FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0660, 482 aa 1>>>pF1KA0660 482 - 482 aa - 482 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5976+/-0.000392; mu= -2.9628+/- 0.025 mean_var=390.3486+/-80.762, 0's: 0 Z-trim(123.9): 21 B-trim: 2572 in 1/59 Lambda= 0.064915 statistics sampled from 44526 (44569) to 44526 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.808), E-opt: 0.2 (0.523), width: 16 Scan time: 8.800 The best scores are: opt bits E(85289) XP_016864412 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39 XP_006714812 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39 XP_016864411 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39 NP_005745 (OMIM: 608431) ras GTPase-activating pro ( 466) 1600 163.6 1.1e-39 NP_938405 (OMIM: 608431) ras GTPase-activating pro ( 466) 1600 163.6 1.1e-39 XP_006714813 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase- ( 466) 1600 163.6 1.1e-39 >>XP_016864412 (OMIM: 608431) PREDICTED: ras GTPase-acti (466 aa) initn: 1595 init1: 860 opt: 1600 Z-score: 833.4 bits: 163.6 E(85289): 1.1e-39 Smith-Waterman score: 1981; 65.4% identity (80.3% similar) in 482 aa overlap (1-471:1-461) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNKAPEYLHRFYGRNSSYVHGGVDASGKPQEAVYGQND ::::::::::::::::::::::::.::..::::::.::::::::.:..::: .:::::.. 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