Result of FASTA (omim) for
pF1KA1773
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1773, 3298 aa
1>>>pF1KA1773 3298 - 3298 aa - 3298 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3933+/-0.000433; mu= 14.0850+/- 0.027
mean_var=202.3598+/-41.259, 0's: 0 Z-trim(117.4): 406 B-trim: 555 in 1/58
Lambda= 0.090160
statistics sampled from 28907 (29330) to 28907 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.344), width: 16
Scan time: 27.880
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003728 (OMIM: 601390,603057,607829) protocadher (3298) 21809 2851.8 0
XP_011530347 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (3371) 3918 524.7 1.1e-146
XP_011530348 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (2594) 3257 438.6 6.6e-121
NP_060109 (OMIM: 612486) protocadherin-23 isoform (2916) 2612 354.8 1.3e-95
XP_011538344 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3389) 2314 316.1 6.8e-84
XP_011538349 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3025) 2051 281.8 1.2e-73
XP_011538348 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3239) 2051 281.8 1.3e-73
XP_011538347 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3313) 2051 281.9 1.3e-73
NP_071407 (OMIM: 601067,601386,605516) cadherin-23 (3354) 2051 281.9 1.3e-73
XP_011538346 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3374) 2051 281.9 1.3e-73
XP_011538345 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3384) 2051 281.9 1.4e-73
XP_006718005 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3397) 2051 281.9 1.4e-73
XP_016871988 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3399) 2051 281.9 1.4e-73
XP_011538350 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2388) 2048 281.3 1.4e-73
XP_006718003 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3419) 2051 281.9 1.4e-73
XP_011530539 (OMIM: 612411,615546,616006) PREDICTE (3240) 2050 281.7 1.4e-73
XP_011538353 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2306) 2046 281.1 1.6e-73
XP_011538351 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2330) 2046 281.1 1.6e-73
NP_001278214 (OMIM: 612411,615546,616006) protocad (4982) 2050 281.9 2e-73
XP_011530538 (OMIM: 612411,615546,616006) PREDICTE (4983) 2050 281.9 2e-73
NP_001278232 (OMIM: 612411,615546,616006) protocad (4983) 2050 281.9 2e-73
XP_011538341 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3418) 2046 281.2 2.1e-73
XP_011530351 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (1706) 1870 258.1 9.8e-67
XP_016871990 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2565) 1749 242.5 7.3e-62
XP_016871991 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2565) 1749 242.5 7.3e-62
XP_016871989 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (3377) 1699 236.1 8.2e-60
NP_001136024 (OMIM: 612486) protocadherin-23 isofo (1369) 1679 233.2 2.5e-59
XP_016863809 (OMIM: 612486) PREDICTED: protocadher (1376) 1679 233.2 2.5e-59
NP_078858 (OMIM: 612411,615546,616006) protocadher (4981) 1467 206.0 1.3e-50
XP_016864716 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (3015) 1289 182.7 8.5e-44
XP_016864715 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (3051) 1289 182.7 8.6e-44
XP_011535905 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 1289 182.8 1.1e-43
XP_016864713 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 1289 182.8 1.1e-43
NP_001438 (OMIM: 604269) protocadherin Fat 2 precu (4349) 1289 182.8 1.1e-43
XP_006714824 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 1289 182.8 1.1e-43
XP_011535902 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 1289 182.8 1.1e-43
XP_016864714 (OMIM: 604269) PREDICTED: protocadher (4349) 1289 182.8 1.1e-43
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 1201 170.9 1.1e-40
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1201 170.9 1.1e-40
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1201 170.9 1.1e-40
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1201 170.9 1.1e-40
NP_005236 (OMIM: 600976) protocadherin Fat 1 precu (4588) 1144 164.0 5.6e-38
XP_006714202 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4588) 1144 164.0 5.6e-38
XP_005262891 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600) 1144 164.0 5.6e-38
XP_005262892 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600) 1144 164.0 5.6e-38
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 1121 160.4 1.2e-37
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 1121 160.4 1.3e-37
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1110 159.0 3.3e-37
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1110 159.0 3.6e-37
NP_114481 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 750) 1084 155.6 3.2e-36
>>NP_003728 (OMIM: 601390,603057,607829) protocadherin-1 (3298 aa)
initn: 21809 init1: 21809 opt: 21809 Z-score: 15331.7 bits: 2851.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 21809; 100.0% identity (100.0% similar) in 3298 aa overlap (1-3298:1-3298)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MQKELGIVPSCPGMKSPRPHLLLPLLLLLLLLLGAGVPGAWGQAGSLDLQIDEEQPAGTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MQKELGIVPSCPGMKSPRPHLLLPLLLLLLLLLGAGVPGAWGQAGSLDLQIDEEQPAGTL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 IGDISAGLPAGTAAPLMYFISAQEGSGVGTDLAIDEHSGVVRTARVLDREQRDRYRFTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IGDISAGLPAGTAAPLMYFISAQEGSGVGTDLAIDEHSGVVRTARVLDREQRDRYRFTAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 TPDGATVEVTVRVADINDHAPAFPQARAALQVPEHTAFGTRYPLEPARDADAGRLGTQGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TPDGATVEVTVRVADINDHAPAFPQARAALQVPEHTAFGTRYPLEPARDADAGRLGTQGY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 ALSGDGAGETFRLETRPGPDGTPVPELVVTGELDRENRSHYMLQLEAYDGGSPPRRAQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ALSGDGAGETFRLETRPGPDGTPVPELVVTGELDRENRSHYMLQLEAYDGGSPPRRAQAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LDVTLLDINDHAPAFNQSRYHAVVSESLAPGSPVLQVFASDADAGVNGAVTYEINRRQSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LDVTLLDINDHAPAFNQSRYHAVVSESLAPGSPVLQVFASDADAGVNGAVTYEINRRQSE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 GDGPFSIDAHTGLLQLERPLDFEQRRVHELVVQARDGGAHPELGSAFVTVHVRDANDNQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GDGPFSIDAHTGLLQLERPLDFEQRRVHELVVQARDGGAHPELGSAFVTVHVRDANDNQP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SMTVIFLSADGSPQVSEAAPPGQLVARISVSDPDDGDFAHVNVSLEGGEGHFALSTQDSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SMTVIFLSADGSPQVSEAAPPGQLVARISVSDPDDGDFAHVNVSLEGGEGHFALSTQDSV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 IYLVCVARRLDREERDAYNLRVTATDSGSPPLRAEAAFVLHVTDVNDNAPAFDRQLYRPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IYLVCVARRLDREERDAYNLRVTATDSGSPPLRAEAAFVLHVTDVNDNAPAFDRQLYRPE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PLPEVALPGSFVVRVTARDPDQGTNGQVTYSLAPGAHTHWFSIDPTSGIITTAASLDYEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PLPEVALPGSFVVRVTARDPDQGTNGQVTYSLAPGAHTHWFSIDPTSGIITTAASLDYEL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 EPQPQLIVVATDGGLPPLASSATVSVALQDVNDNEPQFQRTFYNASLPEGTQPGTCFLQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EPQPQLIVVATDGGLPPLASSATVSVALQDVNDNEPQFQRTFYNASLPEGTQPGTCFLQV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 TATDADSGPFGLLSYSLGAGLGSSGSPPFRIDAHSGDVCTTRTLDRDQGPSSFDFTVTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TATDADSGPFGLLSYSLGAGLGSSGSPPFRIDAHSGDVCTTRTLDRDQGPSSFDFTVTAV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 DGGGLKSMVYVKVFLSDENDNPPQFYPREYAASISAQSPPGTAVLRLRAHDPDQGSHGRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DGGGLKSMVYVKVFLSDENDNPPQFYPREYAASISAQSPPGTAVLRLRAHDPDQGSHGRL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 SYHILAGNSPPLFTLDEQSGLLTVAWPLARRANSVVQLEIGAEDGGGLQAEPSARVDISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SYHILAGNSPPLFTLDEQSGLLTVAWPLARRANSVVQLEIGAEDGGGLQAEPSARVDISI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 VPGTPTPPIFEQLQYVFSVPEDVAPGTSVGIVQAHNPPGRLAPVTLSLSGGDPRGLFSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VPGTPTPPIFEQLQYVFSVPEDVAPGTSVGIVQAHNPPGRLAPVTLSLSGGDPRGLFSLD
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 AVSGLLQTLRPLDRELLGPVLELEVRAGSGVPPAFAVARVRVLLDDVNDNSPAFPAPEDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AVSGLLQTLRPLDRELLGPVLELEVRAGSGVPPAFAVARVRVLLDDVNDNSPAFPAPEDT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 VLLPPNTAPGTPIYTLRALDPDSGVNSRVTFTLLAGGGGAFTVDPTTGHVRLMRPLGPSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VLLPPNTAPGTPIYTLRALDPDSGVNSRVTFTLLAGGGGAFTVDPTTGHVRLMRPLGPSG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 GPAHELELEARDGGSPPRTSHFRLRVVVQDVGTRGLAPRFNSPTYRVDLPSGTTAGTQVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GPAHELELEARDGGSPPRTSHFRLRVVVQDVGTRGLAPRFNSPTYRVDLPSGTTAGTQVL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 QVQAQAPDGGPITYHLAAEGASSPFGLEPQSGWLWVRAALDREAQELYILKVMAVSGSKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVQAQAPDGGPITYHLAAEGASSPFGLEPQSGWLWVRAALDREAQELYILKVMAVSGSKA
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 ELGQQTGTATVRVSILNQNEHSPRLSEDPTFLAVAENQPPGTSVGRVFATDRDSGPNGRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ELGQQTGTATVRVSILNQNEHSPRLSEDPTFLAVAENQPPGTSVGRVFATDRDSGPNGRL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 TYSLQQLSEDSKAFRIHPQTGEVTTLQTLDREQQSSYQLLVQVQDGGSPPRSTTGTVHVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TYSLQQLSEDSKAFRIHPQTGEVTTLQTLDREQQSSYQLLVQVQDGGSPPRSTTGTVHVA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 VLDLNDNSPTFLQASGAAGGGLPIQVPDRVPPGTLVTTLQAKDPDEGENGTILYTLTGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VLDLNDNSPTFLQASGAAGGGLPIQVPDRVPPGTLVTTLQAKDPDEGENGTILYTLTGPG
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 SELFSLHPHSGELLTAAPLIRAERPHYVLTLSAHDQGSPPRSASLQLLVQVLPSARLAEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SELFSLHPHSGELLTAAPLIRAERPHYVLTLSAHDQGSPPRSASLQLLVQVLPSARLAEP
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 PPDLAERDPAAPVPVVLTVTAAEGLRPGSLLGSVAAPEPAGVGALTYTLVGGADPEGTFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PPDLAERDPAAPVPVVLTVTAAEGLRPGSLLGSVAAPEPAGVGALTYTLVGGADPEGTFA
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 LDAASGRLYLARPLDFEAGPPWRALTVRAEGPGGAGARLLRVQVQVQDENEHAPAFARDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LDAASGRLYLARPLDFEAGPPWRALTVRAEGPGGAGARLLRVQVQVQDENEHAPAFARDP
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA1 LALALPENPEPGAALYTFRASDADGPGPNSDVRYRLLRQEPPVPALRLDARTGALSAPRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LALALPENPEPGAALYTFRASDADGPGPNSDVRYRLLRQEPPVPALRLDARTGALSAPRG
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KA1 LDRETTPALLLLVEATDRPANASRRRAARVSARVFVTDENDNAPVFASPSRVRLPEDQPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LDRETTPALLLLVEATDRPANASRRRAARVSARVFVTDENDNAPVFASPSRVRLPEDQPP
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KA1 GPAALHVVARDPDLGEAARVSYRLASGGDGHFRLHSSTGALSVVRPLDREQRAEHVLTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GPAALHVVARDPDLGEAARVSYRLASGGDGHFRLHSSTGALSVVRPLDREQRAEHVLTVV
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KA1 ASDHGSPPRSATQVLTVSVADVNDEAPTFQQQEYSVLLRENNPPGTSLLTLRATDPDVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ASDHGSPPRSATQVLTVSVADVNDEAPTFQQQEYSVLLRENNPPGTSLLTLRATDPDVGA
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KA1 NGQVTYGGVSSESFSLDPDTGVLTTLRALDREEQEEINLTVYAQDRGSPPQLTHVTVRVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NGQVTYGGVSSESFSLDPDTGVLTTLRALDREEQEEINLTVYAQDRGSPPQLTHVTVRVA
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KA1 VEDENDHAPTFGSAHLSLEVPEGQDPQTLTMLRASDPDVGANGQLQYRILDGDPSGAFVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VEDENDHAPTFGSAHLSLEVPEGQDPQTLTMLRASDPDVGANGQLQYRILDGDPSGAFVL
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KA1 DLASGEFGTMRPLDREVEPAFQLRIEARDGGQPALSATLLLTVTVLDANDHAPAFPVPAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DLASGEFGTMRPLDREVEPAFQLRIEARDGGQPALSATLLLTVTVLDANDHAPAFPVPAY
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KA1 SVEVPEDVPAGTLLLQLQAHDPDAGANGHVTYYLGAGTAGAFLLEPSSGELRTAAALDRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SVEVPEDVPAGTLLLQLQAHDPDAGANGHVTYYLGAGTAGAFLLEPSSGELRTAAALDRE
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
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.... .... .. .. .. ...: :.:.: :::. :.... : ::. : :
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. : .. . .:.: :.: :.. : .: .:: ::::. :.: : : .
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