Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1145
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1145, 446 aa
1>>>pF1KA1145 446 - 446 aa - 446 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9233+/-0.00114; mu= 6.3477+/- 0.068
mean_var=157.1365+/-31.523, 0's: 0 Z-trim(106.9): 22 B-trim: 11 in 1/51
Lambda= 0.102314
statistics sampled from 9250 (9261) to 9250 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.64), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16
Scan time: 2.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS73506.1 TMCC3 gene_id:57458|Hs108|chr12 ( 446) 2871 436.0 3.8e-122
CCDS31877.1 TMCC3 gene_id:57458|Hs108|chr12 ( 477) 2871 436.0 4e-122
CCDS73010.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 469) 1555 241.7 1.2e-63
CCDS76257.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 484) 1555 241.7 1.2e-63
CCDS81418.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 514) 1555 241.7 1.3e-63
CCDS55676.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 631) 1555 241.8 1.5e-63
CCDS30984.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 709) 1555 241.8 1.6e-63
CCDS33855.1 TMCC1 gene_id:23023|Hs108|chr3 ( 653) 1239 195.2 1.7e-49
>>CCDS73506.1 TMCC3 gene_id:57458|Hs108|chr12 (446 aa)
initn: 2871 init1: 2871 opt: 2871 Z-score: 2306.5 bits: 436.0 E(32554): 3.8e-122
Smith-Waterman score: 2871; 100.0% identity (100.0% similar) in 446 aa overlap (1-446:1-446)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 NVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 SKDISKDHLKDIHRSLKDAHVKSRTAPHCMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SKDISKDHLKDIHRSLKDAHVKSRTAPHCMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 NKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 SFGAGGASTLDSQGKLAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SFGAGGASTLDSQGKLAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 RYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 LHQQEQQALQTDTVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LHQQEQQALQTDTVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFF
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KA1 AVTLLAIFCKNWDHILCAIERMIIPR
::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AVTLLAIFCKNWDHILCAIERMIIPR
430 440
>>CCDS31877.1 TMCC3 gene_id:57458|Hs108|chr12 (477 aa)
initn: 2871 init1: 2871 opt: 2871 Z-score: 2306.1 bits: 436.0 E(32554): 4e-122
Smith-Waterman score: 2871; 100.0% identity (100.0% similar) in 446 aa overlap (1-446:32-477)
10 20 30
pF1KA1 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PGSDTALTVDRTYSYPGRHHRCKSRVERHDMNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDF
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 HKVKLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HKVKLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 SAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVKSRTAPHCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVKSRTAPHCM
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 ESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 SATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGASTLDSQGKLAVILEELREIKDTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGASTLDSQGKLAVILEELREIKDTQ
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 AQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASI
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 EEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDTVNAKVLLGRCINVILAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDTVNAKVLLGRCINVILAF
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440
pF1KA1 MTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMIIPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMIIPR
430 440 450 460 470
>>CCDS73010.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (469 aa)
initn: 1549 init1: 516 opt: 1555 Z-score: 1256.3 bits: 241.7 E(32554): 1.2e-63
Smith-Waterman score: 1562; 56.2% identity (81.8% similar) in 457 aa overlap (4-445:18-468)
10 20 30 40
pF1KA1 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILK
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CCDS73 MKSKEEETAVDKGDLVALSLPAG--HGDTDGPISLDVPDGAPDPQRTKAAIDHLHQKILK
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 VTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYH
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CCDS73 ITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQTIAQLHKKLEHYR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KA1 RKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKD--AHVK---SRTAPHCMESSKSGMPGVS
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CCDS73 RRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLSGLS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KA1 LTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYG
. . : .: ::::.::::::::::::::::. ::. :: .::: .::::.:..::::
CCDS73 QATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLVSSPKYG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KA1 SDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGA-------STLDSQGKLAVILEELREIKDTQAQLA
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CCDS73 SDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKEGQSHLE
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 EDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKV
...: ::.:..:.: ...: ::::::::::::.::.:::.:::.: .::::::::.::::
CCDS73 DSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELASMEEKV
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 AYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDTV---NAKVLLGRCINVILAFM
:::.:::.::::::.::: ::..::::.::.::..: . : ::..:::. ::::::.:
CCDS73 AYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEGVENANARALLGKFINVILALM
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KA1 TVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMIIPR
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CCDS73 AVLLVFVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLPS
420 430 440 450 460
>>CCDS76257.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (484 aa)
initn: 1549 init1: 516 opt: 1555 Z-score: 1256.1 bits: 241.7 E(32554): 1.2e-63
Smith-Waterman score: 1562; 56.2% identity (81.8% similar) in 457 aa overlap (4-445:33-483)
10 20 30
pF1KA1 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKV
:::: . .: .: ...::::: : ...
CCDS76 QVVQPLMSRHSACRGSQAHLSWVDKGDLVALSLPAG--HGDTDGPISLDVPDGAPDPQRT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 KLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAH
: . : :.:::::.:::::::: .:: ::::::::.:::::::..::::::::::::::.
CCDS76 KAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KA1 SIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKD--AHVK---SRTAPH
.::::.::::.:.:.:.:::::: ::. ::. :.:....::: :.:. : .
CCDS76 TIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGG
130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 CMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAY
.:. :... :.: . . : .: ::::.::::::::::::::::. ::. :: .:::
CCDS76 VVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARAL
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 GGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGA-------STLDSQGKLAVILE
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CCDS76 SGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLE
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 ELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETA
::::::. :..: ...: ::.:..:.: ...: ::::::::::::.::.:::.:::.: .
CCDS76 ELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMT
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KA1 NLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDTV---NAKV
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CCDS76 NLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEGVENANARA
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 LLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCA
:::. ::::::.:.:.:: :::::.:..:.::.: .: .: . : .: .. :.:: .
CCDS76 LLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYL
420 430 440 450 460 470
440
pF1KA1 IERMIIPR
.:....:
CCDS76 LEHVLLPS
480
>>CCDS81418.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (514 aa)
initn: 1549 init1: 516 opt: 1555 Z-score: 1255.8 bits: 241.7 E(32554): 1.3e-63
Smith-Waterman score: 1562; 56.2% identity (81.8% similar) in 457 aa overlap (4-445:63-513)
10 20 30
pF1KA1 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKV
:::: . .: .: ...::::: : ...
CCDS81 SWGLRAPGTSSPARLRETVPTQVDKGDLVALSLPAG--HGDTDGPISLDVPDGAPDPQRT
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 KLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAH
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CCDS81 KAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQ
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140
pF1KA1 SIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKD--AHVK---SRTAPH
.::::.::::.:.:.:.:::::: ::. ::. :.:....::: :.:. : .
CCDS81 TIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGG
160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 CMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAY
.:. :... :.: . . : .: ::::.::::::::::::::::. ::. :: .:::
CCDS81 VVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARAL
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 GGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGA-------STLDSQGKLAVILE
.::::.:..:::::::::::....:: ...:.. : ::: . . :.: ..::
CCDS81 SGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLE
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 ELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETA
::::::. :..: ...: ::.:..:.: ...: ::::::::::::.::.:::.:::.: .
CCDS81 ELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMT
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370
pF1KA1 NLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDTV---NAKV
::::::::.:::::::.:::.::::::.::: ::..::::.::.::..: . : ::..
CCDS81 NLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEGVENANARA
390 400 410 420 430 440
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 LLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCA
:::. ::::::.:.:.:: :::::.:..:.::.: .: .: . : .: .. :.:: .
CCDS81 LLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYL
450 460 470 480 490 500
440
pF1KA1 IERMIIPR
.:....:
CCDS81 LEHVLLPS
510
>>CCDS55676.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (631 aa)
initn: 1522 init1: 516 opt: 1555 Z-score: 1254.5 bits: 241.8 E(32554): 1.5e-63
Smith-Waterman score: 1562; 56.2% identity (81.8% similar) in 457 aa overlap (4-445:180-630)
10 20 30
pF1KA1 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKV
:::: . .: .: ...::::: : ...
CCDS55 LLLADGSNVYLLAEEAEGIGDKVDKGDLVALSLPAG--HGDTDGPISLDVPDGAPDPQRT
150 160 170 180 190 200
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 KLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAH
: . : :.:::::.:::::::: .:: ::::::::.:::::::..::::::::::::::.
CCDS55 KAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQ
210 220 230 240 250 260
100 110 120 130 140
pF1KA1 SIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKD--AHVK---SRTAPH
.::::.::::.:.:.:.:::::: ::. ::. :.:....::: :.:. : .
CCDS55 TIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGG
270 280 290 300 310 320
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 CMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAY
.:. :... :.: . . : .: ::::.::::::::::::::::. ::. :: .:::
CCDS55 VVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARAL
330 340 350 360 370 380
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 GGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGA-------STLDSQGKLAVILE
.::::.:..:::::::::::....:: ...:.. : ::: . . :.: ..::
CCDS55 SGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLE
390 400 410 420 430 440
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 ELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETA
::::::. :..: ...: ::.:..:.: ...: ::::::::::::.::.:::.:::.: .
CCDS55 ELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMT
450 460 470 480 490 500
330 340 350 360 370
pF1KA1 NLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDTV---NAKV
::::::::.:::::::.:::.::::::.::: ::..::::.::.::..: . : ::..
CCDS55 NLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEGVENANARA
510 520 530 540 550 560
380 390 400 410 420 430
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.:....:
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pF1KA1 IERMIIPR
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CCDS30 LEHVLLPS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]