Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1472
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1472, 663 aa
1>>>pF1KA1472 663 - 663 aa - 663 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4985+/-0.000976; mu= 0.9605+/- 0.059
mean_var=213.2139+/-42.591, 0's: 0 Z-trim(112.3): 16 B-trim: 23 in 1/52
Lambda= 0.087835
statistics sampled from 13088 (13098) to 13088 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.402), width: 16
Scan time: 2.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47912.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 663) 4366 566.2 5.1e-161
CCDS43763.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 662) 4348 563.9 2.5e-160
CCDS43764.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 660) 4313 559.5 5.4e-159
CCDS55271.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 544) 3544 462.0 9.9e-130
CCDS83315.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 533) 3392 442.7 6.1e-124
CCDS82590.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 ( 538) 870 123.1 9.9e-28
CCDS13012.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 ( 494) 867 122.7 1.2e-27
>>CCDS47912.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (663 aa)
initn: 4366 init1: 4366 opt: 4366 Z-score: 3004.2 bits: 566.2 E(32554): 5.1e-161
Smith-Waterman score: 4366; 100.0% identity (100.0% similar) in 663 aa overlap (1-663:1-663)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MGPLRESKKEHRVQHHDKEISRSRIPRLILRPHMPQQQHKVSPASESPFSEEESREFNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MGPLRESKKEHRVQHHDKEISRSRIPRLILRPHMPQQQHKVSPASESPFSEEESREFNPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 SSGRSARTVSSNSFCSDDTGCPSSQSVSPVKTPSDAGNSPIGFCPGSDEGFTRKKCTIGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SSGRSARTVSSNSFCSDDTGCPSSQSVSPVKTPSDAGNSPIGFCPGSDEGFTRKKCTIGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 VGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 HGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 SPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 DINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 TGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 VDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 QYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFR
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 IKT
:::
CCDS47 IKT
>>CCDS43763.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (662 aa)
initn: 4312 init1: 4312 opt: 4348 Z-score: 2991.9 bits: 563.9 E(32554): 2.5e-160
Smith-Waterman score: 4348; 99.8% identity (99.8% similar) in 663 aa overlap (1-663:1-662)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MGPLRESKKEHRVQHHDKEISRSRIPRLILRPHMPQQQHKVSPASESPFSEEESREFNPS
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MGPLRESK-EHRVQHHDKEISRSRIPRLILRPHMPQQQHKVSPASESPFSEEESREFNPS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 SSGRSARTVSSNSFCSDDTGCPSSQSVSPVKTPSDAGNSPIGFCPGSDEGFTRKKCTIGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SSGRSARTVSSNSFCSDDTGCPSSQSVSPVKTPSDAGNSPIGFCPGSDEGFTRKKCTIGM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 VGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 HGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDC
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 SPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 DINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 TGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEG
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALV
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 VDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVR
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 QYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFR
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 IKT
:::
CCDS43 IKT
660
>>CCDS43764.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (660 aa)
initn: 4313 init1: 4313 opt: 4313 Z-score: 2967.9 bits: 559.5 E(32554): 5.4e-159
Smith-Waterman score: 4313; 99.8% identity (100.0% similar) in 656 aa overlap (8-663:5-660)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MGPLRESKKEHRVQHHDKEISRSRIPRLILRPHMPQQQHKVSPASESPFSEEESREFNPS
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MSNFEKEHRVQHHDKEISRSRIPRLILRPHMPQQQHKVSPASESPFSEEESREFNPS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 SSGRSARTVSSNSFCSDDTGCPSSQSVSPVKTPSDAGNSPIGFCPGSDEGFTRKKCTIGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SSGRSARTVSSNSFCSDDTGCPSSQSVSPVKTPSDAGNSPIGFCPGSDEGFTRKKCTIGM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 VGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 HGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDC
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 SPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 DINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 TGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEG
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALV
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 VDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVR
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 QYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFR
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 IKT
:::
CCDS43 IKT
660
>>CCDS55271.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (544 aa)
initn: 3544 init1: 3544 opt: 3544 Z-score: 2442.6 bits: 462.0 E(32554): 9.9e-130
Smith-Waterman score: 3544; 100.0% identity (100.0% similar) in 544 aa overlap (120-663:1-544)
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 VKTPSDAGNSPIGFCPGSDEGFTRKKCTIGMVGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MVGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFS
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 SSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLC
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 RNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSGSYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLT
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 PLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKE
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 ARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELC
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 LDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQVTGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEEQVTGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTAT
280 290 300 310 320 330
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 TTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEGSVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TTESGDLELVHSTPGANVLELLPIVMGQEEGSVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQK
340 350 360 370 380 390
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 LQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LQDPCPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVH
400 410 420 430 440 450
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 ANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ANRLMRELDFAACVEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQ
460 470 480 490 500 510
630 640 650 660
pF1KA1 RGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT
520 530 540
>>CCDS83315.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (533 aa)
initn: 3392 init1: 3392 opt: 3392 Z-score: 2338.6 bits: 442.7 E(32554): 6.1e-124
Smith-Waterman score: 3392; 100.0% identity (100.0% similar) in 520 aa overlap (144-663:14-533)
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 KKCTIGMVGEGSIQSSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MFAMKVYGAYLLSSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSS
10 20 30 40
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 SSRNRGPHGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SSRNRGPHGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSSPSSSNSG
50 60 70 80 90 100
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
110 120 130 140 150 160
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
170 180 190 200 210 220
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
230 240 250 260 270 280
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 LSLEEQVTGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LSLEEQVTGEGADRELLVGDSIANSTDLFDEIVTATTTESGDLELVHSTPGANVLELLPI
290 300 310 320 330 340
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 VMGQEEGSVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VMGQEEGSVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSLASPDESEPDSMESFP
350 360 370 380 390 400
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 ESLSALVVDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ESLSALVVDLTPRNPNSAILLSPVETPYANVDAEVHANRLMRELDFAACVEERLDGVIPL
410 420 430 440 450 460
600 610 620 630 640 650
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CCDS83 ARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHS
470 480 490 500 510 520
660
pF1KA1 LRRTAFRIKT
::::::::::
CCDS83 LRRTAFRIKT
530
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CCDS82 MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
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CCDS82 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
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.:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
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CCDS82 GLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDP
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.. :. ::: . ..:. . :: .. . .. .. : : .::.
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pF1KA1 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP
:..:. : : . :.: : : . :::.::: : :.: .. ....: : .
CCDS82 GLGPRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QV
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: . .:.: . :: :.: ::.::::.... .:.: . .
CCDS82 CGT--------DPESGDRCPE-LDAH--PSGPRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ
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. :: . ..: .::. .... . ..::: ..::::::..:.:::: :
CCDS82 RPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWL
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.:: .:.:::..::::::.:::::.:: . :
CCDS82 CRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
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>>CCDS13012.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 (494 aa)
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pF1KA1 PHGRSNGASSHKPGSSPSSPREKDLLSMLCRNQLSPVNIHPSYAPSS-PSSSNSGSYKGS
: ::... .:. :: :::::::::::
CCDS13 MAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSGSYKGS
10 20 30 40
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 DCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERESE
: :: ::: .: :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::..:..:
CCDS13 DSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQDRDTE
50 60 70 80 90 100
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 IVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQKY
: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: :::::.:::
CCDS13 IDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDKGLQKY
110 120 130 140 150 160
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 FVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSLEE
::::::::::::.::.:::.:..: ... . :: .::: . ..: .
CCDS13 FVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDPAVCGD
170 180 190 200 210 220
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pF1KA1 QVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST------
. :. ::: . ..:. . :: .. . .. .. : : .::.
CCDS13 RQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSFGLGPR
230 240 250 260 270 280
470 480 490 500 510
pF1KA1 -PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPSSL
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CCDS13 FPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQ--AQVCGT--
290 300 310 320 330 340
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pF1KA1 ASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDAEVHAN
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CCDS13 ------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQRPGAN
350 360 370 380 390
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CCDS13 PNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWLCRSQR
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CCDS13 RQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
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663 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]