FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0374, 538 aa
1>>>pF1KA0374 538 - 538 aa - 538 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3114+/-0.000809; mu= 1.9697+/- 0.049
mean_var=208.4748+/-41.044, 0's: 0 Z-trim(115.5): 14 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.088827
statistics sampled from 16023 (16035) to 16023 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.794), E-opt: 0.2 (0.493), width: 16
Scan time: 3.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS82590.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 ( 538) 3626 476.9 2.6e-134
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CCDS43763.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 662) 870 123.8 6.3e-28
CCDS47912.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 663) 870 123.8 6.3e-28
>>CCDS82590.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 (538 aa)
initn: 3626 init1: 3626 opt: 3626 Z-score: 2524.9 bits: 476.9 E(32554): 2.6e-134
Smith-Waterman score: 3626; 100.0% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (1-538:1-538)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MPGSGPSERMTWPGPALSAGPPTRPLSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSR
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70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSGSYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 TPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDKGLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDPAVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSFGLGPRFPASNTYEKLLCGMEAGVQASCMQERAIQT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 DFVQYQPDLDTILEKVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DFVQYQPDLDTILEKVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 EPITRGPTPQRPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EPITRGPTPQRPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KA0 VPTVAWLCRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VPTVAWLCRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
490 500 510 520 530
>>CCDS13012.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 (494 aa)
initn: 3305 init1: 3305 opt: 3305 Z-score: 2303.2 bits: 435.8 E(32554): 5.8e-122
Smith-Waterman score: 3305; 100.0% identity (100.0% similar) in 494 aa overlap (45-538:1-494)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 PALSAGPPTRPLSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYG
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KA0 TSSLSSSSNSGSYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TSSLSSSSNSGSYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLK
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 ARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVID
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 TVKNNLIDKDKGLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TVKNNLIDKDKGLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLT
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 RSSTYTKLSDPAVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RSSTYTKLSDPAVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDC
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 GTEETSLHSSFGLGPRFPASNTYEKLLCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GTEETSLHSSFGLGPRFPASNTYEKLLCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILE
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 KVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQRPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQRPGA
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440 450 460 470 480 490
pF1KA0 NPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWLCRSQRRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWLCRSQRRQ
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500 510 520 530
pF1KA0 GQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
460 470 480 490
>>CCDS83315.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (533 aa)
initn: 1181 init1: 808 opt: 870 Z-score: 616.2 bits: 123.7 E(32554): 5.3e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:28-530)
10 20
pF1KA0 MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---LSS
:.: .:. : :. :: : :
CCDS83 MFAMKVYGAYLLSSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGASSH
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 APGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSGSYK
:: : : : ..:..: : . :: :... .:. :: :::::::::
CCDS83 KPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSGSYK
70 80 90 100
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 GSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQDRD
::: :: ::: .: :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::..:.
CCDS83 GSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERE
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 TEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDKGLQ
.:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: :::::.:
CCDS83 SEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQ
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 KYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDPAVC
::::::::::::::.::.:::.:..: ... . :: .::: . ..:
CCDS83 KYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSL
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 GDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSFGLG
.. :. ::: . ..:. . :: .. . .. .. : : .::.
CCDS83 EEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST----
290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 PRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QVCGT
:..:. : : . :.: : : . :::.::: : :.: .. ....: : . : .
CCDS83 ---PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPS
340 350 360 370 380
390 400 410 420 430
pF1KA0 --------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQRPG
.:.: . :: :.: ::.::::.... .:.: . . .
CCDS83 SLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDAEVH
390 400 410 420 430
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 ANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWLCRS
:: . ..: .::. .... . ..::: ..::::::..:.:::: : .
CCDS83 ANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFST
440 450 460 470 480 490
500 510 520 530
pF1KA0 QRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
:: .:.:::..::::::.:::::.:: . :
CCDS83 QRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT
500 510 520 530
>>CCDS55271.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (544 aa)
initn: 1157 init1: 808 opt: 870 Z-score: 616.1 bits: 123.7 E(32554): 5.4e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:39-541)
10 20
pF1KA0 MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
:.: .:. : :. :: :
CCDS55 SSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGA
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
: :: : : : ..:..: : . :: :... .:. :: ::::::
CCDS55 SSHKPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSG
70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 SYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQ
:::::: :: ::: .: :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::.
CCDS55 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 DRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDK
.:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
CCDS55 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 GLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDP
:.:::::::::::::::.::.:::.:..: ... . :: .::: . ..:
CCDS55 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 AVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSF
.. :. ::: . ..:. . :: .. . .. .. : : .::.
CCDS55 LSLEEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST-
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 GLGPRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QV
:..:. : : . :.: : : . :::.::: : :.: .. ....: : .
CCDS55 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP
350 360 370 380 390
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pF1KA0 CGT--------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ
: . .:.: . :: :.: ::.::::.... .:.: . .
CCDS55 CPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDA
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440 450 460 470 480
pF1KA0 RPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWL
. :: . ..: .::. .... . ..::: ..::::::..:.:::: :
CCDS55 EVHANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWA
450 460 470 480 490 500
490 500 510 520 530
pF1KA0 CRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
.:: .:.:::..::::::.:::::.:: . :
CCDS55 FSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT
510 520 530 540
>>CCDS43764.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (660 aa)
initn: 1157 init1: 808 opt: 870 Z-score: 614.8 bits: 123.8 E(32554): 6.3e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:155-657)
10 20
pF1KA0 MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
:.: .:. : :. :: :
CCDS43 SSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGA
130 140 150 160 170 180
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
: :: : : : ..:..: : . :: :... .:. :: ::::::
CCDS43 SSHKPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSG
190 200 210 220 230
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 SYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQ
:::::: :: ::: .: :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::.
CCDS43 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
240 250 260 270 280 290
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 DRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDK
.:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
CCDS43 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
300 310 320 330 340 350
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 GLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDP
:.:::::::::::::::.::.:::.:..: ... . :: .::: . ..:
CCDS43 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
360 370 380 390 400 410
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 AVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSF
.. :. ::: . ..:. . :: .. . .. .. : : .::.
CCDS43 LSLEEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST-
420 430 440 450
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 GLGPRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QV
:..:. : : . :.: : : . :::.::: : :.: .. ....: : .
CCDS43 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP
460 470 480 490 500 510
390 400 410 420 430
pF1KA0 CGT--------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ
: . .:.: . :: :.: ::.::::.... .:.: . .
CCDS43 CPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDA
520 530 540 550 560
440 450 460 470 480
pF1KA0 RPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWL
. :: . ..: .::. .... . ..::: ..::::::..:.:::: :
CCDS43 EVHANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWA
570 580 590 600 610 620
490 500 510 520 530
pF1KA0 CRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
.:: .:.:::..::::::.:::::.:: . :
CCDS43 FSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT
630 640 650 660
>>CCDS43763.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 (662 aa)
initn: 1157 init1: 808 opt: 870 Z-score: 614.8 bits: 123.8 E(32554): 6.3e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:157-659)
10 20
pF1KA0 MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
:.: .:. : :. :: :
CCDS43 SSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGA
130 140 150 160 170 180
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
: :: : : : ..:..: : . :: :... .:. :: ::::::
CCDS43 SSHKPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSG
190 200 210 220 230
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pF1KA0 SYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQ
:::::: :: ::: .: :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::.
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.:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
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:.:::::::::::::::.::.:::.:..: ... . :: .::: . ..:
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.. :. ::: . ..:. . :: .. . .. .. : : .::.
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:..:. : : . :.: : : . :::.::: : :.: .. ....: : .
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: . .:.: . :: :.: ::.::::.... .:.: . .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]