Result of FASTA (omim) for
pF1KA0972
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0972, 683 aa
1>>>pF1KA0972 683 - 683 aa - 683 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5449+/-0.000897; mu= 17.0511+/- 0.055
mean_var=368.2779+/-73.197, 0's: 0 Z-trim(109.8): 2121 B-trim: 50 in 1/56
Lambda= 0.066832
statistics sampled from 15671 (18021) to 15671 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.52), E-opt: 0.2 (0.211), width: 16
Scan time: 10.310
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_009078 (OMIM: 601139) zinc finger protein 175 [ ( 711) 1482 159.1 5.4e-38
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1371 148.7 1.1e-34
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1371 148.7 1.1e-34
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1371 148.7 1.1e-34
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1371 148.7 1.1e-34
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1371 148.7 1.1e-34
NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 1365 147.6 1.2e-34
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1366 147.8 1.2e-34
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1366 147.8 1.2e-34
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1366 147.8 1.2e-34
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1366 147.9 1.2e-34
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1366 147.9 1.2e-34
NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 1365 147.7 1.3e-34
XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 1365 147.7 1.3e-34
NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 1365 147.7 1.3e-34
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1366 147.9 1.3e-34
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 1356 147.3 3e-34
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 1356 147.4 3.2e-34
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1342 145.5 5.9e-34
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1342 145.5 5.9e-34
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1342 145.5 5.9e-34
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1342 145.5 6e-34
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1342 145.5 6e-34
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1342 145.5 6.1e-34
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1342 145.5 6.1e-34
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1342 145.5 6.1e-34
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1342 145.5 6.1e-34
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1342 145.5 6.1e-34
NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1341 145.4 6.5e-34
NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1341 145.4 6.5e-34
NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1341 145.4 6.5e-34
NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1341 145.4 6.5e-34
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1341 145.4 6.5e-34
NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1341 145.4 6.5e-34
NP_003399 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ho ( 630) 1340 145.3 6.8e-34
NP_001269447 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ( 631) 1340 145.3 6.8e-34
NP_001269444 (OMIM: 602951) zinc finger protein 37 ( 645) 1340 145.3 6.8e-34
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 1341 145.5 7e-34
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 1341 145.6 7e-34
NP_008887 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 659) 1331 144.4 1.3e-33
NP_057349 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 697) 1331 144.5 1.3e-33
NP_001007089 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 620) 1330 144.3 1.3e-33
NP_001171570 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 639) 1330 144.3 1.3e-33
NP_008893 (OMIM: 314993) zinc finger protein 182 i ( 639) 1330 144.3 1.3e-33
XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1326 143.5 1.3e-33
XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1326 143.5 1.3e-33
NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1326 143.5 1.3e-33
NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1326 143.5 1.3e-33
XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1326 143.5 1.3e-33
XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1326 143.5 1.3e-33
>>NP_009078 (OMIM: 601139) zinc finger protein 175 [Homo (711 aa)
initn: 1955 init1: 1194 opt: 1482 Z-score: 803.1 bits: 159.1 E(85289): 5.4e-38
Smith-Waterman score: 1564; 40.5% identity (65.5% similar) in 664 aa overlap (43-683:24-671)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 TLNTVGQLAEGGYPLRFSTLFQEQQKMNISQASVSFKDVTIEFTQEEWQQMAPVQKNLYR
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NP_009 MPADVNLSQKPQVLGPEKQDGSCEASVSFEDVTVDFSREEWQQLDPAQRCLYR
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KA0 DVMLENYSNLVSVGYCCFKPEVIFKLEQGEEPWFSEEEFSNQSHPKDYRGDDLIKQNKKI
::::: ::.: .::: .:::::.. . .:: : : :.: . : .. . :.:
NP_009 DVMLELYSHLFAVGYHIPNPEVIFRMLKEKEPRVEEAEVSHQRCQEREFGLEIPQ--KEI
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 KDKHLEQAICINNKTLTTEEEKVLGKPFTLHVAAVASTKMSCKCNSWEVNLQSISEFIIN
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NP_009 SKKASFQKDMVGEFTRDGSWCSILEE---LRLDA-DRTK---KDEQNQIQPMSHSAF---
120 130 140 150 160
200 210 220 230 240
pF1KA0 NRNYSTKKIGCGNVCE-NSPFKINFEKTQTGEKFYEHNKN---MKALNYNENLPKHPKFQ
.. : .. . :: ..: :. . . . . . .: ..:. : .. . . .
NP_009 ---FNKKTLNTESNCEYKDPGKMIRTRPHLASSQKQPQKCCLFTESLKLNLEVNGQNESN
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 TLEQAFECNKIGKAFNDKANCVKHNSSHTGETSSKDDEFRKNCDKKTLFDHRRTGTGKKH
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NP_009 DTEQLDDVVGSGQLFSHSSSDACSKNIHTGETFCKGNQCRKVCGHKQSLKQHQIHTQKKP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
pF1KA0 LHLNQCGKSF-EKSTVEEYNKLNMGIKHYELNPSGNNFNRK----AHLTDPQTAV-----
..:: :: .:: . .... . .: . :. : . ..::: .
NP_009 DGCSECGGSFTQKSHLFAQQRIHSVGNLHECGKCGKAFMPQLKLSVYLTDHTGDIPCICK
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 ------IEENPLVSNDRTQTWVKSSEYHENKKSY--QTSVHRVRRRSHSMMKPYKCNECG
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NP_009 ECGKVFIQRSELLTHQKTHTRKKPYKCHDCGKAFFQMLSLFR-HQRTHSREKLYECSECG
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 KSFCQKGHLIQHQRTHTGEKPFECSECGKTFSQKSHLSTHQRIHTAEKPYKCNECGKTFV
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NP_009 KGFSQNSTLIIHQKIHTGERQYACSECGKAFTQKSTLSLHQRIHSGQKSYVCIECGQAFI
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 QKSTLRGHQRIHTGEKPYECSECGKTFVQKSTLRDHHRIHTGEKSFQCNQCGKTFGQKSN
::. : ::: :::::::.: .:::.:..:: : ::::::::: ..:..::::: :::.
NP_009 QKAHLIVHQRSHTGEKPYQCHNCGKSFISKSQLDIHHRIHTGEKPYECSDCGKTFTQKSH
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 LRIHQRTHTGEKTYQCNECEKSFWRKDHLIQHQKTHTGEKPFKCNECGKTFARTSTLRVH
: :::. ::::. . :.:: :.: .:. : .::. ::::::.::.::::.:. : .. :
NP_009 LNIHQKIHTGERHHVCSECGKAFNQKSILSMHQRIHTGEKPYKCSECGKAFTSKSQFKEH
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 QRIHTGEKPFKCNECGKKFVRKAILSDHQRIHTGEKPFQCNKCGKTFGQKSNLRIHQRTH
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NP_009 QRIHTGEKPYVCTECGKAFNGRSNFHKHQITHTRERPFVCYKCGKAFVQKSELITHQRTH
580 590 600 610 620 630
660 670 680
pF1KA0 SGEKSYECNEYGK-LCKKSTLSLYQKIQGEGNPY
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NP_009 MGEKPYECLDCGKSFSKKPQLKVHQRIHTGERPYVCSECGKAFNNRSNFNKHQTTHTRDK
640 650 660 670 680 690
NP_009 SYKCSYSVKGFTKQ
700 710
>>XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger pro (1059 aa)
initn: 5017 init1: 1345 opt: 1371 Z-score: 743.9 bits: 148.7 E(85289): 1.1e-34
Smith-Waterman score: 1585; 42.7% identity (69.0% similar) in 581 aa overlap (116-683:430-994)
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 GYCCFKPEVIFKLEQGEEPWFSEEEFSNQSHPKDYRGDDLIKQNKKIK----DKHLEQAI
:: : : : . :. : ...: . .
XP_005 IQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNSNLSKHL
400 410 420 430 440 450
150 160 170 180 190
pF1KA0 CINNKTLTTEEE---KVLGKPFTLHVAAVASTKMSCKCNSW--EVNLQSISEFIINNRNY
:..: ... . .:. : . : .. : . . .:.. ........ :
XP_005 RIHTKEKPCDNNGCGRSYKSPLIGHQKTDAEMEL-CGGSEYGKTSHLKGHQRILMGEKPY
460 470 480 490 500 510
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 STKKIGCGNVCENSPFKINFEKTQTGEKFYEHNKNMKALNYNENLPKHPKFQTLEQAFEC
: ::.. .. .. .:::: :: . :..... .: : . .: :. .::
XP_005 EC--IECGKTFSKTSHLRAHQRIHTGEKPYECVECEKTFSHKTHLSVHQRVHTGEKPYEC
520 530 540 550 560 570
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pF1KA0 NKIGKAFNDKANCVKHNSSHTGETSSKDDEFRKNCDKKT-LFDHRRTGTGKKHLHLNQCG
: ::.:. .. :. :::: . .. .:. ... : :.: ::.: . :.::
XP_005 NDCGKSFTYNSALRAHQRIHTGEKPYECSDCEKTFAHNSALRAHHRIHTGEKPYECNECG
580 590 600 610 620 630
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pF1KA0 KSFEK-STVEEYNKLNMGIKHYELNPSGNNFNRKAHLTDPQTAVIEENPLVSNDRTQTWV
.:: . :... ..... : : :: : : .:. .. : : : .:
XP_005 RSFAHISVLKAHQRIHTGEKPYECNECGRSFTYNSALRAHQ-------------RIHTGR
640 650 660 670 680
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pF1KA0 KSSEYHENKKSY-QTSVHRVRRRSHSMMKPYKCNECGKSFCQKGHLIQHQRTHTGEKPFE
: : . .:.. ..:. ....: :. :::.:::: :.: ... : :: ::::: .:
XP_005 KPYECSDCEKTFAHNSALKIHQRIHTGEKPYECNECEKTFAHNSALRAHQNIHTGEKLYE
690 700 710 720 730 740
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pF1KA0 CSECGKTFSQKSHLSTHQRIHTAEKPYKCNECGKTFVQKSTLRGHQRIHTGEKPYECSEC
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XP_005 CSECGKTFFQKTRLSTHRRIHTGEKPYECSKCGKTFSQKSYLSGHERIHTGEKPYECNVC
750 760 770 780 790 800
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pF1KA0 GKTFVQKSTLRDHHRIHTGEKSFQCNQCGKTFGQKSNLRIHQRTHTGEKTYQCNECEKSF
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XP_005 GKTFVYKAALIVHQRIHTGEKPYECNQCGKTFSQRTHLCAHQRIHTGEKPYECNECGKTF
810 820 830 840 850 860
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pF1KA0 WRKDHLIQHQKTHTGEKPFKCNECGKTFARTSTLRVHQRIHTGEKPFKCNECGKKFVRKA
.. : :.. ::::::..::.:::::..:: ::.: : ..::::..:.:::: : .:.
XP_005 ADNSALRAHHRIHTGEKPYECNDCGKTFSKTSHLRAHLRTRSGEKPYECSECGKTFSEKS
870 880 890 900 910 920
620 630 640 650 660 670
pF1KA0 ILSDHQRIHTGEKPFQCNKCGKTFGQKSNLRIHQRTHSGEKSYECNEYGK-LCKKSTLSL
.: :::.::::::..:: ::: :...:.::.::: :.::::::::. :: . .:: ::
XP_005 YVSAHQRVHTGEKPYECNVCGKPFAHNSTLRVHQRIHTGEKSYECNDCGKTFSQKSHLSA
930 940 950 960 970 980
680
pF1KA0 YQKIQGEGNPY
.:.:. .::
XP_005 HQRIHTGEKPYECNECGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECDECGKTFVRKAALRVHHTR
990 1000 1010 1020 1030 1040
>--
initn: 1187 init1: 407 opt: 1236 Z-score: 673.5 bits: 135.7 E(85289): 8.9e-31
Smith-Waterman score: 1236; 46.9% identity (72.1% similar) in 441 aa overlap (39-473:1-425)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 TDCVTLNTVGQLAEGGYPLRFSTLFQEQQKMNISQASVSFKDVTIEFTQEEWQQMAPVQK
::.:::::::.:::.:::.::::...::..
XP_005 MNMSQASVSFQDVTVEFTREEWQHLGPVER
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 NLYRDVMLENYSNLVSVGYCCFKPEVIFKLEQGEEPWFSEEEFSNQSHPKDYRGDDLIKQ
.:::::::::::.:.::::: ::.:: :::.::::: :.:: :: .: .. : ::
XP_005 TLYRDVMLENYSHLISVGYCITKPKVISKLEKGEEPWSLEDEFLNQRYPGYFKVDH-IKG
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 NKKIKDKHLEQAICINN--KTLTTEEEKVLGKPFTLHVAAVASTKMSCKCNSWEVNLQSI
.. ..: : : : :.. :::. : .::: :::.:..: : :.::::.: ..::
XP_005 IREKQEKPLWQEIFISDADKTLSKEGQKVLEKPFNLEIAPELSEKISCKCDSHRMNLPVA
90 100 110 120 130 140
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pF1KA0 SEFIINNRNYSTKKIGCGNVCENSPFKINFEKTQTGEKFYEHNKNMKALNYNENLPKHPK
:..::..:.:: :: ::::. . :. ::... :: :::..: ::..:... .: :
XP_005 SQLIISERKYSRKKTEYMNVCEKLQLDIKHEKAHAEEKSYEHGENAKAFSYKKD--QHWK
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 FQTLEQAFECNKIGKAFNDKANCVKHNSSHTGETSSKDDEFRKNCDKKTLFDHRRTGTGK
:::::..:::. :... ::. :. .: ::: : :::::::: :: :::.: :: :
XP_005 FQTLEESFECDGSGQGLYDKTICITPQSFLTGEKSCKDDEFRKNFDKITLFNHMRTDTRG
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 KHLHLNQCGKSFEKSTVEEYNKLNMGIKHYELNPSGNNFNRKAHLTDPQTAVIEENPLVS
: ::. : : .:.:. ::::..:.. ::: : : ::.::. ::..
XP_005 KCSDLNEYGTSCDKTTAVEYNKVHMAMTHYECNERGINFSRKS-------------PLTQ
270 280 290 300 310
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pF1KA0 NDRTQTWVKSSEYHENKKSY-QTSVHRVRRRSHSMMKPYKCNECGKSFCQKGHLIQHQRT
..:: : .. : .. .... :.:.: :...... : . ::: .. :: . :::
XP_005 SQRTITGWSAFESNKCEENFSQSSAHIVHQKTQAGDKFGEHNECTDALYQKLDFTAHQRI
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 HTGEKPF---ECSECGKTFSQKSHLSTHQRIHTAEKPYKCNECGKTFVQKSTLRGHQRIH
:: .: . : ..: :.: .:.:: ::: :..:: :. .::.:.: ..:
XP_005 HTEDKFYLSDEHGKCRKSFYRKAHLIQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTY
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XP_011 IQHQRPHSGEKTYQYEECAKSFCSSSHPIQHPGTYVGFKLYECNECGKAFCQNSNLSKHL
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pF1KA0 NKIGKAFNDKANCVKHNSSHTGETSSKDDEFRKNCDKKT-LFDHRRTGTGKKHLHLNQCG
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XP_011 RSFAHISVLKAHQRIHTGEKPYECNECGRSFTYNSALRAHQ-------------RIHTGR
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.:.:. .::
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..:: : .. : .. .... :.:.: :...... : . ::: .. :: . :::
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pF1KA0 NKIGKAFNDKANCVKHNSSHTGETSSKDDEFRKNCDKKT-LFDHRRTGTGKKHLHLNQCG
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pF1KA0 YQKIQGEGNPY
.:.:. .::
NP_001 HQRIHTGEKPYECNECGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYECDECGKTFVRKAALRVHHTR
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pF1KA0 TDCVTLNTVGQLAEGGYPLRFSTLFQEQQKMNISQASVSFKDVTIEFTQEEWQQMAPVQK
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initn: 275 init1: 275 opt: 330 Z-score: 201.4 bits: 48.3 E(85289): 0.00018
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440 450 460 470 480 490
pF1KA0 PFECSECGKTFSQKSHLSTHQRIHTAEKPYKCNECGKTFVQKSTLRGHQRIHTGEKPYEC
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NP_001 SYECNDCGKTFSQKSHLSAHQRIHTGEKPYECNECGKAFAQNSTLRVHQRIHTGEKPYEC
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pF1KA0 SECGKTFVQKSTLRDHH-RIHTGEKSFQCNQCGKTFGQKSNLRIHQRTHTGEKTYQCNEC
.:::::::.:..:: :: :.:: ::.. :: ::.
NP_001 DECGKTFVRKAALRVHHTRMHTREKTLACNGFGKS
1030 1040 1050
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pF1KA0 EKSFWRKDHLIQHQKTHTGEKPFKCNECGKTFARTSTLRVHQRIHTGEKPFKCNECGKKF
>>NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 is (568 aa)
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::. :.. : ::. ..: .:..: :.. :. .. :
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NP_001 GNVFRNTQSLIQYQNVETKEKSCVCVTCGKAFAKKS---------QLIVHQ---RIHTGK
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::: :. :::.: .: ::. ::::::::::..::::::.::::: : :::.::.::::.
NP_001 KPYDCGACGKAFSEKFHLVVHQRTHTGEKPYDCSECGKAFSQKSSLIIHQRVHTGEKPYE
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:.::::.: ::: : ::::::::::::: ::::.: ::: : ::: ::::: ..:..:
NP_001 CSECGKAFSQKSPLIIHQRIHTGEKPYECRECGKAFSQKSQLIIHHRAHTGEKPYECTEC
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350 360 370 380 390 400
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pF1KA0 NECGKSFCQKGHLIQHQRTHTGEKPFECSECGKTFSQKSHLSTHQRIHTAEKPYKCNECG
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290 300 310 320 330 340
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pF1KA0 QKSNLRIHQRTHTGEKTYQCNECEKSFWRKDHLIQHQKTHTGEKPFKCNECGKTFARTST
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NP_001 WSSQLVAHQRTHTGEKPYECSECGKSFNRSSHLVMHQRIHTGEKPYECNQCGKSFSQSYV
510 520 530 540 550 560
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 LRVHQRIHTGEKPFKCNECGKKFVRKAILSDHQRIHTGEKPFQCNKCGKTFGQKSNLRIH
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683 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Fri Nov 4 01:13:28 2016 done: Fri Nov 4 01:13:30 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]