Result of FASTA (omim) for
pF1KA1141
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1141, 871 aa
1>>>pF1KA1141 871 - 871 aa - 871 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6972+/-0.000664; mu= 16.6308+/- 0.041
mean_var=271.3601+/-54.847, 0's: 0 Z-trim(114.3): 2066 B-trim: 117 in 1/51
Lambda= 0.077858
statistics sampled from 21792 (24094) to 21792 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 8.820
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 1863 224.7 2e-57
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NP_001308284 (OMIM: 611024) zinc finger protein 66 ( 553) 1505 184.0 1.7e-45
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NP_001308285 (OMIM: 611024) zinc finger protein 66 ( 610) 1505 184.0 1.8e-45
NP_071386 (OMIM: 611024) zinc finger protein 667 i ( 610) 1505 184.0 1.8e-45
XP_011525511 (OMIM: 611024) PREDICTED: zinc finger ( 610) 1505 184.0 1.8e-45
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1456 178.9 1.1e-43
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1456 178.9 1.1e-43
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1456 178.9 1.1e-43
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1456 178.9 1.1e-43
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1456 178.9 1.1e-43
NP_037512 (OMIM: 603994) zinc finger protein 112 i ( 907) 1426 175.4 1e-42
NP_001076804 (OMIM: 603994) zinc finger protein 11 ( 913) 1426 175.4 1e-42
XP_006716719 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 590) 1396 171.8 8.6e-42
XP_006716717 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 590) 1396 171.8 8.6e-42
NP_001269726 (OMIM: 194531) zinc finger protein 7 ( 590) 1396 171.8 8.6e-42
XP_011515599 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 590) 1396 171.8 8.6e-42
XP_011515598 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 685) 1396 171.9 9.3e-42
XP_011515597 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 685) 1396 171.9 9.3e-42
XP_011515596 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1396 171.9 9.3e-42
NP_003407 (OMIM: 194531) zinc finger protein 7 iso ( 686) 1396 171.9 9.3e-42
XP_011515595 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1396 171.9 9.3e-42
NP_001269724 (OMIM: 194531) zinc finger protein 7 ( 697) 1396 171.9 9.4e-42
XP_011515594 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 697) 1396 171.9 9.4e-42
XP_016869302 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 702) 1396 171.9 9.4e-42
XP_011515593 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 703) 1396 171.9 9.4e-42
XP_016869304 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 706) 1396 171.9 9.5e-42
XP_016869303 (OMIM: 194531) PREDICTED: zinc finger ( 707) 1396 171.9 9.5e-42
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1347 166.3 4.2e-40
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1347 166.3 4.2e-40
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1347 166.3 4.2e-40
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1347 166.4 4.2e-40
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1347 166.4 4.2e-40
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1347 166.4 4.4e-40
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1337 165.3 9.4e-40
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 1311 162.4 7.5e-39
NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1306 161.7 1e-38
NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1306 161.7 1e-38
NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1306 161.7 1e-38
NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1306 161.7 1e-38
NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1306 161.7 1e-38
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1306 161.7 1e-38
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 1306 161.8 1.1e-38
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1300 161.0 1.6e-38
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1300 161.0 1.6e-38
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1300 161.0 1.6e-38
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1300 161.1 1.6e-38
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1300 161.1 1.6e-38
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1300 161.1 1.6e-38
>>XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger pro (1168 aa)
initn: 2773 init1: 946 opt: 1863 Z-score: 1152.0 bits: 224.7 E(85289): 2e-57
Smith-Waterman score: 2153; 38.1% identity (62.9% similar) in 932 aa overlap (6-868:4-915)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MAEEFVTLKDVGMDFTLGDWEQLGLEQGDTFWDTALDNCQDLFLLDPP--RPNLTSHPDG
.:..::...:.: .:. : : . . .. :.: ..: .: .:.: .
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10 20 30 40 50
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pF1KA1 SEDLEPLAGGSPEATSPDVTETKNSPLM-EDFFEEGFSQEIIEMLSKDGFWN-------S
... . :: . . : :. .:..:.. :.. : : : .
XP_016 GKESWNMKRHEMVEESPVICSHFAQDLWPEQGIEDSFQKVILRRYEKCGHENLHLKIGYT
60 70 80 90 100 110
120 130 140
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: : .. ..: : .: . : : .:.. .::
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150 160 170 180 190
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pF1KA1 S-YSDHSQQDSVQEGEKPYQCSECGKSFSGSYRLTQHWITHTREKPTVHQECEQGFDRNA
: .: ... .. ::: :.: ::::.:. : ::.: : :: :::. .:: ..:.. .
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260 270 280 290 300
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.:... :.: : : :.: : .::. :: . :. :.:::: : .. . :. . .
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: .:..:::.::::.: :: .... .. : :.:.:::. ::.:.:::. : .. :
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540 550 560 570 580 590
pF1KA1 HESVHAREKQGFFVSGKILDQNPEQKEKCFKCNKCEKTFSCSKYLTQHERIHTRGMKPFE
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pF1KA1 CDQCGKAFGQSTRLIHHQRIHSRVRLYKWGEQGKAISSASLI-KLQSFHTKEHPFKCNEC
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: ..:: : :.:..: :.: : :..:. .:. ..
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>--
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pF1KA1 CHESVHAREKQGFFVSGKILDQNPEQKEKCFKCNKCEKTFSCSKYLTQHERIHTRGMKPF
.::..: :.:: . ...:.. :. : : .
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pF1KA1 ECDQCGKAFGQSTRLIHHQRIHSRVRLYKWGEQGKAISSASLI-KLQSFHTKEHPFKCNE
.:. ::::. .:. : .:..::.. . ::. : ::..:. :.. : . .:: :.:.::.:
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:::.:. :..: .:. ::.::.:.:: .::..:. . :..:. ::: .:: :.::::.
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: : :..:. :.::.:: :. :::::. :..:..:.::::::::: :.::::.:.
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: :. :. .:::::::.: ::::::. . ...:..::::::
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>>NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 isofo (1280 aa)
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pF1KA1 SEDLEPLAGGSPEATSPDVTETKNSPLM-EDFFEEGFSQEIIEMLSKDGFWN-------S
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pF1KA1 HLMRHQAIHTAEKPYSCAECKETFSDNNRLVQHQKMHTVKTPYECQECGERFICGSTLKC
: .:..:::.::::.: :: .... .. : :.:.:::. ::.:.:::. : .. :
NP_009 ILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWSSTLSYHKKIHTVEKPYKCEECGKAFNQSAILIK
540 550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 HESVHAREKQGFFVSGKILDQNPEQKEKCFKCNKCEKTFSCSKYLTQHERIHTRGMKPFE
:. .:. :: : .::..: :::: . :: :. ::. : ::..
NP_009 HKRIHTGEK-------------P------YKCEECGKTFSKVSTLTTHKAIHA-GEKPYK
600 610 620 630
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 CDQCGKAFGQSTRLIHHQRIHSRVRLYKWGEQGKAISSASLI-KLQSFHTKEHPFKCNEC
: .:::.: . . : :. ::. . :: : :::.:. :.. : . .:: :.:.::.::
NP_009 CKECGKTFIKVSTLTTHKAIHAGEKPYKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKCEEC
640 650 660 670 680 690
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 GKTFSHSAHLSKHQLIHAGENPFKCSKCDRVFTQRNYLVQHERTHARKKPLVCNECGKTF
::.:. :..: .:. ::.::.:.:: .: . :. . :..:. :. .:: :.::::..
NP_009 GKAFNWSSNLMEHKRIHTGEKPYKCEECGKSFSTFSVLTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAY
700 710 720 730 740 750
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 RQSSCLSKHQRIHSGEKPYVCDYCGKAFGLSAELVRHQRIHTGEKPYVCQECGKAFTQSS
. :: :: :..::. :::: :. :::::. :: :..:.:::: :::: :.::::.:.. :
NP_009 KWSSTLSYHKKIHTVEKPYKCEECGKAFNRSAILIKHKRIHTDEKPYKCEECGKTFSKVS
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780 790 800 810 820 830
pF1KA1 CLSIHRRVHTGEKPYRCGECGKAFAQKANLTQHQRIHTGEKPYSCNVCGKAFVLSAHLNQ
:. :. .:.:::::.: ::::::.. . ::.:. ::::::::.:. ::::. . :.
NP_009 TLTTHKAIHAGEKPYKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWPSTLSY
820 830 840 850 860 870
840 850 860 870
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: ..:: : :.:..: :.: : :..:. .:. ..
NP_009 HKKIHTGEKPYKCEECGKGFSMFSILTKHEVIHTGEKPYKCEECGKAFSWLSVFSKHKKT
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>--
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::::.: ::.: :... :...:.::: :
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:: ::::.. . :. :..::: .:.: .:: ..:: : : .:..:::.::::.: :
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: ..:. .. :..:.:.:: .:::.:.:: . : :.: :...:: ::
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: .::..: :.:: . ::.:. :. : .:..:..:::::. :. :..:.:
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:: : :.:.::.::::.:: . :.::..::.::
NP_009 IH---------------------------TGEKPYKCEECGKSFSTFSILTKHKVIHTGE
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.:.:: .: ... . : :.. :. .:: :.:::: : . : :.::. ::.::: :
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pF1KA1 CDYCGKAFGLSAELVRHQRIHTGEKPYVCQECGKAFTQSSCLSIHRRVHTGEKPYRCGEC
:. ::::. . : :..:::::::: :.::::::. : :. :. .:::::::.: ::
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pF1KA1 GKAFAQKANLTQHQRIHTGEKPYSCNVCGKAFVLSAHLNQHLRVHTQETLYQCQRCQKAF
::::. . ...:..::::::
NP_009 GKAFSWLSVFSKHKKIHTGEKL
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pF1KA1 CQATFNLRKHLIQHQKTHAAKTTSECQECGKIFRHSSLLIEHQALHAGEEPYKCNERGKS
: : . :.. .: :..: .:..::: : .: : :: .:.::.:..:.. :.
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pF1KA1 FRHNSTLKIHQRVHSGEKPYKCSECGKAFHRHTHLNEHRRIHTGYRPHKCQECVRSFSRP
::. :.. .:::.:::.: ..:..::..:...: : : ::: : .. .: ...:.
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. . :: ::.. . .: .: ..:.. . :. :.:.:. : .. ..::. : :..
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pF1KA1 CHESVHAREKQGFFVSGKILDQNPEQK----EKCFKCNKCEKTFSCSKYLTQHERIHTRG
:. .:: :: . ..: :.:. .:. :. ::: :: : :. . : :.:::: .
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pF1KA1 MKPFECDQCGKAFGQSTRLIHHQRIHSRVRLYKWGEQGKAISS-ASLIKLQSFHTKEHP-
::..::.: : : . . :: : :::. .::. .. :. . .:::. :. :::..
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pF1KA1 FKCNECGKTFSHSAHLSKHQLIHAGENPFKCSKCDRVFTQRNYLVQHERTHARKKPLVCN
:.:.:::: :: .:.:. :: ::. :.::::.::..:: ....:..:.: :. .:: :.
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::::.: . :..:.:::. ..:: :: :::::. ::.:..:.:::::::::.:. :::
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NP_001 SSSLIRHQNTHSEEKA
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: :: .:.::.:..:.. :.::. :.. .:::.:::.: ..:..::..:...: :
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: ::: : .. .: ...:. . . :: ::.. . .: .: ..:.. . :. :.:.
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XP_011 HNGKKTHKYNKCGRGFKKKSVFVVHKRIHAGEK--IPENAKALSQSLQQRSHHLENPFKC
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:: : :. . : :.:::: . ::..::.: : : . . :: : :::. .::. ..
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:. . .:::. :. :::.. :.:.:::: :: .:.:. :: ::. :.::::.::..:
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: ....:..:.: :. .:: :.::::.: . :..:.:::. ..:: :: :::::. :
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pF1KA1 AELVRHQRIHTGEKPYVCQECGKAFTQSSCLSIHRRVHTGEKPYRCGECGKAFAQKANLT
:.:..:.:::::::::.:. :::::.: . : .:.: :::::::.:.::::::.. ..:
XP_011 AHLAQHERIHTGEKPYTCKTCGKAFSQRTSLILHERSHTGEKPYECNECGKAFSSGSDLI
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pF1KA1 QHQRIHTGEKPYSCNVCGKAFVLSAHLNQHLRVHTQETLYQCQRCQKAFRCHSSLSRHQR
.::: :..:::: :. ::::. :. : .: .:..:
XP_011 RHQRSHSSEKPYECSKCGKAYSRSSSLIRHQNTHSEEKA
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870
pF1KA1 VHNKQQYCL
>>NP_001308285 (OMIM: 611024) zinc finger protein 667 is (610 aa)
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. . . .. .:: ::: : : : . :.. .: :..: .:..::: : .:
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NP_001 HMRIHDG---KEILDCGKALSQCQSFNIHQKIHVVGNVCQCRKCGKAFNQMSSLLLHKKI
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pF1KA1 GKAISS-ASLIKLQSFHTKEHP-FKCNECGKTFSHSAHLSKHQLIHAGENPFKCSKCDRV
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NP_001 EKVCNRHSSLIQHQKVHTKKKKLFECKECGKMFSGTANLKIHQNIHSEEKPFKCNKCSKV
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NP_001 FGRQSFLIEHQRIHTGEKPYQCEECGKAFSHRISLTRHKRIHTEDRPYECDQCGKAFSQS
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pF1KA1 AELVRHQRIHTGEKPYVCQECGKAFTQSSCLSIHRRVHTGEKPYRCGECGKAFAQKANLT
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NP_001 AHLAQHERIHTGEKPYTCKTCGKAFSQRTSLILHERSHTGEKPYECNECGKAFSSGSDLI
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pF1KA1 QHQRIHTGEKPYSCNVCGKAFVLSAHLNQHLRVHTQETLYQCQRCQKAFRCHSSLSRHQR
.::: :..:::: :. ::::. :. : .: .:..:
NP_001 RHQRSHSSEKPYECSKCGKAYSRSSSLIRHQNTHSEEKA
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870
pF1KA1 VHNKQQYCL
>>NP_071386 (OMIM: 611024) zinc finger protein 667 isofo (610 aa)
initn: 2354 init1: 930 opt: 1505 Z-score: 937.3 bits: 184.0 E(85289): 1.8e-45
Smith-Waterman score: 1510; 41.1% identity (70.7% similar) in 547 aa overlap (300-839:77-608)
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 YGTTFSQSTYLWHQKTHTGEKPCKSQDSDHPPSHDTQPGEHQKTHTDSKSYN-CNECGKA
: . : .: .: . : ::. :..
NP_071 YRNLVSLGLSFRRPNVITLLEKGKAPWMVEPVRRRRAPDSGSKCETKKLPPNQCNKSGQS
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pF1KA1 FTRIFHLTRHQKIHTRKRYECSKCQATFNLRKHLIQHQKTHAAKTTSECQECGKIFRHSS
. . . .. .:: ::: : : : . :.. .: :..: .:..::: : .:
NP_071 ICQKL-VSAQQKAPTRK----SGC----NKNSVLVKPKKGHSGKKPLKCNDCGKTFSRSF
110 120 130 140 150
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pF1KA1 LLIEHQALHAGEEPYKCNERGKSFRHNSTLKIHQRVHSGEKPYKCSECGKAFHRHTHLNE
: :: .:.::.:..:.. :.::. :.. .:::.:::.: ..:..::..:...: :
NP_071 SLKLHQNIHTGEKPFECSNCRKAFRQISSILLHQRIHSGKKSHECNKCGESFNQRTTLIL
160 170 180 190 200 210
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pF1KA1 HRRIHTGYRPHKCQECVRSFSRPSHLMRHQAIHTAEKPYSCAECKETFSDNNRLVQHQKM
: ::: : .. .: ...:. . . :: ::.. . .: .: ..:.. . :. :.:.
NP_071 HMRIHDG---KEILDCGKALSQCQSFNIHQKIHVVGNVCQCRKCGKAFNQMSSLLLHKKI
220 230 240 250 260 270
510 520 530 540 550 560
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NP_071 HNGKKTHKYNKCGRGFKKKSVFVVHKRIHAGEK--IPENAKALSQSLQQRSHHLENPFKC
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pF1KA1 VHNKQQYCL
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XP_005 NSNLSKHLRIHTKEK-PCDNNGCGRSYKSPLIGHQKTDA-----EMELCGGSEYGKTSHL
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pF1KA1 IEHQALHAGEEPYKCNERGKSFRHNSTLKIHQRVHSGEKPYKCSECGKAFHRHTHLNEHR
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pF1KA1 GEKPYSCNVCGKAFVLSAHLNQHLRVHTQETLYQCQRCQKAFRCHSSLSRHQRVHNKQQY
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pF1KA1 CL
XP_005 YECNDCGKTFSQKSHLSAHQRIHTGEKPYECNECGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECD
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initn: 1193 init1: 358 opt: 397 Z-score: 262.4 bits: 60.0 E(85289): 7e-08
Smith-Waterman score: 413; 59.6% identity (81.9% similar) in 94 aa overlap (730-822:966-1059)
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 KPLVCNECGKTFRQSSCLSKHQRIHSGEKPYVCDYCGKAFGLSAELVRHQRIHTGEKPYV
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XP_005 KPYECNVCGKPFAHNSTLRVHQRIHTGEKSYECNDCGKTFSQKSHLSAHQRIHTGEKPYE
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pF1KA1 CQECGKAFTQSSCLSIHRRVHTGEKPYRCGECGKAFAQKANL-TQHQRIHTGEKPYSCNV
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XP_005 CNECGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECDECGKTFVRKAALRVHHTRMHTREKTLACNG
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pF1KA1 CGKAFVLSAHLNQHLRVHTQETLYQCQRCQKAFRCHSSLSRHQRVHNKQQYCL
::.
XP_005 FGKS
>>NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [Homo (1059 aa)
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160 170 180 190 200 210
pF1KA1 SPVSTVSTGEDSMVHNVSEKTLTPAKSKEYRGEFFSY-SDHSQQDSVQEGEKPYQCSECG
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NP_149 LNEYGTSCDKTTAVEYNKVHMAMTHYECNERGINFSRKSPLTQSQRTITGWSAFESNKCE
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pF1KA1 KSFSGSYRLTQHWITHTREKPTVHQECEQGFDRNASLSVYPKTHTGYKFYVCNEYGT---
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NP_149 ENFSQSSAHIVHQKTQAGDKFGEHNECTDALYQKLDFTAHQRIHTEDKFYLSDEHGKCRK
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pF1KA1 TFSQSTYL-WHQKTHTGEKPCKSQDSDHPPSHDTQPGEHQKTHTDSKSYNCNECGKAFTR
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NP_149 SFYRKAHLIQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQ
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