Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0553
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0553, 1424 aa
1>>>pF1KA0553 1424 - 1424 aa - 1424 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5153+/-0.00117; mu= -7.6995+/- 0.071
mean_var=447.5019+/-90.109, 0's: 0 Z-trim(115.2): 104 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.060628
statistics sampled from 15680 (15771) to 15680 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.484), width: 16
Scan time: 5.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32666.1 GPATCH8 gene_id:23131|Hs108|chr17 (1502) 9580 853.5 0
CCDS2291.1 ZNF804A gene_id:91752|Hs108|chr2 (1209) 677 74.7 1.8e-12
CCDS5613.1 ZNF804B gene_id:219578|Hs108|chr7 (1349) 645 72.0 1.4e-11
>>CCDS32666.1 GPATCH8 gene_id:23131|Hs108|chr17 (1502 aa)
initn: 9580 init1: 9580 opt: 9580 Z-score: 4544.7 bits: 853.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9580; 100.0% identity (100.0% similar) in 1424 aa overlap (1-1424:79-1502)
10 20 30
pF1KA0 MGMGRMEMELDYAEDATERRRVLEVEKEDT
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QKHGWKLGQGLGKSLQGRTDPIPIVVKYDVMGMGRMEMELDYAEDATERRRVLEVEKEDT
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 EELRQKYKDYVDKEKAIAKALEDLRANFYCELCDKQYQKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EELRQKYKDYVDKEKAIAKALEDLRANFYCELCDKQYQKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKD
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 LKQREFARNVSSRSRKDEKKQEKALRRLHELAEQRKQAECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LKQREFARNVSSRSRKDEKKQEKALRRLHELAEQRKQAECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGG
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 EDDKDESATNSGTGATASCGLGSEFSTDKGGPFTAVQITNTTGLAQAPGLASQGISFGIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EDDKDESATNSGTGATASCGLGSEFSTDKGGPFTAVQITNTTGLAQAPGLASQGISFGIK
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 NNLGTPLQKLGVSFSFAKKAPVKLESIASVFKDHAEEGTSEDGTKPDEKSSDQGLQKVGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NNLGTPLQKLGVSFSFAKKAPVKLESIASVFKDHAEEGTSEDGTKPDEKSSDQGLQKVGD
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 SDGSSNLDGKKEDEDPQDGGSLASTLSKLKRMKREEGAGATEPEYYHYIPPAHCKVKPNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SDGSSNLDGKKEDEDPQDGGSLASTLSKLKRMKREEGAGATEPEYYHYIPPAHCKVKPNF
350 360 370 380 390 400
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 PFLLFMRASEQMDGDNTTHPKNAPESKKGSSPKPKSCIKAAASQGAEKTVSEVSEQPKET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PFLLFMRASEQMDGDNTTHPKNAPESKKGSSPKPKSCIKAAASQGAEKTVSEVSEQPKET
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 SMTEPSEPGSKAEAKKALGGDVSDQSLESHSQKVSETQMCESNSSKETSLATPAGKESQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SMTEPSEPGSKAEAKKALGGDVSDQSLESHSQKVSETQMCESNSSKETSLATPAGKESQE
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 GPKHPTGPFFPVLSKDESTALQWPSELLIFTKAEPSISYSCNPLYFDFKLSRNKDARTKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GPKHPTGPFFPVLSKDESTALQWPSELLIFTKAEPSISYSCNPLYFDFKLSRNKDARTKG
530 540 550 560 570 580
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 TEKPKDIGSSSKDHLQGLDPGEPNKSKEVGGEKIVRSSGGRMDAPASGSACSGLNKQEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TEKPKDIGSSSKDHLQGLDPGEPNKSKEVGGEKIVRSSGGRMDAPASGSACSGLNKQEPG
590 600 610 620 630 640
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 GSHGSETEDTGRSLPSKKERSGKSHRHKKKKKHKKSSKHKRKHKADTEEKSSKAESGEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GSHGSETEDTGRSLPSKKERSGKSHRHKKKKKHKKSSKHKRKHKADTEEKSSKAESGEKS
650 660 670 680 690 700
640 650 660 670 680 690
pF1KA0 KKRKKRKRKKNKSSAPADSERGPKPEPPGSGSPAPPRRRRRAQDDSQRRSLPAEEGSSGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KKRKKRKRKKNKSSAPADSERGPKPEPPGSGSPAPPRRRRRAQDDSQRRSLPAEEGSSGK
710 720 730 740 750 760
700 710 720 730 740 750
pF1KA0 KDEGGGGSSSQDHGGRKHKGELPPSSCQRRAGTKRSSRSSHRSQPSSGDEDSDDASSHRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KDEGGGGSSSQDHGGRKHKGELPPSSCQRRAGTKRSSRSSHRSQPSSGDEDSDDASSHRL
770 780 790 800 810 820
760 770 780 790 800 810
pF1KA0 HQKSPSQYSEEEEEEDSGSEHSRSRSRSGRRHSSHRSSRRSYSSSSDASSDQSCYSRQRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HQKSPSQYSEEEEEEDSGSEHSRSRSRSGRRHSSHRSSRRSYSSSSDASSDQSCYSRQRS
830 840 850 860 870 880
820 830 840 850 860 870
pF1KA0 YSDDSYSDYSDRSRRHSKRSHDSDDSDYASSKHRSKRHKYSSSDDDYSLSCSQSRSRSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YSDDSYSDYSDRSRRHSKRSHDSDDSDYASSKHRSKRHKYSSSDDDYSLSCSQSRSRSRS
890 900 910 920 930 940
880 890 900 910 920 930
pF1KA0 HTRERSRSRGRSRSSSCSRSRSKRRSRSTTAHSWQRSRSYSRDRSRSTRSPSQRSGSRKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HTRERSRSRGRSRSSSCSRSRSKRRSRSTTAHSWQRSRSYSRDRSRSTRSPSQRSGSRKR
950 960 970 980 990 1000
940 950 960 970 980 990
pF1KA0 SWGHESPEERHSGRRDFIRSKIYRSQSPHYFRSGRGEGPGKKDDGRGDDSKATGPPSQNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SWGHESPEERHSGRRDFIRSKIYRSQSPHYFRSGRGEGPGKKDDGRGDDSKATGPPSQNS
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KA0 NIGTGRGSEGDCSPEDKNSVTAKLLLEKIQSRKVERKPSVSEEVQATPNKAGPKLKDPPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NIGTGRGSEGDCSPEDKNSVTAKLLLEKIQSRKVERKPSVSEEVQATPNKAGPKLKDPPQ
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KA0 GYFGPKLPPSLGNKPVLPLIGKLPATRKPNKKCEESGLERGEEQEQSETEEGPPGSSDAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GYFGPKLPPSLGNKPVLPLIGKLPATRKPNKKCEESGLERGEEQEQSETEEGPPGSSDAL
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1120 1130 1140 1150 1160 1170
pF1KA0 FGHQFPSEETTGPLLDPPPEESKSGEATADHPVAPLGTPAHSDCYPGDPTISHNYLPDPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FGHQFPSEETTGPLLDPPPEESKSGEATADHPVAPLGTPAHSDCYPGDPTISHNYLPDPS
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1180 1190 1200 1210 1220 1230
pF1KA0 DGDTLESLDSSSQPGPVESSLLPIAPDLEHFPSYAPPSGDPSIESTDGAEDASLAPLESQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DGDTLESLDSSSQPGPVESSLLPIAPDLEHFPSYAPPSGDPSIESTDGAEDASLAPLESQ
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1240 1250 1260 1270 1280 1290
pF1KA0 PITFTPEEMEKYSKLQQAAQQHIQQQLLAKQVKAFPASAALAPATPALQPIHIQQPATAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PITFTPEEMEKYSKLQQAAQQHIQQQLLAKQVKAFPASAALAPATPALQPIHIQQPATAS
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KA0 ATSITTVQHAILQHHAAAAAAAIGIHPHPHPQPLAQVHHIPQPHLTPISLSHLTHSIIPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ATSITTVQHAILQHHAAAAAAAIGIHPHPHPQPLAQVHHIPQPHLTPISLSHLTHSIIPG
1370 1380 1390 1400 1410 1420
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KA0 HPATFLASHPIHIIPASAIHPGPFTFHPVPHAALYPTLLAPRPAAAAATALHLHPLLHPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HPATFLASHPIHIIPASAIHPGPFTFHPVPHAALYPTLLAPRPAAAAATALHLHPLLHPI
1430 1440 1450 1460 1470 1480
1420
pF1KA0 FSGQDLQHPPSHGT
::::::::::::::
CCDS32 FSGQDLQHPPSHGT
1490 1500
>>CCDS2291.1 ZNF804A gene_id:91752|Hs108|chr2 (1209 aa)
initn: 1078 init1: 622 opt: 677 Z-score: 337.3 bits: 74.7 E(32554): 1.8e-12
Smith-Waterman score: 1118; 27.6% identity (52.7% similar) in 1402 aa overlap (36-1407:35-1209)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MEMELDYAEDATERRRVLEVEKEDTEELRQKYKDYVDKEKAIAKALEDLRANFYCELCDK
: ::..::..::::::::.::::::::::
CCDS22 YIVISSTHLSNGHFRNIKGVFRGPLSKNGNKTLDYAEKENTIAKALEDLKANFYCELCDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 QYQKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKDLKQREFARNVSSRSRKDEKKQEKALRRLHELAEQR
:: :::::::::::::::::::::.::::::::::.:.:::::.::::::.:::.::: :
CCDS22 QYYKHQEFDNHINSYDHAHKQRLKELKQREFARNVASKSRKDERKQEKALQRLHKLAELR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 KQAECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGGEDDKDESATNSGTGATASCGL-GSEFSTDKGGPFT
:.. :::::::::: :::.: :. .: .. . . .. . : :: .:
CCDS22 KETVCAPGSGPMFKSTTVTVRENCNEISQRVVVDSVNNQQDFKYTLIHSEENTK------
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KA0 AVQITNTTGLAQAPGLASQGISFGIKNN-LGTPLQ-----KLGVSFSFAKKAPVKLESIA
..: .:. : :. .. ::: .: : :.: ::.: ::: ::::: :
CCDS22 -----DATTVAEDPESAN---NYTAKNNQVGDQAQGIHRHKIGFSFAFPKKASVKLESSA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 SVFKDHAEEGTSEDGTKPDEK--SSDQGLQKVGDSDGSSNLDGKKEDEDPQDGGSLASTL
..:........ : . . : ::. . .: . . : .. : .. .
CCDS22 AAFSEYSDDASVGKGFSRKSRFVPSACHLQQSSPTDVLLSSEEKTNSFHPPEAMCRDKET
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 SKLKRMKREEGAGATEPEYYHYIPPAHCKVKPNFPFLLFMRASEQMDGDNTTHP--KNAP
. ...:. . : . :. :: . .. : . :. ... : . :
CCDS22 VQTQEIKE------VSSEKDALLLPSFCKFQ--------LQLSSDADNCQNSVPLADQIP
300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 -ESKKGSSPKPKSCIKAAASQGAEKTVSEVSEQPKETSMTEPSEPGSKAEAKKALGGDVS
:: . : : .. : ..:: ..:.. :. .: . : . .
CCDS22 LESVVINEDIPVSG-NSFELLGNKSTVLDMSND--CISVQATTEENVKHNEAS-------
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 DQSLESHSQKVSETQMCESNSSKETSLATPAGKESQEGPKHPTGPFFPVLSKDESTALQW
. : .... :: . ::. .:.... ... . :. :: :::.: .::.:::
CCDS22 --TTEVENKNGPET-LAPSNT-EEVNITI---HKKTNFCKRQCEPFVPVLNKHRSTVLQW
390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 PSELLIFTKAEPSISYSCNPLYFDFKLSRNKDARTKGTEKPKDIGSSSKDHLQGLDPGEP
:::.:..: ..:::::::::: :::: .. .. :. ::. :..:. . . :
CCDS22 PSEMLVYTTTKPSISYSCNPLCFDFKSTKVNNNLDKNKPDLKDLCSQQKQ--EDICMGPL
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 NKSKEVGGEKIVRSSGGRMDAPASGSACSGLNKQEPGGSHGSETEDTGRSLPSKKERSGK
. :.:. : .. : .: . :: .. .: . :.: :.: .:.
CCDS22 SDYKDVSTEGLTDYEIG-----SSKNKCSQVTPLLADDILSS-SCDSG-----KNENTGQ
500 510 520 530 540
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 SHRHK--KKKKHKKSSKHKRKHKADT-EEKSSKAESGEKSKKRKKRKRKKNKSSAPADSE
... : .. .: . : . : :: .:: .: . : . ...:.:.:
CCDS22 RYKNISCKIRETEKYNFTKSQIKQDTLDEKYNKIRLKETHEYWFHKSRRKKK--------
550 560 570 580 590
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 RGPKPEPPGSGSPAPPRRRRRAQDDSQRRSLPAEEGSSGKKDEGGGGSSSQDHGGRKHKG
:..:
CCDS22 ---------------------------RKKL-----------------------------
600
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 ELPPSSCQRRAGTKRSSRSSHRSQPSSGDEDSDDASSHRLHQKSPSQYSEEEEEEDSGSE
::.. .....: : . . . ...:... :. : .:: :. ::
CCDS22 ------CQHHH-MEKTKESETRCKMEAENSYTENAGKYLLEPISEKQYLAAEQLLDS---
610 620 630 640 650
780 790 800 810 820 830
pF1KA0 HSRSRSRSGRRHSSHRSSRRSYSSSSDASSDQSCYSRQRSYSDDSYSDYSDRSRRHSKRS
: . ..: . .: : :.. .. : . . : ..:. : :. : :..
CCDS22 H---------QLLDKRPKSESISLSDN---EEMCKTWNTEY--NTYDTIS--SKNHCKKN
660 670 680 690
840 850 860 870 880 890
pF1KA0 HDSDDSDYASSKHRSKRHKYSSSDDDYSLSCSQSRSRSRSHTRERSRSRGRSRSSSCSRS
... .. .: .:. . : . : ... : :. . :: .. . :..
CCDS22 TILLNGQSNATMIHSGKHNLTYS---RTYCCWKTKMSSCSQDH-RSLVL-QNDMKHMSQN
700 710 720 730 740 750
900 910 920 930 940 950
pF1KA0 RSKRRSRSTTAHSWQRSRSYSRDRSRSTRSPSQRSGSRKRSWGHESPEERHSGRRDFIRS
.. .:. ... . . : : . :..: :..: .:. .. ::: :.:
CCDS22 QAVKRGYNSVMN--ESERFYRKRRQHSHSYSSDESLNRQ----NHLPEE-------FLRP
760 770 780 790
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA0 KIYRSQSPHYFRSGRGEGPGKKDDGRGDDSKATGPPSQNSNIGTGRGSEGDCSPEDKNSV
: .: .. : .. :: . : ..:.. . .: . .: :. .
CCDS22 P-STSVAPCKPKKKR-----RRKRGRFHPGFETLELKENTDYPVKDNS--SLNPLDR--L
800 810 820 830 840
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA0 TAKLLLEKIQSRKVERKPSVSEEVQATPNKAGPKLKDPPQGYFGPKLPPSLGNKPVLPLI
.. ::.. ..: . ::... :: . : :. .::
CCDS22 ISEDKKEKMKPQEVAKIERNSEQTNQLRNKLS----------FHPN--------NLLP--
850 860 870 880
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KA0 GKLPATRKPNKKCEESGLERGEEQEQSETEEGPPGSSDALFGHQFPSEETTGPLLDPPPE
. : . :. .: : :.. . : : . . :..:. : :
CCDS22 ------SETNGETEHLEMET-TSGELSDVSNDPTTS---VCVASAPTKEAIDNTLLEHKE
890 900 910 920 930
1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA0 ESKSGEATADHPVAPLGTPA-HSDCYPGDPTISHNYLPDPSDGDTLESLDSSSQPGP---
.:.. . .. :. .: . . ..: ..:: ...: . . :
CCDS22 RSEN--INLNEKQIPFQVPNIERNFRQSQP---KSYLCHYELAEALPQGKMNETPTEWLR
940 950 960 970 980 990
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KA0 VESSLLPIAPDLEHFPSYAPPSGDPSIESTDGAEDASLAPLE--SQPITFTPEEMEKYSK
.:..: : : . : :: . ::. :::: : . . :. .:...
CCDS22 YNSGILNTQPPLPF--KEAHVSGHTFVT----AEQI-LAPLALPEQALLIPLENHDKFKN
1000 1010 1020 1030 1040
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KA0 LQQAAQQHI-QQQLLAKQVK-AFPASAALAPATPALQPIHIQQPATASATSITTVQHAIL
. . ::: : ..::..:: .:: .: :.:: :::. .:: . .::.::..:..:
CCDS22 VPCEVYQHILQPNMLANKVKFTFPPAALPPPSTP-LQPLPLQQ--SLCSTSVTTIHHTVL
1050 1060 1070 1080 1090 1100
1310 1320 1330 1340 1350
pF1KA0 QHHAAAAAAAIGIHP-------HPHPQPLAQVHHIPQPHLTPISLSHLTHSIIPGHPATF
:.:::::::: . .:: : :.:. . . : .:.. . . ::. ::
CCDS22 QQHAAAAAAAAAAAAAGTFKVLQPHQQFLSQIPALTRTSLPQLSVGPVGPRLCPGNQPTF
1110 1120 1130 1140 1150 1160
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KA0 LASHPIHIIPASAIHPGPFTFHPVPHAALYPTLLAPRPAAAAATALHLHPLLHPIFSGQD
.: . :::::..::. ..: .::: :.:.::.:.: :.. :.::.
CCDS22 VAPPQMPIIPASVLHPSHLAFPSLPHA-LFPSLLSPHP-----TVIPLQPLF
1170 1180 1190 1200
1420
pF1KA0 LQHPPSHGT
>>CCDS5613.1 ZNF804B gene_id:219578|Hs108|chr7 (1349 aa)
initn: 1359 init1: 595 opt: 645 Z-score: 321.6 bits: 72.0 E(32554): 1.4e-11
Smith-Waterman score: 1524; 28.7% identity (57.4% similar) in 1420 aa overlap (39-1418:37-1325)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 ELDYAEDATERRRVLEVEKEDTEELRQKYKDYVDKEKAIAKALEDLRANFYCELCDKQYQ
:...: :. ::::::..::::::::::::.
CCDS56 ISSRHLSNGHYRGIKGVFRGPLCKNGSPSPDFAEK-KSTAKALEDVKANFYCELCDKQYH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHQEFDNHINSYDHAHKQRLKDLKQREFARNVSSRSRKDEKKQEKALRRLHELAEQRKQA
:::::::::::::::::::::.::::::::::.:.: ::::::::::.:::.::: :.:.
CCDS56 KHQEFDNHINSYDHAHKQRLKELKQREFARNVASKSWKDEKKQEKALKRLHQLAELRQQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 ECAPGSGPMFKPTTVAVDEEGGEDDKDESATNSGTGATASCGLGSEFSTDKGGPFTAVQI
::. :.:: .: ::. : . ... .: .:: .. . :. : .
CCDS56 ECVSGNGPAYKAPRVAI-----EKQLQQGIFPIKNGRKVSCMKSALLLKGKNLPRIISDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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