Result of FASTA (omim) for
pF1KA0292
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0292, 1960 aa
1>>>pF1KA0292 1960 - 1960 aa - 1960 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.2768+/-0.000448; mu= -17.4292+/- 0.028
mean_var=471.7799+/-96.501, 0's: 0 Z-trim(123.1): 59 B-trim: 57 in 1/55
Lambda= 0.059048
statistics sampled from 42241 (42329) to 42241 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.496), width: 16
Scan time: 16.690
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005261779 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1960) 13403 1157.8 0
NP_005641 (OMIM: 603107) transcription factor 20 i (1960) 13403 1157.8 0
XP_006724376 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1960) 13403 1157.8 0
XP_011528656 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1938) 13212 1141.5 0
NP_852469 (OMIM: 603107) transcription factor 20 i (1938) 13212 1141.5 0
XP_011528655 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcripti (1949) 13212 1141.5 0
NP_109590 (OMIM: 182290,607642) retinoic acid-indu (1906) 1190 117.3 1.5e-24
XP_016879514 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 1104 110.0 2.5e-22
XP_016879516 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 1104 110.0 2.5e-22
XP_016879515 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 1104 110.0 2.5e-22
XP_016879517 (OMIM: 182290,607642) PREDICTED: reti (1967) 1104 110.0 2.5e-22
XP_005267126 (OMIM: 135900,614556,614562) PREDICTE (2289) 383 48.6 0.00087
XP_011507833 (OMIM: 616284) PREDICTED: filaggrin-2 (2239) 374 47.9 0.0015
NP_001014364 (OMIM: 616284) filaggrin-2 [Homo sapi (2391) 374 47.9 0.0015
>>XP_005261779 (OMIM: 603107) PREDICTED: transcription f (1960 aa)
initn: 13403 init1: 13403 opt: 13403 Z-score: 6184.3 bits: 1157.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13403; 99.9% identity (100.0% similar) in 1960 aa overlap (1-1960:1-1960)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQSFREQSSYHGNQQSYPQEVHGSSRLEEFSPRQAQMFQNFGGTGGSSGSSGSGSGGGRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MQSFREQSSYHGNQQSYPQEVHGSSRLEEFSPRQAQMFQNFGGTGGSSGSSGSGSGGGRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 GAAAAAAAMASETSGHQGYQGFRKEAGDFYYMAGNKDPVTTGTPQPPQRRPSGPVQSYGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GAAAAAAAMASETSGHQGYQGFRKEAGDFYYMAGNKDPVTTGTPQPPQRRPSGPVQSYGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 PQGSSFGNQYGSEGHVGQFQAQHSGLGGVSHYQQDYTGPFSPGSAQYQQQASSQQQQQQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PQGSSFGNQYGSEGHVGQFQAQHSGLGGVSHYQQDYTGPFSPGSAQYQQQASSQQQQQQV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 QQLRQQLYQSHQPLPQATGQPASSSSHLQPMQRPSTLPSSAAGYQLRVGQFGQHYQSSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QQLRQQLYQSHQPLPQATGQPASSSSHLQPMQRPSTLPSSAAGYQLRVGQFGQHYQSSAS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 SSSSSSFPSPQRFSQSGQSYDGSYNVNAGSQYEGHNVGSNAQAYGTQSNYSYQPQSMKNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSSSSSFPSPQRFSQSGQSYDGSYNVNAGSQYEGHNVGSNAQAYGTQSNYSYQPQSMKNF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 EQAKIPQGTQQGQQQQQPQQQQHPSQHVMQYTNAATKLPLQSQVGQYNQPEVPVRSPMQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EQAKIPQGTQQGQQQQQPQQQQHPSQHVMQYTNAATKLPLQSQVGQYNQPEVPVRSPMQF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 HQNFSPISNPSPAASVVQSPSCSSTPSPLMQTGENLQCGQGSVPMGSRNRILQLMPQLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HQNFSPISNPSPAASVVQSPSCSSTPSPLMQTGENLQCGQGSVPMGSRNRILQLMPQLSP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TPSMMPSPNSHAAGFKGFGLEGVPEKRLTDPGLSSLSALSTQVANLPNTVQHMLLSDALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TPSMMPSPNSHAAGFKGFGLEGVPEKRLTDPGLSSLSALSTQVANLPNTVQHMLLSDALT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 PQKKTSKRPSSSKKADSCTNSEGSSQPEEQLKSPMAESLDGGCSSSSEDQGERVRQLSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PQKKTSKRPSSSKKADSCTNSEGSSQPEEQLKSPMAESLDGGCSSSSEDQGERVRQLSGQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 STSSDTTYKGGASEKAGSSPAQGAQNEPPRLNASPAAREEATSPGAKDMPLSSDGNPKVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 STSSDTTYKGGASEKAGSSPAQGAQNEPPRLNASPAAREEATSPGAKDMPLSSDGNPKVN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 EKTVGVIVSREAMTGRVEKPGGQDKGSQEDDPAATQRPPSNGGAKETSHASLPQPEPPGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EKTVGVIVSREAMTGRVEKPGGQDKGSQEDDPAATQRPPSNGGAKETSHASLPQPEPPGG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 GGSKGNKNGDNNSNHNGEGNGQSGHSAAGPGFTSRTEPSKSPGSLRYSYKDSFGSAVPRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GGSKGNKNGDNNSNHNGEGNGQSGHSAAGPGFTSRTEPSKSPGSLRYSYKDSFGSAVPRN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 VGGFPQYPTGQEKGDFTGHGERKGRNEKFPSLLQEVLQGYHHHPDRRYSRSTQEHQGMAG
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VSGFPQYPTGQEKGDFTGHGERKGRNEKFPSLLQEVLQGYHHHPDRRYSRSTQEHQGMAG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 SLEGTTRPNVLVSQTNELASRGLLNKSIGSLLENPHWGPWERKSSSTAPEMKQINLTDYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SLEGTTRPNVLVSQTNELASRGLLNKSIGSLLENPHWGPWERKSSSTAPEMKQINLTDYP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 IPRKFEIEPQSSAHEPGGSLSERRSVICDISPLRQIVRDPGAHSLGHMSADTRIGRNDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IPRKFEIEPQSSAHEPGGSLSERRSVICDISPLRQIVRDPGAHSLGHMSADTRIGRNDRL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 NPTLSQSVILPGGLVSMETKLKSQSGQIKEEDFEQSKSQASFNNKKSGDHCHPPSIKHES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NPTLSQSVILPGGLVSMETKLKSQSGQIKEEDFEQSKSQASFNNKKSGDHCHPPSIKHES
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 YRGNASPGAATHDSLSDYGPQDSRPTPMRRVPGRVGGREGMRGRSPSQYHDFAEKLKMSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YRGNASPGAATHDSLSDYGPQDSRPTPMRRVPGRVGGREGMRGRSPSQYHDFAEKLKMSP
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 GRSRGPGGDPHHMNPHMTFSERANRSSLHTPFSPNSETLASAYHANTRAHAYGDPNAGLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GRSRGPGGDPHHMNPHMTFSERANRSSLHTPFSPNSETLASAYHANTRAHAYGDPNAGLN
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 SQLHYKRQMYQQQPEEYKDWSSGSAQGVIAAAQHRQEGPRKSPRQQQFLDRVRSPLKNDK
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XP_005 SQLHYKRQMYQQQPEEYKDWSSGSAQGVIAAAQHRQEGPRKSPRQQQFLDRVRSPLKNDK
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 DGMMYGPPVGTYHDPSAQEAGRCLMSSDGLPNKGMELKHGSQKLQESCWDLSRQTSPAKS
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XP_005 DGMMYGPPVGTYHDPSAQEAGRCLMSSDGLPNKGMELKHGSQKLQESCWDLSRQTSPAKS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA0 SGPPGMSSQKRYGPPHETDGHGLAEATQSSKPGSVMLRLPGQEDHSSQNPLIMRRRVRSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SGPPGMSSQKRYGPPHETDGHGLAEATQSSKPGSVMLRLPGQEDHSSQNPLIMRRRVRSF
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA0 ISPIPSKRQSQDVKNSSTEDKGRLLHSSKEGADKAFNSYAHLSHSQDIKSIPKRDSSKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ISPIPSKRQSQDVKNSSTEDKGRLLHSSKEGADKAFNSYAHLSHSQDIKSIPKRDSSKDL
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1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA0 PSPDSRNCPAVTLTSPAKTKILPPRKGRGLKLEAIVQKITSPNIRRSASSNSAEAGGDTV
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XP_005 PSPDSRNCPAVTLTSPAKTKILPPRKGRGLKLEAIVQKITSPNIRRSASSNSAEAGGDTV
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 TLDDILSLKSGPPEGGSVAVQDADIEKRKGEVASDLVSPANQELHVEKPLPRSSEEWRGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TLDDILSLKSGPPEGGSVAVQDADIEKRKGEVASDLVSPANQELHVEKPLPRSSEEWRGS
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA0 VDDKVKTETHAETVTAGKEPPGAMTSTTSQKPGSNQGRPDGSLGGTAPLIFPDSKNVPPV
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XP_005 VDDKVKTETHAETVTAGKEPPGAMTSTTSQKPGSNQGRPDGSLGGTAPLIFPDSKNVPPV
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KA0 GILAPEANPKAEEKENDTVTISPKQEGFPPKGYFPSGKKKGRPIGSVNKQKKQQQPPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GILAPEANPKAEEKENDTVTISPKQEGFPPKGYFPSGKKKGRPIGSVNKQKKQQQPPPPP
1510 1520 1530 1540 1550 1560
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pF1KA0 PQPPQIPEGSADGEPKPKKQRQRRERRKPGAQPRKRKTKQAVPIVEPQEPEIKLKYATQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PQPPQIPEGSADGEPKPKKQRQRRERRKPGAQPRKRKTKQAVPIVEPQEPEIKLKYATQP
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1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KA0 LDKTDAKNKSFYPYIHVVNKCELGAVCTIINAEEEEQTKLVRGRKGQRSLTPPPSSTESK
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XP_005 LDKTDAKNKSFYPYIHVVNKCELGAVCTIINAEEEEQTKLVRGRKGQRSLTPPPSSTESK
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1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KA0 ALPASSFMLQGPVVTESSVMGHLVCCLCGKWASYRNMGDLFGPFYPQDYAATLPKNPPPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ALPASSFMLQGPVVTESSVMGHLVCCLCGKWASYRNMGDLFGPFYPQDYAATLPKNPPPK
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pF1KA0 RATEMQSKVKVRHKSASNGSKTDTEEEEEQQQQQKEQRSLAAHPRFKRRHRSEDCGGGPR
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XP_005 RATEMQSKVKVRHKSASNGSKTDTEEEEEQQQQQKEQRSLAAHPRFKRRHRSEDCGGGPR
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KA0 SLSRGLPCKKAATEGSSEKTVLDSKPSVPTTSEGGPELELQIPELPLDSNEFWVHEGCIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SLSRGLPCKKAATEGSSEKTVLDSKPSVPTTSEGGPELELQIPELPLDSNEFWVHEGCIL
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KA0 WANGIYLVCGRLYGLQEALEIAREMKCSHCQEAGATLGCYNKGCSFRYHYPCAIDADCLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 WANGIYLVCGRLYGLQEALEIAREMKCSHCQEAGATLGCYNKGCSFRYHYPCAIDADCLL
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960
pF1KA0 HEENFSVRCPKHKPPLPCPLPPLQNKTAKGSLSTEQSERG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HEENFSVRCPKHKPPLPCPLPPLQNKTAKGSLSTEQSERG
1930 1940 1950 1960
>>NP_005641 (OMIM: 603107) transcription factor 20 isofo (1960 aa)
initn: 13403 init1: 13403 opt: 13403 Z-score: 6184.3 bits: 1157.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13403; 99.9% identity (100.0% similar) in 1960 aa overlap (1-1960:1-1960)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQSFREQSSYHGNQQSYPQEVHGSSRLEEFSPRQAQMFQNFGGTGGSSGSSGSGSGGGRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MQSFREQSSYHGNQQSYPQEVHGSSRLEEFSPRQAQMFQNFGGTGGSSGSSGSGSGGGRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 GAAAAAAAMASETSGHQGYQGFRKEAGDFYYMAGNKDPVTTGTPQPPQRRPSGPVQSYGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GAAAAAAAMASETSGHQGYQGFRKEAGDFYYMAGNKDPVTTGTPQPPQRRPSGPVQSYGP
70 80 90 100 110 120
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pF1KA0 PQGSSFGNQYGSEGHVGQFQAQHSGLGGVSHYQQDYTGPFSPGSAQYQQQASSQQQQQQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PQGSSFGNQYGSEGHVGQFQAQHSGLGGVSHYQQDYTGPFSPGSAQYQQQASSQQQQQQV
130 140 150 160 170 180
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pF1KA0 QQLRQQLYQSHQPLPQATGQPASSSSHLQPMQRPSTLPSSAAGYQLRVGQFGQHYQSSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QQLRQQLYQSHQPLPQATGQPASSSSHLQPMQRPSTLPSSAAGYQLRVGQFGQHYQSSAS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 SSSSSSFPSPQRFSQSGQSYDGSYNVNAGSQYEGHNVGSNAQAYGTQSNYSYQPQSMKNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SSSSSSFPSPQRFSQSGQSYDGSYNVNAGSQYEGHNVGSNAQAYGTQSNYSYQPQSMKNF
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pF1KA0 EQAKIPQGTQQGQQQQQPQQQQHPSQHVMQYTNAATKLPLQSQVGQYNQPEVPVRSPMQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EQAKIPQGTQQGQQQQQPQQQQHPSQHVMQYTNAATKLPLQSQVGQYNQPEVPVRSPMQF
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370 380 390 400 410 420
pF1KA0 HQNFSPISNPSPAASVVQSPSCSSTPSPLMQTGENLQCGQGSVPMGSRNRILQLMPQLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 HQNFSPISNPSPAASVVQSPSCSSTPSPLMQTGENLQCGQGSVPMGSRNRILQLMPQLSP
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430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TPSMMPSPNSHAAGFKGFGLEGVPEKRLTDPGLSSLSALSTQVANLPNTVQHMLLSDALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TPSMMPSPNSHAAGFKGFGLEGVPEKRLTDPGLSSLSALSTQVANLPNTVQHMLLSDALT
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pF1KA0 PQKKTSKRPSSSKKADSCTNSEGSSQPEEQLKSPMAESLDGGCSSSSEDQGERVRQLSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PQKKTSKRPSSSKKADSCTNSEGSSQPEEQLKSPMAESLDGGCSSSSEDQGERVRQLSGQ
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pF1KA0 STSSDTTYKGGASEKAGSSPAQGAQNEPPRLNASPAAREEATSPGAKDMPLSSDGNPKVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 STSSDTTYKGGASEKAGSSPAQGAQNEPPRLNASPAAREEATSPGAKDMPLSSDGNPKVN
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pF1KA0 EKTVGVIVSREAMTGRVEKPGGQDKGSQEDDPAATQRPPSNGGAKETSHASLPQPEPPGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EKTVGVIVSREAMTGRVEKPGGQDKGSQEDDPAATQRPPSNGGAKETSHASLPQPEPPGG
610 620 630 640 650 660
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pF1KA0 GGSKGNKNGDNNSNHNGEGNGQSGHSAAGPGFTSRTEPSKSPGSLRYSYKDSFGSAVPRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GGSKGNKNGDNNSNHNGEGNGQSGHSAAGPGFTSRTEPSKSPGSLRYSYKDSFGSAVPRN
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pF1KA0 VGGFPQYPTGQEKGDFTGHGERKGRNEKFPSLLQEVLQGYHHHPDRRYSRSTQEHQGMAG
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VSGFPQYPTGQEKGDFTGHGERKGRNEKFPSLLQEVLQGYHHHPDRRYSRSTQEHQGMAG
730 740 750 760 770 780
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pF1KA0 SLEGTTRPNVLVSQTNELASRGLLNKSIGSLLENPHWGPWERKSSSTAPEMKQINLTDYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SLEGTTRPNVLVSQTNELASRGLLNKSIGSLLENPHWGPWERKSSSTAPEMKQINLTDYP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 IPRKFEIEPQSSAHEPGGSLSERRSVICDISPLRQIVRDPGAHSLGHMSADTRIGRNDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_109 PLLP-PTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICTKEEVEEVL----
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NP_109 -DSKAGWGSPCHLS-GESVILLGPTVGTESKVQSW--------FESSLS-----------
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: .: .:. :. .:: .: : .. . . ..:. . ..: .. .: . ::.:
NP_109 HMKPG---EEGPDGERAPGDST-TSDASLAQKPNKPA-VPEAP--IAKKEPVPRGKSLRS
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