEQAKVFSHRGGNV
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pF1KA1 VLPCRYHYEAAAHGHD--GVRLKWTKVV-DPLAFTDVFVALGPQHRAFGSYRGRAELQGD
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XP_016 TLPCKFYRDPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKGG
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XP_016 SDSDASLVITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHEA
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pF1KA1 QRACAEQDGILASAEQLHAAWRDGLDWCNAGWLRDGSVQYPVNRPREPCGGLGGTGSAGG
:.:: .::...:: .::. ::: :::::::::: :::::::...::::::
XP_016 QQACLDQDAVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCG----------
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pF1KA1 KVGQLFAAWKLQLLDRCTAGWLADGSARYPIVNPRARCGGRRPGVRSLGFPDATRRLFGV
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pF1KA1 YCYRAPGAPDPAPGGWGWGWAGGGGWAGGARDPAAWTPLHV
::.::
XP_016 YCFRAYN
350
>>XP_016864543 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan and (353 aa)
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10 20 30 40 50 60
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...:. :. . ..:.. ..: :::::..
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.:::... . .: : .:.::::.. : : .::::..: .....:.:.::. :.:
XP_016 TLPCKFYRDPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKGG
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. .:::::. ..::.:::::.::: . ::::. .: :::.:::::: :: :::.:.: ::
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:.:: .::...:: .::. ::: :::::::::: :::::::...::::::
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: .. :.::::. . . :::.::::::. :: ..: . .. :..:: :: .:
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::::.:::::. ::: ::::::::.:::: :: ::. . .:: .:::: ..:.::
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::.::
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..:: ..:. ::.:::. . .:. :::.::. : . :.:::: : .:.::.. :::
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: :: .: :.:::: . .. ::..:.. .: :..:. : . . .
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..: :::. : :.:::.: . :. :
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10 20 30 40 50
pF1KA1 MVCARAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS------VVVQTAPG
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: : ::....::. :: .. .: :.::: .. ..:.:: : . ..
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..:: ..:. ::.:::. . .:. :::.::. : . :.:::: : .:.::.. :::
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: :: .: :.:::: . .. ::..:.. .: :..:. : . . .
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..: :::. : :.:::.: . :. :
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pF1KA1 LHV
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pF1KA1 MVCARAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS------VVVQTAPG
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: : ::....::. :: .. .: :.::: .. ..:.:: : . ..
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NP_068 EGSARYAFSFSGAQEACARIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPRE
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..: :::. : :.:::.: . :. :
NP_068 KTLFLFPNQTGFPNKHSR-FNVYCFRDSAQPSAIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLE
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400
pF1KA1 LHV
NP_068 ELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSSTPEDPAEAPRTLLEFETQSMVPPTGFSEE
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pF1KA1 MVCARAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS-----
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: . . . : : ::: .: .:::.::: ::.:. :::::::.:::::.:
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pF1KA1 RCGGRRPGVRSL-------GFPDATRRLFGVYCYRAPGAPDPAPGGWGWGWAGGGGWAGG
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pF1KA1 ARDPAAWTPLHV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]