Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0904
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0904, 1481 aa
1>>>pF1KA0904 1481 - 1481 aa - 1481 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.5070+/-0.00126; mu= -24.6334+/- 0.076
mean_var=789.4938+/-170.198, 0's: 0 Z-trim(116.6): 227 B-trim: 1072 in 1/53
Lambda= 0.045646
statistics sampled from 16953 (17186) to 16953 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.528), width: 16
Scan time: 6.000
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1481) 9878 667.0 1.2e-190
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1490) 8393 569.2 3.2e-161
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1512) 2906 207.9 1.9e-52
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1452) 2805 201.2 1.9e-50
CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9 ( 372) 979 80.5 1.1e-14
>>CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1481 aa)
initn: 9878 init1: 9878 opt: 9878 Z-score: 3536.4 bits: 667.0 E(32554): 1.2e-190
Smith-Waterman score: 9878; 99.9% identity (99.9% similar) in 1481 aa overlap (1-1481:1-1481)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MPNSERHGGKKDGSGGASGTLQPSSGGGSSNSRERHRLVSKHKRHKSKHSKDMGLVTPEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MPNSERHGGKKDGSGGASGTLQPSSGGGSSNSRERHRLVSKHKRHKSKHSKDMGLVTPEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 ASLGTVIKPLVEYDDISSDSDTFSDDMAFKLDRRENDERRGSDRSDRLHKHRHHQHRRSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ASLGTVIKPLVEYDDISSDSDTFSDDMAFKLDRRENDERRGSDRSDRLHKHRHHQHRRSR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 DLLKAKQTEKEKSQEVSSKSGSMKDRISGSSKRSNEETDDYGKAQVAKSSSKESRSSKLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DLLKAKQTEKEKSQEVSSKSGSMKDRISGSSKRSNEETDDYGKAQVAKSSSKESRSSKLH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 KEKTRKERELKSGHKDRSKSHRKRETPKSYKTVDSPKRRSRSPHRKWSDSSKQDDSPSGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KEKTRKERELKSGHKDRSKSHRKRETPKSYKTVDSPKRRSRSPHRKWSDSSKQDDSPSGA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 SYGQDYDLSPSRSHTSSNYDSYKKSPGSTSRRQSVSPPYKEPSAYQSSTRSPSPYSRRQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SYGQDYDLSPSRSHTSSNYDSYKKSPGSTSRRQSVSPPYKEPSAYQSSTRSPSPYSRRQR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 SVSPYSRRRSSSYERSGSYSGRSPSPYGRRRSSSPFLSKRSLSRSPLPSRKSMKSRSRSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SVSPYSRRRSSSYERSGSYSGRSPSPYGRRRSSSPFLSKRSLSRSPLPSRKSMKSRSRSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 AYSRHSSSHSKKKRSSSRSRHSSISPVRLPLNSSLGAELSRKKKERAAAAAAAKMDGKES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AYSRHSSSHSKKKRSSSRSRHSSISPVRLPLNSSLGAELSRKKKERAAAAAAAKMDGKES
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 KGSPVFLPRKENSSVEAKDSGLESKKLPRSVKLEKSAPDTELVNVTHLNTEVKNSSDTGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KGSPVFLPRKENSSVEAKDSGLESKKLPRSVKLEKSAPDTELVNVTHLNTEVKNSSDTGK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VKLDENSEKHLVKDLKAQGTRDSKPIALKEEIVTPKETETSEKETPPPLPTIASPPPPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VKLDENSEKHLVKDLKAQGTRDSKPIALKEEIVTPKETETSEKETPPPLPTIASPPPPLP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 TTTPPPQTPPLPPLPPIPALPQQPPLPPSQPAFSQVPASSTSTLPPSTHSKTSAVSSQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TTTPPPQTPPLPPLPPIPALPQQPPLPPSQPAFSQVPASSTSTLPPSTHSKTSAVSSQAN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 SQPPVQVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPLPPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SQPPVQVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPLPPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 RTRHLLTDLPLPPELPGGDLSPPDSPEPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RTRHLLTDLPLPPELPGGDLSPPDSPEPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 LIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 KQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLW
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 YRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVW
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 PDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 KDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVK
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 NSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIGLADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIGLADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 HSNPEMQQQLEALNQSISALTEATSQQQDSETMAPEESLKEAPSAPVILPSAEQMTLEAS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS45 HSNPEMQQQLEALNQSISALTEATSQQQDSETMAPEESLKEAPSAPVILPSAEQTTLEAS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA0 STPADMQNILAVLLSQLMKTQEPAGSLEENNSDKNSGPQGPRRTPTMPQEEAAEKRPPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 STPADMQNILAVLLSQLMKTQEPAGSLEENNSDKNSGPQGPRRTPTMPQEEAAEKRPPEP
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA0 PGPPPPPPPPPLVEGDLSSAPQELNPAVTAALLQLLSQPEAEPPGHLPHEHQALRPMEYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PGPPPPPPPPPLVEGDLSSAPQELNPAVTAALLQLLSQPEAEPPGHLPHEHQALRPMEYS
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA0 TRPRPNRTYGNTDGPETGFSAIDTDERNSGPALTESLVQTLVKNRTFSGSLSHLGESSSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TRPRPNRTYGNTDGPETGFSAIDTDERNSGPALTESLVQTLVKNRTFSGSLSHLGESSSY
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 QGTGSVQFPGDQDLRFARVPLALHPVVGQPFLKAEGSSNSVVHAETKLQNYGELGPGTTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QGTGSVQFPGDQDLRFARVPLALHPVVGQPFLKAEGSSNSVVHAETKLQNYGELGPGTTG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480
pF1KA0 ASSSGAGLHWGGPTQSSAYGKLYRGPTRVPPRGGRGRGVPY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ASSSGAGLHWGGPTQSSAYGKLYRGPTRVPPRGGRGRGVPY
1450 1460 1470 1480
>>CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1490 aa)
initn: 8334 init1: 8334 opt: 8393 Z-score: 3007.9 bits: 569.2 E(32554): 3.2e-161
Smith-Waterman score: 9850; 99.3% identity (99.3% similar) in 1490 aa overlap (1-1481:1-1490)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MPNSERHGGKKDGSGGASGTLQPSSGGGSSNSRERHRLVSKHKRHKSKHSKDMGLVTPEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MPNSERHGGKKDGSGGASGTLQPSSGGGSSNSRERHRLVSKHKRHKSKHSKDMGLVTPEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 ASLGTVIKPLVEYDDISSDSDTFSDDMAFKLDRRENDERRGSDRSDRLHKHRHHQHRRSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ASLGTVIKPLVEYDDISSDSDTFSDDMAFKLDRRENDERRGSDRSDRLHKHRHHQHRRSR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 DLLKAKQTEKEKSQEVSSKSGSMKDRISGSSKRSNEETDDYGKAQVAKSSSKESRSSKLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DLLKAKQTEKEKSQEVSSKSGSMKDRISGSSKRSNEETDDYGKAQVAKSSSKESRSSKLH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 KEKTRKERELKSGHKDRSKSHRKRETPKSYKTVDSPKRRSRSPHRKWSDSSKQDDSPSGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KEKTRKERELKSGHKDRSKSHRKRETPKSYKTVDSPKRRSRSPHRKWSDSSKQDDSPSGA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 SYGQDYDLSPSRSHTSSNYDSYKKSPGSTSRRQSVSPPYKEPSAYQSSTRSPSPYSRRQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SYGQDYDLSPSRSHTSSNYDSYKKSPGSTSRRQSVSPPYKEPSAYQSSTRSPSPYSRRQR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 SVSPYSRRRSSSYERSGSYSGRSPSPYGRRRSSSPFLSKRSLSRSPLPSRKSMKSRSRSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SVSPYSRRRSSSYERSGSYSGRSPSPYGRRRSSSPFLSKRSLSRSPLPSRKSMKSRSRSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 AYSRHSSSHSKKKRSSSRSRHSSISPVRLPLNSSLGAELSRKKKERAAAAAAAKMDGKES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AYSRHSSSHSKKKRSSSRSRHSSISPVRLPLNSSLGAELSRKKKERAAAAAAAKMDGKES
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 KGSPVFLPRKENSSVEAKDSGLESKKLPRSVKLEKSAPDTELVNVTHLNTEVKNSSDTGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KGSPVFLPRKENSSVEAKDSGLESKKLPRSVKLEKSAPDTELVNVTHLNTEVKNSSDTGK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VKLDENSEKHLVKDLKAQGTRDSKPIALKEEIVTPKETETSEKETPPPLPTIASPPPPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VKLDENSEKHLVKDLKAQGTRDSKPIALKEEIVTPKETETSEKETPPPLPTIASPPPPLP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 TTTPPPQTPPLPPLPPIPALPQQPPLPPSQPAFSQVPASSTSTLPPSTHSKTSAVSSQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TTTPPPQTPPLPPLPPIPALPQQPPLPPSQPAFSQVPASSTSTLPPSTHSKTSAVSSQAN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 SQPPVQVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPLPPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SQPPVQVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPLPPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 RTRHLLTDLPLPPELPGGDLSPPDSPEPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RTRHLLTDLPLPPELPGGDLSPPDSPEPKAITPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 LIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 KQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLW
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 YRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVW
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 PDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 KDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVK
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 NSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIGLADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIGLADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 HSNPEMQQQLEALNQSISALTEATSQQQDSETMAPEESLKEAPSAPVILPSAEQMTLEAS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS11 HSNPEMQQQLEALNQSISALTEATSQQQDSETMAPEESLKEAPSAPVILPSAEQTTLEAS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250
pF1KA0 STPADMQNILAVLLSQLMKTQEPAGSLEENNSDKNSGPQGPRRTPTMPQEEAA-------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 STPADMQNILAVLLSQLMKTQEPAGSLEENNSDKNSGPQGPRRTPTMPQEEAAACPPHIL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KA0 --EKRPPEPPGPPPPPPPPPLVEGDLSSAPQELNPAVTAALLQLLSQPEAEPPGHLPHEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PPEKRPPEPPGPPPPPPPPPLVEGDLSSAPQELNPAVTAALLQLLSQPEAEPPGHLPHEH
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1320 1330 1340 1350 1360 1370
pF1KA0 QALRPMEYSTRPRPNRTYGNTDGPETGFSAIDTDERNSGPALTESLVQTLVKNRTFSGSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QALRPMEYSTRPRPNRTYGNTDGPETGFSAIDTDERNSGPALTESLVQTLVKNRTFSGSL
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1380 1390 1400 1410 1420 1430
pF1KA0 SHLGESSSYQGTGSVQFPGDQDLRFARVPLALHPVVGQPFLKAEGSSNSVVHAETKLQNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SHLGESSSYQGTGSVQFPGDQDLRFARVPLALHPVVGQPFLKAEGSSNSVVHAETKLQNY
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1440 1450 1460 1470 1480
pF1KA0 GELGPGTTGASSSGAGLHWGGPTQSSAYGKLYRGPTRVPPRGGRGRGVPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GELGPGTTGASSSGAGLHWGGPTQSSAYGKLYRGPTRVPPRGGRGRGVPY
1450 1460 1470 1480 1490
>>CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1512 aa)
initn: 2755 init1: 2243 opt: 2906 Z-score: 1055.0 bits: 207.9 E(32554): 1.9e-52
Smith-Waterman score: 3342; 44.8% identity (64.0% similar) in 1524 aa overlap (10-1459:127-1490)
10 20 30
pF1KA0 MPNSERHGGKKDGSGGASGTLQPSSGGGSSNSRERHRLV
..::.:::: :::: . : . .
CCDS54 RRAGGRQKRRRGPRAGQEAEKRRVFSLPQPQQDGGGGAS------SGGGVTPLVEYEDVS
100 110 120 130 140 150
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 SKHKRHKSKHSKDMGLVTPEAASLGTVIKPLVEYDDISSDSDTFSDDMAFKLDRRENDER
:. :... .: .. .:. .. . ::.. . . . :: :.:
CCDS54 SQ-----SEQGLLLGGASAATAATAAGGTGGSGGSPASSSGTQRRGEGSERRPRR--DRR
160 170 180 190 200
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 RGSDRSDRLHKHRHHQHRRSRDLLKAKQTEKEKSQEVSSKSGSMKDRI--SGSSKRSNEE
.: :: :.::..::: :: .. .: ::. :.:: . .. ::::. :. .
CCDS54 SSSGRS----KERHREHRR-RDGQRGG-SEASKSRSRHSHSGEERAEVAKSGSSSSSGGR
210 220 230 240 250
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 TDDYGKAQVAKSSSKESRSSKLHKEKTRKERELKSGHKDRSKSHRKRET-PKSYKTVDSP
. ..: ..:::...:.:: :. .:.. .: :..:. :..:. .: ::.:.
CCDS54 RKS-ASATSSSSSSRKDRDSKAHRSRTKSSKEPPSAYKEPPKAYREDKTEPKAYR-----
260 270 280 290 300 310
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 KRRSRSPHRKWSDSSKQDDSPSGASYGQDYDLSPSRSHTSSNYDSYKKSPGSTSRRQSVS
.::: :: . .:::: :: .:. .:::. .. . :
CCDS54 RRRSLSPL------GGRDDSPV--------------SHRASQSLRSRKSPSPAG---GGS
320 330 340
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 PPYKEPSAYQSSTRSPSPYSRRQRSVSPYSRRRSSSYERSGSYSGRSPSPYGR---RRSS
::. . :::::::::. :: : : :::::.:. :::::. :::
CCDS54 SPYS-----RRLPRSPSPYSRRR---SP-SYSRHSSYERGGDV---SPSPYSSSSWRRSR
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340 350 360 370 380 390
pF1KA0 SPFLSKRSLSRSPLPSRKSMKSRSRSPAYSRHSSSHSKKKRSSSRSRHSSISPVRLPLNS
::. ::. :.: ::::::: :::: :.:... : :::::::::: : :.:
CCDS54 SPY--------SPV-LRRSGKSRSRSPYSSRHSRSRSRHRLSRSRSRHSSISPSTLTLKS
400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 SLGAELSRKKKERAAAAAAAKMDGKESKGSPVFLPRKENSSVEAKDSGLESKKLPRSVKL
::.:::...:: ::: :: : .: .... . : .. :: :.
CCDS54 SLAAELNKNKKARAAEAARAAEAAKAAEATKA----AEAAAKAAKASNT-----------
450 460 470 480 490
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 EKSAPDTELVNVTHLNTEVKNSSDTGKVKLDENSEKHLVKDLKAQGTRDSKPIALKEEIV
:.: :. :::.. :. :. . :::.: .: :
CCDS54 --STP-------TKGNTETSASA----------SQTNHVKDVKK----------IKIE--
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520 530 540 550 560 570
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: :.. .. ::. . . : .. .
CCDS54 ----------------------HAPSPSSGGTLKNDKAKTKPPLQVTKVENNLIVDKATK
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pF1KA0 SQVPASSTSTLPPSTHSKTSAVSSQANSQPPV-QVSVKTQVSVTAAIPHLKTSTLPPLPL
. : ... : :. .: .:: . ...: . ....: . . .: . :::::::::
CCDS54 KAVIVGKES---KSAATKEESVSLKEKTKPLTPSIGAKEKEQHVALV----TSTLPPLPL
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pF1KA0 PPLLPGDDDMDSPKETLPSKPVKKEKEQRTRHLLTDLPLPPELPGGD-LSPPDSPEPKAI
::.:: : . :: . .. : :::: :.. : ::.:::::::::::: :: ::: :
CCDS54 PPMLPEDKEADSLRGNISVKAVKKEVEKKLRCLLADLPLPPELPGGDDLSK--SPEEKK-
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pF1KA0 TPPQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGE
: : :.::::: ::::: .. . :::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS54 TATQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGE
670 680 690 700 710 720
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pF1KA0 LVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYL
.::::::::::::::::::::::::::::: :.:..:::::::::.::::::::::::::
CCDS54 MVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYL
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pF1KA0 VFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSG
::::::::::::::::::::.:.::::::.::::::.::::::::::::::::::::: :
CCDS54 VFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRG
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pF1KA0 QIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFT
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFT
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pF1KA0 KKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPS
:::::::: ::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::: :::.
CCDS54 KKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRKLREEFVFIPA
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pF1KA0 AALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQR
:::::.:.::.:::::::::::.:: .::.::: ::: ::::: :::::::::::::::.
CCDS54 AALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFLRDVEPSKMPPPDLPLWQDCHELWSKKRRRQK
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pF1KA0 QSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVKNSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIGL-ADITQQ
: :.. .. :. ::. . : . ....: :. .:.... . . :.
CCDS54 QMGMT-DDVSTIKAPRKDLSLG--LDDSRTNTPQGVLPSSQLKSQGSSNVAPVKTGPGQH
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KA0 LNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEMQQQLEALNQSISALTEATSQQQDS
::.::::.:::::::.:.... ...:.:::. : : ::::. .: . : ::...: .
CCDS54 LNHSELAILLNLLQSKTSVNMADFVQVLNIKVNSETQQQLNKINLPAGIL--ATGEKQTD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KA0 ETMAPEESLKEAPSAPVILPSAE--QMTLEASSTPADMQNILAVLLSQLMKTQEPAGS--
. .:: : : . : ::.. : .:.... : .:. .::::.::.:.:. .
CCDS54 PSTPQQESSK--PLGG-IQPSSQTIQPKVETDAAQAAVQSAFAVLLTQLIKAQQSKQKDV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
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pF1KA0 -LEE--NNSDKNSGPQ-GPRRTPTMP---QEEAAEKRP-------PEP-------PG--P
::: :.: .... : : :. : :.. ... ::: : :
CCDS54 LLEERENGSGHEASLQLRPPPEPSTPVSGQDDLIQHQDMRILELTPEPDRPRILPPDQRP
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pF1KA0 PPPPPPPPLVEGDL------------SSAPQELNPAVTAALLQLLSQ--PEAEPPGHLPH
: :: :::..: :: ::. . . .: :::::::.: :. .: .
CCDS54 PEPPEPPPVTEEDLDYRTENQHVPTTSSSLTDPHAGVKAALLQLLAQHQPQDDPKREGGI
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pF1KA0 EHQALRPMEYSTRPRPNRTYGNTDGPETGFSAIDTDERNSGPALTE------SLVQTLVK
..:: . .. . : .:... . . . : .:.: : . : .:.: .
CCDS54 DYQAGDTYVSTSDYKDN--FGSSSFSSAPYVSNDGLGSSSAPPLERRSFIGNSDIQSLDN
1330 1340 1350 1360 1370
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pF1KA0 NRT-------------FSGSL--SHLGESSSYQGTGSVQFPGDQDLRF--ARVPLALHPV
: :: :. : : .. : ..: . : ::.: :: .. :.:.
CCDS54 YSTASSHSGGPPQPSAFSESFPSSVAGYGDIYLNAGPMLFSGDKDHRFEYSHGPIAVLAN
1380 1390 1400 1410 1420 1430
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pF1KA0 VGQPFLKAEGSSNSVVHAETKLQNYG-ELGPGTTGASSSGAGLHWGGPTQSSAYGKLYRG
..: : :. . :. . ::: .: . .: : : : .:.:. .:
CCDS54 SSDPSTGPE--STHPLPAKMHNYNYGGNLQENPSGPSLMH-GQTWTSPAQGPGYSQGYRG
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1470 1480
pF1KA0 PTRVPPRGGRGRGVPY
CCDS54 HISTSTGRGRGRGLPY
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pF1KA0 MPNSERHGGKKDGSGGASGTLQPSSGGGSSNSRERHRLV
..::.:::: :::: . : . .
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:. :... .: .. .:. .. . ::.. . . . :: :.:
CCDS54 SQ-----SEQGLLLGGASAATAATAAGGTGGSGGSPASSSGTQRRGEGSERRPRR--DRR
160 170 180 190 200
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 RGSDRSDRLHKHRHHQHRRSRDLLKAKQTEKEKSQEVSSKSGSMKDRI--SGSSKRSNEE
.: :: :.::..::: :: .. .: ::. :.:: . .. ::::. :. .
CCDS54 SSSGRS----KERHREHRR-RDGQRGG-SEASKSRSRHSHSGEERAEVAKSGSSSSSGGR
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pF1KA0 TDDYGKAQVAKSSSKESRSSKLHKEKTRKERELKSGHKDRSKSHRKRET-PKSYKTVDSP
. ..: ..:::...:.:: :. .:.. .: :..:. :..:. .: ::.:.
CCDS54 RKS-ASATSSSSSSRKDRDSKAHRSRTKSSKEPPSAYKEPPKAYREDKTEPKAYR-----
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220 230 240 250 260 270
pF1KA0 KRRSRSPHRKWSDSSKQDDSPSGASYGQDYDLSPSRSHTSSNYDSYKKSPGSTSRRQSVS
.::: :: . .:::: :: .:. .:::. .. . :
CCDS54 RRRSLSPL------GGRDDSPV--------------SHRASQSLRSRKSPSPAG---GGS
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280 290 300 310 320 330
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::. . :::::::::. :: : : :::::.:. :::::. :::
CCDS54 SPYS-----RRLPRSPSPYSRRR---SP-SYSRHSSYERGGDV---SPSPYSSSSWRRSR
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pF1KA0 SPFLSKRSLSRSPLPSRKSMKSRSRSPAYSRHSSSHSKKKRSSSRSRHSSISPVRLPLNS
::. ::. :.: ::::::: :::: :.:... : :::::::::: : :.:
CCDS54 SPY--------SPV-LRRSGKSRSRSPYSSRHSRSRSRHRLSRSRSRHSSISPSTLTLKS
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400 410 420 430 440 450
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::.:::...:: ::: :: : .: .... . : .. :: :.
CCDS54 SLAAELNKNKKARAAEAARAAEAAKAAEATKA----AEAAAKAAKASNT-----------
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460 470 480 490 500 510
pF1KA0 EKSAPDTELVNVTHLNTEVKNSSDTGKVKLDENSEKHLVKDLKAQGTRDSKPIALKEEIV
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CCDS54 --STP-------TKGNTETSASA----------SQTNHVKDVKK----------IKIE--
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: :.. .. ::. . . : .. .
CCDS54 ----------------------HAPSPSSGGTLKNDKAKTKPPLQVTKVENNLIVDKATK
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: : :.::::: ::::: .. . :::::::::::::::::::::::::::.:::::
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pF1KA0 ELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFY
:.::::::::::::::::::::::::::::: :.:..:::::::::.:::::::::::::
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CCDS54 LVFEYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNR
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::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GQIKLADFGLARLYSSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELF
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::::::::: ::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::: :::
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.:::::.:.::.:::::::::::.:: .::.::: ::: ::::: :::::::::::::::
CCDS54 AAALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFLRDVEPSKMPPPDLPLWQDCHELWSKKRRRQ
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.: :.. .. :. ::. . : . ....: :. .:... : : .
CCDS54 KQMGMT-DDVSTIKAPRKDLSLG--LDDSRTNTPQGVLPSSQLKSQGSSNVAPGEKQTDP
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pF1KA0 QLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEMQQQLEALNQSISALTEATSQQQD
. :.: . :. .: ... :. .... . :. .. : .: ...:
CCDS54 STPQQESSKPLGGIQPSSQTIQPK------VETDAAQAAVQSAFAVLLTQLIKAQQSKQK
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pF1KA0 SETMAPEESLKEAPSAPVILPSAEQMTLEASSTPADMQNILAVLLSQLMKTQEPAGSLEE
. . .:. . .. . : : :::.. :. : . : :. : :
CCDS54 DVLLEERENGSGHEASLQLRPPPE------PSTPVSGQDDL--IQHQDMRILE----LTP
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pF1KA0 NNSDKNSGPQGPRRTPTMPQEEAAEKRPPEPPGPPPPPPPPPLVEGDL------------
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CCDS54 E-------PDRPRILP--P-----DQRPPEPP------EPPPVTEEDLDYRTENQHVPTT
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::. . . .: :::::::.: :. .: . ..:: . .. . : .:...
CCDS54 SSSLTDPHAGVKAALLQLLAQHQPQDDPKREGGIDYQAGDTYVSTSDYKDN--FGSSSFS
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pF1KA0 ETGFSAIDTDERNSGPALTE------SLVQTLVKNRT-------------FSGSL--SHL
. . . : .:.: : . : .:.: . : :: :. :
CCDS54 SAPYVSNDGLGSSSAPPLERRSFIGNSDIQSLDNYSTASSHSGGPPQPSAFSESFPSSVA
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pF1KA0 GESSSYQGTGSVQFPGDQDLRF--ARVPLALHPVVGQPFLKAEGSSNSVVHAETKLQNYG
: .. : ..: . : ::.: :: .. :.:. ..: : :. . :. . :::
CCDS54 GYGDIYLNAGPMLFSGDKDHRFEYSHGPIAVLANSSDPSTGPE--STHPLPAKMHNYNYG
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pF1KA0 -ELGPGTTGASSSGAGLHWGGPTQSSAYGKLYRGPTRVPPRGGRGRGVPY
.: . .: : : : .:.:. .:.. ::: . :::::.::
CCDS54 GNLQENPSGPSLMH-GQTWTSPAQGPGYSQGYRGHISTSTGRGRGRGLPY
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>>CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9 (372 aa)
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pF1KA0 PQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELV
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CCDS68 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKV
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CCDS68 ALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTK--ASPYNRCKGSIYLVF
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.. .::: ::: . ::.:. ..:: :..:..:: : :....::::.: .:.:.. .: .
CCDS68 DFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVL
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CCDS68 KLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMW
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