Result of FASTA (omim) for
pF1KA0240
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0240, 1079 aa
1>>>pF1KA0240 1079 - 1079 aa - 1079 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0104+/-0.000466; mu= -6.7068+/- 0.029
mean_var=258.1154+/-55.548, 0's: 0 Z-trim(116.1): 43 B-trim: 233 in 1/55
Lambda= 0.079830
statistics sampled from 26957 (26999) to 26957 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 12.790
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006723243 (OMIM: 605690) PREDICTED: glioma tumo (1200) 601 83.8 6.6e-15
XP_011525184 (OMIM: 605690) PREDICTED: glioma tumo (1514) 597 83.4 1.1e-14
XP_005258890 (OMIM: 605690) PREDICTED: glioma tumo (1560) 597 83.4 1.1e-14
NP_056526 (OMIM: 605690) glioma tumor suppressor c (1560) 597 83.4 1.1e-14
XP_011525185 (OMIM: 605690) PREDICTED: glioma tumo (1501) 553 78.3 3.7e-13
>>XP_006723243 (OMIM: 605690) PREDICTED: glioma tumor su (1200 aa)
initn: 752 init1: 412 opt: 601 Z-score: 388.6 bits: 83.8 E(85289): 6.6e-15
Smith-Waterman score: 979; 30.2% identity (54.5% similar) in 1120 aa overlap (1-1025:1-1021)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDDDDDSCLLDLIGDPQALNYFLHGPSNKSSNDDLTNAGYSAANSNSIFANSSNADPKSS
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XP_006 MDDEDGRCLLDVICDPQALNDFLHGSEKLDSDDLLDNPG----EAQSAFYEG----PGLH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA0 LKGVS-NQLGEGPSDGLPLSSSLQFLEDELESSPLP------DLTEDQPFDILQKSLQEA
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XP_006 VQEASGNHLNPEPNQPAP-SVDLDFLEDDILGSPATGGGGGGSGGADQPCDILQQSLQEA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KA0 NITEQTLAEEAYLDASIGSSQ----QFAQAQLHPSSS--ASFTQASNVSNYSGQT----L
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XP_006 NITEQTLEAEAELD--LGPFQLPTLQPADGGAGPTGAGGAAAVAAGPQALFPGSTDLLGL
120 130 140 150 160
170 180 190 200
pF1KA0 Q--PIGVTH---VPVGASFASNTVGVQHGFMQHVGIS------VPS-QHLSNSSQIS---
: : .:: :: . ......:: :.: ::.. .:. : : :.: .
XP_006 QGPPTVLTHQALVP-PQDVVNKALSVQP-FLQPVGLGNVTLQPIPGLQGLPNGSPGGATA
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250
pF1KA0 ---GSGQIQLIG----SFGNHPSMMTINNLDGSQIILKGSGQQAP-----SNVS---GGL
: . ::..: .... :.. ... : . ...: . : ..:: .::
XP_006 ATLGLAPIQVVGQPVMALNTPTSQLLAKQVPVSGYLASAAGPSEPVTLASAGVSPQGAGL
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300
pF1KA0 LVHRQ-------TPNGNSLFGNS--SSSPVAQPVTVPFN-STNFQTS--LPVHNIIIQRG
..... : ::::.::.. .:.:.. : :. . .. .: .:. :.:..:
XP_006 VIQKNLSAAVATTLNGNSVFGGAGAASAPTGTPSGQPLAVAPGLGSSPLVPAPNVILHRT
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350
pF1KA0 LAPNSNK----VP---INIQPKPIQMGQQNTYNVNNLGI--QQHHVQQGISFASASSPQG
.: . : .: .. :::. . . .. : :: .. :...: .:..
XP_006 PTPIQPKPAGVLPPKLYQLTPKPFAPAGATLTIQGEPGALPQQPKAPQNLTFMAAGKAGQ
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400
pF1KA0 SVV-----GPHMSVNIVNQQNTRKPVTSQAVSSTGGSIVIHSPMGQPHAPQSQFLIPTSL
.:: .: ...:. .: :.:. ::.. .: : :.: :. .
XP_006 NVVLSGFPAPALQANVFKQP----PATT-----TGAA--PPQPPGALSKPMSVHLLNQGS
410 420 430 440 450
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 SVSSNSVHHVQTINGQLLQTQPSQLISGQVASEHVMLNRNSSNMLRTNQPYTG------P
:. . : . : :: :. . :... . .. ...: . :.:: :
XP_006 SIVIPAQHMLPGQNQFLLPGAPAVQLPQQLSALPANVG---GQILAAAAPHTGGQLIANP
460 470 480 490 500 510
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 MLNNQNTAVHLVSGQTFAASGSPVIANHASPQLVGGQMPLQQASPTVLHLSPGQSSVSQG
.:.::: : : : ::.: :.. . : .: .: : :
XP_006 ILTNQNLAGPLSLG--------PVLAPHSGAH-----------SAHILSAAPIQV----G
520 530 540 550
530 540 550 560 570
pF1KA0 RPGFATMPSVTSMSGPSRFPAVSSASTAHPSLGSAVQ------SGSSGSNFTGDQLTQPN
.:.. :: .:... : .:. :. . : :. ...: :. . : : : :.::
XP_006 QPALFQMP--VSLAAGS-LPTQSQPAPAGPAATTVLQGVTLPPSAVAMLN-TPDGLVQPA
560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 RTPVPVS--VSHRLPVSSSKSTSTFSNTP-GTGTQQQFFCQAQKKCLNQTSPISAPKTTD
::. .. .. : :. . .. .:: : :: :::. : .:: .
XP_006 -TPAAATGEAAPVLTVQPAPQAPPAVSTPLPLGLQQP---QAQQPPQAPTPQAAAPPQAT
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KA0 GLRQAQIPGLLSTTLPGQDSGSKVISASLGTAQPQQEKVVGSSPGHPAVQVESHSGGQKR
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XP_006 TPQPS--PGLASS--PEKIVLGQPPSAT-PTAILTQDSLQMFLP-----QYESKLSGLKK
670 680 690 700 710
700 710 720 730 740 750
pF1KA0 PAAKQLTKGAFILQQLQRDQAHTVTPD-KSHFRSLSDAVQRLLSYHVCQGSMPTEEDLRK
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XP_006 PPTLQPSKEACFLEHLHKHQGSVLHPDYKTAFPSFEDALHRLLPYHVYQGALPSPSDYHK
720 730 740 750 760 770
760 770 780 790 800 810
pF1KA0 VDNEFETVATQLLKRTQAMLNKYRCLLLEDAMRINPSAEMVMIDRMFNQEERASLSRDKR
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XP_006 VDEEFETVSTQLLKRTQAMLNKYRLLLLEESRRVSPSAEMVMIDRMFIQEEKTTLALDKQ
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860 870
pF1KA0 LALVDPEGFQADFCCSFKLDKAAHETQFGRSDQHGSKASSSLQPPAKAQGRDRAKTGVTE
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XP_006 LAKEKPDEYVSS-SRSLGLPIAAS-SEGHRLPGHGPLSSSA--PGASTQ-----------
840 850 860 870
880 890 900 910 920 930
pF1KA0 PMNHDQFHLVPNHIVVSAEGNISKKTECLGRALKFDKVGLVQYQSTSEEKASRREPLKAS
: : .:...:. : .. . .:: . :.: ..: : :.
XP_006 PPPH-----LPTKLVIRHGGAGGSPSVTWARA--------SSSLSSSSSSSSAASSLDAD
880 890 900 910 920
940 950 960 970 980
pF1KA0 QCSPGPEGHR---KT-SSRSDHGTESKLSSILADSHLEMTCNNSFQDKSLRNSPKNEVLH
. .: : .: :: .:: : . :... .. : . .:. : . : .:.
XP_006 EDGPMPSRNRPPIKTYEARSRIGLKLKIKQ---EAGLSKVVHNTALDPVHQPPPPPATLK
930 940 950 960 970 980
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KA0 T--DIMKGSGEPQPDLQLTKSLETTFKNILELKKAGRQPQSDPTVSGSVELDFPNFSPMA
. . : : :.. ... : : : :.
XP_006 VAEPPPRPPPPPPPTGQMNGTVDHPPPAAPERKPLGTAPHCPRLPLRKTYRENVGGPGAP
990 1000 1010 1020 1030 1040
1050 1060 1070
pF1KA0 SQENCLEKFIPDHSEGVVETDSILEAAVNSILEC
XP_006 EGTPAGRARGGSPAPLPAKVDEATSGLIRELAAVEDELYQRMLKGPPPEPAASAAQGTGD
1050 1060 1070 1080 1090 1100
>>XP_011525184 (OMIM: 605690) PREDICTED: glioma tumor su (1514 aa)
initn: 605 init1: 412 opt: 597 Z-score: 384.6 bits: 83.4 E(85289): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 644; 25.1% identity (52.4% similar) in 1072 aa overlap (10-1025:332-1335)
10 20 30
pF1KA0 MDDDDDSCLLDLIGDPQALNYFLHGPSNKS------SND
: . :.: :: ..:.: . ...
XP_011 PTPIQPKPAGVLPPKLYQLTPKPFAPAGATLTIQGEPGALPQQPKAPQNLTFMAAGKAGQ
310 320 330 340 350 360
40 50 60 70 80
pF1KA0 DLTNAGYSA-ANSNSIF----ANSSNADPKSSLKGVSNQ-----LGEGPSDGLPLSSSL-
... .:. : : . ..: :....: : . ..:. :..: : .: . :
XP_011 NVVLSGFPAPALQANVFKQPPATTTGAAPPQPPGALSKPMSVHLLNQGSSIVIPAQHMLP
370 380 390 400 410 420
90 100 110 120 130
pF1KA0 ---QFLEDELESSPLPDLTEDQPFDILQKSLQEA--NITEQTLAEEAYLDASIGSSQQFA
::: . ::. : .. . : : . : .:. . .... ...
XP_011 GQNQFLLPGAPAVQLPQQLSALPANVGGQILAAAAPHTGGQLIANPILTNQNLAGPLSLG
430 440 450 460 470 480
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 QAQLHPSSSASFTQASNVSNYSGQTLQPIGVTHVPVGASFASNTVGVQHGFMQHVGISVP
. : : :.: .: .: :. :: .. ..:: :.:.... .: : . .
XP_011 PV-LAPHSGAH--SAHILSAAPIQVGQP-ALFQMPV--SLAAGSLPTQS---QPAPAGPA
490 500 510 520 530
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 SQHLSNSSQISGSGQIQLIGSFG-NHPSMMTINNLDGSQIILKGSGQQAPSNVSGGLLVH
. . .. . :. .: : .:. . . ... .. . ::: :: : .
XP_011 ATTVLQGVTLPPSAVAMLNTPDGLVQPATPAAATGEAAPVLTVQPAPQAPPAVSTPLPLG
540 550 560 570 580 590
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 RQTPNGNSLFGNSSSSPVAQP-VTVPFNSTNFQTSLPVHNIIIQRGLAPNSNKVPINIQP
: :.... . . .: : .:.: : .. .: : ..:.. : :... . : :
XP_011 LQQPQAQQPPQAPTPQAAAPPQATTPQPSPGLASS-P-EKIVL--GQPPSATPTAILTQD
600 610 620 630 640
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 KPIQMGQQNTYNVNNLGIQQHHVQQGISFASASSPQGSVVGPHMSVNIVNQQNTRKPVTS
. .:: . . . :. . :.. : .. : .. .: : . . : :
XP_011 S-LQMFLPQERSQQPLSAEGPHLSVPASVIVSAPPPAQDPAPATPVAKGAGLGPQAP-DS
650 660 670 680 690 700
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 QAVSSTGGSIVIHSPMGQPHAPQSQFLIPTSLSVSSNSVHHVQTINGQLLQTQPSQLISG
:: . . .: .:. : .:.:. .: . .. .: : : . .:.. :
XP_011 QASPAPAPQIPAAAPLKGP-GPSSSPSLPHQAPLG-DSPH--------LPSPHPTRPPS-
710 720 730 740 750
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 QVASEHVMLNRNSSN--MLRTNQPYTGPMLNNQNTAVHLVSGQTFAASGSPVIANHASPQ
. :. ..: :. . : . : : . . . .. :.. .:. . .:
XP_011 RPPSRPQSVSRPPSEPPLHPCPPPQAPPTLPGIFVIQNQLGVPPPASNPAPTAPGPPQPP
760 770 780 790 800 810
500 510 520 530 540
pF1KA0 LVGGQMPLQQASPTVLHLSPGQSS--VSQGRPGFATMPSVTSMSGPSRFPAVSS---AST
: ..: . : . :: :...: :... . .:. : . .:: .. . :
XP_011 LRPQSQPPEGPLPPAPHLPPSSTSSAVASSSETSSRLPAPTPSDFQLQFPPSQGPHKSPT
820 830 840 850 860 870
550 560 570 580 590
pF1KA0 AHPSLGSAVQSGSSGSN--FTGDQLTQP-NRTPVPVSVS---HRLP-----------VSS
:.: . . .. : ...: : : : .. :..: . .
XP_011 PPPTLHLVPEPAAPPPPPPRTFQMVTTPFPALPQPKALLERFHQVPSGIILQNKAGGAPA
880 890 900 910 920 930
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 SKSTSTFSNTPGTGTQQQFFCQAQKKCLNQTSPISAPKTTDGLRQAQIPGLLSTTLPGQD
. .::: : : :. . . ..: . :.: :: . . . .: :: :...
XP_011 APQTST-SLGPLTSPAASVLVSGQAPSGTPTAPSHAPAPAP-MAATGLPPLL----PAEN
940 950 960 970 980
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 SGSKVISASLGTAQPQQEKVVGSSPGHPA-VQVESHSGGQKRPAAKQLTKGAFILQQLQR
:.....: : . :...:.::.:. .: ::. .: :.: . : .: : .:..:..
XP_011 ---KAFASNLPTLNV--AKAASSGPGKPSGLQYESKLSGLKKPPTLQPSKEACFLEHLHK
990 1000 1010 1020 1030 1040
720 730 740 750 760
pF1KA0 DQAHTVTPD-KSHFRSLSDAVQRLLSYHVCQGSMPTEEDLRKVDNEFETVATQLLKRTQA
:. .. :: :. : :. ::..::: ::: ::..:. : .:::.:::::.:::::::::
XP_011 HQGSVLHPDYKTAFPSFEDALHRLLPYHVYQGALPSPSDYHKVDEEFETVSTQLLKRTQA
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770 780 790 800 810 820
pF1KA0 MLNKYRCLLLEDAMRINPSAEMVMIDRMFNQEERASLSRDKRLALVDPEGFQADFCCSFK
:::::: ::::.. :..:::::::::::: :::...:. ::.:: :. . .. :.
XP_011 MLNKYRLLLLEESRRVSPSAEMVMIDRMFIQEEKTTLALDKQLAKEKPDEYVSS-SRSLG
1110 1120 1130 1140 1150 1160
830 840 850 860 870 880
pF1KA0 LDKAAHETQFGRSDQHGSKASSSLQPPAKAQGRDRAKTGVTEPMNHDQFHLVPNHIVVSA
: :: .. : :: .::. : :..: : : .:...:.
XP_011 LPIAAS-SEGHRLPGHGPLSSSA--PGASTQ-----------PPPH-----LPTKLVIRH
1170 1180 1190 1200
890 900 910 920 930 940
pF1KA0 EGNISKKTECLGRALKFDKVGLVQYQSTSEEKASRREPLKASQCSPGPEGHR---KT-SS
: .. . .:: . :.: ..: : :.. .: : .: :: .
XP_011 GGAGGSPSVTWARA--------SSSLSSSSSSSSAASSLDADEDGPMPSRNRPPIKTYEA
1210 1220 1230 1240 1250
950 960 970 980 990 1000
pF1KA0 RSDHGTESKLSSILADSHLEMTCNNSFQDKSLRNSPKNEVLHT--DIMKGSGEPQPDLQL
:: : . :... .. : . .:. : . : .:.. . : : :.
XP_011 RSRIGLKLKIKQ---EAGLSKVVHNTALDPVHQPPPPPATLKVAEPPPRPPPPPPPTGQM
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA0 TKSLETTFKNILELKKAGRQPQSDPTVSGSVELDFPNFSPMASQENCLEKFIPDHSEGVV
. ... : : : :.
XP_011 NGTVDHPPPAAPERKPLGTAPHCPRLPLRKTYRENVGGPGAPEGTPAGRARGGSPAPLPA
1320 1330 1340 1350 1360 1370
>>XP_005258890 (OMIM: 605690) PREDICTED: glioma tumor su (1560 aa)
initn: 750 init1: 412 opt: 597 Z-score: 384.3 bits: 83.4 E(85289): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 644; 25.1% identity (52.4% similar) in 1072 aa overlap (10-1025:378-1381)
10 20 30
pF1KA0 MDDDDDSCLLDLIGDPQALNYFLHGPSNKS------SND
: . :.: :: ..:.: . ...
XP_005 PTPIQPKPAGVLPPKLYQLTPKPFAPAGATLTIQGEPGALPQQPKAPQNLTFMAAGKAGQ
350 360 370 380 390 400
40 50 60 70 80
pF1KA0 DLTNAGYSA-ANSNSIF----ANSSNADPKSSLKGVSNQ-----LGEGPSDGLPLSSSL-
... .:. : : . ..: :....: : . ..:. :..: : .: . :
XP_005 NVVLSGFPAPALQANVFKQPPATTTGAAPPQPPGALSKPMSVHLLNQGSSIVIPAQHMLP
410 420 430 440 450 460
90 100 110 120 130
pF1KA0 ---QFLEDELESSPLPDLTEDQPFDILQKSLQEA--NITEQTLAEEAYLDASIGSSQQFA
::: . ::. : .. . : : . : .:. . .... ...
XP_005 GQNQFLLPGAPAVQLPQQLSALPANVGGQILAAAAPHTGGQLIANPILTNQNLAGPLSLG
470 480 490 500 510 520
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 QAQLHPSSSASFTQASNVSNYSGQTLQPIGVTHVPVGASFASNTVGVQHGFMQHVGISVP
. : : :.: .: .: :. :: .. ..:: :.:.... .: : . .
XP_005 PV-LAPHSGAH--SAHILSAAPIQVGQP-ALFQMPV--SLAAGSLPTQS---QPAPAGPA
530 540 550 560 570
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 SQHLSNSSQISGSGQIQLIGSFG-NHPSMMTINNLDGSQIILKGSGQQAPSNVSGGLLVH
. . .. . :. .: : .:. . . ... .. . ::: :: : .
XP_005 ATTVLQGVTLPPSAVAMLNTPDGLVQPATPAAATGEAAPVLTVQPAPQAPPAVSTPLPLG
580 590 600 610 620 630
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 RQTPNGNSLFGNSSSSPVAQP-VTVPFNSTNFQTSLPVHNIIIQRGLAPNSNKVPINIQP
: :.... . . .: : .:.: : .. .: : ..:.. : :... . : :
XP_005 LQQPQAQQPPQAPTPQAAAPPQATTPQPSPGLASS-P-EKIVL--GQPPSATPTAILTQD
640 650 660 670 680 690
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 KPIQMGQQNTYNVNNLGIQQHHVQQGISFASASSPQGSVVGPHMSVNIVNQQNTRKPVTS
. .:: . . . :. . :.. : .. : .. .: : . . : :
XP_005 S-LQMFLPQERSQQPLSAEGPHLSVPASVIVSAPPPAQDPAPATPVAKGAGLGPQAP-DS
700 710 720 730 740 750
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 QAVSSTGGSIVIHSPMGQPHAPQSQFLIPTSLSVSSNSVHHVQTINGQLLQTQPSQLISG
:: . . .: .:. : .:.:. .: . .. .: : : . .:.. :
XP_005 QASPAPAPQIPAAAPLKGP-GPSSSPSLPHQAPLG-DSPH--------LPSPHPTRPPS-
760 770 780 790 800
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 QVASEHVMLNRNSSN--MLRTNQPYTGPMLNNQNTAVHLVSGQTFAASGSPVIANHASPQ
. :. ..: :. . : . : : . . . .. :.. .:. . .:
XP_005 RPPSRPQSVSRPPSEPPLHPCPPPQAPPTLPGIFVIQNQLGVPPPASNPAPTAPGPPQPP
810 820 830 840 850 860
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pF1KA0 LVGGQMPLQQASPTVLHLSPGQSS--VSQGRPGFATMPSVTSMSGPSRFPAVSS---AST
: ..: . : . :: :...: :... . .:. : . .:: .. . :
XP_005 LRPQSQPPEGPLPPAPHLPPSSTSSAVASSSETSSRLPAPTPSDFQLQFPPSQGPHKSPT
870 880 890 900 910 920
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pF1KA0 AHPSLGSAVQSGSSGSN--FTGDQLTQP-NRTPVPVSVS---HRLP-----------VSS
:.: . . .. : ...: : : : .. :..: . .
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. .::: : : :. . . ..: . :.: :: . . . .: :: :...
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:.....: : . :...:.::.:. .: ::. .: :.: . : .: : .:..:..
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:. .. :: :. : :. ::..::: ::: ::..:. : .:::.:::::.:::::::::
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: .. . .:: . :.: ..: : :.. .: : .: :: .
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:: : . :... .. : . .:. : . : .:.. . : : :.
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. ... : : : :.
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..... : ::::.::.. .:.:.. : :. . .. .: .:. :.:..:
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