Result of FASTA (omim) for
pF1KA1619
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1619, 843 aa
1>>>pF1KA1619 843 - 843 aa - 843 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8376+/-0.000375; mu= 6.2935+/- 0.024
mean_var=239.3392+/-48.206, 0's: 0 Z-trim(121.3): 187 B-trim: 38 in 1/56
Lambda= 0.082902
statistics sampled from 37558 (37753) to 37558 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.443), width: 16
Scan time: 15.370
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011509683 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509681 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509685 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509684 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
XP_011509682 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
NP_060259 (OMIM: 604462) semaphorin-4C precursor [ ( 833) 1789 227.5 1.9e-58
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XP_011516426 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516425 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869686 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516427 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869683 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_005251711 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869687 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
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XP_016869685 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869682 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_016869684 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516436 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516429 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
XP_011516431 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1485 191.2 1.7e-47
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XP_016859883 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 692) 1456 187.6 1.6e-46
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NP_945119 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform 1 p ( 837) 1394 180.3 3.2e-44
NP_001310960 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 890) 1394 180.3 3.3e-44
XP_006712669 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 495) 1358 175.8 4.3e-43
NP_001310961 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 602) 1312 170.4 2.2e-41
NP_001310963 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 847) 1310 170.3 3.4e-41
XP_005250168 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_011514036 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_005250167 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_006715902 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_016867162 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
NP_006071 (OMIM: 603961,614897) semaphorin-3A prec ( 771) 1221 159.6 5.1e-38
XP_016869688 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 534) 1186 155.2 7.1e-37
NP_689967 (OMIM: 609907) semaphorin-3D precursor [ ( 777) 1186 155.4 9.3e-37
XP_011514262 (OMIM: 609907) PREDICTED: semaphorin- ( 777) 1186 155.4 9.3e-37
XP_016867362 (OMIM: 609907) PREDICTED: semaphorin- ( 777) 1186 155.4 9.3e-37
XP_011530779 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 597) 1158 151.9 7.8e-36
XP_011530778 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 600) 1158 151.9 7.9e-36
XP_011530777 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 624) 1158 152.0 8.1e-36
NP_004254 (OMIM: 603706) semaphorin-4F isoform 1 p ( 770) 1158 152.0 9.4e-36
NP_001310959 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 681) 1116 147.0 2.8e-34
NP_001310962 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 681) 1116 147.0 2.8e-34
>>XP_011509683 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin-4C i (833 aa)
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10 20 30 40 50 60
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pF1KA1 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
: .. : :::: :::..: . . .:: : ::: : ...: :::::::::::: .:
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XP_011 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
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. .:.:: : :..:.
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>>XP_011509685 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin-4C i (833 aa)
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