Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0878
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0878, 611 aa
1>>>pF1KA0878 611 - 611 aa - 611 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3628+/- 0.001; mu= 18.8032+/- 0.060
mean_var=73.9523+/-15.233, 0's: 0 Z-trim(104.4): 89 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.149141
statistics sampled from 7810 (7900) to 7810 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.607), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 3.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4077.1 RHOBTB3 gene_id:22836|Hs108|chr5 ( 611) 4104 893.0 0
CCDS7261.1 RHOBTB1 gene_id:9886|Hs108|chr10 ( 696) 370 89.6 1.5e-17
CCDS6034.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 ( 727) 352 85.7 2.3e-16
CCDS55211.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 ( 734) 352 85.7 2.3e-16
CCDS55210.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 ( 749) 352 85.7 2.3e-16
>>CCDS4077.1 RHOBTB3 gene_id:22836|Hs108|chr5 (611 aa)
initn: 4104 init1: 4104 opt: 4104 Z-score: 4771.5 bits: 893.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4104; 99.8% identity (100.0% similar) in 611 aa overlap (1-611:1-611)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MSIHIVALGNEGDTFHQDNRPSGLIRTYLGRSPLVSGDESSLLLNAASTVARPVFTEYQA
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CCDS40 MSIHIVALGNEGDTFHQDNRPSGLIRTYLGRSPLVSGDESSLLLNAASTVARPVFTEYQA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 SAFGNVKLVVHDCPVWDIFDSDWYTSRNLIGGADIIVIKYNVNDKFSFHEVKDNYIPVIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SAFGNVKLVVHDCPVWDIFDSDWYTSRNLIGGADIIVIKYNVNDKFSFHEVKDNYIPVIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 RALNSVPVIIAAVGTRQNEELPCTCPLCTSDRGSCVSTTEGIQLAKELGATYLELHSLDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 RALNSVPVIIAAVGTRQNEELPCTCPLCTSDRGSCVSTTEGIQLAKELGATYLELHSLDD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 FYIGKYFGGVLEYFMIQALNQKTSEKMKKRKMSNSFHGIRPPQLEQPEKMPVLKAEASHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 FYIGKYFGGVLEYFMIQALNQKTSEKMKKRKMSNSFHGIRPPQLEQPEKMPVLKAEASHY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 NSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPDLKKVVEAHKIVLCAVSHVFMLLFNVKSPTDIQDSSIIR
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 NSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPNLKKVVEAHKIVLCAVSHVFMLLFNVKSPTDIQDSSIIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 TTQDLFAINRDTAFPGASHESSGNPPLRVIVKDALFCSCLSDILRFIYSGAFQWEELEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 TTQDLFAINRDTAFPGASHESSGNPPLRVIVKDALFCSCLSDILRFIYSGAFQWEELEED
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 IRKKLKDSGDVSNVIEKVKCILKTPGKINCLRNCKTYQARKPLWFYNTSLKFFLNKPMLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 IRKKLKDSGDVSNVIEKVKCILKTPGKINCLRNCKTYQARKPLWFYNTSLKFFLNKPMLA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 DVVFEIQGTTVPAHRAILVARCEVMAAMFNGNYMEAKSVLIPVYGVSKETFLSFLEYLYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 DVVFEIQGTTVPAHRAILVARCEVMAAMFNGNYMEAKSVLIPVYGVSKETFLSFLEYLYT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 DSCCPAGIFQAMCLLICAEMYQVSRLQHICELFIITQLQSMPSRELASMNLDIVDLLKKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 DSCCPAGIFQAMCLLICAEMYQVSRLQHICELFIITQLQSMPSRELASMNLDIVDLLKKA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 KFHHSDCLSTWLLHFIATNYLIFSQKPEFQDLSVEERSFVEKHRWPSNMYLKQLAEYRKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 KFHHSDCLSTWLLHFIATNYLIFSQKPEFQDLSVEERSFVEKHRWPSNMYLKQLAEYRKY
550 560 570 580 590 600
610
pF1KA0 IHSRKCRCLVM
:::::::::::
CCDS40 IHSRKCRCLVM
610
>>CCDS7261.1 RHOBTB1 gene_id:9886|Hs108|chr10 (696 aa)
initn: 431 init1: 159 opt: 370 Z-score: 428.6 bits: 89.6 E(32554): 1.5e-17
Smith-Waterman score: 465; 24.1% identity (52.7% similar) in 611 aa overlap (75-605:82-671)
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 NAASTVARPVFTEYQASAFGNVKLVVHDCPVWDIFDSDWYTSRNLIGGADIIVIKYNVND
.:: : . : : .:..:. ... .
CCDS72 TVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIAN
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KA0 KFSFHEVKDNYIPVIKRALNSVPVIIAAVGTRQN---EELPCTC----PLCTS-DRGSCV
:...::. . : ::. .:::. :: . . .: . :: ::. .
CCDS72 PNSLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVIL--VGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDIL
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 STTEGIQLAKELGATYLELHSLDDFYIGKYFGGVLEYFMIQALN----QKTSEKMKKRKM
.: ..::::: : : .:.: : : .... .:. . .. .:..: .
CCDS72 PPEKGREVAKELGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLL
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 SNSFHGIR--PPQLEQPEKMPVLKAEASHYNSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPDLKKVVEAH
. : . :: .. :: . ::. :.: : :.::.: : ... ::
CCDS72 QAPFLPPKAPPPVIKIPECPSMGTNEAACL---LDNPL----CADVLFILQDQEHIF-AH
230 240 250 260 270 280
280 290
pF1KA0 KIVLCAVSHVFMLLFNVK---SPT-------------DIQ--------------------
.: : . : :. :: .. ::. :.:
CCDS72 RIYLATSSSKFYDLFLMECEESPNGSEGACEKEKQSRDFQGRILSVDPEEEREEGPPRIP
290 300 310 320 330 340
300 310 320
pF1KA0 --------DSSIIRT-----------TQDLFAINRDTAFPGASHESSGNP------PLRV
..:.... :: : . .. .: : .: . :: :. :
CCDS72 QADQWKSSNKSLVEALGLEAEGAVPETQTLTGWSK--GFIGMHREMQVNPISKRMGPMTV
350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 IVKDALFCSC-LSDILRFIYSGAFQWEELEEDIR--KKLKDSGDVSNVIEKVKCILKTPG
. :: . .:.:.:.: : .: :.:. .. . .. .. :. :.. .
CCDS72 VRMDASVQPGPFRTLLQFLYTG--QLDEKEKDLVGLAQIAEVLEMFDLRMMVENIMNKEA
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430 440
pF1KA0 KINCLRNCKTYQARKPLWFYNTSLKFFLNKPMLADVVFEIQGTTVPAHRAILVARCEVMA
.: . :....:: . .: :.: ..::.:... .. ::. .:. :: ::
CCDS72 FMN-QEITKAFHVRKA-----NRIKECLSKGTFSDVTFKLDDGAISAHKPLLICSCEWMA
460 470 480 490 500 510
450 460 470 480 490 500
pF1KA0 AMFNGNYMEAKSVLIPVYGVSKETFLSFLEYLYTDSCCPAGIFQAMCLLICAEMYQVSRL
:::.:...:. . . . ...: .. . :.:::: . : .. . :. :. . . .:
CCDS72 AMFGGSFVESANSEVYLPNINKISMQAVLDYLYTKQLSPNLDLDPLELIALANRFCLPHL
520 530 540 550 560 570
510 520 530 540 550 560
pF1KA0 QHICELFIITQLQSMPSRELASMNLDIVDLLKKAKFHHSDCLSTWLLHFIATNY-LIFSQ
. : . .: . . .. .. .... :. :.::.. :..: :: : ::: . :.
CCDS72 VALAEQHAVQELTKAATSGVG-IDGEVLSYLELAQFHNAHQLAAWCLHHICTNYNSVCSK
580 590 600 610 620 630
570 580 590 600 610
pF1KA0 -KPEFQDLSVEERSFVEKHRWPSNMYLKQLAEYRKYIHSRKCRCLVM
. :... :.... . :.:::: :::. .:.. . :.
CCDS72 FRKEIKSKSADNQEYFERHRWPPVWYLKEEDHYQRVKREREKEDIALNKHRSRRKWCFWN
640 650 660 670 680 690
CCDS72 SSPAVA
>>CCDS6034.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 (727 aa)
initn: 443 init1: 156 opt: 352 Z-score: 407.4 bits: 85.7 E(32554): 2.3e-16
Smith-Waterman score: 401; 25.0% identity (48.5% similar) in 625 aa overlap (69-607:72-685)
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 ESSLLLNAASTVARPVFTEYQASAFGNVKLVVHDCPV----WDIFDSDWYTSRNLIGGAD
:: : : :: : . : : .:
CCDS60 QYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSD
50 60 70 80 90 100
100 110 120 130 140
pF1KA0 IIVIKYNVNDKFSFHEVKDNYIPVIKRALNSVPVIIAAVGTRQN---EELPCTC----PL
..:. ... . :.:.:: . : ::. .:::. :: . . .: . ::
CCDS60 VVVLCFSIANPNSLHHVKTMWYPEIKHFCPRAPVIL--VGCQLDLRYADLEAVNRARRPL
110 120 130 140 150
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 CTSDRGSCVSTTE-GIQLAKELGATYLELHSLDDFYIGKYFGGVLEYFMIQALN---QKT
. . . : : ..::::: : : . .: : : .... .:. . :.
CCDS60 ARPIKPNEILPPEKGREVAKELGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKS
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 SEKMKKRKMSNSFHGIRPPQLEQPEKMPVLKAEASHYNSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPDL
. .: . .. . ::. : . :. : . .:: :.::.. .
CCDS60 HLRNVQRPLLQA--PFLPPK--PPPPIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQER
220 230 240 250 260 270
270 280 290 300
pF1KA0 KKVVEAHKIVLCAVSHVFMLLFNVK---------------SPTDIQDSSIIRTTQDLFAI
.. :::: : . : :. :: . : : : : . .
CCDS60 VRIF-AHKIYLSTSSSKFYDLFLMDLSEGELGGPSEPGGTHPEDHQGHSDQHHHHHHHHH
280 290 300 310 320 330
310 320 330 340 350
pF1KA0 NRDTAFPGASH-------ESSGNPP--LRVIVKDALFCSCLSDIL----RFI--YSGAFQ
.:: . .:: :..:. : ::. ..:... . . : : . .: ::
CCDS60 GRDFLLRAASFDVCESVDEAGGSGPAGLRASTSDGILRGNGTGYLPGRGRVLSSWSRAFV
340 350 360 370 380 390
360 370
pF1KA0 --WEELEED----------------------IRKKLK------------DSGDVSNVIEK
::. :: .: :: : .... :
CCDS60 SIQEEMAEDPLTYKSRLMVVVKMDSSIQPGPFRAVLKYLYTGELDENERDLMHIAHIAEL
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 VKCILKTPGKINCLRNCKTYQARKPLWFY---NTSLKFFLNKPMLADVVFEIQGTTVPAH
.. . : : : .. . :. .. .: : : ..::.: .. :. ::
CCDS60 LEVFDLRMMVANILNNEAFMNQEITKAFHVRRTNRVKECLAKGTFSDVTFILDDGTISAH
460 470 480 490 500 510
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 RAILVARCEVMAAMFNGNYMEAKSVLIPVYGVSKETFLSFLEYLYTDSCCPAGIFQAMCL
. .:.. :. :::::.: ..:... . .:: . . :::::: . .. : :
CCDS60 KPLLISSCDWMAAMFGGPFVESSTREVVFPYTSKSCMRAVLEYLYTGMFTSSPDLDDMKL
520 530 540 550 560 570
500 510 520 530 540 550
pF1KA0 LICAEMYQVSRLQHICELFIITQLQSMPSRELASMNLDIVDLLKKAKFHHSDCLSTWLLH
.: :. . .: . : . .: :. .. ..... :.. .:. :.:: . :. : ::
CCDS60 IILANRLCLPHLVALTEQYTVTGLMEA-TQMMVDIDGDVLVFLELAQFHCAYQLADWCLH
580 590 600 610 620 630
560 570 580 590 600 610
pF1KA0 FIATNYLIFSQK-P-EFQDLSVEERSFVEKHRWPSNMYLKQLAEYRKYIHSRKCRCLVM
: ::: .: : ... .: :.. . :::::: :::. .:.. .:: :
CCDS60 HICTNYNNVCRKFPRDMKAMSPENQEYFEKHRWPPVWYLKEEDHYQR---ARKEREKEDY
640 650 660 670 680 690
CCDS60 LHLKRQPKRRWLFWNSPSSPSSSAASSSSPSSSSAVV
700 710 720
>>CCDS55211.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 (734 aa)
initn: 443 init1: 156 opt: 352 Z-score: 407.3 bits: 85.7 E(32554): 2.3e-16
Smith-Waterman score: 401; 25.0% identity (48.5% similar) in 625 aa overlap (69-607:79-692)
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 ESSLLLNAASTVARPVFTEYQASAFGNVKLVVHDCPV----WDIFDSDWYTSRNLIGGAD
:: : : :: : . : : .:
CCDS55 QYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSD
50 60 70 80 90 100
100 110 120 130 140
pF1KA0 IIVIKYNVNDKFSFHEVKDNYIPVIKRALNSVPVIIAAVGTRQN---EELPCTC----PL
..:. ... . :.:.:: . : ::. .:::. :: . . .: . ::
CCDS55 VVVLCFSIANPNSLHHVKTMWYPEIKHFCPRAPVIL--VGCQLDLRYADLEAVNRARRPL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 CTSDRGSCVSTTE-GIQLAKELGATYLELHSLDDFYIGKYFGGVLEYFMIQALN---QKT
. . . : : ..::::: : : . .: : : .... .:. . :.
CCDS55 ARPIKPNEILPPEKGREVAKELGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKS
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 SEKMKKRKMSNSFHGIRPPQLEQPEKMPVLKAEASHYNSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPDL
. .: . .. . ::. : . :. : . .:: :.::.. .
CCDS55 HLRNVQRPLLQA--PFLPPK--PPPPIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQER
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300
pF1KA0 KKVVEAHKIVLCAVSHVFMLLFNVK---------------SPTDIQDSSIIRTTQDLFAI
.. :::: : . : :. :: . : : : : . .
CCDS55 VRIF-AHKIYLSTSSSKFYDLFLMDLSEGELGGPSEPGGTHPEDHQGHSDQHHHHHHHHH
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350
pF1KA0 NRDTAFPGASH-------ESSGNPP--LRVIVKDALFCSCLSDIL----RFI--YSGAFQ
.:: . .:: :..:. : ::. ..:... . . : : . .: ::
CCDS55 GRDFLLRAASFDVCESVDEAGGSGPAGLRASTSDGILRGNGTGYLPGRGRVLSSWSRAFV
350 360 370 380 390 400
360 370
pF1KA0 --WEELEED----------------------IRKKLK------------DSGDVSNVIEK
::. :: .: :: : .... :
CCDS55 SIQEEMAEDPLTYKSRLMVVVKMDSSIQPGPFRAVLKYLYTGELDENERDLMHIAHIAEL
410 420 430 440 450 460
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 VKCILKTPGKINCLRNCKTYQARKPLWFY---NTSLKFFLNKPMLADVVFEIQGTTVPAH
.. . : : : .. . :. .. .: : : ..::.: .. :. ::
CCDS55 LEVFDLRMMVANILNNEAFMNQEITKAFHVRRTNRVKECLAKGTFSDVTFILDDGTISAH
470 480 490 500 510 520
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 RAILVARCEVMAAMFNGNYMEAKSVLIPVYGVSKETFLSFLEYLYTDSCCPAGIFQAMCL
. .:.. :. :::::.: ..:... . .:: . . :::::: . .. : :
CCDS55 KPLLISSCDWMAAMFGGPFVESSTREVVFPYTSKSCMRAVLEYLYTGMFTSSPDLDDMKL
530 540 550 560 570 580
500 510 520 530 540 550
pF1KA0 LICAEMYQVSRLQHICELFIITQLQSMPSRELASMNLDIVDLLKKAKFHHSDCLSTWLLH
.: :. . .: . : . .: :. .. ..... :.. .:. :.:: . :. : ::
CCDS55 IILANRLCLPHLVALTEQYTVTGLMEA-TQMMVDIDGDVLVFLELAQFHCAYQLADWCLH
590 600 610 620 630 640
560 570 580 590 600 610
pF1KA0 FIATNYLIFSQK-P-EFQDLSVEERSFVEKHRWPSNMYLKQLAEYRKYIHSRKCRCLVM
: ::: .: : ... .: :.. . :::::: :::. .:.. .:: :
CCDS55 HICTNYNNVCRKFPRDMKAMSPENQEYFEKHRWPPVWYLKEEDHYQR---ARKEREKEDY
650 660 670 680 690
CCDS55 LHLKRQPKRRWLFWNSPSSPSSSAASSSSPSSSSAVV
700 710 720 730
>>CCDS55210.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 (749 aa)
initn: 443 init1: 156 opt: 352 Z-score: 407.2 bits: 85.7 E(32554): 2.3e-16
Smith-Waterman score: 401; 25.0% identity (48.5% similar) in 625 aa overlap (69-607:94-707)
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 ESSLLLNAASTVARPVFTEYQASAFGNVKLVVHDCPV----WDIFDSDWYTSRNLIGGAD
:: : : :: : . : : .:
CCDS55 QYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSD
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KA0 IIVIKYNVNDKFSFHEVKDNYIPVIKRALNSVPVIIAAVGTRQN---EELPCTC----PL
..:. ... . :.:.:: . : ::. .:::. :: . . .: . ::
CCDS55 VVVLCFSIANPNSLHHVKTMWYPEIKHFCPRAPVIL--VGCQLDLRYADLEAVNRARRPL
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 CTSDRGSCVSTTE-GIQLAKELGATYLELHSLDDFYIGKYFGGVLEYFMIQALN---QKT
. . . : : ..::::: : : . .: : : .... .:. . :.
CCDS55 ARPIKPNEILPPEKGREVAKELGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKS
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 SEKMKKRKMSNSFHGIRPPQLEQPEKMPVLKAEASHYNSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPDL
. .: . .. . ::. : . :. : . .:: :.::.. .
CCDS55 HLRNVQRPLLQA--PFLPPK--PPPPIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQER
250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KA0 KKVVEAHKIVLCAVSHVFMLLFNVK---------------SPTDIQDSSIIRTTQDLFAI
.. :::: : . : :. :: . : : : : . .
CCDS55 VRIF-AHKIYLSTSSSKFYDLFLMDLSEGELGGPSEPGGTHPEDHQGHSDQHHHHHHHHH
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310 320 330 340 350
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