Result of FASTA (omim) for
pF1KA1428
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1428, 709 aa
1>>>pF1KA1428 709 - 709 aa - 709 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6128+/-0.000427; mu= 10.1405+/- 0.027
mean_var=141.0513+/-27.893, 0's: 0 Z-trim(115.2): 81 B-trim: 484 in 1/52
Lambda= 0.107991
statistics sampled from 25348 (25431) to 25348 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16
Scan time: 9.230
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036228 (OMIM: 604299,616511) DCC-interacting pr ( 709) 4599 728.7 1.9e-209
XP_011531885 (OMIM: 604299,616511) PREDICTED: DCC- ( 692) 4477 709.7 9.9e-204
NP_060641 (OMIM: 606231) DCC-interacting protein 1 ( 664) 2177 351.3 7.1e-96
NP_001238833 (OMIM: 606231) DCC-interacting protei ( 670) 2161 348.8 4e-95
XP_016875040 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 651) 2109 340.7 1.1e-92
XP_011536832 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 657) 2093 338.2 6.1e-92
XP_016875043 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 617) 2060 333.1 2e-90
XP_006719535 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 623) 2044 330.6 1.2e-89
XP_016875042 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 621) 1984 321.2 7.5e-87
XP_016875041 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 621) 1984 321.2 7.5e-87
NP_001238834 (OMIM: 606231) DCC-interacting protei ( 621) 1984 321.2 7.5e-87
XP_011536834 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 627) 1968 318.7 4.3e-86
XP_011536833 (OMIM: 606231) PREDICTED: DCC-interac ( 627) 1968 318.7 4.3e-86
XP_006713620 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 785) 368 69.5 5.6e-11
XP_011510904 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 820) 368 69.5 5.8e-11
XP_005263272 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase- ( 735) 356 67.6 2e-10
NP_078881 (OMIM: 609746) rho GTPase-activating pro ( 786) 356 67.6 2.1e-10
NP_036419 (OMIM: 607766) arf-GAP with coiled-coil, ( 778) 351 66.9 3.5e-10
XP_011510905 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 813) 351 66.9 3.6e-10
XP_011510908 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 776) 328 63.3 4.2e-09
XP_011510906 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 776) 328 63.3 4.2e-09
XP_011510907 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 776) 328 63.3 4.2e-09
XP_016885044 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 565) 313 60.9 1.6e-08
XP_005262327 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 694) 313 60.9 1.9e-08
XP_006724716 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 793) 313 60.9 2.2e-08
XP_011529263 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 802) 313 60.9 2.2e-08
NP_002538 (OMIM: 300127,300486) oligophrenin-1 [Ho ( 802) 313 60.9 2.2e-08
XP_016861538 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 806) 304 59.5 5.8e-08
XP_016861536 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 841) 304 59.6 6e-08
NP_689645 (OMIM: 615936) rho GTPase-activating pro ( 874) 301 59.1 8.5e-08
XP_016861537 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 813) 287 56.9 3.7e-07
XP_016861535 (OMIM: 607766) PREDICTED: arf-GAP wit ( 848) 287 56.9 3.8e-07
XP_016868958 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1072) 263 53.2 6.1e-06
NP_001234925 (OMIM: 605953) arf-GAP with SH3 domai (1122) 263 53.2 6.4e-06
NP_060952 (OMIM: 605953) arf-GAP with SH3 domain, (1129) 263 53.2 6.4e-06
XP_011540917 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 255 51.9 1.2e-05
XP_011540918 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 255 51.9 1.2e-05
XP_016872726 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 255 51.9 1.2e-05
XP_016864091 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase- ( 694) 251 51.3 1.6e-05
XP_016868956 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1087) 243 50.1 5.4e-05
XP_006716628 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1076) 241 49.8 6.6e-05
XP_011535914 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 457) 234 48.5 7e-05
XP_006716629 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1075) 237 49.2 0.0001
XP_011515355 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1125) 237 49.2 0.00011
XP_006716627 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1125) 237 49.2 0.00011
XP_011515354 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1132) 237 49.2 0.00011
XP_006716626 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1132) 237 49.2 0.00011
XP_005250982 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1132) 237 49.2 0.00011
XP_016868957 (OMIM: 605953) PREDICTED: arf-GAP wit (1073) 233 48.6 0.00016
XP_011540919 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 780) 230 48.0 0.00017
>>NP_036228 (OMIM: 604299,616511) DCC-interacting protei (709 aa)
initn: 4599 init1: 4599 opt: 4599 Z-score: 3881.2 bits: 728.7 E(85289): 1.9e-209
Smith-Waterman score: 4599; 100.0% identity (100.0% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-709)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 TSKLLKEYEKQRFPLGGDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 TSKLLKEYEKQRFPLGGDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 RDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMMH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 RDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMMH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 YFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 YFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 DSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDRQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 FYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAESK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 FYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAESK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 KDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 PTARTSSSGSLGSESTNLAALSLDSLVAPDTPIQFDIISPVCEDQPGQAKAFGQGGRRTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 PTARTSSSGSLGSESTNLAALSLDSLVAPDTPIQFDIISPVCEDQPGQAKAFGQGGRRTN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHNIFRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 PFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHNIFRM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 TESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSESNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 TESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSESNLS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 SVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQKQIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 SVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQKQIE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KA1 KDLEEQSRLIAASSRPNQASSEGQFVVLSSSQSEESDLGEGGKKRESEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KDLEEQSRLIAASSRPNQASSEGQFVVLSSSQSEESDLGEGGKKRESEA
670 680 690 700
>>XP_011531885 (OMIM: 604299,616511) PREDICTED: DCC-inte (692 aa)
initn: 4477 init1: 4477 opt: 4477 Z-score: 3778.6 bits: 709.7 E(85289): 9.9e-204
Smith-Waterman score: 4477; 100.0% identity (100.0% similar) in 691 aa overlap (19-709:2-692)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 TSKLLKEYEKQRFPLGGDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TSKLLKEYEKQRFPLGGDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 RDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMMH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMMH
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 YFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREM
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDRQ
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 FYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAESK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAESK
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 KDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSRP
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 PTARTSSSGSLGSESTNLAALSLDSLVAPDTPIQFDIISPVCEDQPGQAKAFGQGGRRTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTARTSSSGSLGSESTNLAALSLDSLVAPDTPIQFDIISPVCEDQPGQAKAFGQGGRRTN
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHNIFRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHNIFRM
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 TESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSESNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSESNLS
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 SVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQKQIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQKQIE
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700
pF1KA1 KDLEEQSRLIAASSRPNQASSEGQFVVLSSSQSEESDLGEGGKKRESEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KDLEEQSRLIAASSRPNQASSEGQFVVLSSSQSEESDLGEGGKKRESEA
650 660 670 680 690
>>NP_060641 (OMIM: 606231) DCC-interacting protein 13-be (664 aa)
initn: 2176 init1: 1606 opt: 2177 Z-score: 1842.3 bits: 351.3 E(85289): 7.1e-96
Smith-Waterman score: 2262; 55.0% identity (80.8% similar) in 629 aa overlap (1-625:1-615)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
::..::: .::.:.:::::::::.:::::: ....: ::: :::.:.: ::::. ::.
NP_060 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KA1 TSKLLKEYEKQRFPLG-GDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFK
:: : :::: : :: ::.::.: ::. ::::.:::. :. :. ::::.:..:: ::.
NP_060 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVIS-TLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFR
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 ERDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMM
:.:: :. :::..: .:::.:: .. .:::: ::.::.::: :: ..: ..:.::: . .
NP_060 EKDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 HYFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRRE
.:.::::.:::.:..:..::..:. ..::.::: :.: ...... ::.... ::... :
NP_060 QYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 MDSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDR
.... : :. . ..: ... .:.:: : . .:::: .:::::: :::::::..::.:
NP_060 LEAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWER
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 QFYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAES
..:::::::: : :: ::::: .:.::::::::::::::::::::. .::.. ::::::
NP_060 LYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 KKDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSR
.:..:::::.:::::.::::..::: .: ..::.::.:::: :: ...:: :. :.
NP_060 RKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPS--QNL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 PPTARTSSSGSLGSESTNLAALS-LDSLVAPDTPIQFDIISPVCE--DQPGQAKAFGQGG
. . . .. ..: :.: . :.:: :::::::. :. : :: ..:.
NP_060 KNSEMENENDKIVPKAT--ASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQ-------NRGS
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 RRTNPFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHN
::::::::. . :.:::.:.:.::::::::: ::.:. .:.::.:::.::::::::
NP_060 RRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHN
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.::. ::::::.:::::: ...:.:.:
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pF1KA1 HYFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRRE
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XP_016 QYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVE
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XP_016 RRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHN
470 480 490 500 510 520
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pF1KA1 IFRMTESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSE
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pF1KA1 TSKLLKEYEKQRFPLG-GDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFK
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XP_006 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVIS-TLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFR
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pF1KA1 ERDLKEILTLKEVFQIASND------HDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKK
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XP_006 EKDLTEVSTLKDLFGLASNDVCLFLEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRK
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60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Sat Nov 5 19:07:26 2016 done: Sat Nov 5 19:07:27 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]