Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0309
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0309, 3049 aa
1>>>pF1KA0309 3049 - 3049 aa - 3049 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.7323+/-0.00121; mu= -13.0006+/- 0.073
mean_var=674.8712+/-138.971, 0's: 0 Z-trim(116.6): 157 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.049370
statistics sampled from 17048 (17202) to 17048 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.528), width: 16
Scan time: 7.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10689.2 SRCAP gene_id:10847|Hs108|chr16 (3230) 12906 936.7 0
CCDS31929.2 EP400 gene_id:57634|Hs108|chr12 (3123) 1623 133.0 2.8e-29
CCDS3761.1 SMARCA5 gene_id:8467|Hs108|chr4 (1052) 919 82.4 1.6e-14
CCDS14612.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX (1054) 916 82.2 1.8e-14
CCDS76018.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX (1058) 916 82.2 1.8e-14
CCDS76019.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX (1070) 916 82.2 1.9e-14
CCDS34978.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9 (1572) 848 77.5 7.1e-13
CCDS34977.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9 (1590) 848 77.6 7.1e-13
CCDS54218.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19 (1613) 822 75.7 2.6e-12
CCDS54217.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19 (1614) 822 75.7 2.6e-12
CCDS45973.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19 (1616) 822 75.7 2.6e-12
CCDS45972.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19 (1617) 822 75.7 2.6e-12
CCDS12253.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19 (1647) 822 75.7 2.6e-12
>>CCDS10689.2 SRCAP gene_id:10847|Hs108|chr16 (3230 aa)
initn: 20042 init1: 12890 opt: 12906 Z-score: 4982.2 bits: 936.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 19181; 94.8% identity (94.9% similar) in 3081 aa overlap (127-3049:150-3230)
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SLKRLPKVPEPPRPKGHWDYLCEEMQWLSADFAQERRWKRGVARKVVRMVIRHHEEQRQK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SLKRLPKVPEPPRPKGHWDYLCEEMQWLSADFAQERRWKRGVARKVVRMVIRHHEEQRQK
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 EERARREEQAKLRRIASTMAKDVRQFWSNVEKVVQFKQQSRLEEKRKKALDLHLDFIVGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EERARREEQAKLRRIASTMAKDVRQFWSNVEKVVQFKQQSRLEEKRKKALDLHLDFIVGQ
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 TEKYSDLLSQSLNQPLTSSKAGSSPCLGSSSAASSPPPPASRLDDEDGDFQPQEDEEEDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TEKYSDLLSQSLNQPLTSSKAGSSPCLGSSSAASSPPPPASRLDDEDGDFQPQEDEEEDD
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 EETIEVEEQQEGNDAEAQRREIELLRREGELPLEELLRSLPPQLLEGPSSPSQTPSSHDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EETIEVEEQQEGNDAEAQRREIELLRREGELPLEELLRSLPPQLLEGPSSPSQTPSSHDS
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 DTRDGPEEGAEEEPPQVLEIKPPPSAVTQRNKQPWHPDEDDEEFTANEEEAEDEEDTIAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DTRDGPEEGAEEEPPQVLEIKPPPSAVTQRNKQPWHPDEDDEEFTANEEEAEDEEDTIAA
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 EEQLEGEVDHAMELSELAREGELSMEELLQQYAGAYAPGSGSSEDEDEDEVDANSSDCEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EEQLEGEVDHAMELSELAREGELSMEELLQQYAGAYAPGSGSSEDEDEDEVDANSSDCEP
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 EGPVEAEEPPQEDSSSQSDSVEDRSEDEEDEHSEEEETSGSSASEESESEESEDAQSQSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EGPVEAEEPPQEDSSSQSDSVEDRSEDEEDEHSEEEETSGSSASEESESEESEDAQSQSQ
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 ADEEEEDDDFGVEYLLARDEEQSEADAGSGPPTPGPTTLGPKKEITDIAAAAESLQPKGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ADEEEEDDDFGVEYLLARDEEQSEADAGSGPPTPGPTTLGPKKEITDIAAAAESLQPKGY
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 TLATTQVKTPIPLLLRGQLREYQHIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKTIQTISLLAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TLATTQVKTPIPLLLRGQLREYQHIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKTIQTISLLAH
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KA0 LACEKGNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQGWTKPNAFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LACEKGNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQGWTKPNAFH
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740 750
pF1KA0 VCITSYKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSLLNFNSQRRLLLTGTPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCITSYKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSLLNFNSQRRLLLTGTPLQ
720 730 740 750 760 770
760 770 780 790 800 810
pF1KA0 NSLMELWSLMHFLMPHVFQSHREFKEWFSNPLTGMIEGSQEYNEGLVKRLHKVLRPFLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NSLMELWSLMHFLMPHVFQSHREFKEWFSNPLTGMIEGSQEYNEGLVKRLHKVLRPFLLR
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860 870
pF1KA0 RVKVDVEKQMPKKYEHVIRCRLSKRQRCLYDDFMAQTTTKETLATGHFMSVINILMQLRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RVKVDVEKQMPKKYEHVIRCRLSKRQRCLYDDFMAQTTTKETLATGHFMSVINILMQLRK
840 850 860 870 880 890
880 890 900 910 920 930
pF1KA0 VCNHPNLFDPRPVTSPFITPGICFSTASLVLRATDVHPLQRIDMGRFDLIGLEGRVSRYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCNHPNLFDPRPVTSPFITPGICFSTASLVLRATDVHPLQRIDMGRFDLIGLEGRVSRYE
900 910 920 930 940 950
940 950 960 970 980 990
pF1KA0 ADTFLPRHRLSRRVLLEVATAPDPPPRPKPVKMKVNRMLQPVPKQEGRTVVVVNNPRAPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ADTFLPRHRLSRRVLLEVATAPDPPPRPKPVKMKVNRMLQPVPKQEGRTVVVVNNPRAPL
960 970 980 990 1000 1010
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KA0 GPVPVRPPPGPELSAQPTPGPVPQVLPASLMVSASPAGPPLIPASRPPGPVLLPPLQPNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GPVPVRPPPGPELSAQPTPGPVPQVLPASLMVSASPAGPPLIPASRPPGPVLLPPLQPNS
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1060
pF1KA0 GSLPQ-------------------------------------------------------
:::::
CCDS10 GSLPQVLPSPLGVLSGTSRPPTPTLSLKPTPPAPVRLSPAPPPGSSSLLKPLTVPPGYTF
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1070 1080
pF1KA0 -----------------------------------------AGEVVSIGQLASLAQRPVA
.::::::::::::::::::
CCDS10 PPAAATTTSTTTATATTTAVPAPTPAPQRLILSPDMQARLPSGEVVSIGQLASLAQRPVA
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1090 1100 1110
pF1KA0 NAGGSKPLTFQIQGNKLTLTGAQVRQLAVGQPRPLQ------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NAGGSKPLTFQIQGNKLTLTGAQVRQLAVGQPRPLQRNVVHLVSAGGQHHLISQPAHVAL
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1120 1130
pF1KA0 --------------------------------------MPPTMVNNTGVVKIVVRQAPRD
.:::::::::::::::::::::
CCDS10 IQAVAPTPGPTPVSVLPSSTPSTTPAPTGLSLPLAANQVPPTMVNNTGVVKIVVRQAPRD
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KA0 GLTPVPPLAPAPRPPSSGLPAVLNPRPTLTPGRLPTPTLGTARAPMPTPTLVRPLLKLVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GLTPVPPLAPAPRPPSSGLPAVLNPRPTLTPGRLPTPTLGTARAPMPTPTLVRPLLKLVH
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1200 1210 1220 1230 1240 1250
pF1KA0 SPSPEVSASAPGAAPLTISSPLHVPSSLPGPASSPMPIPNSSPLASPVSSTVSVPLSSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SPSPEVSASAPGAAPLTISSPLHVPSSLPGPASSPMPIPNSSPLASPVSSTVSVPLSSSL
1380 1390 1400 1410 1420 1430
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KA0 PISVPTTLPAPASAPLTIPISAPLTVSASGPALLTSVTPPLAPVVPAAPGPPSLAPSGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PISVPTTLPAPASAPLTIPISAPLTVSASGPALLTSVTPPLAPVVPAAPGPPSLAPSGAS
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1320 1330 1340 1350 1360 1370
pF1KA0 PSASALTLGLATAPSLSSSQTPGHPLLLAPTSSHVPGLNSTVAPACSPVLVPASALASPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PSASALTLGLATAPSLSSSQTPGHPLLLAPTSSHVPGLNSTVAPACSPVLVPASALASPF
1500 1510 1520 1530 1540 1550
1380 1390 1400 1410 1420 1430
pF1KA0 PSAPNPAPAQASLLAPASSASQALATPLAPMAAPQTAILAPSPAPPLAPLPVLAPSPGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PSAPNPAPAQASLLAPASSASQALATPLAPMAAPQTAILAPSPAPPLAPLPVLAPSPGAA
1560 1570 1580 1590 1600 1610
1440 1450 1460 1470 1480 1490
pF1KA0 PVLASSQTPVPVMAPSSTPGTSLASASPVPAPTPVLAPSSTQTMLPAPVPSPLPSPASTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PVLASSQTPVPVMAPSSTPGTSLASASPVPAPTPVLAPSSTQTMLPAPVPSPLPSPASTQ
1620 1630 1640 1650 1660 1670
1500 1510 1520 1530 1540 1550
pF1KA0 TLALAPALAPTLGGSSPSQTLSLGTGNPQGPFPTQTLSLTPASSLVPTPAQTLSLAPGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TLALAPALAPTLGGSSPSQTLSLGTGNPQGPFPTQTLSLTPASSLVPTPAQTLSLAPGPP
1680 1690 1700 1710 1720 1730
1560 1570 1580 1590 1600 1610
pF1KA0 LGPTQTLSLAPAPPLAPASPVGPAPAHTLTLAPASSSASLLAPASVQTLTLSPAPVPTLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LGPTQTLSLAPAPPLAPASPVGPAPAHTLTLAPASSSASLLAPASVQTLTLSPAPVPTLG
1740 1750 1760 1770 1780 1790
1620 1630 1640 1650 1660 1670
pF1KA0 PAAAQTLALAPASTQSPASQASSLVVSASGAAPLPVTMVSRLPVSKDEPDTLTLRSGPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PAAAQTLALAPASTQSPASQASSLVVSASGAAPLPVTMVSRLPVSKDEPDTLTLRSGPPS
1800 1810 1820 1830 1840 1850
1680 1690 1700 1710 1720 1730
pF1KA0 PPSTATSFGGPRPRRQPPPPPRSPFYLDSLEEKRKRQRSERLERIFQLSEAHGALAPVYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PPSTATSFGGPRPRRQPPPPPRSPFYLDSLEEKRKRQRSERLERIFQLSEAHGALAPVYG
1860 1870 1880 1890 1900 1910
1740 1750 1760 1770 1780 1790
pF1KA0 TEVLDFCTLPQPVASPIGPRSPGPSHPTFWTYTEAAHRAVLFPQQRLDQLSEIIERFIFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TEVLDFCTLPQPVASPIGPRSPGPSHPTFWTYTEAAHRAVLFPQQRLDQLSEIIERFIFV
1920 1930 1940 1950 1960 1970
1800 1810 1820 1830 1840 1850
pF1KA0 MPPVEAPPPSLHACHPPPWLAPRQAAFQEQLASELWPRARPLHRIVCNMRTQFPDLRLIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MPPVEAPPPSLHACHPPPWLAPRQAAFQEQLASELWPRARPLHRIVCNMRTQFPDLRLIQ
1980 1990 2000 2010 2020 2030
1860 1870 1880 1890 1900 1910
pF1KA0 YDCGKLQTLAVLLRQLKAEGHRVLIFTQMTRMLDVLEQFLTYHGHLYLRLDGSTRVEQRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YDCGKLQTLAVLLRQLKAEGHRVLIFTQMTRMLDVLEQFLTYHGHLYLRLDGSTRVEQRQ
2040 2050 2060 2070 2080 2090
1920 1930 1940 1950 1960 1970
pF1KA0 ALMERFNADKRIFCFILSTRSGGVGVNLTGADTVVFYDSDWNPTMDAQAQDRCHRIGQTR
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CCDS10 ALMERFNADKRIFCFILSTRSGGVGVNLTGADTVVFYDSDWNPTMDAQAQDRCHRIGQTR
2100 2110 2120 2130 2140 2150
1980 1990 2000 2010 2020 2030
pF1KA0 DVHIYRLISERTVEENILKKANQKRMLGDMAIEGGNFTTAYFKQQTIRELFDMPLEEPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DVHIYRLISERTVEENILKKANQKRMLGDMAIEGGNFTTAYFKQQTIRELFDMPLEEPSS
2160 2170 2180 2190 2200 2210
2040 2050 2060 2070 2080 2090
pF1KA0 SSVPSAPEEEEETVASKQTHILEQALCRAEDEEDIRAATQAKAEQVAELAEFNENDGFPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SSVPSAPEEEEETVASKQTHILEQALCRAEDEEDIRAATQAKAEQVAELAEFNENDGFPA
2220 2230 2240 2250 2260 2270
2100 2110 2120 2130 2140 2150
pF1KA0 GEGEEAGRPGAEDEEMSRAEQEIAALVEQLTPIERYAMKFLEASLEEVSREELKQAEEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GEGEEAGRPGAEDEEMSRAEQEIAALVEQLTPIERYAMKFLEASLEEVSREELKQAEEQV
2280 2290 2300 2310 2320 2330
2160 2170 2180 2190 2200 2210
pF1KA0 EAARKDLDQAKEEVFRLPQEEEEGPGAGDESSCGTGGGTHRRSKKAKAPERPGTRVSERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EAARKDLDQAKEEVFRLPQEEEEGPGAGDESSCGTGGGTHRRSKKAKAPERPGTRVSERL
2340 2350 2360 2370 2380 2390
2220 2230 2240 2250 2260 2270
pF1KA0 RGARAETQGANHTPVISAHQTRSTTTPPRCSPARERVPRPAPRPRPTPASAPAAIPALVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RGARAETQGANHTPVISAHQTRSTTTPPRCSPARERVPRPAPRPRPTPASAPAAIPALVP
2400 2410 2420 2430 2440 2450
2280 2290 2300 2310 2320 2330
pF1KA0 VPVSAPVPISAPNPITILPVHILPSPPPPSQIPPCSSPACTPPPACTPPPAHTPPPAQTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VPVSAPVPISAPNPITILPVHILPSPPPPSQIPPCSSPACTPPPACTPPPAHTPPPAQTC
2460 2470 2480 2490 2500 2510
2340 2350 2360 2370 2380 2390
pF1KA0 LVTPSSPLLLGPPSVPISASVTNLPLGLRPEAELCAQALASPESLELASVASSETSSLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LVTPSSPLLLGPPSVPISASVTNLPLGLRPEAELCAQALASPESLELASVASSETSSLSL
2520 2530 2540 2550 2560 2570
2400 2410 2420 2430 2440 2450
pF1KA0 VPPKDLLPVAVEILPVSEKNLSLTPSAPSLTLEAGSIPNGQEQEAPDSAEGTTLTVLPEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VPPKDLLPVAVEILPVSEKNLSLTPSAPSLTLEAGSIPNGQEQEAPDSAEGTTLTVLPEG
2580 2590 2600 2610 2620 2630
2460 2470 2480 2490 2500 2510
pF1KA0 EELPLCVSESNGLELPPSAASDEPLQEPLEADRTSEELTEAKTPTSSPEKPQELVTAEVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EELPLCVSESNGLELPPSAASDEPLQEPLEADRTSEELTEAKTPTSSPEKPQELVTAEVA
2640 2650 2660 2670 2680 2690
2520 2530 2540 2550 2560 2570
pF1KA0 APSTSSSATSSPEGPSPARPPRRRTSADVEIRGQGTGRPGQPPGPKVLRKLPGRLVTVVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 APSTSSSATSSPEGPSPARPPRRRTSADVEIRGQGTGRPGQPPGPKVLRKLPGRLVTVVE
2700 2710 2720 2730 2740 2750
2580 2590 2600 2610 2620 2630
pF1KA0 EKELVRRRRQQRGAASTLVPGVSETSASPGSPSVRSMSGPESSPPIGGPCEAAPSSSLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EKELVRRRRQQRGAASTLVPGVSETSASPGSPSVRSMSGPESSPPIGGPCEAAPSSSLPT
2760 2770 2780 2790 2800 2810
2640 2650 2660 2670 2680 2690
pF1KA0 PPQQPFIARRHIELGVTGGGSPENGDGALLAITPPAVKRRRGRPPKKNRSPADAGRGVDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PPQQPFIARRHIELGVTGGGSPENGDGALLAITPPAVKRRRGRPPKKNRSPADAGRGVDE
2820 2830 2840 2850 2860 2870
2700 2710 2720 2730 2740 2750
pF1KA0 APSSTLKGKTNGADPVPGPETLIVADPVLEPQLIPGPQPLGPQPVHRPNPLLSPVEKRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 APSSTLKGKTNGADPVPGPETLIVADPVLEPQLIPGPQPLGPQPVHRPNPLLSPVEKRRR
2880 2890 2900 2910 2920 2930
2760 2770 2780 2790 2800 2810
pF1KA0 GRPPKARDLPIPGTISSAGDGNSESRTQPPPHPSPLTPLPPLLVCPTATVANTVTTVTIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GRPPKARDLPIPGTISSAGDGNSESRTQPPPHPSPLTPLPPLLVCPTATVANTVTTVTIS
2940 2950 2960 2970 2980 2990
2820 2830 2840 2850 2860 2870
pF1KA0 TSPPKRKRGRPPKNPPSPRPSQLPVLDRDSTSVLESCGLGRRRQPQGQGESEGSSSDEDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TSPPKRKRGRPPKNPPSPRPSQLPVLDRDSTSVLESCGLGRRRQPQGQGESEGSSSDEDG
3000 3010 3020 3030 3040 3050
2880 2890 2900 2910 2920 2930
pF1KA0 SRPLTRLARLRLEAEGMRGRKSGGSMVVAVIQDDLDLADSGPGGLELTPPVVSLTPKLRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SRPLTRLARLRLEAEGMRGRKSGGSMVVAVIQDDLDLADSGPGGLELTPPVVSLTPKLRS
3060 3070 3080 3090 3100 3110
2940 2950 2960 2970 2980 2990
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TRLRPGSLVPPLETEKLPRKRAGAPVGGSPGLAKRGRLQPPSPLGPEGSVEESEAEASGE
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EEEGDGTPRRRPGPRRLVGTTNQGDQRILRSSAPPSLAGPAVSHRGRKAKT
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40 50 60 70 80 90
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CCDS10 PGPPDGATVPLEGFSLSQAADLANKGPKWEKSHAEIAEQAKHEAEIETRIAELRKEGFWS
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. : . .:.: . : .. :. :. .. . : :. :.:.:..:.
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::.. ::: . .::.:: : :: : ::.::.::::::. .:.:.:::::::: :::::
CCDS31 AEAILPKGSARVTTSVKFNAPSLLYGALRDYQKIGLDWLAKLYRKNLNGILADEAGLGKT
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pF1KA0 IQTISLLAHLACEKGNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQ
.: :...:::::..:::::::..: . .:.::.:::::::..:::.: :...: : :::
CCDS31 VQIIAFFAHLACNEGNWGPHLVVVRSCNILKWELELKRWCPGLKILSYIGSHRELKAKRQ
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:..::.:::::::: .. :: : :. :..:: : .:.. ..:.......::.:
CCDS31 EWAEPNSFHVCITSYTQFFRGLTAFTRVRWKCLVIDEMQRVKGMTERHWEAVFTLQSQQR
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::: .::.:...:::...:::.: . . ..:.:: . : ::.: . .: :::
CCDS31 LLLIDSPLHNTFLELWTMVHFLVPGI------SRPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRLH
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.: .::.:::.: :::::. ::::::..::::.::. ::.: . : :.:.: .:::..:
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..::..:...::::.: .:: : ... . . .:::.:.: . .. :.. :::::
CCDS31 LSILVRLQRICNHPGLVEPRHPGSSYVAGPLEYPSASLILKALERDFWKEADLSMFDLIG
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::....:.::. .: .... :... :..:. : :: .:.:..:..::: : :::
CCDS31 LENKITRHEAE-LLSKKKIPRKLMEEISTSAAPAARPAAAKLKASRLFQPVQYGQKPEGR
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::. : :: .: :: . ::.: :: .:::
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:.:. :::. : .:: :
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CCDS31 ----PAK----------------------------------------------LRAQTTA
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.:: :. :: : : :.:.:
CCDS31 QASTPG-----QPP--------PQP----------------------------QAPSH--
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: .: .: . ...:..: : .::. ::
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:: ...::. . : :: :. .:. :: . . : . :. :
CCDS31 -LASITGPQSRVAQPET-------PVTLQFQGSKFTLSHSQLRQLTAGQPLQLQGSVLQI
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::.: : .. . .:: : ::: . ..: . : ......:
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::: :. : :.: ..:::::::.::...:: . .:. ...:. : .: . .
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CCDS31 VQPQPQPQPQTQPQPVQAPAKAQPAITTGGSAAVLAGTIKTSVTGTSMPTGAVSGNVIVN
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:.: :: .:. .: : . ::..: : .. : : :
CCDS31 TIAG-VPAATFQSINKRLASPVAPG---ALTTPGGSAP-----AQVVHTQP--------P
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:. ::: : .:. . . :.:. : . . :. : : :. ::
CCDS31 PRAVGSPATA------TPDLVSMATTQGVRAVTSVTASAVVTTNLTPVQTPARSLVPQVS
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:. :. ..:.. . . . .. .. . ..... : . . .:
CCDS31 QATGVQLPGKTITPAHFQLLRQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQTTTTSQVQVP
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. :. : : . :.: ::. :: :. .. : ...: :
CCDS31 QIQGQAQSPAQIKAVGKLTPEHLIKMQKQKLQMPPQ-PPPPQAQSAPPQPTAQVQVQTS-
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CCDS31 -----QPPQQQSPQLTTVTAPRPGALLTGTTVANLQVA--RLTRVPTSQLQA--QGQMQT
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430 440 450 460 470 480
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:: :: : : :.. ..: ... .
CCDS37 MSSAAEPPPPPPPESAPSKPAASIASGGSNS
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490 500 510 520
pF1KA0 SED--EEDEHSEEEETSGSSASEESESEES-EDAQSQSQADEEEEDDDFG----------
:. : .. ...:.. ..: :: .::. .: . .: : .
CCDS37 SNKGGPEGVAAQAVASAASAGPADAEMEEIFDDASPGKQKEIQEPDPTYEEKMQTDRANR
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530 540 550 560 570
pF1KA0 VEYLLARDEEQSEADAGSGPPTP-GPTTLGP------KKEITDIAAAAE-----SLQPKG
:::: . : .. .. :: .: . : : : .. .... . : .
CCDS37 FEYLLKQTELFAHFIQPAAQKTPTSPLKMKPGRPRIKKDEKQNLLSVGDYRHRRTEQEED
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: : . : : . : .. :.::.:: ::.::...::. .::::::::::::
CCDS37 EELLTESSKATNVCTRFEDSPSYVKWGKLRDYQVRGLNWLISLYENGINGILADEMGLGK
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:.::::::... .. :::...:: :.. :: :.::: :... . : ...:
CCDS37 TLQTISLLGYMKHYRNIPGPHMVLVPKSTLHNWMSEFKRWVPTLRSVCLIGDKEQRAAFV
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. :. . ::.:::.........:.. :::::..:::. ::: ::. . . .:..
CCDS37 RDVLLPGEWDVCVTSYEMLIKEKSVFKKFNWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKTTN
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:::::::::::.: :::::..::.: ::.: .: ::. :. :.:. ::.::
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: :::::::::.:.::::..: : : : ::: :: : .: . .. . :
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..:::::::: :::: ::: :. :
CCDS37 RLLNILMQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDMHLVTNSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLI
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>>CCDS14612.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX (1054 aa)
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430 440 450 460 470 480
pF1KA0 ELLQQYAGAYAPGSGSSEDEDEDEVDANSSDCEPEGPVEAEEPPQEDSSSQSDSVEDRSE
: .: :: ..: ..... .. ...:
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490 500 510 520 530
pF1KA0 DEEDEHSEEEETSGSSASEESESEESEDAQSQSQADEEEEDDDFGVEYLLARDEEQS---
..... . . .. . .::.: . . . . .::. .. :.:: . : .
CCDS14 KKKEKNVSSFQLKLAAKAPKSEKEMDPEYEEKMKADRAKR-----FEFLLKQTELFAHFI
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pF1KA0 EADAGSGPPTPGPTTLG-P---KKEITDIAAAAE-----SLQPKGYTLATTQVKTPI---
. .: ..: .: :: : : : .. .:.. . : . : . . ::
CCDS14 QPSAQKSPTSPLNMKLGRPRIKKDEKQSLISAGDYRHRRTEQEEDEELLSESRKTSNVCI
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pF1KA0 -----PLLLRG-QLREYQHIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKTIQTISLLAHLACEK
: ..: ::.:: ::.::...::. .:::::::::::::.:::.::..: .
CCDS14 RFEVSPSYVKGGPLRDYQIRGLNWLISLYENGVNGILADEMGLGKTLQTIALLGYLKHYR
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pF1KA0 GNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQGWTKPNAFHVCITS
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CCDS14 NIPGPHMVLVPKSTLHNWMNEFKRWVPSLRVICFVGDKDARAAFIRDEMMPGEWDVCVTS
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pF1KA0 YKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSLLNFNSQRRLLLTGTPLQNSLME
:..:......:.. .::::..:::. ::: ::. . . .:.: :::::::::::.: :
CCDS14 YEMVIKEKSVFKKFHWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKSTNRLLLTGTPLQNNLHE
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pF1KA0 LWSLMHFLMPHVFQSHREFKEWFSNPLTGMIEGSQEYNEGLVKRLHKVLRPFLLRRVKVD
::.:..::.: ::.: .: ::. : :.:. ::.::: ::.::::::.:.:
CCDS14 LWALLNFLLPDVFNSADDFDSWFD---TKNCLGDQK----LVERLHAVLKPFLLRRIKTD
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pF1KA0 VEKQMPKKYEHVIRCRLSKRQRCLYDDFMAQTTTKETL-ATGHF--MSVINILMQLRKVC
:::..: : : : ::: :: : .. . ..: ..:.. : ..:::::::: :
CCDS14 VEKSLPPKKEIKIYLGLSKMQREWYTKILMKDI--DVLNSSGKMDKMRLLNILMQLRKCC
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pF1KA0 NHPNLFDPRPVTSPFITPGICFSTASLVLRATDVHPLQRIDMGRFDLIGLEGRVSRYEAD
::: ::: :. :
CCDS14 NHPYLFDGAEPGPPYTTDEHIVSNSGKMVVLDKLLAKLKEQGSRVLIFSQMTRLLDILED
470 480 490 500 510 520
>>CCDS76018.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX (1058 aa)
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430 440 450 460 470 480
pF1KA0 ELLQQYAGAYAPGSGSSEDEDEDEVDANSSDCEPEGPVEAEEPPQEDSSSQSDSVEDRSE
: .: :: ..: ..... .. ...:
CCDS76 MEQDTAAVAATVAAADATATIVVIEDEQP-GPSTSQEEGAAAAATEATAATEKGE
10 20 30 40 50
490 500 510 520 530
pF1KA0 DEEDEHSEEEETSGSSASEESESEESEDAQSQSQADEEEEDDDFGVEYLLARDEEQS---
..... . . .. . .::.: . . . . .::. .. :.:: . : .
CCDS76 KKKEKNVSSFQLKLAAKAPKSEKEMDPEYEEKMKADRAKR-----FEFLLKQTELFAHFI
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pF1KA0 EADAGSGPPTPGPTTLG-P---KKEITDIAAAAE-----SLQPKGYTLATTQVKTPI---
. .: ..: .: :: : : : .. .:.. . : . : . . ::
CCDS76 QPSAQKSPTSPLNMKLGRPRIKKDEKQSLISAGDYRHRRTEQEEDEELLSESRKTSNVCI
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pF1KA0 -----PLLLRG-QLREYQHIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKTIQTISLLAHLACEK
: ..: ::.:: ::.::...::. .:::::::::::::.:::.::..: .
CCDS76 RFEVSPSYVKGGPLRDYQIRGLNWLISLYENGVNGILADEMGLGKTLQTIALLGYLKHYR
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pF1KA0 GNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQGWTKPNAFHVCITS
. :::...:: :.. :: :.::: ::.... . : . : . :. . ::.::
CCDS76 NIPGPHMVLVPKSTLHNWMNEFKRWVPSLRVICFVGDKDARAAFIRDEMMPGEWDVCVTS
230 240 250 260 270 280
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pF1KA0 YKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSLLNFNSQRRLLLTGTPLQNSLME
:..:......:.. .::::..:::. ::: ::. . . .:.: :::::::::::.: :
CCDS76 YEMVIKEKSVFKKFHWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKSTNRLLLTGTPLQNNLHE
290 300 310 320 330 340
770 780 790 800 810 820
pF1KA0 LWSLMHFLMPHVFQSHREFKEWFSNPLTGMIEGSQEYNEGLVKRLHKVLRPFLLRRVKVD
::.:..::.: ::.: .: ::. : :.:. ::.::: ::.::::::.:.:
CCDS76 LWALLNFLLPDVFNSADDFDSWFD---TKNCLGDQK----LVERLHAVLKPFLLRRIKTD
350 360 370 380 390 400
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pF1KA0 VEKQMPKKYEHVIRCRLSKRQRCLYDDFMAQTTTKETL-ATGHF--MSVINILMQLRKVC
:::..: : : : ::: :: : .. . ..: ..:.. : ..:::::::: :
CCDS76 VEKSLPPKKEIKIYLGLSKMQREWYTKILMKDI--DVLNSSGKMDKMRLLNILMQLRKCC
410 420 430 440 450 460
880 890 900 910 920 930
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::: ::: :. :
CCDS76 NHPYLFDGAEPGPPYTTDEHIVSNSGKMVVLDKLLAKLKEQGSRVLIFSQMTRLLDILED
470 480 490 500 510 520
>>CCDS76019.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX (1070 aa)
initn: 1404 init1: 670 opt: 916 Z-score: 373.0 bits: 82.2 E(32554): 1.9e-14
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pF1KA0 ELLQQYAGAYAPGSGSSEDEDEDEVDANSSDCEPEGPVEAEEPPQEDSSSQSDSVEDRSE
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CCDS76 MEQDTAAVAATVAAADATATIVVIEDEQP-GPSTSQEEGAAAAATEATAATEKGE
10 20 30 40 50
490 500 510 520 530
pF1KA0 DEEDEHSEEEETSGSSASEESESEESEDAQSQSQADEEEEDDDFGVEYLLARDEEQS---
..... . . .. . .::.: . . . . .::. .. :.:: . : .
CCDS76 KKKEKNVSSFQLKLAAKAPKSEKEMDPEYEEKMKADRAKR-----FEFLLKQTELFAHFI
60 70 80 90 100
540 550 560 570 580
pF1KA0 EADAGSGPPTPGPTTLG-P---KKEITDIAAAAE-----SLQPKGYTLATTQVKTPI---
. .: ..: .: :: : : : .. .:.. . : . : . . ::
CCDS76 QPSAQKSPTSPLNMKLGRPRIKKDEKQSLISAGDYRHRRTEQEEDEELLSESRKTSNVCI
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pF1KA0 -----PLLLRG-QLREYQHIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKTIQTISLLAHLACEK
: ..: ::.:: ::.::...::. .:::::::::::::.:::.::..: .
CCDS76 RFEVSPSYVKGGPLRDYQIRGLNWLISLYENGVNGILADEMGLGKTLQTIALLGYLKHYR
170 180 190 200 210 220
650 660 670 680 690 700
pF1KA0 GNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQGWTKPNAFHVCITS
. :::...:: :.. :: :.::: ::.... . : . : . :. . ::.::
CCDS76 NIPGPHMVLVPKSTLHNWMNEFKRWVPSLRVICFVGDKDARAAFIRDEMMPGEWDVCVTS
230 240 250 260 270 280
710 720 730 740 750 760
pF1KA0 YKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSLLNFNSQRRLLLTGTPLQNSLME
:..:......:.. .::::..:::. ::: ::. . . .:.: :::::::::::.: :
CCDS76 YEMVIKEKSVFKKFHWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEIVREFKSTNRLLLTGTPLQNNLHE
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pF1KA0 LWSLMHFLMPHVFQSHREFKEWFSNPLTGMIEGSQEYNEGLVKRLHKVLRPFLLRRVKVD
::.:..::.: ::.: .: ::. : :.:. ::.::: ::.::::::.:.:
CCDS76 LWALLNFLLPDVFNSADDFDSWFD---TKNCLGDQK----LVERLHAVLKPFLLRRIKTD
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pF1KA0 VEKQMPKKYEHVIRCRLSKRQRCLYDDFMAQTTTKETL-ATGHF--MSVINILMQLRKVC
:::..: : : : ::: :: : .. . ..: ..:.. : ..:::::::: :
CCDS76 VEKSLPPKKEIKIYLGLSKMQREWYTKILMKDI--DVLNSSGKMDKMRLLNILMQLRKCC
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pF1KA0 NHPNLFDPRPVTSPFITPGICFSTASLVLRATDVHPLQRIDMGRFDLIGLEGRVSRYEAD
::: ::: :. :
CCDS76 NHPYLFDGAEPGPPYTTDEHIVSNSGKMVVLDKLLAKLKEQGSRVLIFSQMTRLLDILED
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>>CCDS34978.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9 (1572 aa)
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CCDS34 TDEYVANLTNLVWEHKQAQAAKEKKKRRRRKKKAEENAEGGESALGPDGEPIDESSQ--M
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. ::.. . .. . . : : . :.. : ::::.:. : :: . .
CCDS34 SDLPVKVTHTETGKVLFGPEAPKASQLDAWLEMNPGYEVAPRSDSEESDSDYEEEDEEEE
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pF1KA0 SQADEEEEDDDFGVEYLL-ARDEEQSEADAGSGPPTPGPTTLGPKKEITD---IAAAAES
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CCDS34 SSRQETEE------KILLDPNSEEVSEKDAKQIIETA-------KQDVDDEYSMQYSARG
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: ::.: . .:. ::. : :..:: ::.:.:..:...::::::::::::::
CCDS34 SQSY-YTVAHAISERVEKQSALLINGTLKHYQLQGLEWMVSLYNNNLNGILADEMGLGKT
700 710 720 730 740 750
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pF1KA0 IQTISLLAHLACEKGNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERK-LKR
::::.:...: .: ::.::::: :.. :: .:. .: :: ..: :. :. :
CCDS34 IQTIALITYLMEHKRLNGPYLIIVPLSTLSNWTYEFDKWAPSVVKISYKGTPAMRRSLVP
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pF1KA0 QGWTKPNAFHVCITSYKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSL-LNFNSQ
: . . :.: .:.:. ...:.. . . :.:.:.::.. .:: . . : : .. .
CCDS34 Q--LRSGKFNVLLTTYEYIIKDKHILAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAP
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pF1KA0 RRLLLTGTPLQNSLMELWSLMHFLMPHVFQSHREFKEWFSNP--LTGM-IEGSQEYNEGL
::.:::::::::.: :::.:..::.: .:.: :..::. : .:: .. ..: . .
CCDS34 RRILLTGTPLQNKLPELWALLNFLLPTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGERVDLNEEETILI
880 890 900 910 920 930
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pF1KA0 VKRLHKVLRPFLLRRVKVDVEKQMPKKYEHVIRCRLSKRQRCLYDDFMAQT------TTK
..:::::::::::::.: .::.:.:.: :.::.: .: :. :: ..:. . :
CCDS34 IRRLHKVLRPFLLRRLKKEVESQLPEKVEYVIKCDMSALQKILYRHMQAKGILLTDGSEK
940 950 960 970 980 990
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pF1KA0 ETLATGHFMSVINILMQLRKVCNHPNLFDPRPVTSPFITPGICFSTASLVLRATDVHPLQ
. . : ...: .:::::.:::: .:
CCDS34 DKKGKGGAKTLMNTIMQLRKICNHPYMFQHIEESFAEHLGYSNGVINGAELYRASGKFEL
1000 1010 1020 1030 1040 1050
>>CCDS34977.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9 (1590 aa)
initn: 1008 init1: 472 opt: 848 Z-score: 344.6 bits: 77.6 E(32554): 7.1e-13
Smith-Waterman score: 927; 36.8% identity (63.8% similar) in 478 aa overlap (426-884:563-1022)
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pF1KA0 AEEQLEGEVDHAMELSELAREGELSMEELLQQYAGAYAPGSGSSEDEDEDEVDANSSDCE
.. : : :. :. : . .: .:.
CCDS34 TDEYVANLTNLVWEHKQAQAAKEKKKRRRRKKKAEENAEGGESALGPDGEPIDESSQ--M
540 550 560 570 580 590
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pF1KA0 PEGPVEAEEPPQEDSSSQSDSVEDRSEDEEDEHSEEEETSGSSASEESESE-ESEDAQSQ
. ::.. . .. . . : : . :.. : ::::.:. : :: . .
CCDS34 SDLPVKVTHTETGKVLFGPEAPKASQLDAWLEMNPGYEVAPRSDSEESDSDYEEEDEEEE
600 610 620 630 640 650
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 SQADEEEEDDDFGVEYLL-ARDEEQSEADAGSGPPTPGPTTLGPKKEITD---IAAAAES
:. .: :: . :: .:: :: :: . : :... : . .:..
CCDS34 SSRQETEE------KILLDPNSEEVSEKDAKQIIETA-------KQDVDDEYSMQYSARG
660 670 680 690
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pF1KA0 LQPKGYTLA---TTQVKTPIPLLLRGQLREYQHIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKT
: ::.: . .:. ::. : :..:: ::.:.:..:...::::::::::::::
CCDS34 SQSY-YTVAHAISERVEKQSALLINGTLKHYQLQGLEWMVSLYNNNLNGILADEMGLGKT
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pF1KA0 IQTISLLAHLACEKGNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERK-LKR
::::.:...: .: ::.::::: :.. :: .:. .: :: ..: :. :. :
CCDS34 IQTIALITYLMEHKRLNGPYLIIVPLSTLSNWTYEFDKWAPSVVKISYKGTPAMRRSLVP
760 770 780 790 800 810
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pF1KA0 QGWTKPNAFHVCITSYKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSL-LNFNSQ
: . . :.: .:.:. ...:.. . . :.:.:.::.. .:: . . : : .. .
CCDS34 Q--LRSGKFNVLLTTYEYIIKDKHILAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAP
820 830 840 850 860 870
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]