FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0837, 722 aa
1>>>pF1KA0837 722 - 722 aa - 722 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7538+/-0.000929; mu= 17.0305+/- 0.056
mean_var=67.2061+/-13.309, 0's: 0 Z-trim(105.3): 40 B-trim: 2 in 1/49
Lambda= 0.156448
statistics sampled from 8337 (8376) to 8337 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16
Scan time: 3.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34229.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 ( 722) 4891 1113.3 0
CCDS34228.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 ( 722) 4813 1095.7 0
CCDS56383.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 ( 708) 4784 1089.2 0
CCDS56381.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 ( 697) 4655 1060.1 0
CCDS3839.1 ACSL1 gene_id:2180|Hs108|chr4 ( 698) 3362 768.2 0
CCDS68826.1 ACSL1 gene_id:2180|Hs108|chr4 ( 698) 3314 757.4 1.7e-218
CCDS7573.1 ACSL5 gene_id:51703|Hs108|chr10 ( 683) 2964 678.4 9.9e-195
CCDS7572.1 ACSL5 gene_id:51703|Hs108|chr10 ( 739) 2964 678.4 1.1e-194
CCDS68825.1 ACSL1 gene_id:2180|Hs108|chr4 ( 664) 2739 627.6 1.9e-179
CCDS75213.1 ACSL1 gene_id:2180|Hs108|chr4 ( 527) 2673 612.7 4.6e-175
CCDS56382.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 ( 622) 2406 552.4 7.4e-157
CCDS14549.1 ACSL4 gene_id:2182|Hs108|chrX ( 670) 706 168.7 2.5e-41
CCDS14548.1 ACSL4 gene_id:2182|Hs108|chrX ( 711) 706 168.7 2.7e-41
CCDS2455.1 ACSL3 gene_id:2181|Hs108|chr2 ( 720) 686 164.2 6.2e-40
CCDS10298.1 ACSBG1 gene_id:23205|Hs108|chr15 ( 724) 564 136.7 1.2e-31
CCDS82282.1 ACSBG2 gene_id:81616|Hs108|chr19 ( 616) 507 123.8 7.8e-28
CCDS12159.1 ACSBG2 gene_id:81616|Hs108|chr19 ( 666) 507 123.8 8.4e-28
CCDS74269.1 ACSBG2 gene_id:81616|Hs108|chr19 ( 479) 437 108.0 3.6e-23
>>CCDS34229.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 (722 aa)
initn: 4891 init1: 4891 opt: 4891 Z-score: 5959.8 bits: 1113.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4891; 100.0% identity (100.0% similar) in 722 aa overlap (1-722:1-722)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CHGGRVGFFQGDIRLLSDDMKALCPTIFPVVPRLLNRMYDKIFSQANTPLKRWLLEFAAK
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CCDS34 EGYGQTECTAGCTFTTPGDWTSGHVGAPLPCNHIKLVDVEELNYWACKGEGEICVRGPNV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EDMVRLGKESGLHSFEQVKAIHIHSDMFSVQNGLLTPTLKAKRPELREYFKKQIEELYSI
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 SM
::
CCDS34 SM
>>CCDS34228.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 (722 aa)
initn: 4813 init1: 4813 opt: 4813 Z-score: 5864.6 bits: 1095.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4813; 98.5% identity (99.0% similar) in 722 aa overlap (1-722:1-722)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MLTFFLVSGGSLWLFVEFVLSLLEKMQTQEILRILRLPELGDLGQFFRSLSATTLVSMGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MLTFFLVSGGSLWLFVEFVLSLLEKMQTQEILRILRLPELGDLGQFFRSLSATTLVSMGA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LAAILAYWFTHRPKALQPPCNLLMQSEEVEDSGGARRSVIGSGPQLLTHYYDDARTMYQV
70 80 90 100 110 120
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pF1KA0 FRRGLSISGNGPCLGFRKPKQPYQWLSYQEVADRAEFLGSGLLQHNCKACTDQFIGVFAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FRRGLSISGNGPCLGFRKPKQPYQWLSYQEVADRAEFLGSGLLQHNCKACTDQFIGVFAQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NRPEWIIVELACYTYSMVVVPLYDTLGPGAIRYIINTADISTVIVDKPQKAVLLLEHVER
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::. : :: ::.:::::::::..:::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FKGYLKDPDRTKEALDSDGWLHTGDIGKWLPAGTLKIIDRKKHIFKLAQGEYVAPEKIEN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IYIRSQPVAQIYVHGDSLKAFLVGIVVPDPEVMPSWAQKRGIEGTYADLCTNKDLKKAIL
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pF1KA0 EDMVRLGKESGLHSFEQVKAIHIHSDMFSVQNGLLTPTLKAKRPELREYFKKQIEELYSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EDMVRLGKESGLHSFEQVKAIHIHSDMFSVQNGLLTPTLKAKRPELREYFKKQIEELYSI
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 SM
::
CCDS34 SM
>>CCDS56383.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 (708 aa)
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Smith-Waterman score: 4784; 100.0% identity (100.0% similar) in 706 aa overlap (17-722:3-708)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EDMVRLGKESGLHSFEQVKAIHIHSDMFSVQNGLLTPTLKAKRPELREYFKKQIEELYSI
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pF1KA0 SM
::
CCDS56 SM
>>CCDS56381.1 ACSL6 gene_id:23305|Hs108|chr5 (697 aa)
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Smith-Waterman score: 4655; 98.4% identity (99.0% similar) in 697 aa overlap (26-722:1-697)
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pF1KA0 MLTFFLVSGGSLWLFVEFVLSLLEKMQTQEILRILRLPELGDLGQFFRSLSATTLVSMGA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MQTQEILRILRLPELGDLGQFFRSLSATTLVSMGA
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pF1KA0 LAAILAYWFTHRPKALQPPCNLLMQSEEVEDSGGARRSVIGSGPQLLTHYYDDARTMYQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LAAILAYWFTHRPKALQPPCNLLMQSEEVEDSGGARRSVIGSGPQLLTHYYDDARTMYQV
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pF1KA0 FRRGLSISGNGPCLGFRKPKQPYQWLSYQEVADRAEFLGSGLLQHNCKACTDQFIGVFAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FRRGLSISGNGPCLGFRKPKQPYQWLSYQEVADRAEFLGSGLLQHNCKACTDQFIGVFAQ
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 NRPEWIIVELACYTYSMVVVPLYDTLGPGAIRYIINTADISTVIVDKPQKAVLLLEHVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 NRPEWIIVELACYTYSMVVVPLYDTLGPGAIRYIINTADISTVIVDKPQKAVLLLEHVER
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 KETPGLKLIILMDPFEEALKERGQKCGVVIKSMQAVEDCGQENHQAPVPPQPDDLSIVCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KETPGLKLIILMDPFEEALKERGQKCGVVIKSMQAVEDCGQENHQAPVPPQPDDLSIVCF
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pF1KA0 TSGTTGNPKGAMLTHGNVVADFSGFLKVTEKVIFPRQDDVLISFLPLAHMFERVIQSVVY
::::::::::::::::::::::::::::::. : :: ::.:::::::::..:::::
CCDS56 TSGTTGNPKGAMLTHGNVVADFSGFLKVTESQWAPTCADVHISYLPLAHMFERMVQSVVY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 CHGGRVGFFQGDIRLLSDDMKALCPTIFPVVPRLLNRMYDKIFSQANTPLKRWLLEFAAK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RKQAEVRSGIIRNDSIWDELFFNKIQASLGGCVRMIVTGAAPASPTVLGFLRAALGCQVY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EGYGQTECTAGCTFTTPGDWTSGHVGAPLPCNHIKLVDVEELNYWACKGEGEICVRGPNV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FKGYLKDPDRTKEALDSDGWLHTGDIGKWLPAGTLKIIDRKKHIFKLAQGEYVAPEKIEN
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pF1KA0 IYIRSQPVAQIYVHGDSLKAFLVGIVVPDPEVMPSWAQKRGIEGTYADLCTNKDLKKAIL
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CCDS38 IKV
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CCDS68 IKV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]