Result of FASTA (omim) for
pF1KA1604
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1604, 908 aa
1>>>pF1KA1604 908 - 908 aa - 908 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8668+/-0.000469; mu= -3.3049+/- 0.030
mean_var=315.1502+/-63.095, 0's: 0 Z-trim(119.4): 56 B-trim: 880 in 1/59
Lambda= 0.072246
statistics sampled from 33330 (33393) to 33330 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.392), width: 16
Scan time: 14.680
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005246783 (OMIM: 615186) PREDICTED: pre-mRNA-sp ( 908) 5943 633.9 1.1e-180
NP_065994 (OMIM: 615186) pre-mRNA-splicing factor ( 908) 5943 633.9 1.1e-180
NP_612409 (OMIM: 611269) nucleolar MIF4G domain-co ( 860) 331 49.0 0.00012
XP_016866201 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 719) 291 44.7 0.0019
XP_016866202 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 719) 291 44.7 0.0019
NP_001309344 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 787) 291 44.8 0.0021
NP_001309343 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 787) 291 44.8 0.0021
XP_016866200 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 796) 291 44.8 0.0021
XP_016866199 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 796) 291 44.8 0.0021
NP_056306 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich prot ( 805) 291 44.8 0.0021
NP_116259 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich prot ( 805) 291 44.8 0.0021
NP_001309335 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 291 44.8 0.0021
NP_001309334 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 291 44.8 0.0021
NP_001309337 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 291 44.8 0.0021
NP_001309339 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 291 44.8 0.0021
NP_001309342 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 291 44.8 0.0021
XP_005266969 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 814) 291 44.8 0.0021
NP_001309341 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 291 44.8 0.0021
>>XP_005246783 (OMIM: 615186) PREDICTED: pre-mRNA-splici (908 aa)
initn: 5943 init1: 5943 opt: 5943 Z-score: 3365.2 bits: 633.9 E(85289): 1.1e-180
Smith-Waterman score: 5943; 100.0% identity (100.0% similar) in 908 aa overlap (1-908:1-908)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MKSSVAQIKPSSGHDRRENLNSYQRNSSPEDRYEEQERSPRDRDYFDYSRSDYEHSRRGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MKSSVAQIKPSSGHDRRENLNSYQRNSSPEDRYEEQERSPRDRDYFDYSRSDYEHSRRGR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 SYDSSMESRNRDREKRRERERDTDRKRSRKSPSPGRRNPETSVTQSSSAQDEPATKKKKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SYDSSMESRNRDREKRRERERDTDRKRSRKSPSPGRRNPETSVTQSSSAQDEPATKKKKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 ELDPLLTRTGGAYIPPAKLRMMQEQITDKNSLAYQRMSWEALKKSINGLINKVNISNISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ELDPLLTRTGGAYIPPAKLRMMQEQITDKNSLAYQRMSWEALKKSINGLINKVNISNISI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 IIQELLQENIVRGRGLLSRSVLQAQSASPIFTHVYAALVAIINSKFPQIGELILKRLILN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IIQELLQENIVRGRGLLSRSVLQAQSASPIFTHVYAALVAIINSKFPQIGELILKRLILN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 FRKGYRRNDKQLCLTASKFVAHLINQNVAHEVLCLEMLTLLLERPTDDSVEVAIGFLKEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FRKGYRRNDKQLCLTASKFVAHLINQNVAHEVLCLEMLTLLLERPTDDSVEVAIGFLKEC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 GLKLTQVSPRGINAIFERLRNILHESEIDKRVQYMIEVMFAVRKDGFKDHPIILEGLDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GLKLTQVSPRGINAIFERLRNILHESEIDKRVQYMIEVMFAVRKDGFKDHPIILEGLDLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EEDDQFTHMLPLEDDYNPEDVLNVFKMDPNFMENEEKYKAIKKEILDEGDTDSNTDQDAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EEDDQFTHMLPLEDDYNPEDVLNVFKMDPNFMENEEKYKAIKKEILDEGDTDSNTDQDAG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 SSEEDEEEEEEEGEEDEEGQKVTIHDKTEINLVSFRRTIYLAIQSSLDFEECAHKLLKME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSEEDEEEEEEEGEEDEEGQKVTIHDKTEINLVSFRRTIYLAIQSSLDFEECAHKLLKME
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 FPESQTKELCNMILDCCAQQRTYEKFFGLLAGRFCMLKKEYMESFEGIFKEQYDTIHRLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FPESQTKELCNMILDCCAQQRTYEKFFGLLAGRFCMLKKEYMESFEGIFKEQYDTIHRLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 TNKLRNVAKMFAHLLYTDSLPWSVLECIKLSEETTTSSSRIFVKIFFQELCEYMGLPKLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TNKLRNVAKMFAHLLYTDSLPWSVLECIKLSEETTTSSSRIFVKIFFQELCEYMGLPKLN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 ARLKDETLQPFFEGLLPRDNPRNTRFAINFFTSIGLGGLTDELREHLKNTPKVIVAQKPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ARLKDETLQPFFEGLLPRDNPRNTRFAINFFTSIGLGGLTDELREHLKNTPKVIVAQKPD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 VEQNKSSPSSSSSASSSSESDSSDSDSDSSDSSSESSSEESDSSSISSHSSASANDVRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VEQNKSSPSSSSSASSSSESDSSDSDSDSSDSSSESSSEESDSSSISSHSSASANDVRKK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 GHGKTRSKEVDKLIRNQQTNDRKQKERRQEHGHQETRTERERRSEKHRDQNSSGSNWRDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GHGKTRSKEVDKLIRNQQTNDRKQKERRQEHGHQETRTERERRSEKHRDQNSSGSNWRDP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 ITKYTSDKDVPSERNNYSRVANDRDQEMHIDLENKHGDPKKKRGERRNSFSENEKHTHRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ITKYTSDKDVPSERNNYSRVANDRDQEMHIDLENKHGDPKKKRGERRNSFSENEKHTHRI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 KDSENFRRKDRSKSKEMNRKHSGSRSDEDRYQNGAERRWEKSSRYSEQSRESKKNQDRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KDSENFRRKDRSKSKEMNRKHSGSRSDEDRYQNGAERRWEKSSRYSEQSRESKKNQDRRR
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EKSPAKQK
::::::::
XP_005 EKSPAKQK
>>NP_065994 (OMIM: 615186) pre-mRNA-splicing factor CWC2 (908 aa)
initn: 5943 init1: 5943 opt: 5943 Z-score: 3365.2 bits: 633.9 E(85289): 1.1e-180
Smith-Waterman score: 5943; 100.0% identity (100.0% similar) in 908 aa overlap (1-908:1-908)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MKSSVAQIKPSSGHDRRENLNSYQRNSSPEDRYEEQERSPRDRDYFDYSRSDYEHSRRGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MKSSVAQIKPSSGHDRRENLNSYQRNSSPEDRYEEQERSPRDRDYFDYSRSDYEHSRRGR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 SYDSSMESRNRDREKRRERERDTDRKRSRKSPSPGRRNPETSVTQSSSAQDEPATKKKKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SYDSSMESRNRDREKRRERERDTDRKRSRKSPSPGRRNPETSVTQSSSAQDEPATKKKKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 ELDPLLTRTGGAYIPPAKLRMMQEQITDKNSLAYQRMSWEALKKSINGLINKVNISNISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ELDPLLTRTGGAYIPPAKLRMMQEQITDKNSLAYQRMSWEALKKSINGLINKVNISNISI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 IIQELLQENIVRGRGLLSRSVLQAQSASPIFTHVYAALVAIINSKFPQIGELILKRLILN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 IIQELLQENIVRGRGLLSRSVLQAQSASPIFTHVYAALVAIINSKFPQIGELILKRLILN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 FRKGYRRNDKQLCLTASKFVAHLINQNVAHEVLCLEMLTLLLERPTDDSVEVAIGFLKEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FRKGYRRNDKQLCLTASKFVAHLINQNVAHEVLCLEMLTLLLERPTDDSVEVAIGFLKEC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 GLKLTQVSPRGINAIFERLRNILHESEIDKRVQYMIEVMFAVRKDGFKDHPIILEGLDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GLKLTQVSPRGINAIFERLRNILHESEIDKRVQYMIEVMFAVRKDGFKDHPIILEGLDLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EEDDQFTHMLPLEDDYNPEDVLNVFKMDPNFMENEEKYKAIKKEILDEGDTDSNTDQDAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 EEDDQFTHMLPLEDDYNPEDVLNVFKMDPNFMENEEKYKAIKKEILDEGDTDSNTDQDAG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 SSEEDEEEEEEEGEEDEEGQKVTIHDKTEINLVSFRRTIYLAIQSSLDFEECAHKLLKME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SSEEDEEEEEEEGEEDEEGQKVTIHDKTEINLVSFRRTIYLAIQSSLDFEECAHKLLKME
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 FPESQTKELCNMILDCCAQQRTYEKFFGLLAGRFCMLKKEYMESFEGIFKEQYDTIHRLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FPESQTKELCNMILDCCAQQRTYEKFFGLLAGRFCMLKKEYMESFEGIFKEQYDTIHRLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 TNKLRNVAKMFAHLLYTDSLPWSVLECIKLSEETTTSSSRIFVKIFFQELCEYMGLPKLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TNKLRNVAKMFAHLLYTDSLPWSVLECIKLSEETTTSSSRIFVKIFFQELCEYMGLPKLN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 ARLKDETLQPFFEGLLPRDNPRNTRFAINFFTSIGLGGLTDELREHLKNTPKVIVAQKPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ARLKDETLQPFFEGLLPRDNPRNTRFAINFFTSIGLGGLTDELREHLKNTPKVIVAQKPD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 VEQNKSSPSSSSSASSSSESDSSDSDSDSSDSSSESSSEESDSSSISSHSSASANDVRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VEQNKSSPSSSSSASSSSESDSSDSDSDSSDSSSESSSEESDSSSISSHSSASANDVRKK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 GHGKTRSKEVDKLIRNQQTNDRKQKERRQEHGHQETRTERERRSEKHRDQNSSGSNWRDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GHGKTRSKEVDKLIRNQQTNDRKQKERRQEHGHQETRTERERRSEKHRDQNSSGSNWRDP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 ITKYTSDKDVPSERNNYSRVANDRDQEMHIDLENKHGDPKKKRGERRNSFSENEKHTHRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ITKYTSDKDVPSERNNYSRVANDRDQEMHIDLENKHGDPKKKRGERRNSFSENEKHTHRI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 KDSENFRRKDRSKSKEMNRKHSGSRSDEDRYQNGAERRWEKSSRYSEQSRESKKNQDRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KDSENFRRKDRSKSKEMNRKHSGSRSDEDRYQNGAERRWEKSSRYSEQSRESKKNQDRRR
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EKSPAKQK
::::::::
NP_065 EKSPAKQK
>>NP_612409 (OMIM: 611269) nucleolar MIF4G domain-contai (860 aa)
initn: 386 init1: 280 opt: 331 Z-score: 204.3 bits: 49.0 E(85289): 0.00012
Smith-Waterman score: 464; 22.4% identity (57.7% similar) in 620 aa overlap (21-615:228-817)
10 20 30 40
pF1KA1 MKSSVAQIKPSSGHDRRENLNSYQRNSSPEDRYEEQERSPR---DRDYFD
:: .:: :.. . . :. . : :
NP_612 RKKKDGSSSVPLSFARDGLDYILGALESGKNSGLYDSSGEEEEDAGQTLPESDLESDSQD
200 210 220 230 240 250
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 YSRSDYEHSRRGRSYDSSMESRNRDREKRRERERDTDRKRSRKSPSPGRRNPETSVTQSS
:. . : . . .. . :....: .. :.:. ..... . :.: : .
NP_612 ESEEEEEGDVEKEKKAQEAEAQSEDDDEDTEEEQGEEKEKGAQEKRRGKR-----VRFAE
260 270 280 290 300 310
110 120 130 140 150 160
pF1KA1 SAQDEPATKKKKDELDPLLTRTGGAYIPPAKLRMMQEQITDKNSLAYQRMSWEALKKSIN
. . ... : : : .: :::: ..:. .: . : .. : ::: ..
NP_612 DEEKSENSSEDGDITDKSLCGSGEKYIPP-HVRQAEETVDFK-----KKEELERLKKHVK
320 330 340 350 360
170 180 190 200 210
pF1KA1 GLINKVNISNISIIIQELLQENIVRGRGLLSRSVLQA-------QSASP---IFTHVYAA
::.:... :.. : .: . ....: .. .. .: :: : .. ::
NP_612 GLLNRLSEPNMASISGQLEELYMAHSRKDMNDTLTSALMGACVTASAMPSRLMMEHVL--
370 380 390 400 410 420
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 LVAIINSKFP-QIGELILKRLILNFRKGYRRNDK-QLCLTASKFVAHLINQNVAHEVLCL
::.:.. ..: .:. .. .: :. ... . : . .::: : .:.. .: .
NP_612 LVSILHHTVGIEVGAHFLEAVVRKFDAIYKYGSEGKECDNLFTVIAHLYNFHVVQSLLIF
430 440 450 460 470 480
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 EMLTLLLERPTDDSVEVAIGFLKECGLKLTQVSPRGINAIFE----RLRNILHESEIDKR
..: :. :. ..:. . .::. :..: . . ... .. . . : . . :
NP_612 DILKKLIGTFTEKDIELILLMLKNVGFSLRKDDALSLKELITEAQTKASGAGSEFQDQTR
490 500 510 520 530 540
340 350 360 370 380
pF1KA1 VQYMIEVMFAVRKDGFKDHPIILEGLDL--VEEDDQFTHMLPLEDDYNPEDVLNVFKMDP
...:.:.:.:.... .. : : : ::. .. . : . . : : : . :
NP_612 IRFMLETMLALKNNDMRKIP----GYDPEPVEKLRKLQRALVRNAGSGSETQLRV-SWDS
550 560 570 580 590
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 NF-MENEEKYKAIKKEILDEGDTDSNTDQDAGSSEEDEEEEEEEGEEDEEGQKVTIHDKT
. :. .. . :.. :.. . .:.. . ... : . .. . . :
NP_612 VLSAEQTGRWWIV-------GSAWSGAPM-IDNSHHTHLQKQLVGTVS--SKILELARKQ
600 610 620 630 640
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 EINLVSFRRTIYLAIQSSLDFEECAHKLLKMEFPESQTKELCNMILDCCAQQRTYEKFFG
..: ...::.:. .:..: :: . .::::. . ..: .:. ....::: :..::. :..
NP_612 RMN-TDIRRNIFCTIMTSEDFLDAFEKLLKLGLKDQQEREIIHVLMDCCLQEKTYNPFYA
650 660 670 680 690 700
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 LLAGRFCMLKKEYMESFEGIFKEQYDTIHRLETNKLRNVAKMFAHLLYTDSLPWSVLECI
.::..:: ..... .:. . ... .. : .... :.... :::: : :: :.:. .
NP_612 FLASKFCEYERRFQMTFQFSIWDKFRDLENLPATNFSNLVHLVAHLLKTKSLSLSILKVV
710 720 730 740 750 760
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 KLSE--ETTTSSSRIFVKIFFQELCEYMGLPKLNARLKDET-LQPFFEGLLPRDNPRNTR
..:: . . : ..:...: : : . .:..:. : . :::
NP_612 EFSELDKPRVRFLRKVLSILLMET-EVEDLSLIFTRVSDNPKLGVLREGLKLFISHFLLK
770 780 790 800 810 820
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 FAINFFTSIGLGGLTDELREHLKNTPKVIVAQKPDVEQNKSSPSSSSSASSSSESDSSDS
NP_612 NAQAHRSADEANVLREKADLATKCLQGKASLRM
830 840 850 860
>>XP_016866201 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/serine (719 aa)
initn: 365 init1: 149 opt: 291 Z-score: 182.8 bits: 44.7 E(85289): 0.0019
Smith-Waterman score: 291; 27.8% identity (61.2% similar) in 281 aa overlap (637-908:381-655)
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 TLQPFFEGLLPRDNPRNTRFAINFFTSIGLGGLTDELREHLKNTPKVIVAQKPDVEQNKS
: ...: .. ..: .:. .: :..:.
XP_016 QQTERVTKEMNEFIHKEQNSLSLLEAREADGDVVNEKKRTPNETTSVLEPKKEHKEKEKQ
360 370 380 390 400 410
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 SPSSSSSASSSSESDSSDSDSDSSDSSSESSSEESDSSSISSHSSASANDVRKKGHGKTR
. : :.:.::.: :..: ..: :: :: : : : :: ::.::. ::: :...:
XP_016 GRSRSGSSSSGSSSSNSRTSSTSSTVSSSSYSSSSGSSRTSSRSSSPK---RKKRHSRSR
420 430 440 450 460
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 SKEVD-KLIRNQQTNDRKQKERRQEHGHQETRTERERRS-EKHRDQNSSGSNWRDPITKY
: . . :... . : . : . . . . : . .: : :..: .: : : :. .
XP_016 SPTIKARRSRSRSYSRRIKIESNRARVKIRDRRRSNRNSIERERRRNRSPS--RERRRSR
470 480 490 500 510 520
790 800 810 820 830
pF1KA1 TSDKDVPSERNNYSRVANDR---DQEMHIDLEN-KH-GDPKK--KRGERRNSFSENEKHT
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pF1KA1 SKEVD-KLIRNQQTNDRKQKERRQEHGHQETRTERERRS-EKHRDQNSSGSNWRDPITKY
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NP_056 SPTIKARRSRSRSYSRRIKIESNRARVKIRDRRRSNRNSIERERRRNRSPS--RERRRSR
570 580 590 600 610 620
790 800 810 820 830
pF1KA1 TSDKDVPSERNNYSRVANDR---DQEMHIDLEN-KH-GDPKK--KRGERRNSFSENEKHT
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630 640 650 660 670 680
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]