Result of FASTA (omim) for
pF1KA0266
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0266, 766 aa
1>>>pF1KA0266 766 - 766 aa - 766 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6898+/-0.000499; mu= 0.0216+/- 0.031
mean_var=279.7474+/-58.700, 0's: 0 Z-trim(117.0): 76 B-trim: 528 in 2/55
Lambda= 0.076682
statistics sampled from 28541 (28617) to 28541 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.336), width: 16
Scan time: 13.750
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_067677 (OMIM: 608969) U3 small nucleolar RNA-as ( 766) 4920 558.7 3.2e-158
NP_006640 (OMIM: 300508) U3 small nucleolar RNA-as ( 771) 4450 506.7 1.4e-142
NP_001159693 (OMIM: 300508) U3 small nucleolar RNA ( 719) 3499 401.5 6.4e-111
XP_016884726 (OMIM: 300508) PREDICTED: U3 small nu ( 627) 3497 401.2 6.7e-111
XP_016884727 (OMIM: 300508) PREDICTED: U3 small nu ( 449) 2647 307.1 1.1e-82
>>NP_067677 (OMIM: 608969) U3 small nucleolar RNA-associ (766 aa)
initn: 4920 init1: 4920 opt: 4920 Z-score: 2961.6 bits: 558.7 E(85289): 3.2e-158
Smith-Waterman score: 4920; 100.0% identity (100.0% similar) in 766 aa overlap (1-766:1-766)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MNVNQVAENLALSHQEELVDLPKNYPLSENEDEGDSDGERKHQKLLEAIISLDGKNRRKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 MNVNQVAENLALSHQEELVDLPKNYPLSENEDEGDSDGERKHQKLLEAIISLDGKNRRKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 AERSEASLKVSEFSVSSEGSGEKLGLADLLEPVKTSSSLATVKKQLNRVKSKKVVELPLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 AERSEASLKVSEFSVSSEGSGEKLGLADLLEPVKTSSSLATVKKQLNRVKSKKVVELPLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 KEKIEQIHREVAFSKTSQVLSKWDPIILKNQQAEQLVFPLGKEQPAIAPIEHALSGWKAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 KEKIEQIHREVAFSKTSQVLSKWDPIILKNQQAEQLVFPLGKEQPAIAPIEHALSGWKAR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPMEKASLQAMSLEEAKMHRAELQRARALQSYYEAKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 TPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPMEKASLQAMSLEEAKMHRAELQRARALQSYYEAKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 RKEKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEFEQLQKVNPTVALEEMEKIENARMMERMSLKHQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 RKEKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEFEQLQKVNPTVALEEMEKIENARMMERMSLKHQN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 SGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLAKNKELTQKLQVASESEEEEGGTEVEELLVPHVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 SGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLAKNKELTQKLQVASESEEEEGGTEVEELLVPHVA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 NEVQMNVDGPNPWMFRSCTSDTKEAATQEDPEQVPELAAHEVSASEAEERPVAEEEILLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 NEVQMNVDGPNPWMFRSCTSDTKEAATQEDPEQVPELAAHEVSASEAEERPVAEEEILLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 EFEERQSLRKRSELNQDAEPASSQETKDSSSQEVLSELRALSQKLKEKHQSRKQKASSEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 EFEERQSLRKRSELNQDAEPASSQETKDSSSQEVLSELRALSQKLKEKHQSRKQKASSEG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 TVPQVQREEPAPEEAEPLLLQRSERVQTLEELEELGKEDCFQNKELPRPVLEGQQSERTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 TVPQVQREEPAPEEAEPLLLQRSERVQTLEELEELGKEDCFQNKELPRPVLEGQQSERTP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 NNRPDAPKEKKEKEQLINLQNFLTTQSPSVRSLAVPTIIEELEDEEERDQRQMIKEAFAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 NNRPDAPKEKKEKEQLINLQNFLTTQSPSVRSLAVPTIIEELEDEEERDQRQMIKEAFAG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 DDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLTLPGWGEWGGVGLKPSAKKRRQFLIKAPEGPPRKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 DDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLTLPGWGEWGGVGLKPSAKKRRQFLIKAPEGPPRKD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 KNLPNVIISEKRNIHAAAHQVQVLPYPFTHHRQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTPKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 KNLPNVIISEKRNIHAAAHQVQVLPYPFTHHRQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTPKV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KA0 VTKPGHIIKPIKAEDVGYQSSSRSDLPVIQRNPKRITTRHNKEEKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 VTKPGHIIKPIKAEDVGYQSSSRSDLPVIQRNPKRITTRHNKEEKL
730 740 750 760
>>NP_006640 (OMIM: 300508) U3 small nucleolar RNA-associ (771 aa)
initn: 4378 init1: 3026 opt: 4450 Z-score: 2680.6 bits: 506.7 E(85289): 1.4e-142
Smith-Waterman score: 4450; 90.2% identity (97.9% similar) in 767 aa overlap (1-765:1-766)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MNVNQVAENL-ALSHQEELVDLPKNYPLSENEDEGDSDGERKHQKLLEAIISLDGKNRRK
:..:..::.: :::.::::.::::.: :::.:::::.::::::::::::: :::::::::
NP_006 MTANRLAESLLALSQQEELADLPKDYLLSESEDEGDNDGERKHQKLLEAISSLDGKNRRK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 LAERSEASLKVSEFSVSSEGSGEKLGLADLLEPVKTSSSLATVKKQLNRVKSKKVVELPL
::::::::::::::.:::::::::: :::::::::::::::::::::.::::::.:::::
NP_006 LAERSEASLKVSEFNVSSEGSGEKLVLADLLEPVKTSSSLATVKKQLSRVKSKKTVELPL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 NKEKIEQIHREVAFSKTSQVLSKWDPIILKNQQAEQLVFPLGKEQPAIAPIEHALSGWKA
:::.::.:::::::.::.::::::::..:::.::::::::: ::.::::::::.::::::
NP_006 NKEEIERIHREVAFNKTAQVLSKWDPVVLKNRQAEQLVFPLEKEEPAIAPIEHVLSGWKA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 RTPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPMEKASLQAMSLEEAKMHRAELQRARALQSYYEAK
::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::.:::::::::::::::::
NP_006 RTPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPVEKASLRAMSLEEAKMRRAELQRARALQSYYEAK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 ARKEKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEFEQLQKVNPTVALEEMEKIENARMMERMSLKHQ
::.::::::::::::::::::::::::::::.::::..::::.::::.::::::::::::
NP_006 ARREKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEFEQLRKVNPAAALEELEKIEKARMMERMSLKHQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 NSGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLAKNKELTQKLQVASESEEEEGGTE-VEELLVPH
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: :::::::
NP_006 NSGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLSKNKELTQKLQVASESEEEEGGTEDVEELLVPD
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 VANEVQMNVDGPNPWMFRSCTSDTKEAATQEDPEQVPELAAHEVSASEAEERPVAEEEIL
:.::::::.:::::::.::::::::::::::::::.::: :: :: ::.:::::::::::
NP_006 VVNEVQMNADGPNPWMLRSCTSDTKEAATQEDPEQLPELEAHGVSESEGEERPVAEEEIL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 LREFEERQSLRKRSELNQDAEPASSQETKDSSSQEVLSELRALSQKLKEKHQSRKQKASS
:::::::.::::::::.::::::.:::::::.:::::::::.:::::::.::::::::::
NP_006 LREFEERRSLRKRSELSQDAEPAGSQETKDSGSQEVLSELRVLSQKLKENHQSRKQKASS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 EGTVPQVQREEPAPEEAEPLLLQRSERVQTLEELEELGKEDCFQNKELPRPVLEGQQSER
:::.:::::::::::: ::::::: :::::::::::::::.:::::::::::::::::::
NP_006 EGTIPQVQREEPAPEEEEPLLLQRPERVQTLEELEELGKEECFQNKELPRPVLEGQQSER
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 TPNNRPDAPKEKKEKEQLINLQNFLTTQSPSVRSLAVPTIIEELEDEEERDQRQMIKEAF
:::::::::::::.:::.:.:::.::::::::.::::::: :::::::::..::::::::
NP_006 TPNNRPDAPKEKKKKEQMIDLQNLLTTQSPSVKSLAVPTI-EELEDEEERNHRQMIKEAF
550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 AGDDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLTLPGWGEWGGVGLKPSAKKRRQFLIKAPEGPPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
NP_006 AGDDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLTLPGWGEWGGVGLKPSAKKRRRFLIKAPEGPPR
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 KDKNLPNVIISEKRNIHAAAHQVQVLPYPFTHHRQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTP
::::::::::.::::::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KDKNLPNVIINEKRNIHAAAHQVRVLPYPFTHHWQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTP
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760
pF1KA0 KVVTKPGHIIKPIKAEDVGYQSSSRSDLPVIQRNPKRITTRHNKEEKL
::::::::::.:::::::::.::::::: :::::::::::::.:. :
NP_006 KVVTKPGHIINPIKAEDVGYRSSSRSDLSVIQRNPKRITTRHKKQLKKCSVD
720 730 740 750 760 770
>>NP_001159693 (OMIM: 300508) U3 small nucleolar RNA-ass (719 aa)
initn: 4053 init1: 2088 opt: 3499 Z-score: 2112.4 bits: 401.5 E(85289): 6.4e-111
Smith-Waterman score: 4027; 84.5% identity (91.3% similar) in 767 aa overlap (1-765:1-714)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MNVNQVAENL-ALSHQEELVDLPKNYPLSENEDEGDSDGERKHQKLLEAIISLDGKNRRK
:..:..::.: :::.::::.::::.: :::.:::::.::::::::::::: :::::::::
NP_001 MTANRLAESLLALSQQEELADLPKDYLLSESEDEGDNDGERKHQKLLEAISSLDGKNRRK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 LAERSEASLKVSEFSVSSEGSGEKLGLADLLEPVKTSSSLATVKKQLNRVKSKKVVELPL
::::::::::::::.:::::::::: :::::::::::::::::::::.::::::.:::::
NP_001 LAERSEASLKVSEFNVSSEGSGEKLVLADLLEPVKTSSSLATVKKQLSRVKSKKTVELPL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 NKEKIEQIHREVAFSKTSQVLSKWDPIILKNQQAEQLVFPLGKEQPAIAPIEHALSGWKA
:::.:: .:
NP_001 NKEEIE----------------------------------------------------RA
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 RTPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPMEKASLQAMSLEEAKMHRAELQRARALQSYYEAK
::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::.:::::::::::::::::
NP_001 RTPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPVEKASLRAMSLEEAKMRRAELQRARALQSYYEAK
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 ARKEKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEFEQLQKVNPTVALEEMEKIENARMMERMSLKHQ
::.::::::::::::::::::::::::::::.::::..::::.::::.::::::::::::
NP_001 ARREKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEFEQLRKVNPAAALEELEKIEKARMMERMSLKHQ
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 NSGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLAKNKELTQKLQVASESEEEEGGTE-VEELLVPH
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: :::::::
NP_001 NSGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLSKNKELTQKLQVASESEEEEGGTEDVEELLVPD
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 VANEVQMNVDGPNPWMFRSCTSDTKEAATQEDPEQVPELAAHEVSASEAEERPVAEEEIL
:.::::::.:::::::.::::::::::::::::::.::: :: :: ::.:::::::::::
NP_001 VVNEVQMNADGPNPWMLRSCTSDTKEAATQEDPEQLPELEAHGVSESEGEERPVAEEEIL
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 LREFEERQSLRKRSELNQDAEPASSQETKDSSSQEVLSELRALSQKLKEKHQSRKQKASS
:::::::.::::::::.::::::.:::::::.:::::::::.:::::::.::::::::::
NP_001 LREFEERRSLRKRSELSQDAEPAGSQETKDSGSQEVLSELRVLSQKLKENHQSRKQKASS
370 380 390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 EGTVPQVQREEPAPEEAEPLLLQRSERVQTLEELEELGKEDCFQNKELPRPVLEGQQSER
:::.:::::::::::: ::::::: :::::::::::::::.:::::::::::::::::::
NP_001 EGTIPQVQREEPAPEEEEPLLLQRPERVQTLEELEELGKEECFQNKELPRPVLEGQQSER
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 TPNNRPDAPKEKKEKEQLINLQNFLTTQSPSVRSLAVPTIIEELEDEEERDQRQMIKEAF
:::::::::::::.:::.:.:::.::::::::.::::::: :::::::::..::::::::
NP_001 TPNNRPDAPKEKKKKEQMIDLQNLLTTQSPSVKSLAVPTI-EELEDEEERNHRQMIKEAF
490 500 510 520 530 540
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 AGDDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLTLPGWGEWGGVGLKPSAKKRRQFLIKAPEGPPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
NP_001 AGDDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLTLPGWGEWGGVGLKPSAKKRRRFLIKAPEGPPR
550 560 570 580 590 600
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 KDKNLPNVIISEKRNIHAAAHQVQVLPYPFTHHRQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTP
::::::::::.::::::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KDKNLPNVIINEKRNIHAAAHQVRVLPYPFTHHWQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTP
610 620 630 640 650 660
720 730 740 750 760
pF1KA0 KVVTKPGHIIKPIKAEDVGYQSSSRSDLPVIQRNPKRITTRHNKEEKL
::::::::::.:::::::::.::::::: :::::::::::::.:. :
NP_001 KVVTKPGHIINPIKAEDVGYRSSSRSDLSVIQRNPKRITTRHKKQLKKCSVD
670 680 690 700 710
>>XP_016884726 (OMIM: 300508) PREDICTED: U3 small nucleo (627 aa)
initn: 3440 init1: 2088 opt: 3497 Z-score: 2112.0 bits: 401.2 E(85289): 6.7e-111
Smith-Waterman score: 3497; 91.7% identity (98.1% similar) in 589 aa overlap (178-765:35-622)
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 LKNQQAEQLVFPLGKEQPAIAPIEHALSGWKARTPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPME
.:::::::::::::::::::::::::::.:
XP_016 SAGGFLFYMKKRSGLKCGCRMKGDFRKKKSEARTPLEQEIFNLLHKNKQPVTDPLLTPVE
10 20 30 40 50 60
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 KASLQAMSLEEAKMHRAELQRARALQSYYEAKARKEKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEF
::::.:::::::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
XP_016 KASLRAMSLEEAKMRRAELQRARALQSYYEAKARREKKIKSKKYHKVVKKGKAKKALKEF
70 80 90 100 110 120
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 EQLQKVNPTVALEEMEKIENARMMERMSLKHQNSGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLA
:::.::::..::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
XP_016 EQLRKVNPAAALEELEKIEKARMMERMSLKHQNSGKWAKSKAIMAKYDLEARQAMQEQLS
130 140 150 160 170 180
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 KNKELTQKLQVASESEEEEGGTE-VEELLVPHVANEVQMNVDGPNPWMFRSCTSDTKEAA
::::::::::::::::::::::: ::::::: :.::::::.:::::::.:::::::::::
XP_016 KNKELTQKLQVASESEEEEGGTEDVEELLVPDVVNEVQMNADGPNPWMLRSCTSDTKEAA
190 200 210 220 230 240
390 400 410 420 430 440
pF1KA0 TQEDPEQVPELAAHEVSASEAEERPVAEEEILLREFEERQSLRKRSELNQDAEPASSQET
:::::::.::: :: :: ::.::::::::::::::::::.::::::::.::::::.::::
XP_016 TQEDPEQLPELEAHGVSESEGEERPVAEEEILLREFEERRSLRKRSELSQDAEPAGSQET
250 260 270 280 290 300
450 460 470 480 490 500
pF1KA0 KDSSSQEVLSELRALSQKLKEKHQSRKQKASSEGTVPQVQREEPAPEEAEPLLLQRSERV
:::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::::::: ::::::: :::
XP_016 KDSGSQEVLSELRVLSQKLKENHQSRKQKASSEGTIPQVQREEPAPEEEEPLLLQRPERV
310 320 330 340 350 360
510 520 530 540 550 560
pF1KA0 QTLEELEELGKEDCFQNKELPRPVLEGQQSERTPNNRPDAPKEKKEKEQLINLQNFLTTQ
::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:.:::.::::
XP_016 QTLEELEELGKEECFQNKELPRPVLEGQQSERTPNNRPDAPKEKKKKEQMIDLQNLLTTQ
370 380 390 400 410 420
570 580 590 600 610 620
pF1KA0 SPSVRSLAVPTIIEELEDEEERDQRQMIKEAFAGDDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLT
::::.::::::: :::::::::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SPSVKSLAVPTI-EELEDEEERNHRQMIKEAFAGDDVIRDFLKEKREAVEASKPKDVDLT
430 440 450 460 470 480
630 640 650 660 670 680
pF1KA0 LPGWGEWGGVGLKPSAKKRRQFLIKAPEGPPRKDKNLPNVIISEKRNIHAAAHQVQVLPY
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::.::::
XP_016 LPGWGEWGGVGLKPSAKKRRRFLIKAPEGPPRKDKNLPNVIINEKRNIHAAAHQVRVLPY
490 500 510 520 530 540
690 700 710 720 730 740
pF1KA0 PFTHHRQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTPKVVTKPGHIIKPIKAEDVGYQSSSRSDL
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::::::
XP_016 PFTHHWQFERTIQTPIGSTWNTQRAFQKLTTPKVVTKPGHIINPIKAEDVGYRSSSRSDL
550 560 570 580 590 600
750 760
pF1KA0 PVIQRNPKRITTRHNKEEKL
:::::::::::::.:. :
XP_016 SVIQRNPKRITTRHKKQLKKCSVD
610 620
>>XP_016884727 (OMIM: 300508) PREDICTED: U3 small nucleo (449 aa)
initn: 2591 init1: 1366 opt: 2647 Z-score: 1605.7 bits: 307.1 E(85289): 1.1e-82
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]