Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1763
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1763, 1308 aa
1>>>pF1KA1763 1308 - 1308 aa - 1308 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3627+/-0.00129; mu= 17.3640+/- 0.077
mean_var=107.3983+/-20.409, 0's: 0 Z-trim(103.6): 105 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.123759
statistics sampled from 7365 (7473) to 7365 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.574), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 4.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308) 8864 1595.0 0
CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1235) 6446 1163.3 0
CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1260) 6446 1163.3 0
CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9 (1288) 6269 1131.7 0
CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9 (1288) 6216 1122.2 0
CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2 (1306) 5377 972.5 0
CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7 (1331) 4251 771.4 0
CCDS11436.1 CNTNAP1 gene_id:8506|Hs108|chr17 (1384) 2950 539.1 3e-152
CCDS31597.1 NRXN2 gene_id:9379|Hs108|chr11 (1642) 523 105.9 9.5e-22
CCDS81831.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14 (1571) 519 105.1 1.5e-21
CCDS82450.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2 (1496) 497 101.2 2.2e-20
CCDS82449.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2 (1499) 497 101.2 2.2e-20
CCDS8077.1 NRXN2 gene_id:9379|Hs108|chr11 (1712) 407 85.2 1.7e-15
CCDS54360.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2 (1477) 403 84.4 2.5e-15
CCDS82451.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2 (1507) 403 84.4 2.5e-15
CCDS46282.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2 (1547) 403 84.4 2.6e-15
CCDS9870.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14 (1061) 357 76.1 5.6e-13
CCDS30551.1 AGRN gene_id:375790|Hs108|chr1 (2045) 322 70.0 7.2e-11
>>CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308 aa)
initn: 8864 init1: 8864 opt: 8864 Z-score: 8553.9 bits: 1595.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8864; 99.8% identity (100.0% similar) in 1308 aa overlap (1-1308:1-1308)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGFFEYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGFFEYV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 ASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPDLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPDLQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAYKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAYKL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 GPLLCRGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIADFI
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIADFI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPKTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPKTQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 PAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGCRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGCRG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 HCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 HCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENYLL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 SKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQIRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQIRY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 KLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAVKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAVKS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 LVLGRILEHSDVDQETALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVTES
::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVTES
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 SCMAQPGTDATSRERTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SCMAQPGTDATSRERTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAI
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300
pF1KA1 AVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
1270 1280 1290 1300
>>CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1235 aa)
initn: 8344 init1: 6446 opt: 6446 Z-score: 6221.0 bits: 1163.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8252; 96.0% identity (96.3% similar) in 1281 aa overlap (28-1308:3-1235)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MWNYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
::::::::: :::
CCDS10 FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
280
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
290 300 310 320 330 340
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
350 360 370 380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
410 420 430 440 450 460
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
470 480 490 500 510 520
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGFFEYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGFFEYV
530 540 550 560 570 580
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 ASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPDLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPDLQ
590 600 610 620 630 640
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAYKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAYKL
650 660 670 680 690 700
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 GPLLCRGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIADFI
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIADFI
710 720 730 740 750 760
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPKTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPKTQ
770 780 790 800 810 820
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 PAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGCRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGCRG
830 840 850 860 870 880
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 HCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENYLL
890 900 910 920 930 940
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 SKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQIRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQIRY
950 960 970 980 990 1000
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 KLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAVKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAVKS
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 LVLGRILEHSDVDQETALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVTES
::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVTES
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 SCMAQPGTDATSRERTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SCMAQPGTDATSRERTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAI
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1270 1280 1290 1300
pF1KA1 AVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
1190 1200 1210 1220 1230
>>CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1260 aa)
initn: 8516 init1: 6446 opt: 6446 Z-score: 6220.9 bits: 1163.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8424; 96.2% identity (96.3% similar) in 1308 aa overlap (1-1308:1-1260)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
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310 320 330 340 350 360
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::::::::: :::
CCDS82 FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
320 330 340 350 360 370
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAYKL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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CCDS82 KLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAVKS
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pF1KA1 LVLGRILEHSDVDQETALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVTES
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CCDS82 SCMAQPGTDATSRERTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAI
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pF1KA1 AVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
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CCDS82 AVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
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CCDS66 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
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CCDS66 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
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pF1KA1 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
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:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
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:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::..::.: : . .:.. .: .. :
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:::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::::::.::.::.:: ::::::
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pF1KA1 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
:::::::.:: ::::::::::: :..::::: ::::::::::.:::.: :::::::: :
CCDS66 FIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
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pF1KA1 TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
::::::::: ::::::::.:::::::::::::::::::::..::::::: ::: :.:::
CCDS66 MQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGC
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pF1KA1 RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
::::.::.::::::.:::. : :::.:::: ::::::::::::..:::. :.:::.:
CCDS66 AGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHY
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::.:::: ..:.: :. :.:::: .::::::::::::.:::::.::::::.:.::::::
CCDS66 TLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQI
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pF1KA1 RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
::::...:.::. .::::::::::::.. :::::.::..:.... ..:: :::::::.::
CCDS66 RYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVNQSTKKQVILSSGTEFNAV
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pF1KA1 KSLVLGRILEHSDVDQETALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
:::.::..:: . .: .: :...:::::::::.....:::::::.:: :. ::: :::.
CCDS66 KSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGRAAPLKAALRPSGPSRVTVRGHVA
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pF1KA1 E-SSCMAQPGTDATSRE---RTHSFADHSGTIDDREPLANAIKSDSAVIGGLIAVVIFIL
. : : .. . .:: : . : .:: :. :::.:: . :::::::.::::::::
CCDS66 PMARCAAGAASGSPARELAPRLAGGAGRSGPADEGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVVIFIL
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pF1KA1 LCITAIAVRIYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEAVLKSELNIQNAVNENQKEYFF
:::::::.:::::..: :..:.: :.
CCDS66 LCITAIAIRIYQQRKLRKENESKVSKKEEC
1260 1270 1280
>>CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9 (1288 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
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CCDS75 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDSPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
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pF1KA1 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
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CCDS75 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
70 80 90 100 110 120
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pF1KA1 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
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CCDS75 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
130 140 150 160 170 180
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pF1KA1 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
:::: .::.:.::: .:.: :.::.:.::::::.:::.:::::::: .:.::::.: ...
CCDS75 SEVVYFDGQSALLYTLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
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pF1KA1 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
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CCDS75 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
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pF1KA1 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
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CCDS75 SSNLDLNFEISFGGILSPGRSRAFTRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
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pF1KA1 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
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CCDS75 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELQRGSGSFV
370 380 390 400 410 420
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pF1KA1 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
:::.::::: .:.: :. : ..:::. ::::::::::.::: .:..:.:: . : . ::.
CCDS75 LFLKDGKLKLSLFQAGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
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CCDS75 AV-LIDSGDTYYFGGCLGNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
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pF1KA1 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
CCDS75 DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
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pF1KA1 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::...:.: : . .:.. .: .. :
CCDS75 GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADSAWTVVRHGGPDAVTLRGAPSGHPLSAVSFA
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pF1KA1 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
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CCDS75 YAAGAGQLRAAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTSWGGSLPD
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pF1KA1 LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
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CCDS75 AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGQNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDTGQPHSEADY
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CCDS75 TLGPLLCRGDKSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
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pF1KA1 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
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CCDS46 GIMTRFLYQHKQSHRTSQMKEKEYPENLDSSFRNEIDLQNTVSECKREYFI
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CCDS58 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
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CCDS58 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
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pF1KA1 GWNWKQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFG
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CCDS58 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
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pF1KA1 CAYRSEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQL
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CCDS58 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
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pF1KA1 RRARLFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFH
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CCDS58 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
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pF1KA1 ARGEFNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIA
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CCDS58 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
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pF1KA1 MGNVSFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLIS
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CCDS58 VGNLSFSCVEPYTVPV-FFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNL
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pF1KA1 GGILLFLSDGKL--KSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMA
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CCDS58 GNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEA
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CCDS58 SAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQR
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CCDS58 KPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSC
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CCDS58 EAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYS
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CCDS58 VTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWG
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CCDS58 GSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQG
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CCDS58 SEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLEN
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CCDS58 MGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVD
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CCDS58 RLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSG
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CCDS58 FISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYN
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pF1KA1 FQENYLLSKNSSSHA------ASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLS
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CCDS58 FQAPATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLA
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CCDS58 VLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSY
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CCDS58 HLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQ
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CCDS58 TNASAHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNG
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CCDS58 VNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDP
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1320 1330
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CCDS11 YCQWRRPYVRVELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQARL
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CCDS11 SEGTSPNCTGHCAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGTWM
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CCDS11 RYNLQSALRSAAREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGRPV
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CCDS11 PYVYQLTTRPVTDGQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYLGR
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CCDS11 SESNCGAMPRLVSEVPPELDPW-----YLPPDFPYYHDEGWVAILLGFLVA---FLLLGL
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CCDS11 VGMLVLFYLQNHRYKGSYHTNEPKAAHEYHPGSKPPLPTSGPAQVPTPTAAPNQAPASAP
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CCDS31 RTLQRNGLMLHT-GKSADYVNLSLKSGAVWLVINLGSGAFEALVEPVN---GKF-NDNAW
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CCDS31 HDVRVTRNLRQHAGIGHAMVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYIGGSPNTADLPG
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CCDS31 SPVS---NNFMGCLKDVVYKNNDFKLELSRLAKEGDPKMKLQGDLSFRCEDVAALDPVTF
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CCDS31 LLDGHLYL-LLDMGSGGIKLRASSRKVNDGEWCHVDFQRDGRKGSISVNSR---STPFLA
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CCDS31 TGDSEILDLESELYLGGLPE---GGRVDLPLPPEVWTAALRAGYVGCVRDLFIDGRSRDL
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CCDS31 RGLAEAQGAVGVAPFCSRETL---KQCASAPCRNGGVCREGWNRFICDCIGTGFLGRVCE
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CCDS31 R---EATVLSY------DGSMYMKI-----MLPNAMHTEAEDVSLRFMSQRAYGLM-MAT
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. :.: .:. . .::. ... : :. : .::... .. . : ..
CCDS31 RR-----GKSLQLSVDNVTVEGQMAGAHM-------RLEFHNIETGIMTERRFISVVPSN
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CCDS31 ASMHLFFQFKTTAPDGLLLFNSGNGNDFIVIELVKG-YIHYVFDLGNGPSLMKGNSDKPV
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CCDS31 KLVASRD-GFQGCLASVDLNGRLPDLIADALHRIGQVERGCDGPSTTCTEESCANQGVCL
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CCDS31 -RMDRLAVGFS--THQRSAVLVRVDSASGLGDYLQLHIDQ-GTVGVIFNVGT----DDIT
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pF1KA1 FDFKN--MADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAVKSLVLGRILEHS
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CCDS31 IDEPNAIVSDGKYHVVRFTRSGGNATLQVDSWPVNERYPAGRQLTIFNSQAAIKIGGRDQ
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pF1KA1 PSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYRSEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDI
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CCDS81 DCSTTGYGGKLCSEDVSQDPGLSHLMMSEQAREENVATFRGSEYLCYDLSQNPIQSSSDE
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pF1KA1 ISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRARLFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLL
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CCDS81 ITLSFKTWQRNGLILHT-GKSADYVNLALKDGAVSLVINLGSGAFEAIVEPVN---GKF-
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CCDS81 NDNAWHDVKVTRNLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPV
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CCDS81 S---NNFMGCLKEVVYKNNDIRLELSRLARIADTKMKIYGEVVFKCENVATLDPINFETP
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CCDS81 EAYISLPKWNTKRMGSISFDFRTTEPNGLILFTHGKPQERKDARSQKNTKVDFFAVELLD
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CCDS81 GNLY----LLLDMGSGTIKVKATQKKANDGEWYHVDIQRDGRSGTISVNSRRTPFTASGE
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CCDS81 SEILDLEGDMYLGGLPENRAGLILPTELWTAMLNYGYVGCIRDLFIDGRSKNI--RQLAE
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pF1KA1 LGNFSDLQIDSCG-ISDRCLPNY-CEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQS
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CCDS81 MQNAAGVK-SSCSRMSAKQCDSYPCKNNAVCKDGWNRFICDCTGTGYWGRTCE---REAS
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pF1KA1 CEAYKHRGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPY
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CCDS81 ILSY------DGSMYMKI-----IMPMVMHTEAEDVSFRFMSQRAYGLL-VATTSRDSAD
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pF1KA1 AGFFEYVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSR----LVNKQDGTPLSWWVGRTNETQ
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CCDS81 TLRLELDGGRVKLMVNLD----C---IRINCNSSKGPETLYAGQKLNDNEWHTVRVVRR-
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CCDS81 ----GKSLKLTVDDDVAEGTMVG-------DHTRLEFHNIETGIMTEKRYISV--VPSSF
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pF1KA1 TGRLHSEAAYKLGPL-LCR-GDRSF-------------WNSASFDTEASYLHFPTFHGEL
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