Result of FASTA (omim) for
pF1KA0766
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0766, 607 aa
1>>>pF1KA0766 607 - 607 aa - 607 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3859+/-0.000433; mu= 18.3527+/- 0.027
mean_var=67.1375+/-13.149, 0's: 0 Z-trim(110.0): 44 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.156528
statistics sampled from 18182 (18225) to 18182 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.563), E-opt: 0.2 (0.214), width: 16
Scan time: 9.470
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055620 (OMIM: 607911) EPM2A-interacting protein ( 607) 4026 918.8 0
NP_775808 (OMIM: 608899) general transcription fac ( 949) 449 111.1 1.8e-23
NP_001003795 (OMIM: 608900) general transcription ( 949) 447 110.7 2.4e-23
NP_067034 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain-co ( 693) 434 107.6 1.4e-22
NP_001137139 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain ( 693) 434 107.6 1.4e-22
XP_011512590 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1129) 379 95.3 1.2e-18
NP_001316545 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing (1174) 379 95.3 1.2e-18
XP_011512588 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 379 95.3 1.2e-18
XP_016865720 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 379 95.3 1.2e-18
XP_011512587 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 379 95.3 1.2e-18
XP_011512589 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 379 95.3 1.2e-18
XP_011512586 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 379 95.3 1.2e-18
NP_443155 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing pr (1325) 379 95.4 1.3e-18
NP_009098 (OMIM: 613567) zinc finger MYM-type prot (1325) 373 94.0 3.4e-18
NP_001290180 (OMIM: 615253) protein ZBED8 [Homo sa ( 594) 359 90.7 1.6e-17
NP_071373 (OMIM: 615253) protein ZBED8 [Homo sapie ( 594) 359 90.7 1.6e-17
XP_011525655 (OMIM: 605589,610197,616449) PREDICTE ( 796) 163 46.5 0.00042
>>NP_055620 (OMIM: 607911) EPM2A-interacting protein 1 [ (607 aa)
initn: 4026 init1: 4026 opt: 4026 Z-score: 4911.0 bits: 918.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4026; 100.0% identity (100.0% similar) in 607 aa overlap (1-607:1-607)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MWMTPKRSKMEVDEALVFRPEWTQRYLVVEPPEGDGALCLVCRRLIVATRERDVRRHYEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MWMTPKRSKMEVDEALVFRPEWTQRYLVVEPPEGDGALCLVCRRLIVATRERDVRRHYEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 EHEYYERYVADGERAALVERLRQGDLPVASFTPEERAARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EHEYYERYVADGERAALVERLRQGDLPVASFTPEERAARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 VYQCMEVLLREVLPEHVSVLQGVDLSPDITRQRILSIDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VYQCMEVLLREVLPEHVSVLQGVDLSPDITRQRILSIDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DQAFVAYENYLLVFIRGVGPELEVQEDLLTIINLTHHFSVGALMSAILESLQTAGLSLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DQAFVAYENYLLVFIRGVGPELEVQEDLLTIINLTHHFSVGALMSAILESLQTAGLSLQR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 MVGLTTTHTLRMIGENSGLVSYMREKAVSPNCWNVIHYSGFLHLELLSSYDVDVNQIINT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MVGLTTTHTLRMIGENSGLVSYMREKAVSPNCWNVIHYSGFLHLELLSSYDVDVNQIINT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISEWIVLIKTRGVRRPEFQTLLTESESEHGERVNGRCLNNWLRRGKTLKLIFSLRKEMEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ISEWIVLIKTRGVRRPEFQTLLTESESEHGERVNGRCLNNWLRRGKTLKLIFSLRKEMEA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 FLVSVGATTVHFSDKQWLCDFGFLVDIMEHLRELSEELRVSKVFAAAAFDHICTFEVKLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FLVSVGATTVHFSDKQWLCDFGFLVDIMEHLRELSEELRVSKVFAAAAFDHICTFEVKLN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 LFQRHIEEKNLTDFPALREVVDELKQQNKEDEKIFDPDRYQMVICRLQKEFERHFKDLRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LFQRHIEEKNLTDFPALREVVDELKQQNKEDEKIFDPDRYQMVICRLQKEFERHFKDLRF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 IKKDLELFSNPFNFKPEYAPISVRVELTKLQANTNLWNEYRIKDLGQFYAGLSAESYPII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IKKDLELFSNPFNFKPEYAPISVRVELTKLQANTNLWNEYRIKDLGQFYAGLSAESYPII
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 KGVACKVASLFDSNQICEKAFSYLTRNQHTLSQPLTDEHLQALFRVATTEMEPGWDDLVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KGVACKVASLFDSNQICEKAFSYLTRNQHTLSQPLTDEHLQALFRVATTEMEPGWDDLVR
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 ERNESNP
:::::::
NP_055 ERNESNP
>>NP_775808 (OMIM: 608899) general transcription factor (949 aa)
initn: 586 init1: 293 opt: 449 Z-score: 542.6 bits: 111.1 E(85289): 1.8e-23
Smith-Waterman score: 722; 27.6% identity (59.1% similar) in 584 aa overlap (9-588:418-949)
10 20 30
pF1KA0 MWMTPKRSKMEVD-EALVFRPEWTQRYLVVEPPEGDGA
: ..: :. ::. .: . :. :: .
NP_775 SSMRRILEAAEFIKFTVIRPLPGLELSNVGKRKIDQEGRVFQEKWERAYFFVEVQ--NIP
390 400 410 420 430 440
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 LCLVCRRLIVATRERDVRRHYEAEH-EYYERYVADGERAALVERLRQGDLPVASFTPEER
::.:.. . ...: ..::::...: ..:..:. ::.: .:.
NP_775 TCLICKQSMSVSKEYNLRRHYQTNHSKHYDQYM---------ERMR-----------DEK
450 460 470 480
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 AARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDFVYQCMEVLLREVLPEHVSVLQGVDLSPDITRQRILS
. :: . : : .: .: ::. .:. . . . : . .
NP_775 LHELKKGLRKYLL------GSSDT--EC---------PEQKQVFANPSPTQKSPVQPVED
490 500 510 520
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 IDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALDDQAFVAYENYLLVFIRGVGPELEVQEDLLTIINLTH
. :: ..: .. :.: :::.:.:. . . . : .::::: ...:.:.:: . .:
NP_775 LAGNLWEKLREKIRSFVAYSIAIDEITDINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTG
530 540 550 560 570 580
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 HFSVGALMSAILESLQTAGLSLQRMVGLTTTHTLRMIGENSGLVSYMREKAVSPNCWNVI
: . ..: . .::. .. ...:....: : :. :.:::. .. . :. : ..
NP_775 TKSGNEIFSRVEKSLKKFCIDWSKLVSVASTGTPAMVDANNGLVTKLKSR-VATFCKGAE
590 600 610 620 630 640
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 HYS--GFLHLELLSSYDVDVNQIINTISEWIVLIKTRGVRRPEFQTLLTESESEHGERVN
: ..: : : . . ........ . . : .::. . :: ::: : .:..: .
NP_775 LKSICCIIHPESLCAQKLKMDHVMDVVVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLY
650 660 670 680 690 700
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 GRCLNNWLRRGKTLKLIFSLRKEMEAFLVSVGATTVHFSDKQWLCDFGFLVDIMEHLREL
.. :: :: .:: .: .:...:. : : ..:. .:. :..::::. :: :
NP_775 YTEIK-WLSRGLVLKRFFESLEEIDSFMSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNAL
710 720 730 740 750 760
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 SEELRVSKVFAAAAFDHICTFEVKLNLFQRHIEEKNLTDFPALREVVDELKQQNKEDEKI
. :. . ... .: : .: .:: :.. :. ..::. ::.:. : ..:. :
NP_775 NISLQGHSQIVTQMYDLIRAFLAKLCLWETHLTRNNLAHFPTLK-----LASRNESDGLN
770 780 790 800 810 820
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 FDPDRYQMVICRLQKEFERHFKDLRFIKKDLELFSNPFNFKPEYAPISVRVELTKLQANT
. : : .:. ::.....:... ...: :::.::. : . . ...:. :: ::
NP_775 YIPK-----IAELKTEFQKRLSDFKLYESELTLFSSPFSTKIDSVHEELQMEVIDLQCNT
830 840 850 860 870
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 NLWNEYRIKDLGQFYAGLSAESYPIIKGVACKVASLFDSNQICEKAFSYLTRNQHTLSQP
: ..: . .:: : . ::: : :. :.: :. :::. :: . .. .
NP_775 VLKTKYDKVGIPEFYKYLWG-SYPKYKHHCAKILSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQ
880 890 900 910 920 930
580 590 600
pF1KA0 LTDEHLQALFRVATTEMEPGWDDLVRERNESNP
: : . ......::
NP_775 LKDSQWDSVLHIAT
940
>>NP_001003795 (OMIM: 608900) general transcription fact (949 aa)
initn: 586 init1: 292 opt: 447 Z-score: 540.1 bits: 110.7 E(85289): 2.4e-23
Smith-Waterman score: 716; 27.6% identity (58.9% similar) in 584 aa overlap (9-588:418-949)
10 20 30
pF1KA0 MWMTPKRSKMEVD-EALVFRPEWTQRYLVVEPPEGDGA
: ..: :. ::. .: . :. :: .
NP_001 SSMRRILEAAEFIKFTVIRPLPGLELSNVGKRKIDQEGRVFQEKWERAYFFVEVQ--NIP
390 400 410 420 430 440
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 LCLVCRRLIVATRERDVRRHYEAEH-EYYERYVADGERAALVERLRQGDLPVASFTPEER
::.:.. . ...: ..::::...: ..:..:. ::.: .:.
NP_001 TCLICKQSMSVSKEYNLRRHYQTNHSKHYDQYT---------ERMR-----------DEK
450 460 470 480
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 AARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDFVYQCMEVLLREVLPEHVSVLQGVDLSPDITRQRILS
. :: . : : .: .: ::. .:. . . . : . .
NP_001 LHELKKGLRKYLL------GSSDT--EC---------PEQKQVFANPSPTQKSPVQPVED
490 500 510 520
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pF1KA0 IDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALDDQAFVAYENYLLVFIRGVGPELEVQEDLLTIINLTH
. :: ..: .. :.: :::.:.:. . . . : .::::: ...:.:.:: . .:
NP_001 LAGNLWEKLREKIRSFVAYSIAIDEITDINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTG
530 540 550 560 570 580
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 HFSVGALMSAILESLQTAGLSLQRMVGLTTTHTLRMIGENSGLVSYMREKAVSPNCWNVI
: . .. . .::. .. .:.:....: : :. :.:::. .. . :. : ..
NP_001 TKSGNEIFLRVEKSLKKFCINWSRLVSVASTGTPAMVDANNGLVTKLKSR-VATFCKGAE
590 600 610 620 630 640
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pF1KA0 HYS--GFLHLELLSSYDVDVNQIINTISEWIVLIKTRGVRRPEFQTLLTESESEHGERVN
: ..: : : . . ........ . . : .::. . :: ::: : .:..: .
NP_001 LKSICCIIHPESLCAQKLKMDHVMDVVVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLY
650 660 670 680 690 700
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 GRCLNNWLRRGKTLKLIFSLRKEMEAFLVSVGATTVHFSDKQWLCDFGFLVDIMEHLREL
.. :: :: .:: .: .:...:. : : ..:. .:. :..::::. :: :
NP_001 YTEIK-WLSRGLVLKRFFESLEEIDSFMSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNAL
710 720 730 740 750 760
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 SEELRVSKVFAAAAFDHICTFEVKLNLFQRHIEEKNLTDFPALREVVDELKQQNKEDEKI
. :. . ... .: : .: .:: :.. :. ..::. ::.:. : ..:. :
NP_001 NISLQGHSQIVTQMYDLIRAFLAKLCLWETHLTRNNLAHFPTLK-----LVSRNESDGLN
770 780 790 800 810 820
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 FDPDRYQMVICRLQKEFERHFKDLRFIKKDLELFSNPFNFKPEYAPISVRVELTKLQANT
. : : .:. ::.....:... ...: :::.::. : . . ...:. :: ::
NP_001 YIPK-----IAELKTEFQKRLSDFKLYESELTLFSSPFSTKIDSVHEELQMEVIDLQCNT
830 840 850 860 870
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 NLWNEYRIKDLGQFYAGLSAESYPIIKGVACKVASLFDSNQICEKAFSYLTRNQHTLSQP
: ..: . .:: : . ::: : :. :.: :. :::. :: . .. .
NP_001 VLKTKYDKVGIPEFYKYLWG-SYPKYKHHCAKILSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQ
880 890 900 910 920 930
580 590 600
pF1KA0 LTDEHLQALFRVATTEMEPGWDDLVRERNESNP
: : . ......::
NP_001 LKDSQWDSVLHIAT
940
>>NP_067034 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain-contai (693 aa)
initn: 356 init1: 195 opt: 434 Z-score: 526.3 bits: 107.6 E(85289): 1.4e-22
Smith-Waterman score: 434; 22.8% identity (56.3% similar) in 540 aa overlap (37-563:130-650)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 RSKMEVDEALVFRPEWTQRYLVVEPPEGDGALCLVCRRLIVATR--ERDVRRHYEAEHEY
: :..:.... . .::: :..:
NP_067 TFSKKPKRRKYDESYLSFGFTYFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLAPSKLRRHLETKHAA
100 110 120 130 140 150
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pF1KA0 Y-ERYVADGERAALVERLRQGDLPVASFTPEERAARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDFVYQ
: .. .. .. . . : : .: :..:. .. .::.:.. :... .
NP_067 YKDKDISFFKQHLDSPENNKPPTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIK
160 170 180 190 200 210
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 -CM-EVLLREVLPEHVSVLQGVDLSPDITRQRILSIDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALDD
: .:..: .. . ...:.:: . . .:: .. .....: : . ..:: ::.
NP_067 PCAKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRLKICDGFSLQLDE
220 230 240 250 260 270
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pF1KA0 QAFVAYENYLLVFIRGVGPELEVQEDLLTIINLTHHFSVGALMSAILESLQTAGLSLQRM
.: :. ::::.: . ..:::: .: . . ... : .: . ..
NP_067 SADVSGLAVLLVFVR-YRFNKSIEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCINSFMQKHEIEWEKC
280 290 300 310 320 330
250 260 270 280 290
pF1KA0 VGLTTTHTLRM---IGENSGLVSYMREKAVSPNCWNVIHYSGFLHLELLSSYDVDVNQII
: . . . . :.: :..:. ...: .: . : : .... . ......
NP_067 VDVCSDASRAVDGKIAEAVTLIKYVAPESTSSHC---LLYRHALAVKIMPT---SLKNVL
340 350 360 370 380 390
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 NTISEWIVLIKTRGVRRPEFQTLLTESESEHGERVNGRCLNN---WLRRGKTLKLIFSLR
. . : ::.: :. . :: : : . .. ::. :: :::.: .: ::
NP_067 DQAVQIINYIKAR----PHQSRLLKILCEEMGAQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRLFELR
400 410 420 430 440
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pF1KA0 KEMEAFLVSVGATTVHFSDKQWLCDFGFLVDIMEHLRELSEELRVSKVFAAAAFDHICTF
.:. .:. :. . .....:: ...:.::. .: :.. .. ..: . ..::.. ..
NP_067 RELLVFMDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADIFTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSL
450 460 470 480 490 500
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pF1KA0 EVKLNLFQRHIEEKNLTDFPALREVVDELKQQNKEDEKIFDPDRYQMVICRLQKEFERHF
::... .::.:. ::.: . . :... : : . .. .:. .
NP_067 LRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINST-------VDKDICSAIVQHLRGLRATLL
510 520 530 540 550 560
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 KDLRFIKKDLELFSNPFNFKPEYAPISVR--VELTKLQANTNLWNEYRIKDLGQFYAGLS
: . . . :::. . : . .: : : ..... ... .:..:...:
NP_067 KYFPVTNDNNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTSDSQVKQNFSELSLNDFWSSLI
570 580 590 600 610 620
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 AESYPIIKGVACKVASLFDSNQICEKAFSYLTRNQHTLSQPLTDEHLQALFRVATTEMEP
: :: : : .: : . ..:: .:::
NP_067 QE-YPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRKRLDAAPHMRIRLSNITPNIK
630 640 650 660 670 680
>>NP_001137139 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain-con (693 aa)
initn: 356 init1: 195 opt: 434 Z-score: 526.3 bits: 107.6 E(85289): 1.4e-22
Smith-Waterman score: 434; 22.8% identity (56.3% similar) in 540 aa overlap (37-563:130-650)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 RSKMEVDEALVFRPEWTQRYLVVEPPEGDGALCLVCRRLIVATR--ERDVRRHYEAEHEY
: :..:.... . .::: :..:
NP_001 TFSKKPKRRKYDESYLSFGFTYFGNRDAPHAQCVLCKKILSNSSLAPSKLRRHLETKHAA
100 110 120 130 140 150
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 Y-ERYVADGERAALVERLRQGDLPVASFTPEERAARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDFVYQ
: .. .. .. . . : : .: :..:. .. .::.:.. :... .
NP_001 YKDKDISFFKQHLDSPENNKPPTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIK
160 170 180 190 200 210
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pF1KA0 -CM-EVLLREVLPEHVSVLQGVDLSPDITRQRILSIDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALDD
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.: :. ::::.: . ..:::: .: . . ... : .: . ..
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: . . . . :.: :..:. ...: .: . : : .... . ......
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