Result of FASTA (omim) for
pF1KA0327
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0327, 820 aa
1>>>pF1KA0327 820 - 820 aa - 820 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4822+/-0.000459; mu= 19.5833+/- 0.028
mean_var=69.3213+/-13.919, 0's: 0 Z-trim(109.6): 419 B-trim: 6 in 1/49
Lambda= 0.154043
statistics sampled from 17334 (17755) to 17334 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.569), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 11.130
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 5304 1188.7 0
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 5234 1173.1 0
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 4052 910.4 0
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 4052 910.5 0
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 3812 857.1 0
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 3812 857.1 0
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 3790 852.2 0
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 3778 849.6 0
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 3765 846.7 0
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 3764 846.4 0
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 3755 844.4 0
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 3755 844.5 0
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 3753 844.0 0
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 3740 841.1 0
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 3718 836.2 0
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 3713 835.1 0
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 3671 825.8 0
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 3668 825.1 0
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 3653 821.8 0
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 3653 821.8 0
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 3611 812.4 0
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 3611 812.5 0
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 3609 812.0 0
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 3604 810.9 0
NP_114481 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 750) 2818 636.2 1.6e-181
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2205 500.0 1.8e-140
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 2205 500.0 2e-140
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 2190 496.6 1.8e-139
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 2190 496.7 2e-139
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2187 496.0 2.9e-139
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 2187 496.0 3.2e-139
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 2169 492.0 4.6e-138
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 2169 492.0 5.1e-138
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2164 490.8 9.8e-138
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 2164 490.9 1.1e-137
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 2153 488.4 5.4e-137
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 2150 487.8 9.5e-137
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 2116 480.2 1.7e-134
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 2116 480.2 1.9e-134
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2112 479.3 3e-134
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 2112 479.3 3.3e-134
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 2101 476.8 1.6e-133
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 2095 475.5 4e-133
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 2095 475.5 4e-133
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 2085 473.3 1.9e-132
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 2085 473.3 1.9e-132
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 2079 472.0 4.7e-132
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 2077 471.5 6.3e-132
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 2075 471.1 8.8e-132
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 2063 468.4 5.5e-131
>>NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 isofor (820 aa)
initn: 5304 init1: 5304 opt: 5304 Z-score: 6365.0 bits: 1188.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5304; 100.0% identity (100.0% similar) in 820 aa overlap (1-820:1-820)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
790 800 810 820
>>NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 isofor (932 aa)
initn: 5234 init1: 5234 opt: 5234 Z-score: 6280.1 bits: 1173.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5234; 100.0% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
>>NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 isofor (828 aa)
initn: 4052 init1: 4052 opt: 4052 Z-score: 4861.2 bits: 910.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4052; 78.8% identity (92.0% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
:::: . ::.:.:::.::: ::: .::::::::::.:: .::::::::.:.::.::
NP_114 MAAPTKCQLRGRLVLLCSLLGMLWEARASQIRYSVPEETEKGYIVGNISKDLALEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
.. ::::::::::::.::::::.:.::::::::::::::::::.:...::::. ::.:.:
NP_114 ERRVRIVSRGRTQLFSLNPRSGTLVTAGRIDREELCAQSPRCLVNFKVLVEDRVKLYGIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::. ::::. ::::.:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_114 IEVTDINDSAPKFQAESLEVKINEIAVPGARYPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
.::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.: :::::::::::::::::::
NP_114 NVQTGDNGAINPELVLERALDREEATAHHLVLTASDGGEPRRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
:: . :::::::::.:::: :::.:::: :::::::::::: ::::::. ::::::::::
NP_114 VFAQRIYRVKVLENVPPGTWLLTATASDLDEGINGKVAYKFWKINEKQSLLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
:: :::::::::::::::::::: :.: : ::.:::::::::::::: :::::::: :..
NP_114 ISTAKSLDYEECSFYEMEIQAEDGGGLKGWTKVLISVEDVNDNRPEVTITSLFSPVREDA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
:::: ....::.:::::::::: ..:: : ::.: .::::.: . ::::..: :::
NP_114 PQGTVILLFNAHDRDSGKNGQVVCSIQENLSFTLENSEEDYYRLLTAQILDREKASEYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
:: :.: :::::::: .:.:.:.:::::::.: .::::.:. ::: ::.::::. :.:::
NP_114 TVTATDRGTPPLSTEIHITLQVTDINDNPPAFSQASYSVYLPENNARGTSIFSVIAYDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
:.::..: ::..:::.::.:::.:.:::::::::::: ::::::.::::. :::::::.:
NP_114 SNENSRVIYSLAEDTIQGSPLSTYVSINSDTGVLYALCSFDYEQFRDLQMQVTASDSGSP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
NP_114 PLSSNVSLRLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 NAWLSYRLFKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
:::.:::::..:..::::. .: . :.::::::::::..:::::.:: .::.::::.::
NP_114 TVAIADSIPDILADLGSLQIPADLEASDLTLYLVVAVAVVSCVFLTFVITLLALRLRHWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
.:.::. .. :.:::.::::::. :.::::::::: :::::::::::::::::::: ::
NP_114 SSHLLRATSDGLAGVPTSHFVGVDGVRAFLQTYSQEFSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::..::::. : .:::
NP_114 SQQSCEKNEPLCVSVDSKFPIEDTPLVPVSSFFFFLSFLFLFFVLFCF
790 800 810 820
>>NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 isofor (932 aa)
initn: 4052 init1: 4052 opt: 4052 Z-score: 4860.4 bits: 910.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4052; 78.8% identity (92.0% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
:::: . ::.:.:::.::: ::: .::::::::::.:: .::::::::.:.::.::
NP_061 MAAPTKCQLRGRLVLLCSLLGMLWEARASQIRYSVPEETEKGYIVGNISKDLALEPRELA
10 20 30 40 50 60
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pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
.. ::::::::::::.::::::.:.::::::::::::::::::.:...::::. ::.:.:
NP_061 ERRVRIVSRGRTQLFSLNPRSGTLVTAGRIDREELCAQSPRCLVNFKVLVEDRVKLYGIE
70 80 90 100 110 120
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pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::. ::::. ::::.:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_061 IEVTDINDSAPKFQAESLEVKINEIAVPGARYPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
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190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
.::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.: :::::::::::::::::::
NP_061 NVQTGDNGAINPELVLERALDREEATAHHLVLTASDGGEPRRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
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pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
:: . :::::::::.:::: :::.:::: :::::::::::: ::::::. ::::::::::
NP_061 VFAQRIYRVKVLENVPPGTWLLTATASDLDEGINGKVAYKFWKINEKQSLLFQLNENTGE
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pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
:: :::::::::::::::::::: :.: : ::.:::::::::::::: :::::::: :..
NP_061 ISTAKSLDYEECSFYEMEIQAEDGGGLKGWTKVLISVEDVNDNRPEVTITSLFSPVREDA
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pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
:::: ....::.:::::::::: ..:: : ::.: .::::.: . ::::..: :::
NP_061 PQGTVILLFNAHDRDSGKNGQVVCSIQENLSFTLENSEEDYYRLLTAQILDREKASEYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
:: :.: :::::::: .:.:.:.:::::::.: .::::.:. ::: ::.::::. :.:::
NP_061 TVTATDRGTPPLSTEIHITLQVTDINDNPPAFSQASYSVYLPENNARGTSIFSVIAYDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
:.::..: ::..:::.::.:::.:.:::::::::::: ::::::.::::. :::::::.:
NP_061 SNENSRVIYSLAEDTIQGSPLSTYVSINSDTGVLYALCSFDYEQFRDLQMQVTASDSGSP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
NP_061 PLSSNVSLRLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
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pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYRLFKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
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pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
:::.:::::..:..::::. .: . :.::::::::::..:::::.:: .::.::::.::
NP_061 TVAIADSIPDILADLGSLQIPADLEASDLTLYLVVAVAVVSCVFLTFVITLLALRLRHWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
.:.::. .. :.:::.::::::. :.::::::::: :::::::::::::::::::: ::
NP_061 SSHLLRATSDGLAGVPTSHFVGVDGVRAFLQTYSQEFSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::..::::. : .:::
NP_061 SQQSCEKNEPLCVSVDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
>>NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 isofo (850 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KA0 MAAPQSRPRRGE----LILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDP
::: ..: .... :.::: ..: :: : :: ::.::: .:::::::::::::: :
NP_114 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 RKLAKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKL
:.::..:::::::::::::.::::::::::::::::::::::: ::....: ::::. ::
NP_114 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 FGVEIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNH
::.:::. ::::: ::::.:.:.::::: .. : :.:::::.:::::::::::::::::.
NP_114 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
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180 190 200 210 220 230
pF1KA0 HFSLDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTN
:::: ::. ::. ::::::..::::::: ::::::::::: : ::.:: . :::.:.:
NP_114 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 DNAPVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNE
:::::: : :::.: ::.: ::.::::::.: ::: ::.:.:.:::. . : ::::.
NP_114 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 NTGEISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPV
::::.:...::::: .:::.:::::: :: :. .:.::.::::::: ::. ::::::::
NP_114 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 LENSLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVS
:.: :::.:.:.::: :: .::::.: ::::::::: .::::: .. ::::.::
NP_114 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 IYNITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTA
::::: :.: :.::::::... :.::::::::::: ..:: .:: ::: :::::::.::
NP_114 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
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pF1KA0 HDPDSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASD
::::.::::. ::..:::.::.::::::::::::::::::.::::::...::. :::::
NP_114 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
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pF1KA0 SGDPPLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDR
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
NP_114 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
:::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 TVTLTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRL
:::::::::::::.::..:::.. .. . :.:::::::::::.:::::::: :::. ::
NP_114 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 RRWHKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
:::::::::: ::: :.:: .::::::. :.:::::::.:::::::::::::::::::::
NP_114 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820
pF1KA0 DMLISQEGCEKND--SLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
: :::::.::::: ::: . :
NP_114 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPVSFIFIFTFVKKKKIGFYFEVCGMMVES
790 800 810 820 830 840
>>NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 isofo (936 aa)
initn: 4298 init1: 3792 opt: 3812 Z-score: 4572.1 bits: 857.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3812; 74.6% identity (88.3% similar) in 803 aa overlap (1-797:1-803)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MAAPQSRPRRGE----LILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDP
::: ..: .... :.::: ..: :: : :: ::.::: .:::::::::::::: :
NP_061 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 RKLAKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKL
:.::..:::::::::::::.::::::::::::::::::::::: ::....: ::::. ::
NP_061 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 FGVEIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNH
::.:::. ::::: ::::.:.:.::::: .. : :.:::::.:::::::::::::::::.
NP_061 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 HFSLDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTN
:::: ::. ::. ::::::..::::::: ::::::::::: : ::.:: . :::.:.:
NP_061 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 DNAPVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNE
:::::: : :::.: ::.: ::.::::::.: ::: ::.:.:.:::. . : ::::.
NP_061 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
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300 310 320 330 340 350
pF1KA0 NTGEISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPV
::::.:...::::: .:::.:::::: :: :. .:.::.::::::: ::. ::::::::
NP_061 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 LENSLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVS
:.: :::.:.:.::: :: .::::.: ::::::::: .::::: .. ::::.::
NP_061 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 IYNITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTA
::::: :.: :.::::::... :.::::::::::: ..:: .:: ::: :::::::.::
NP_061 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 HDPDSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASD
::::.::::. ::..:::.::.::::::::::::::::::.::::::...::. :::::
NP_061 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 SGDPPLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDR
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
NP_061 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
:::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 TVTLTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRL
:::::::::::::.::..:::.. .. . :.:::::::::::.:::::::: :::. ::
NP_061 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 RRWHKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
:::::::::: ::: :.:: .::::::. :.:::::::.:::::::::::::::::::::
NP_061 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820
pF1KA0 DMLISQEGCEKND--SLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
: :::::.::::: ::: . :
NP_061 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
790 800 810 820 830 840
>>NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 isofor (817 aa)
initn: 4208 init1: 3776 opt: 3790 Z-score: 4546.6 bits: 852.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3790; 73.1% identity (88.1% similar) in 817 aa overlap (1-816:1-816)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MAA-PQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKL
::: :.. :: ..:: :::: :: :.: ::: ::::::::::.:.:::::.::.:
NP_114 MAAQPRGGDYRG-FFLLSILLGTPWEAWAGRILYSVSEETDKGSFVGDIAKDLGLEPREL
10 20 30 40 50
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pF1KA0 AKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGV
:..::::.::::::::::: :::::.:::::::::.:::: :::.:.: :.::: .:. .
NP_114 AERGVRIISRGRTQLFALNQRSGSLVTAGRIDREEICAQSARCLVNFNILMEDKMNLYPI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 EIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFS
..:::::::: :.: .:...::: : ..::.:.:: :: :::::.:::::::::::.:::
NP_114 DVEIIDINDNVPRFLTEEINVKIMENTAPGVRFPLSEAGDPDVGTNSLQSYQLSPNRHFS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 LDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNA
: ::.::. . :::::::.:::::: .::::::::::: ::::::..:.:::.:.::..
NP_114 LAVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHT
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pF1KA0 PVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTG
::: : :.: : ::.: ::::::: : : :::.::.:.:.::::. : .:.:: ::
NP_114 PVFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 EISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLEN
::: ..::::: .:::::.::.: . : ..:.::.: ::::: ::: .::: : . :.
NP_114 EISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPED
300 310 320 330 340 350
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pF1KA0 SLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYN
. :::::.. ..:.::::::.:.: .:::::::::: ::::::: : ::::..:.::
NP_114 TPLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYN
360 370 380 390 400 410
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pF1KA0 ITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDP
::. :.: :::::: ::.: ..::: :::::::::.:::.:: ::: :::::: .::.:
NP_114 ITLKATDGGTPPLSRETHIFMQVADTNDNPPTFPHSSYSVYIAENNPRGASIFLVTAQDH
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::..:::.:::..:::.::::.:::.:::::::::::::::::::.:.::: ::: ::::
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::::::::::::::::::: :::::::::::::::.:::::::: :::::::::::.:::
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::::::: ::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 QNAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
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:::::::::::::..::::.:: : . .::::::::::..:::::::: :::.::::::
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::::::: : : :..::.:::::.. :::::::::.::::::::::::::::::::.:::
NP_114 HKSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDML
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NP_114 ISQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQVSPALPLFP
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:..::::.::::::::::: :::::.:::::::::.:::: :::.:.: :.::: .:. .
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: ::.::. . :::::::.:::::: .::::::::::: ::::::..:.:::.:.::..
NP_061 LAVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHT
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pF1KA0 PVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTG
::: : :.: : ::.: ::::::: : : :::.::.:.:.::::. : .:.:: ::
NP_061 PVFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTG
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pF1KA0 EISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLEN
::: ..::::: .:::::.::.: . : ..:.::.: ::::: ::: .::: : . :.
NP_061 EISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPED
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NP_061 TPLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYN
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pF1KA0 ITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDP
::. :.: :::::: ::.: ..::: :::::::::.:::.:: ::: :::::: .::.:
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::..:::.:::..:::.::::.:::.:::::::::::::::::::.:.::: ::: ::::
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::::::::::::::::::: :::::::::::::::.:::::::: :::::::::::.:::
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::::::: ::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QNAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
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:::::::::::::..::::.:: : . .::::::::::..:::::::: :::.::::::
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pF1KA0 HKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADML
::::::: : : :..::.:::::.. :::::::::.::::::::::::::::::::.:::
NP_061 HKSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDML
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pF1KA0 ISQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
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NP_061 ISQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
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pF1KA0 EIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFS
:::: ::::: :.: .:.::.::.:..:::.:.:. : :::::.::::.:.:::: .::
NP_114 EIEIKDINDNAPNFPTEELEIKIGELTVPGTRFPIKTAFDPDVGINSLQNYKLSPNDYFS
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pF1KA0 LDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNA
: :.. ..:: ::::::::::::.. :.:::.::::: : .:....:.: :::.:::
NP_114 LAVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDANDNP
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pF1KA0 PVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTG
:.: .: :::.: ::.: :::::::.:.:::::.:..:.: . :. : . .:.:: .:
NP_114 PMFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMPGKIAEIFHLNSVSG
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pF1KA0 EISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLEN
:.:: ::::::. :::..:.:.: .::.:.:.:..: ::::: ::. :::: : : :.
NP_114 EVSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQDGPGLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITSLTSSVPEE
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pF1KA0 SLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYN
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NP_114 GTVGREIALIDVHDRDSGQNGQVEVFVLGNLPFKLEKSIDQYYRLVTATSLDREQISEYN
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pF1KA0 ITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDP
:.. ::: :.:::::::.:.::: ::::::::::: :::::: ::: :::::::.::.::
NP_114 ISLRASDGGSPPLSTETHITLHVIDINDNPPTFPHLSYSAYIPENNPRGASIFSVTAQDP
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pF1KA0 DSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGD
::..::..::..::::::::::::..::::.:::::::.::::::.:::.:::::::::.
NP_114 DSNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLLVTASDSGN
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pF1KA0 QNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 QNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
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pF1KA0 LTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRW
::::::: ::..:..::::.::. ::::.:::::::::::.:::::::: :::.::::::
NP_114 LTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLRRW
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pF1KA0 HKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADML
::::::: ::: :...:.:::::.. :.:::::::.:::::::::::::::::::::: :
NP_114 HKSRLLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTL
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pF1KA0 ISQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::.:::.. :: . :. :.:.... :::: . :.. ..
NP_114 ISQESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQVSLFISLIIKNKYENVVIIKL
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>>NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 isofor (818 aa)
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pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
:: :: .:.:.: .:: .:::::: . .:::::.::: .:::::::: :::::.:..::
NP_114 MAPPQRHPQRSEQVLLLTLLGTLWGAAAAQIRYSIPEELEKGSFVGNIVKDLGLEPQELA
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pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
.:::::::::: :::.::::.:::.::::::::::::::::::...: ::::: .:. ::
NP_114 EHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLYPVE
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pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
.::.:::::.:.: :.::::: : :.:..:.:: :. :::::.::::...:: : :::.
NP_114 VEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSHFSV
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pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
:::. .: :::::: .:::: ::...::::: ::: : :::...: :::::.:::.:
NP_114 DVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVNDNTP
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pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
.: .:.:::.: ::.: :: .:.:::.: :::..:.:.:.: ::.:: . .: :: :::
NP_114 MFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSFVKITEKISQIFCLNVLTGE
250 260 270 280 290 300
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pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
:: . .::::. ::::. ..:.: .: :.:.::.. ::::: :::..:: . :..
NP_114 ISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRAKVLITILDVNDNVPEVVVTSGSRTIAESA
310 320 330 340 350 360
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pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
::::::...: :.::: :: :.: .:::.::::.:::::::: ::::.: .:::
NP_114 PPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREEVFLYNI
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pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
:: :.: ::::::::: :.:.::: :::::::::.:::.:.:::: :::::::..: :::
NP_114 TVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSVNALDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
..::::.::..::::::::::::.:::::::.::::.::::::.::::: :::::::::
NP_114 VDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGDP
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pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
NP_114 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
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pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
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pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
:::::: ::..:..::::.::. ::::.:::::::::::.:::::::: :::.:::.:::
NP_114 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLQRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
:::::: ::: :...:.::::::: :.:::::::.:::::::::::::::::::::: ::
NP_114 KSRLLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
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pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
.::. ::.. :: . :. : :.: . :::.
NP_114 NQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQVSFFPPKREE
790 800 810
820 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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