Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1851
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1851, 504 aa
1>>>pF1KA1851 504 - 504 aa - 504 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0387+/-0.00089; mu= 15.1349+/- 0.053
mean_var=117.8950+/-23.735, 0's: 0 Z-trim(109.8): 136 B-trim: 70 in 1/50
Lambda= 0.118121
statistics sampled from 10983 (11140) to 10983 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16
Scan time: 2.510
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33759.1 AMIGO3 gene_id:386724|Hs108|chr3 ( 504) 3451 599.4 2.9e-171
CCDS8751.1 AMIGO2 gene_id:347902|Hs108|chr12 ( 522) 872 160.0 6e-39
CCDS30795.1 AMIGO1 gene_id:57463|Hs108|chr1 ( 493) 659 123.6 4.9e-28
CCDS34969.1 LRRC24 gene_id:441381|Hs108|chr8 ( 513) 439 86.2 9.7e-17
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 344 70.4 1.6e-11
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 344 70.4 1.6e-11
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 332 68.4 6.5e-11
>>CCDS33759.1 AMIGO3 gene_id:386724|Hs108|chr3 (504 aa)
initn: 3451 init1: 3451 opt: 3451 Z-score: 3188.1 bits: 599.4 E(32554): 2.9e-171
Smith-Waterman score: 3451; 100.0% identity (100.0% similar) in 504 aa overlap (1-504:1-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MTWLVLLGTLLCMLRVGLGTPDSEGFPPRALHNCPYKCICAADLLSCTGLGLQDVPAELP
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CCDS33 MTWLVLLGTLLCMLRVGLGTPDSEGFPPRALHNCPYKCICAADLLSCTGLGLQDVPAELP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 AATADLDLSHNALQRLRPGWLAPLFQLRALHLDHNELDALGRGVFVNASGLRLLDLSSNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AATADLDLSHNALQRLRPGWLAPLFQLRALHLDHNELDALGRGVFVNASGLRLLDLSSNT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LRALGRHDLDGLGALEKLLLFNNRLVHLDEHAFHGLRALSHLYLGCNELASFSFDHLHGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LRALGRHDLDGLGALEKLLLFNNRLVHLDEHAFHGLRALSHLYLGCNELASFSFDHLHGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SATHLLTLDLSSNRLGHISVPELAALPAFLKNGLYLHNNPLPCDCRLYHLLQRWHQRGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SATHLLTLDLSSNRLGHISVPELAALPAFLKNGLYLHNNPLPCDCRLYHLLQRWHQRGLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 AVRDFAREYVCLAFKVPASRVRFFQHSRVFENCSSAPALGLERPEEHLYALVGRSLRLYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AVRDFAREYVCLAFKVPASRVRFFQHSRVFENCSSAPALGLERPEEHLYALVGRSLRLYC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 NTSVPAMRIAWVSPQQELLRAPGSRDGSIAVLADGSLAIGNVQEQHAGLFVCLATGPRLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NTSVPAMRIAWVSPQQELLRAPGSRDGSIAVLADGSLAIGNVQEQHAGLFVCLATGPRLH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 HNQTHEYNVSVHFPRPEPEAFNTGFTTLLGCAVGLVLVLLYLFAPPCRCCRRACRCRRWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HNQTHEYNVSVHFPRPEPEAFNTGFTTLLGCAVGLVLVLLYLFAPPCRCCRRACRCRRWP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 QTPSPLQELSAQSSVLSTTPPDAPSRKASVHKHVVFLEPGRRGLNGRVQLAVAEEFDLYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QTPSPLQELSAQSSVLSTTPPDAPSRKASVHKHVVFLEPGRRGLNGRVQLAVAEEFDLYN
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KA1 PGGLQLKAGSESASSIGSEGPMTT
::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PGGLQLKAGSESASSIGSEGPMTT
490 500
>>CCDS8751.1 AMIGO2 gene_id:347902|Hs108|chr12 (522 aa)
initn: 704 init1: 212 opt: 872 Z-score: 812.7 bits: 160.0 E(32554): 6e-39
Smith-Waterman score: 876; 36.5% identity (62.6% similar) in 513 aa overlap (10-501:23-517)
10 20 30 40
pF1KA1 MTWLVLLGTLLCMLRVGLGTPDSEGFPPRALHNCPYKCICAADLLSC
:::.: . . . : : : :: ::::.:..::
CCDS87 MSLRVHTLPTLLGAVVRPGCRELLCLLMITV----TVG--PGASGVCPTACICATDIVSC
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 TGLGLQDVPAELPAATADLDLSHNALQRLRPGWLAPLF-QLRALHLDHNELDALGRGVFV
:. .:. ::..: ::::.: . : :. : .: .: : ::.. ... : :
CCDS87 TNKNLSKVPGNLFRLIKRLDLSYNRIGLLDSEWIPVSFAKLNTLILRHNNITSISTGSFS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KA1 NASGLRLLDLSSNTLRALGRHDLDGLGALEKLLLFNNRLVHLDEHAFHGLRALSHLYLGC
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CCDS87 TTPNLKCLDLSSNKLKTVKNAVFQELKVLEVLLLYNNHISYLDPSAFGGLSQLQKLYLSG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KA1 NELASFSFDHLHG-LSATHLLTLDLSSNRLGHISVPELAALPAFLKNGLYLHNNPLPCDC
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CCDS87 NFLTQFPMDLYVGRFKLAELMFLDVSYNRIPSMPMHHINLVPGKQLRGIYLHGNPFVCDC
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KA1 RLYHLLQRWHQRGLSAVRDFAREYVC-LAFKVPASR-VRFFQHSRVFENCSSAPALGLER
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CCDS87 SLYSLLVFWYRRHFSSVMDFKNDYTCRLWSDSRHSRQVLLLQDS--FMNCSDSIINGSFR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KA1 PEEHLY-ALVGRSLRLYCNTSVPAMR--IAWVSPQQELLRAPGSRDGSIAVLADGSLAIG
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CCDS87 ALGFIHEAQVGERLMVHCDSKTGNANTDFIWVGPDNRLLE-PDKEMENFYVFHNGSLVIE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KA1 NVQEQHAGLFVCLATGPRLHHNQTHEYNVSV-HFPRPEP---EAFNTGFTTLLGCAVGLV
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CCDS87 SPRFEDAGVYSCIAMNKQRLLNETVDVTINVSNFTVSRSHAHEAFNTAFTTLAACVASIV
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 LVLLYLFAPPCRCCRRACRCRRWPQTPSPLQELSAQSSVLSTTPPD---APSRKASVHKH
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CCDS87 LVLLYLYLTPCPC---KCKTKRQKNM---LHQSNAHSSILSPGPASDASADERKAGAGKR
420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KA1 VVFLEPGRR---GLNGRVQL----AVAEEFDLYNPGGLQLKAGSESASSIGSEGPMTT
:::::: . : ::.:.: :: : : . : :. :.:..:. :. :
CCDS87 VVFLEPLKDTAAGQNGKVRLFPSEAVIAEGILKSTRG---KSDSDSVNSVFSDTPFVAST
470 480 490 500 510 520
>>CCDS30795.1 AMIGO1 gene_id:57463|Hs108|chr1 (493 aa)
initn: 896 init1: 279 opt: 659 Z-score: 616.9 bits: 123.6 E(32554): 4.9e-28
Smith-Waterman score: 983; 37.7% identity (64.8% similar) in 483 aa overlap (29-502:29-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MTWLVLLGTLLCMLRVGLGTPDSEGFPPRALHNCPYKCICAADLLSCTGLGLQDVPAELP
::. .:: :.::...:::. : .:: ::
CCDS30 MHPHRDPRGLWLLLPSLSLLLFEVARAGRAVVSCPAACLCASNILSCSKQQLPNVPHSLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KA1 AATADLDLSHNALQRLRPGWLAP-LFQLRALHLDHNELDALGRGVFVNASGLRLLDLSSN
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CCDS30 SYTALLDLSHNNLSRLRAEWTPTRLTQLHSLLLSHNHLNFISSEAFSPVPNLRYLDLSSN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 TLRALGRHDLDGLGALEKLLLFNNRLVHLDEHAFHGLRALSHLYLGCNELASFSFDHLH-
::.: . .. : .:: :::.::... .:. :: . :..:::. :... : .. ..
CCDS30 QLRTLDEFLFSDLQVLEVLLLYNNHIMAVDRCAFDDMAQLQKLYLSQNQISRFPLELVKE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 GLSATHLLTLDLSSNRLGHISVPELAALPAFLKNGLYLHNNPLPCDCRLYHLLQRWHQRG
: . .: ::::::.: .. .:.: :::..::::::::::: :::.::.:...:. :
CCDS30 GAKLPKLTLLDLSSNKLKNLPLPDLQKLPAWIKNGLYLHNNPLNCDCELYQLFSHWQYRQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LSAVRDFAREYVCLAFKVPASRVRFFQHSRVFENCSSAPALGLERPEEHLYALVGRSLRL
::.: :: .. :. : . :. : : ::. : :. : .: .: .
CCDS30 LSSVMDFQEDLYCMNSKKLHN---VFNLS--FLNCG-------EYKERAWEAHLGDTLII
250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 YCNTSVPAMRIAWVSPQQELLRAPGSRDGSIAVLADGSLAIGNVQEQHAGLFVCLATGPR
:.:. .: .::.:..: . . .:...: :::: . .:: . .:...: : :
CCDS30 KCDTKQQGMTKVWVTPSNERVLDEVT-NGTVSVSKDGSLLFQQVQVEDGGVYTCYAMGET
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LHHNQTHEYNVSVHFPRPEPEAFNTGFTTLLGCAVGLVLVLLYLFAPPCRC-CRRACRCR
.... . : .: . . ...::..:::.:: ...::::.::. :::: :: .
CCDS30 FNETLSVELKVHNFTLHGHHDTLNTAYTTLVGCILSVVLVLIYLYLTPCRCWCRGV----
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 RWPQTPSPLQELSAQSSVLSTTPPDAP----SRKASVHKHVVFLEPGR--RGLNGRVQLA
. :: : : .::.::::: : .. . ..:.::::. .: ::... .
CCDS30 ---EKPSSHQGDSLSSSMLSTTPNHDPMAGGDKDDGFDRRVAFLEPAGPGQGQNGKLKPG
410 420 430 440 450 460
480 490 500
pF1KA1 VAEEFDLYNPGGLQLKAGSESASSIGSEGPMTT
. . : . . ::.::. :. :.
CCDS30 NTLPVPEATGKGQRRMSDPESVSSVFSDTPIVV
470 480 490
>>CCDS34969.1 LRRC24 gene_id:441381|Hs108|chr8 (513 aa)
initn: 438 init1: 286 opt: 439 Z-score: 414.0 bits: 86.2 E(32554): 9.7e-17
Smith-Waterman score: 455; 32.3% identity (53.5% similar) in 437 aa overlap (26-420:16-439)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MTWLVLLGTLLCMLRVGLGTPDSEGFPPRALHNCPYKCICAADLLSCTGLGLQDVPAELP
.: :: .:: : : . . : .: :. :: .:
CCDS34 MALRAPALLPLLLLLLPLRAA-GCPAACRCYSATVECGALRLRVVPLGIP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 AATADLDLSHNALQRLRPGWLAPLFQLRALHLDHNELDALGRGVFVNASGLRLLDLSSNT
.: : :. : . ::.:: :::: :: :.: .: : :: :.: : : :.::
CCDS34 PGTQTLFLQDNNIARLEPGALAPLAALRRLYLHNNSLRALEAGAFRAQPRLLELALTSNR
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LRALGRHDLDGLGALEKLLLFNNRLVHLDEHAFHGLRALSHLYLGCNELASFSFDHLHGL
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CCDS34 LRGLRSGAFVGLAQLRVLYLAGNQLARLLDFTFLHLPRLQELHLQENSIELLEDQALAGL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KA1 SATHLLTLDLSSNRLGHISVPELAALPAFLKNGLYLHNNPLPCDCRLYHLLQRWHQRG--
:. : :::: :.:: :: : : .. . : : .:: ::: : : : : ..:
CCDS34 SS--LALLDLSRNQLGTISREALQPLASL--QVLRLTENPWRCDCAL-HWLGAWIKEGGQ
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 -LSAVRDFAREYVCLAF-KVPASRVRFFQHSRVFENCSSAPALGLERPEEHLYALVGRSL
: . :: :. .: .. . . .:: .. : :.. .. : : : : .:..:
CCDS34 RLLTSRD--RKIMCAEPPRLALQSLLDVSHSSLI--CIP-PSVHVQ-PLE-LTANLGEDL
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KA1 RLYCNTS-VPAMRIAWVS---PQQELLRAPGSRDGSIAVLA--------DGSLAIGNVQE
:. :..: : ..: . :.. :: .. .:.. :. .: : ..:.
CCDS34 RVACQASGYPQPLVTWRKVPQPREGRPRAQAQLEGGLLGLGGHSASDTGSGMLFLSNITL
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380
pF1KA1 QHAGLFVCLATG-------P-RLHHNQTHEYNVSVHFP----------RPEPEAFNTGFT
::: . : :.. : :: : ... . : .:.::: . .:
CCDS34 AHAGKYECEASNAGGAARVPFRLLVNASRQQPQQPAQPPPPAARPAGSEPRPEAGSMAFR
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430
pF1KA1 TL-------LGCAVGLV-LVLLYLFAPPCRCCRRACRCRRWPQTPSPLQELSAQSSVLST
.: .. :..:. :. : : : :: :: . : :
CCDS34 ALGVATQTAIAAAIALLALTALLLVAMICRRRRRRKKARGPPGEGALFVNDYLDGPCTFA
400 410 420 430 440 450
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 TPPDAPSRKASVHKHVVFLEPGRRGLNGRVQLAVAEEFDLYNPGGLQLKAGSESASSIGS
CCDS34 QLEELRDERGHEMFVINRSKPLFAEGPAEAPADCGPEQGAGPGLRVPPPVAYEIHC
460 470 480 490 500 510
>>CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523 aa)
initn: 334 init1: 276 opt: 344 Z-score: 320.5 bits: 70.4 E(32554): 1.6e-11
Smith-Waterman score: 349; 30.6% identity (60.1% similar) in 258 aa overlap (27-284:29-271)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MTWLVLLGTLLCMLRVGLGTPDSEGFPPRALHNCPYKCICAADLLSCTGLGLQDVPAE
:: . :: :: :.: ..: ::::. ::
CCDS43 MAPGWAGVGAAVRARLALALALASVLSGPPAV--ACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 LPAATADLDLSHNALQRLRPGWLAPLFQLRALHLDHNELDALGRGVFVNASGLRLLDLSS
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CCDS43 IPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGLKNLRVLHLEDNQVSVIERGAFQDLKQLERLRLNK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 NTLRALGRHDLDGLGALEKLLLFNNRLVHLDEHAFHGLRALSHLYLGCNELASFSFDHLH
: :..: . ... : .: : .:.. . ..::.:. ...: : :... . ..
CCDS43 NKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQGIPRKAFRGITDVKNLQLDNNHISCIEDGAFR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 GLSATHLLTLDLSSNRLGHISVPELAALPAFLKNGLYLHNNPLPCDCRLYHLLQRWHQRG
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CCDS43 ALRDLEILTLN--NNNISRILVTSFNHMPKI--RTLRLHSNHLYCDCHLAWLSDWLRQR-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LSAVRDFAREYVCLAFKVPASRVRFFQHSRVFENCSSAPALGLERPEEHLYALVGRSLRL
: .. .:.: :. ..: :. . : .. :: : :
CCDS43 ----RTVGQFTLCMA---PV-HLRGFNVADVQKKEYVCPAPHSEPPSCNANSISCPSPCT
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 YCNTSVPAMRIAWVSPQQELLRAPGSRDGSIAVLADGSLAIGNVQEQHAGLFVCLATGPR
CCDS43 CSNNIVDCRGKGLMEIPANLPEGIVEIRLEQNSIKAIPAGAFTQYKKLKRIDISKNQISD
290 300 310 320 330 340
>>CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530 aa)
initn: 334 init1: 276 opt: 344 Z-score: 320.5 bits: 70.4 E(32554): 1.6e-11
Smith-Waterman score: 349; 30.6% identity (60.1% similar) in 258 aa overlap (27-284:29-271)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MTWLVLLGTLLCMLRVGLGTPDSEGFPPRALHNCPYKCICAADLLSCTGLGLQDVPAE
:: . :: :: :.: ..: ::::. ::
CCDS64 MAPGWAGVGAAVRARLALALALASVLSGPPAV--ACPTKCTCSAASVDCHGLGLRAVPRG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 LPAATADLDLSHNALQRLRPGWLAPLFQLRALHLDHNELDALGRGVFVNASGLRLLDLSS
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CCDS64 IPRNAERLDLDRNNITRITKMDFAGLKNLRVLHLEDNQVSVIERGAFQDLKQLERLRLNK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 NTLRALGRHDLDGLGALEKLLLFNNRLVHLDEHAFHGLRALSHLYLGCNELASFSFDHLH
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CCDS64 NKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQGIPRKAFRGITDVKNLQLDNNHISCIEDGAFR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 GLSATHLLTLDLSSNRLGHISVPELAALPAFLKNGLYLHNNPLPCDCRLYHLLQRWHQRG
.: ..:::. .: ...: : . .: . : ::.: : :::.: : . .::
CCDS64 ALRDLEILTLN--NNNISRILVTSFNHMPKI--RTLRLHSNHLYCDCHLAWLSDWLRQR-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LSAVRDFAREYVCLAFKVPASRVRFFQHSRVFENCSSAPALGLERPEEHLYALVGRSLRL
: .. .:.: :. ..: :. . : .. :: : :
CCDS64 ----RTVGQFTLCMA---PV-HLRGFNVADVQKKEYVCPAPHSEPPSCNANSISCPSPCT
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 YCNTSVPAMRIAWVSPQQELLRAPGSRDGSIAVLADGSLAIGNVQEQHAGLFVCLATGPR
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