Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0838
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0838, 669 aa
1>>>pF1KA0838 669 - 669 aa - 669 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7944+/-0.00112; mu= 5.5216+/- 0.067
mean_var=240.7769+/-48.371, 0's: 0 Z-trim(111.7): 16 B-trim: 84 in 1/51
Lambda= 0.082655
statistics sampled from 12563 (12569) to 12563 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16
Scan time: 4.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2308.1 GLS gene_id:2744|Hs108|chr2 ( 669) 4554 556.5 4.2e-158
CCDS58744.1 GLS gene_id:2744|Hs108|chr2 ( 598) 3757 461.5 1.6e-129
CCDS8921.1 GLS2 gene_id:27165|Hs108|chr12 ( 602) 2758 342.3 1.2e-93
CCDS73482.1 GLS2 gene_id:27165|Hs108|chr12 ( 337) 1751 222.0 1.1e-57
>>CCDS2308.1 GLS gene_id:2744|Hs108|chr2 (669 aa)
initn: 4554 init1: 4554 opt: 4554 Z-score: 2951.8 bits: 556.5 E(32554): 4.2e-158
Smith-Waterman score: 4554; 100.0% identity (100.0% similar) in 669 aa overlap (1-669:1-669)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MMRLRGSGMLRDLLLRSPAGVSATLRRAQPLVTLCRRPRGGGRPAAGPAAAARLHPWWGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MMRLRGSGMLRDLLLRSPAGVSATLRRAQPLVTLCRRPRGGGRPAAGPAAAARLHPWWGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 GGWPAEPLARGLSSSPSEILQELGKGSTHPQPGVSPPAAPAAPGPKDGPGETDAFGNSEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 GGWPAEPLARGLSSSPSEILQELGKGSTHPQPGVSPPAAPAAPGPKDGPGETDAFGNSEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 KELVASGENKIKQGLLPSLEDLLFYTIAEGQEKIPVHKFITALKSTGLRTSDPRLKECMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 KELVASGENKIKQGLLPSLEDLLFYTIAEGQEKIPVHKFITALKSTGLRTSDPRLKECMD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 MLRLTLQTTSDGVMLDKDLFKKCVQSNIVLLTQAFRRKFVIPDFMSFTSHIDELYESAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MLRLTLQTTSDGVMLDKDLFKKCVQSNIVLLTQAFRRKFVIPDFMSFTSHIDELYESAKK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 QSGGKVADYIPQLAKFSPDLWGVSVCTVDGQRHSTGDTKVPFCLQSCVKPLKYAIAVNDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 QSGGKVADYIPQLAKFSPDLWGVSVCTVDGQRHSTGDTKVPFCLQSCVKPLKYAIAVNDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 GTEYVHRYVGKEPSGLRFNKLFLNEDDKPHNPMVNAGAIVVTSLIKQGVNNAEKFDYVMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 GTEYVHRYVGKEPSGLRFNKLFLNEDDKPHNPMVNAGAIVVTSLIKQGVNNAEKFDYVMQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 FLNKMAGNEYVGFSNATFQSERESGDRNFAIGYYLKEKKCFPEGTDMVGILDFYFQLCSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 FLNKMAGNEYVGFSNATFQSERESGDRNFAIGYYLKEKKCFPEGTDMVGILDFYFQLCSI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 EVTCESASVMAATLANGGFCPITGERVLSPEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 EVTCESASVMAATLANGGFCPITGERVLSPEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 KSGVAGGILLVVPNVMGMMCWSPPLDKMGNSVKGIHFCHDLVSLCNFHNYDNLRHFAKKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 KSGVAGGILLVVPNVMGMMCWSPPLDKMGNSVKGIHFCHDLVSLCNFHNYDNLRHFAKKL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 DPRREGGDQRVKSVINLLFAAYTGDVSALRRFALSAMDMEQRDYDSRTALHVAAAEGHVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DPRREGGDQRVKSVINLLFAAYTGDVSALRRFALSAMDMEQRDYDSRTALHVAAAEGHVE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 VVKFLLEACKVNPFPKDRWNNTPMDEALHFGHHDVFKILQEYQVQYTPQGDSDNGKENQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 VVKFLLEACKVNPFPKDRWNNTPMDEALHFGHHDVFKILQEYQVQYTPQGDSDNGKENQT
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 VHKNLDGLL
:::::::::
CCDS23 VHKNLDGLL
>>CCDS58744.1 GLS gene_id:2744|Hs108|chr2 (598 aa)
initn: 3757 init1: 3757 opt: 3757 Z-score: 2438.8 bits: 461.5 E(32554): 1.6e-129
Smith-Waterman score: 3757; 100.0% identity (100.0% similar) in 550 aa overlap (1-550:1-550)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MMRLRGSGMLRDLLLRSPAGVSATLRRAQPLVTLCRRPRGGGRPAAGPAAAARLHPWWGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MMRLRGSGMLRDLLLRSPAGVSATLRRAQPLVTLCRRPRGGGRPAAGPAAAARLHPWWGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 GGWPAEPLARGLSSSPSEILQELGKGSTHPQPGVSPPAAPAAPGPKDGPGETDAFGNSEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GGWPAEPLARGLSSSPSEILQELGKGSTHPQPGVSPPAAPAAPGPKDGPGETDAFGNSEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 KELVASGENKIKQGLLPSLEDLLFYTIAEGQEKIPVHKFITALKSTGLRTSDPRLKECMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KELVASGENKIKQGLLPSLEDLLFYTIAEGQEKIPVHKFITALKSTGLRTSDPRLKECMD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 MLRLTLQTTSDGVMLDKDLFKKCVQSNIVLLTQAFRRKFVIPDFMSFTSHIDELYESAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MLRLTLQTTSDGVMLDKDLFKKCVQSNIVLLTQAFRRKFVIPDFMSFTSHIDELYESAKK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 QSGGKVADYIPQLAKFSPDLWGVSVCTVDGQRHSTGDTKVPFCLQSCVKPLKYAIAVNDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QSGGKVADYIPQLAKFSPDLWGVSVCTVDGQRHSTGDTKVPFCLQSCVKPLKYAIAVNDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 GTEYVHRYVGKEPSGLRFNKLFLNEDDKPHNPMVNAGAIVVTSLIKQGVNNAEKFDYVMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GTEYVHRYVGKEPSGLRFNKLFLNEDDKPHNPMVNAGAIVVTSLIKQGVNNAEKFDYVMQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 FLNKMAGNEYVGFSNATFQSERESGDRNFAIGYYLKEKKCFPEGTDMVGILDFYFQLCSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FLNKMAGNEYVGFSNATFQSERESGDRNFAIGYYLKEKKCFPEGTDMVGILDFYFQLCSI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 EVTCESASVMAATLANGGFCPITGERVLSPEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EVTCESASVMAATLANGGFCPITGERVLSPEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 KSGVAGGILLVVPNVMGMMCWSPPLDKMGNSVKGIHFCHDLVSLCNFHNYDNLRHFAKKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KSGVAGGILLVVPNVMGMMCWSPPLDKMGNSVKGIHFCHDLVSLCNFHNYDNLRHFAKKL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 DPRREGGDQRVKSVINLLFAAYTGDVSALRRFALSAMDMEQRDYDSRTALHVAAAEGHVE
::::::::::
CCDS58 DPRREGGDQRHSFGPLDYESLQQELALKETVWKKVSPESNEDISTTVVYRMESLGEKS
550 560 570 580 590
>>CCDS8921.1 GLS2 gene_id:27165|Hs108|chr12 (602 aa)
initn: 2755 init1: 2755 opt: 2758 Z-score: 1795.0 bits: 342.3 E(32554): 1.2e-93
Smith-Waterman score: 2760; 67.6% identity (84.6% similar) in 611 aa overlap (59-669:19-602)
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 QPLVTLCRRPRGGGRPAAGPAAAARLHPWWGGGGWPAEPLARGLSSSPSEILQELGKGST
: ::: ..: : :: :: :
CCDS89 MRSMKALQKALSRAGSHCGRGGW-GHP-----SRSPL-----LGGGVR
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 HPQPGVSPPAAPAAPGPKDGPGETDAFGNSEGKELVASGENKIKQGLLPSLEDLLFYTIA
: .: :: . :.. . . .::. :.: : ::::::::
CCDS89 HH---LSEAAAQGRETPHSHQPQHQDHDSSES-------------GMLSRLGDLLFYTIA
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 EGQEKIPVHKFITALKSTGLRTSDPRLKECMDMLRLTLQTTSDGVMLDKDLFKKCVQSNI
::::.::.::: ::::.:::.::::::..::. .. ..: .:.: .::.:::.:::.:::
CCDS89 EGQERIPIHKFTTALKATGLQTSDPRLRDCMSEMHRVVQESSSGGLLDRDLFRKCVSSNI
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 VLLTQAFRRKFVIPDFMSFTSHIDELYESAKKQSGGKVADYIPQLAKFSPDLWGVSVCTV
::::::::.::::::: ::.:.:...:..:. .::::: ::::::: .:::::::.:::
CCDS89 VLLTQAFRKKFVIPDFEEFTGHVDRIFEDVKELTGGKVAAYIPQLAKSNPDLWGVSLCTV
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 DGQRHSTGDTKVPFCLQSCVKPLKYAIAVNDLGTEYVHRYVGKEPSGLRFNKLFLNEDDK
::::::.: ::.::::::::::: :::... :::.:::..:::::::::.::: :::.
CCDS89 DGQRHSVGHTKIPFCLQSCVKPLTYAISISTLGTDYVHKFVGKEPSGLRYNKLSLNEEGI
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 PHNPMVNAGAIVVTSLIKQGVNNAEKFDYVMQFLNKMAGNEYVGFSNATFQSERESGDRN
:::::::::::::.::::. :.:::::.:.:.:::::::::.::::::::::.:.::::
CCDS89 PHNPMVNAGAIVVSSLIKMDCNKAEKFDFVLQYLNKMAGNEYMGFSNATFQSEKETGDRN
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420 430 440
pF1KA0 FAIGYYLKEKKCFPEGTDMVGILDFYFQLCSIEVTCESASVMAATLANGGFCPITGERVL
.:::::::::::::.:.::.. ::.::::::.::::::.:::::::::::.:::::: ::
CCDS89 YAIGYYLKEKKCFPKGVDMMAALDLYFQLCSVEVTCESGSVMAATLANGGICPITGESVL
330 340 350 360 370 380
450 460 470 480 490 500
pF1KA0 SPEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPAKSGVAGGILLVVPNVMGMMCWSPPLDKM
: ::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.::::::::::::: ::::::.
CCDS89 SAEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPAKSAVSGAILLVVPNVMGMMCLSPPLDKL
390 400 410 420 430 440
510 520 530 540 550 560
pF1KA0 GNSVKGIHFCHDLVSLCNFHNYDNLRHFAKKLDPRREGGDQRVKSVINLLFAAYTGDVSA
::: .: ::. :::: :::::::::: :.::::::::.. : :.:.:::::::.:::::
CCDS89 GNSHRGTSFCQKLVSLFNFHNYDNLRHCARKLDPRREGAEIRNKTVVNLLFAAYSGDVSA
450 460 470 480 490 500
570 580 590 600 610 620
pF1KA0 LRRFALSAMDMEQRDYDSRTALHVAAAEGHVEVVKFLLEACKVNPFPKDRWNNTPMDEAL
:::::::::::::.::::::::::::::::.::::::.:::::::: ::::.: :.:.:.
CCDS89 LRRFALSAMDMEQKDYDSRTALHVAAAEGHIEVVKFLIEACKVNPFAKDRWGNIPLDDAV
510 520 530 540 550 560
630 640 650 660
pF1KA0 HFGHHDVFKILQEYQVQYTPQGDSDNGKENQTVHKNLDGLL
.:.: .: :.::.:: .:: . . .. . ..::....
CCDS89 QFNHLEVVKLLQDYQDSYTLSETQAEAAAEALSKENLESMV
570 580 590 600
>>CCDS73482.1 GLS2 gene_id:27165|Hs108|chr12 (337 aa)
initn: 1748 init1: 1748 opt: 1751 Z-score: 1149.3 bits: 222.0 E(32554): 1.1e-57
Smith-Waterman score: 1751; 75.7% identity (91.7% similar) in 337 aa overlap (333-669:1-337)
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 EYVHRYVGKEPSGLRFNKLFLNEDDKPHNPMVNAGAIVVTSLIKQGVNNAEKFDYVMQFL
:::::::::.::::. :.:::::.:.:.:
CCDS73 MVNAGAIVVSSLIKMDCNKAEKFDFVLQYL
10 20 30
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 NKMAGNEYVGFSNATFQSERESGDRNFAIGYYLKEKKCFPEGTDMVGILDFYFQLCSIEV
::::::::.::::::::::.:.::::.:::::::::::::.:.::.. ::.::::::.::
CCDS73 NKMAGNEYMGFSNATFQSEKETGDRNYAIGYYLKEKKCFPKGVDMMAALDLYFQLCSVEV
40 50 60 70 80 90
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TCESASVMAATLANGGFCPITGERVLSPEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPAKS
::::.:::::::::::.:::::: ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TCESGSVMAATLANGGICPITGESVLSAEAVRNTLSLMHSCGMYDFSGQFAFHVGLPAKS
100 110 120 130 140 150
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 GVAGGILLVVPNVMGMMCWSPPLDKMGNSVKGIHFCHDLVSLCNFHNYDNLRHFAKKLDP
.:.:.::::::::::::: ::::::.::: .: ::. :::: :::::::::: :.::::
CCDS73 AVSGAILLVVPNVMGMMCLSPPLDKLGNSHRGTSFCQKLVSLFNFHNYDNLRHCARKLDP
160 170 180 190 200 210
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 RREGGDQRVKSVINLLFAAYTGDVSALRRFALSAMDMEQRDYDSRTALHVAAAEGHVEVV
::::.. : :.:.:::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:::
CCDS73 RREGAEIRNKTVVNLLFAAYSGDVSALRRFALSAMDMEQKDYDSRTALHVAAAEGHIEVV
220 230 240 250 260 270
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 KFLLEACKVNPFPKDRWNNTPMDEALHFGHHDVFKILQEYQVQYTPQGDSDNGKENQTVH
:::.:::::::: ::::.: :.:.:..:.: .: :.::.:: .:: . . .. . .
CCDS73 KFLIEACKVNPFAKDRWGNIPLDDAVQFNHLEVVKLLQDYQDSYTLSETQAEAAAEALSK
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 KNLDGLL
.::....
CCDS73 ENLESMV
669 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 01:02:45 2016 done: Fri Nov 4 01:02:45 2016
Total Scan time: 4.130 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]