Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1398
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1398, 1560 aa
1>>>pF1KA1398 1560 - 1560 aa - 1560 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.9902+/-0.00151; mu= -9.1050+/- 0.090
mean_var=545.1886+/-111.876, 0's: 0 Z-trim(109.7): 179 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.054929
statistics sampled from 10964 (11102) to 10964 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.341), width: 16
Scan time: 5.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13128.1 RRBP1 gene_id:6238|Hs108|chr20 ( 977) 4956 409.3 3e-113
CCDS41957.1 KTN1 gene_id:3895|Hs108|chr14 (1357) 851 84.1 3.2e-15
CCDS41959.1 KTN1 gene_id:3895|Hs108|chr14 (1306) 792 79.4 8.1e-14
>>CCDS13128.1 RRBP1 gene_id:6238|Hs108|chr20 (977 aa)
initn: 5860 init1: 4769 opt: 4956 Z-score: 2146.5 bits: 409.3 E(32554): 3e-113
Smith-Waterman score: 4963; 87.9% identity (91.4% similar) in 944 aa overlap (643-1560:40-977)
620 630 640 650 660 670
pF1KA1 EGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGQKGEGAQNQGKKT
:. :: : : :... :: : ...
CCDS13 GVVVFGGFMVVSAIGIFLVSTFSMKETSYEEALANQRK--EMAKTHHQKVEKKKKEKTVE
10 20 30 40 50 60
680 690 700 710
pF1KA1 EGAQGKKAERSPNQGKKGEGAPI--------QGKKADSVANQGTKVEGI----------T
. .. :: :..:: :: . : . .: .:: : :. .
CCDS13 KKGKTKKKEEKPN-GKIPDHDPAPNVTVLLREPVRAPAVAVAPTPVQPPIIVAPVATVPA
70 80 90 100 110 120
720 730 740 750 760
pF1KA1 NQGKKAEGSPSEGKKAEGSPNQGKKADAAA--------NQGKKTESASVQGRNTDVAQSP
.: .::.. :: : . . . : ... ... :.: .::::::::::
CCDS13 MPQEKLASSPKDKKKKEKKVAKVEPAVSSVVNSIQVLTSKAAILETAPKEGRNTDVAQSP
130 140 150 160 170 180
770 780 790 800 810 820
pF1KA1 EAPKQEAPAKKKSGSKKKGEPGPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFNEGEAQRLIEILSE
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CCDS13 EAPKQEAPAKKKSGSKKK---GPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFNEGEAQRLIEILSE
190 200 210 220 230 240
830 840 850 860 870 880
pF1KA1 KAGIIQDTWHKATQKGDPVAILKRQLEEKEKLLATEQEDAAVAKSKLRELNKEMAAEKAK
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CCDS13 KAGIIQDTWHKATQKGDPVAILKRQLEEKEKLLATEQEDAAVAKSKLRELNKEMAAEKAK
250 260 270 280 290 300
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 AAAGEAKVKKQLVAREQEITAVQARMQASYREHVKEVQQLQGKIRTLQEQLENGPNTQLA
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CCDS13 AAAGEAKVKKQLVAREQEITAVQARMQASYREHVKEVQQLQGKIRTLQEQLENGPNTQLA
310 320 330 340 350 360
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 RLQQENSILRDALNQATSQVESKQNAELAKLRQELSKVSKELVEKSEAVRQDEQQRKALE
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CCDS13 RLQQENSILRDALNQATSQVESKQNAELAKLRQELSKVSKELVEKSEAVRQDEQQRKALE
370 380 390 400 410 420
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 AKAAAFEKQVLQLQASHRESEEALQKRLDEVSRELCHTQSSHASLRADAEKAQEQQQQMA
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CCDS13 AKAAAFEKQVLQLQASHRESEEALQKRLDEVSRELCHTQSSHASLRADAEKAQEQQQQMA
430 440 450 460 470 480
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 ELHSKLQSSEAEVRSKCEELSGLHGQLQEARAENSQLTERIRSIEALLEAGQARDAQDVQ
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CCDS13 ELHSKLQSSEAEVRSKCEELSGLHGQLQEARAENSQLTERIRSIEALLEAGQARDAQDVQ
490 500 510 520 530 540
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA1 ASQAEADQQQTRLKELESQVSGLEKEAIELREAVEQQKVKNNDLREKNWKAMEALATAEQ
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CCDS13 ASQAEADQQQTRLKELESQVSGLEKEAIELREAVEQQKVKNNDLREKNWKAMEALATAEQ
550 560 570 580 590 600
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KA1 ACKEKLHSLTQAKEESEKQLCLIEAQTMEALLALLPELSVLAQQNYTEWLQDLKEKGPTL
:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ACKEKLLSLTQAKEESEKQLCLIEAQTMEALLALLPELSVLAQQNYTEWLQDLKEKGPTL
610 620 630 640 650 660
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KA1 LKHPPAPAEPSSDLASKLREAEETQSTLQAECDQYRSILAETEGMLRDLQKSVEEEEQVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LKHPPAPAEPSSDLASKLREAEETQSTLQAECDQYRSILAETEGMLRDLQKSVEEEEQVW
670 680 690 700 710 720
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KA1 RAKVGAAEEELQKSRVTVKHLEEIVEKLKGELESSDQVREHTLHLEAELEKHMAAASAEC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS13 RAKVGAAEEELQKSRVTVKHLEEIVEKLKGELESSDQVREHTSHLEAELEKHMAAASAEC
730 740 750 760 770 780
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KA1 QNYAKEVAGLRQLLLESQSQLDAAKSEAQKQSDELALVRQQLSEMKSHVEDGDIAGAPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QNYAKEVAGLRQLLLESQSQLDAAKSEAQKQSDELALVRQQLSEMKSHVEDGDIAGAPAS
790 800 810 820 830 840
1430 1440 1450 1460 1470 1480
pF1KA1 SPEAPPAEQDPVQLKTQLEWTEAILEDEQTQRQKLTAEFEEAQTSACRLQEELEKLRTAG
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CCDS13 SPEAPPAEQDPVQLKTQLEWTEAILEDEQTQRQKLTAEFEEAQTSACRLQEELEKLRTAG
850 860 870 880 890 900
1490 1500 1510 1520 1530 1540
pF1KA1 PLESSETEEASQLKERLEKEKKLTSDLGRAATRLQELLKTTQEQLAREKDTVKKLQEQLE
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CCDS13 PLESSETEEASQLKERLEKEKKLTSDLGRAATRLQELLKTTQEQLAREKDTVKKLQEQLE
910 920 930 940 950 960
1550 1560
pF1KA1 KAEDGSSSKEGTSV
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CCDS13 KAEDGSSSKEGTSV
970
>>CCDS41957.1 KTN1 gene_id:3895|Hs108|chr14 (1357 aa)
initn: 1180 init1: 272 opt: 851 Z-score: 386.6 bits: 84.1 E(32554): 3.2e-15
Smith-Waterman score: 968; 24.5% identity (55.5% similar) in 1558 aa overlap (1-1542:1-1357)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MDIYDTQTLGVVVFGGFMVVSAIGIFLVSTFSMKETSYEEALANQRKEMAKTHHQKVEKK
:..:.. . :.. . .:... ::: . :::: :.:.::.:..:. : :..::
CCDS41 MEFYESAYFIVLIPS--IVITV--IFLFFWLFMKETLYDEVLAKQKREQ-KLIPTKTDKK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 KKEKTVEKKGKTKKKEEKPNGKIPDHDPAPNVTVLLREPVRAPAVAVAPTPVQPPIIVAP
: :: : .::.: ::.. . : . .: :. . :.:: : : .:
CCDS41 KAEK------KKNKKKEIQNGNLHESD-SESVP---RDFKLSDALAVEDDQVAP----VP
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 VATVPAMPQEKLASSPKDKKKKEKKVAKVEPAVSSVVNSIQVLTSKAAILETAPKEVPMV
. .: . .:: ...::::: : .:.. : : :. ...:
CCDS41 LNVV------ETSSSVRERKKKEK---KQKPVLEEQV-----------IKESDASKIPGK
110 120 130 140
190 200 210 220 230
pF1KA1 VVPPVGA-KGNTPATGTTQGKKAEGTQNQSKKAEGAPNQGRKAEGTPNQGKKTEGTP-NQ
: :: . : :: . .. .:: : :.:. .:. .: .:.: .:. :. : .:
CCDS41 KVEPVPVTKQPTPPSEAAASKKKPG---QKKSKNGSDDQDKKVETLMVPSKRQEALPLHQ
150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 GKKAEGTPNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKVDTTPNQGKKVEGAPTQGRKAEGAQNQ
: :. ..::: .. .: . ... .. : .....:. .. .
CCDS41 ETKQES--GSGKKKASSKKQKTENVFVDEPLIHATTYIPLMDNADSSPVVDKREVIDLLK
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 AKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKGEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQ
.::: :..: : . : .: : . . : .... : . .
CCDS41 PDQVEGIQKSGTK------KLKTETDKENAEVKFKDFLLSLKTMMFSEDE---ALCVVDL
260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 GKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKK-AEGAQN
:. :. ... : . . . :.. : . ..... : ..... :. .. ..
CCDS41 LKEKSGVIQDALKKSSKGELTTLIHQLQEKDKLLAAVKED---AAATKDRCKQLTQEMMT
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 QGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQDKKAEGAQNQGR-KAEGAQNQGRKAEGAQ
. .... . .. : :. .. ... . . . : : : . . : ... :. :
CCDS41 EKERSNVVITRMKDRIGTLEKEHNVFQNKIHVSYQETQQMQMKFQQVREQMEAEIAHLKQ
370 380 390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 NQGKKAEGAPNQGKKAEGAPNQGKKAEGTPNQGKKAEGTPNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQ
..: ... : .. : . .... . . .. .. .. : . : :.:: :
CCDS41 ENGILRDAVSNTTNQLE-SKQSAELNKLRQDYARLVNELTEKTGKLQQEEVQKKNAEQAA
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 NQGKKAEGAQNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQ
.: : : ..:: .. : .:. .: . .. ... .. .:. : .:
CCDS41 TQLKV------QLQEAE------RRWEEVQSYIRKRTAEHEAAQQDLQSKFVAKENE-VQ
490 500 510 520 530
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 NQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQ
. .: . . .. : : . .:. :.. .: :. : : . ::.. ::. :
CCDS41 SLHSKLTDTLVSKQQLE--QRLMQLMESEQKRVNKEESLQMQVQDIL-EQNEALKAQIQQ
540 550 560 570 580
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 NQGQKGEGAQNQGKKTEGAQGKKAERSPNQGKKGEGAPIQGKKADSVANQGTKVEGITNQ
..: . ::.... : .. .: :. : . ... : .... ... : :.
CCDS41 FHSQIA--AQTSASVLAEELHKVIAEKDKQIKQTEDS--LASERDRLTSKEEELKDIQNM
590 600 610 620 630 640
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 GKKAEGSPSEGKKAEGSPNQGKKADAAANQGKKTESASVQGRNTDVAQSPEAPKQEAPAK
. . .: .: .. :. :::.. .: .. :: .. . : ..:
CCDS41 NFLLK---AEVQKLQALANEQA---AAAHELEKMQQ-SVYVKDDKIRLLEEQLQHEI---
650 660 670 680 690
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 KKSGSKKKGEPGPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFNEGEAQRLIEILSEKAG--IIQDT
:.: : .: : . .. ..:.:.: ..::. . ....
CCDS41 ----SNKMEE-------------FKILNDQNKAL---KSEVQKLQTLVSEQPNKDVVEQM
700 710 720 730
840 850 860 870 880
pF1KA1 WHKATQKGDPVAILKRQLEEKEKLLATEQEDAAVAKSKLRELNKEMAAEKAKA------A
. .: . . ... :: .::..:. . ... :.::. ::: :
CCDS41 EKCIQEKDEKLKTVEELLETGLIQVATKEEELNAIRTENSSLTKEVQDLKAKQNDQVSFA
740 750 760 770 780 790
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 AGEAKVKKQLVAREQEITAVQARMQA---SYREHVKEVQQLQGKIRTLQEQLENGPNTQL
. ..:: . .. .: .:. ..: . .. : ::.:. .:..:.:.. : :.::
CCDS41 SLVEELKKVIHEKDGKIKSVEELLEAELLKVANKEKTVQDLKQEIKALKEEI--G-NVQL
800 810 820 830 840 850
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 ARLQQENSILRDALNQATSQVESKQNAELAKLRQELSKVSKELVEKSEAVRQDEQQRKAL
. :: :: ::.:. :: : : ..: .. : ..:..: : :
CCDS41 EKAQQL-SI--------TSKVQELQN--LLKGKEEQMNTMKAVLEEKE---------KDL
860 870 880 890
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 EAKAAAFEKQVLQLQASHRESEEALQKRLDEVSRELCHTQSSHASLRADAEKAQEQQQQM
: : . .:: : .:.:. ...::... . :: : . .: . .
CCDS41 ----ANTGKWLQDLQ----EENESLKAHVQEVAQHNLKEASS-------ASQFEELEIVL
900 910 920 930
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 AELHSKLQSSEAEVRSKCEELSGLHGQLQEARAENSQLTERIRSIEALLEAGQARDAQDV
: ...:. :: .. . .::. ::... ::. . .:. : .. .
CCDS41 KEKENELKRLEAMLKERESDLSSKTQLLQDVQDENKLFKSQIE---------QLKQQNYQ
940 950 960 970 980
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA1 QASQAEADQQQTR-LKELESQVSGLEKEAIELREAVEQQKVKNNDLREKNWKAMEALATA
:::. .. . ..: :...::: .: :..:::.:. ::::::::::.::::::..
CCDS41 QASSFPPHEELLKVISEREKEISGLWNELDSLKDAVEHQRKKNNDLREKNWEAMEALAST
990 1000 1010 1020 1030 1040
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KA1 EQACKEKLHSLTQAKEESEKQLCLIEAQTMEALLALLPELSVLAQQNYTEWLQDLKEKGP
:. ..:.. ....: ..:. .: .. :.: :.:..:: .. .: :::. ...:.
CCDS41 EKMLQDKVN---KTSKERQQQVEAVELEAKEVLKKLFPKVSVPSNLSYGEWLHGFEKKAK
1050 1060 1070 1080 1090 1100
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KA1 TLLKHPPAPAEPSSDLASKLREAEETQSTLQAECDQYRSILAETEGMLRDLQKSVEEEEQ
. . .: . : ::.::.: .. :: ::..:.:.::::::.:. ::.:::.::.
CCDS41 ECMAGTSG-SEEVKVLEHKLKEADEMHTLLQLECEKYKSVLAETEGILQKLQRSVEQEEN
1110 1120 1130 1140 1150 1160
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KA1 VWRAKVGAAEEELQKSRVTVKHLEEIVEKLKGELESSDQVREHTLHLEAELEKHMAAASA
:..:: ... ... . . :. .:.:..: .. ...:.. ::: :::: :
CCDS41 KWKVKVDESHKTIKQMQSSFTSSEQELERLRSENKDIENLRREREHLEMELEK----AEM
1170 1180 1190 1200 1210
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KA1 ECQNYAKEVAGLRQLLLESQSQLDAAKSEAQKQSDELALVRQQLSEMKSHVEDGDIAGAP
: ..:. :: :..:: : :..:: . ::: .:..:: :.. ::.: .
CCDS41 ERSTYVTEVRELKDLLTELQKKLDDSYSEAVRQNEELNLLKAQLNETLT-----------
1220 1230 1240 1250 1260
1430 1440 1450 1460 1470 1480
pF1KA1 ASSPEAPPAEQDPVQLKTQLEWTEAILEDEQTQRQKLTAEFEEAQTSACRLQEELEKLRT
.:.: ::..:::.......:: : .: .. ...
CCDS41 --------------KLRT-----------EQNERQKVAGDLHKAQQSLELIQSKI--VKA
1270 1280 1290 1300
1490 1500 1510 1520 1530 1540
pF1KA1 AGPLESSETEEASQLKERLEKEKKLTSDLGRAATRLQELLKTTQEQLAREKDTVKKLQEQ
:: :. ..: : ::: .. .:....:.::.::.....::..::. . :.
CCDS41 AGDTTVIENSDVSPETESSEKET-MSVSLNQTVTQLQQLLQAVNQQLTKEKEHYQVLE
1310 1320 1330 1340 1350
1550 1560
pF1KA1 LEKAEDGSSSKEGTSV
>>CCDS41959.1 KTN1 gene_id:3895|Hs108|chr14 (1306 aa)
initn: 1065 init1: 273 opt: 792 Z-score: 361.6 bits: 79.4 E(32554): 8.1e-14
Smith-Waterman score: 860; 25.6% identity (60.3% similar) in 1056 aa overlap (566-1549:41-1046)
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 QNQGKKAEGAQNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGA
:.. .: .... :::: .:. :. ...
CCDS41 VLIPSIVITVIFLFFWLFMKETLYDEVLAKQKREQKLIPTKTDKKKAEKKKNKKKEIQNG
20 30 40 50 60 70
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 QNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGA
. . . .:.. . : ... . .: . . .. .. . :: : : :
CCDS41 NLHESDSESVPRDFKLSDALAVEDDQVAPVPLNVVETSSSVRERKKKEKKQ----KPVLE
80 90 100 110 120
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 QNQGQKGEGAQNQGKKTEGAQGKKAERSPNQGKKGEGAPIQGKKADSVANQGTKVEGITN
.. ....... :::.: . : :... .. : : :. .. .: ::: .
CCDS41 EQVIKESDASKIPGKKVEPVPVTKQPTPPSEAAASKKKPGQKKSKNGSDDQDKKVETLMV
130 140 150 160 170 180
720 730 740 750 760
pF1KA1 QGKKAEGSP--SEGKKAEGSPNQGKKADAAANQGKKTES---------ASVQGRNTDVAQ
.:. :. : .: :. :: ::: :... .:::. :.. : :.
CCDS41 PSKRQEALPLHQETKQESGS---GKK--KASSKKQKTENVFVDEPLIHATTYIPLMDNAD
190 200 210 220 230 240
770 780 790 800 810
pF1KA1 S-PEAPKQEA-----PAK----KKSGSKK-KGEPGPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFN
: : . :.:. : . .:::.:: : : .:. . .: .. .. .:.:.
CCDS41 SSPVVDKREVIDLLKPDQVEGIQKSGTKKLKTETDKENAE----VKFKDFLLSLKTMMFS
250 260 270 280 290
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 EGEAQRLIEILSEKAGIIQDTWHKATQKGDPVAILKRQLEEKEKLLATEQEDAAVAKSKL
: :: ....:.::.:.:::. .:.. ::. .. : .::.::.::::. .::::..:..
CCDS41 EDEALCVVDLLKEKSGVIQDALKKSS-KGE-LTTLIHQLQEKDKLLAAVKEDAAATKDRC
300 310 320 330 340 350
880 890 900 910 920 930
pF1KA1 RELNKEMAAEKAKAAAGEAKVKKQLVAREQEITAVQARMQASYREHVKEVQQLQGKIRTL
..:..:: .:: .. . ...: .. . :.: .. : ....:: .:.::.: :.. .
CCDS41 KQLTQEMMTEKERSNVVITRMKDRIGTLEKEHNVFQNKIHVSY----QETQQMQMKFQQV
360 370 380 390 400 410
940 950 960 970 980 990
pF1KA1 QEQLENGPNTQLARLQQENSILRDALNQATSQVESKQNAELAKLRQELSKVSKELVEKSE
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