FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0676, 1250 aa
1>>>pF1KA0676 1250 - 1250 aa - 1250 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0158+/-0.00099; mu= 15.2815+/- 0.060
mean_var=117.5199+/-23.810, 0's: 0 Z-trim(108.6): 84 B-trim: 317 in 1/52
Lambda= 0.118309
statistics sampled from 10219 (10304) to 10219 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 5.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43408.1 TBC1D9B gene_id:23061|Hs108|chr5 (1250) 8297 1428.1 0
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CCDS47136.1 TBC1D9 gene_id:23158|Hs108|chr4 (1266) 5134 888.2 0
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CCDS82486.1 TBC1D8 gene_id:11138|Hs108|chr2 (1155) 3137 547.3 8.1e-155
CCDS14522.1 TBC1D8B gene_id:54885|Hs108|chrX (1120) 1926 340.6 1.3e-92
CCDS14523.1 TBC1D8B gene_id:54885|Hs108|chrX ( 632) 876 161.3 7.3e-39
CCDS14002.1 SGSM3 gene_id:27352|Hs108|chr22 ( 749) 561 107.5 1.3e-22
CCDS9534.2 GRTP1 gene_id:79774|Hs108|chr13 ( 336) 521 100.5 7.5e-21
CCDS66591.1 GRTP1 gene_id:79774|Hs108|chr13 ( 344) 521 100.5 7.6e-21
CCDS8162.1 TBC1D10C gene_id:374403|Hs108|chr11 ( 446) 473 92.4 2.8e-18
CCDS32301.2 TBC1D2B gene_id:23102|Hs108|chr15 ( 914) 476 93.1 3.5e-18
CCDS45314.1 TBC1D2B gene_id:23102|Hs108|chr15 ( 963) 473 92.6 5.3e-18
CCDS10676.2 TBC1D10B gene_id:26000|Hs108|chr16 ( 808) 471 92.2 5.8e-18
CCDS13874.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 ( 508) 463 90.7 1e-17
CCDS59137.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9 ( 468) 457 89.7 1.9e-17
CCDS56227.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 ( 515) 457 89.7 2.1e-17
CCDS75865.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9 ( 928) 457 89.8 3.4e-17
CCDS54209.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 805) 434 85.9 4.6e-16
CCDS12188.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 794) 415 82.6 4.3e-15
CCDS35080.1 TBC1D2 gene_id:55357|Hs108|chr9 ( 917) 409 81.7 9.8e-15
CCDS76179.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 821) 384 77.4 1.7e-13
CCDS30774.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 810) 382 77.0 2.2e-13
CCDS1314.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 ( 815) 379 76.5 3.1e-13
CCDS6848.2 RABGAP1 gene_id:23637|Hs108|chr9 (1069) 369 74.9 1.3e-12
CCDS53492.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 ( 828) 356 72.6 4.8e-12
CCDS44357.1 USP6NL gene_id:9712|Hs108|chr10 ( 845) 356 72.6 4.8e-12
CCDS33972.1 TBC1D1 gene_id:23216|Hs108|chr4 (1168) 339 69.8 4.7e-11
>>CCDS43408.1 TBC1D9B gene_id:23061|Hs108|chr5 (1250 aa)
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Smith-Waterman score: 8297; 99.9% identity (99.9% similar) in 1250 aa overlap (1-1250:1-1250)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ILHQTQDSQVYWTVACGSSRKEITKHWEWLENNLLQTLSIFDSEEDITTFVKGKIHGIIA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EENKNLQPQGDEDPGKFKEAELKMRKQFGMPEGEKLVNYYSCSYWKGRVPRQGWLYLTVN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HLCFYSFLLGKEVSLVVQWVDITRLEKNATLLFPESIRVDTRDQELFFSMFLNIGETFKL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MEQLANLAMRQLLDSEGFLEDKALPRPIRPHRNISALKRDLDARAKNECYRATFRLPRDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RLDGHTSCTLWTPFNKLHIPGQMFISNNYICFASKEEDACHLIIPLREVTIVEKADSSSV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LPSPLSISTKSKMTFLFANLKDRDFLVQRISDFLQKTPSKQPGSIGSRKASVVDPSTESS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PAPQEGSEQPASPASPLSSRQSFCAQEAPTASQGLLKLFQKNSPMEDLGAKGAKEKMKEE
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pF1KA0 SWHIHFFEYGRGVCMYRTAKTRALVLKGIPESLRGELWLLFSGAWNEMVTHPGYYAELVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SWHIHFFEYGRGVCMYRTAKTRALVLKGIPESLRGELWLLFSGAWNEMVTHPGYYAELVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KSTGKYSLATEEIERDLHRSMPEHPAFQNELGIAALRRVLTAYAFRNPTIGYCQAMNIVT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GVISSISLSWFLTLFLSVMPFESAVVIVDCFFYEGIKVILQVALAVLDANMEQLLGCSDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RTMAGRRDPSLPYLEQYRIDASQFRELFASLTPWACGSHTPLLAGRMFRLLDENKDSLIN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DLDLFLPWEAQEALPQEEQEGSGSEERGEEKGTSSPDYRHYLRMWAKEKEAQKETIKDLP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EQILASILTESVLVNFFEKRVDIGLKIKDQKKVERQFSTASDHEQPGVSG
1210 1220 1230 1240 1250
>>CCDS4450.1 TBC1D9B gene_id:23061|Hs108|chr5 (1233 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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CCDS44 ILHQTQDSQVYWTVACGSSRKEITKHWEWLENNLLQTLSIFDSEEDITTFVKGKIHGIIA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 HLCFYSFLLGKEVSLVVQWVDITRLEKNATLLFPESIRVDTRDQELFFSMFLNIGETFKL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MEQLANLAMRQLLDSEGFLEDKALPRPIRPHRNISALKRDLDARAKNECYRATFRLPRDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LPSPLSISTKSKMTFLFANLKDRDFLVQRISDFLQKTPSKQPGSIGSRKASVVDPSTESS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PAPQEGSEQPASPASPLSSRQSFCAQEAPTASQGLLKLFQKNSPMEDLGAKGAKEKMKEE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SWHIHFFEYGRGVCMYRTAKTRALVLKGIPESLRGELWLLFSGAWNEMVTHPGYYAELVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KSTGKYSLATEEIERDLHRSMPEHPAFQNELGIAALRRVLTAYAFRNPTIGYCQAMNIVT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SVLLLYGSEEEAFWLLVALCERMLPDYYNTRVVGALVDQGIFEELTRDFLPQLSEKMQDL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GVISSISLSWFLTLFLSVMPFESAVVIVDCFFYEGIKVILQVALAVLDANMEQLLGCSDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GEAMTMLGRYLDNVVNKQSVSPPIPHLRALLSSSDDPPAEVDIFELLKVSYEKFSSLRAE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DIEQMRFKQRLKVIQSLEDTAKRSVVRAIPVDIGFSIEELEDLYMVFKAKHLASQYWGCS
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pF1KA0 RTMAGRRDPSLPYLEQYRIDASQFRELFASLTPWACGSHTPLLAGRMFRLLDENKDSLIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RTMAGRRDPSLPYLEQYRIDASQFRELFASLTPWACGSHTPLLAGRMFRLLDENKDSLIN
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pF1KA0 FKEFVTGMSGMYHGDLTEKLKVLYKLHLPPALSPEEAESALEAAHYFTEDSSSEASPLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FKEFVTGMSGMYHGDLTEKLKVLYKLHLPPALSPEEAESALEAAHYFTEDSSSE------
910 920 930 940 950
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 -----------EALPQEEQEGSGSEERGEEKGTSSPDYRHYLRMWAKEKEAQKETIKDLP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KMNQEQFIELCKTLYNMFSEDPMEQDLYHAIATVASLLLRIGEVGKKFSARTGRKPRDCA
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pF1KA0 TEEDEPPAPELHQDAARELQPPAAGDPQAKAGGDTHLGTAPQESQVVVEGGSGEGQGSPS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
CCDS44 TEEDEPPAPELHQDAARELQPPAAGDPQAKAGGDTHLGKAPQESQVVVEGGSGEGQGSPS
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 QLLSDDETKDDMSMSSYSVVSTGSLQCEDLADDTVLVGGEACSPTARIGGTVDTDWCISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QLLSDDETKDDMSMSSYSVVSTGSLQCEDLADDTVLVGGEACSPTARIGGTVDTDWCISF
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1210 1220 1230 1240 1250
pF1KA0 EQILASILTESVLVNFFEKRVDIGLKIKDQKKVERQFSTASDHEQPGVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EQILASILTESVLVNFFEKRVDIGLKIKDQKKVERQFSTASDHEQPGVSG
1190 1200 1210 1220 1230
>>CCDS47136.1 TBC1D9 gene_id:23158|Hs108|chr4 (1266 aa)
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Smith-Waterman score: 5166; 63.1% identity (83.7% similar) in 1286 aa overlap (1-1250:1-1266)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MWLSPEEVLVANALWVTERANPFFVLQRRRGH----GRGGGLTGLLVGTLDVVLDSSARV
::..:::::.:::::.::::::.:.::::.:: : ::::.:::::::::::::::::
CCDS47 MWVNPEEVLLANALWITERANPYFILQRRKGHAGDGGGGGGLAGLLVGTLDVVLDSSARV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 APYRILHQTQDSQVYWTVACGSSRKEITKHWEWLENNLLQTLSIFDSEEDITTFVKGKIH
::::::.:: :: ::::.:::.::::::.::::::.:::::::::..:.::::::.:::.
CCDS47 APYRILYQTPDSLVYWTIACGGSRKEITEHWEWLEQNLLQTLSIFENENDITTFVRGKIQ
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::::: :: . . :.: ::::: .:... ::::: ::::::::::::::.::::::.:
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:..:::::::::.:.:..::..:::::.::::::::.:. :.:.::..: :::.::::.:
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::::::::::.:::::::.::: .:..::. : ...::::::::::::.: ::: ::
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: . ::. : .::... . :. . :: .. .. .:::.: :. .... :: :.
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.. : ::: .::..:.::: :::.:.::::: ::: :::::::::.:::::::.::: ::
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.:::::: .::::: :::.:::::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::
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:..::: . ::::::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::.:.:::::
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CCDS47 DIGEDTVLVRSGQGTAALPR-STSLDRDWAITFEQFLASLLTEPALVKYFDKPVCMMARI
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CCDS47 TSAKNIRMMGKPLTSASDYEISAMSG
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: : .
CCDS46 ---------------------------------------------------PEA-----A
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CCDS46 SNL
1140
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CCDS82 MWLKPEEVLLKNALKLWVTQKSSCYFILQRRRGHGEGGGRLTGRLVGALDAVLDSNARVA
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CCDS82 PFRILLQVPGSQVYSPIACGELLNGSDVYWAIATGATLEEINQHWDWLEQNLLHTLSVFD
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CCDS82 NKDDIASFVKGKVKALIAEETSSRLAEQEEEPEKFREALVKFEARFNFPEAEKLVTYYSC
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:::::::::::::..::::::::.::::..::: :::: .::....... ..::. :.
CCDS82 CCWKGRVPRQGWLYLSINHLCFYSFFLGKELKLVVPWVDIQKLERTSNVFLTDTIRITTQ
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CCDS82 NKERDFSMFLNLDEVFKVMEQLADVTLRRLLDNEVFDLDPDLQEPSQ------ITKRDLE
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CCDS82 ARAQNEFFRAFFRLPRKEKLHAVVDCSLWTPFSRCHTTGRMFASDSYICFASREDGCCKI
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CCDS82 VHYDTSADDDMASLVFHSTSMCSDHRFGDLEMMSSQNSEESEKEKSPLMHPDA---LVTA
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CCDS82 FQQ-SGSQSPDSRMSREQIKISLWNDHFVEYGRTVCMFRTEKIRKLVAMGIPESLRGRLW
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CCDS82 VLTAYAHRNPKIGYCQSMNILTSVLLLYTKEEEAFWLLVAVCERMLPDYFNHRVIGAQVD
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CCDS82 QSVFEELIKGHLPELAEHMNDLSALASVSLSWFLTLFLSIMPLESAVNVVDCFFYDGIKA
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:.:..::::.:: :.: . .:.:.:. .:.:.::.. :..: .::. .:..:....:
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.:: .:.. :::::.. .:.::..:.:.:..:.:. :::.:..:.:.. .... :
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.::.:: .:: .:. : :: : ::.:.::: :: ::::::: :: .:: ..::.::.
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.. :.. :. .:. : :.::::.:..::..:::::.:: ::: :.:::.:::::..:
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CCDS14 SLLA----NSPLMED-----APQRLR---WQAHLEFTHNHDVGDLTWDKIAVSLPRSEKL
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CCDS14 RSLVLAGIPHGMRPQLWMRLSGALQKKRNSELSYREIVKNSSNDETIAAKQIEKDLLRTM
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CCDS14 PSNACFASMGSIGVPRLRRVLRALAWLYPEIGYCQGTGMVAACLLLFLEEEDAFWMMSAI
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: .:: .:..: ..:. .:: ....: ..::.:.. .:. . .: :.: :::: : :
CCDS14 IEDLLPASYFSTTLLGVQTDQRVLRHLIVQYLPRLDKLLQEHDIELSLITLHWFLTAFAS
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: :: . : : .:. : . :: :.... . . . .: .: . .
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CCDS14 RKSTITALLFGEDDLEALKAKNIKQTELVADLREAILR-VARHFQCTDPKNCSVELTPDY
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CCDS14 SMESHQRDHENYVACSRSHR-RRAKALLDFERHDDDELGFRKNDIITIVSQKDEHCWVGE
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. : . ... ..::: .:. : . :: :.. . .: : ::.:.. : :.:
CCDS14 LNGLRGWFPAKFVEVLDERSKEYSIAGDDSVTEGVTDLVRGTLCPALKALFEHGLKKPSL
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CCDS14 LGGACHPWLFIEEAAGREVERDFASVYSRLVLCKTFRLDEDGKVLTPEELLYRAVQSVNV
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