Result of FASTA (omim) for
pF1KA0131
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0131, 946 aa
1>>>pF1KA0131 946 - 946 aa - 946 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7774+/-0.000398; mu= 1.4718+/- 0.025
mean_var=292.9351+/-61.903, 0's: 0 Z-trim(120.6): 391 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.074936
statistics sampled from 35608 (36022) to 35608 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.422), width: 16
Scan time: 13.970
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001657 (OMIM: 300023) rho GTPase-activating pro ( 946) 6252 690.3 1.2e-197
NP_001158213 (OMIM: 300023) rho GTPase-activating ( 986) 4812 534.7 8.8e-151
NP_055665 (OMIM: 606525) SLIT-ROBO Rho GTPase-acti (1099) 2703 306.7 4.1e-82
NP_065813 (OMIM: 188470,606523) SLIT-ROBO Rho GTPa (1085) 2649 300.9 2.3e-80
XP_016863068 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 876) 2641 299.9 3.6e-80
XP_016863063 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1117) 2641 300.0 4.3e-80
XP_011532597 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1104) 2584 293.9 3.1e-78
XP_011532598 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1085) 2526 287.6 2.4e-76
XP_011536882 (OMIM: 188470,606523) PREDICTED: SLIT (1045) 2518 286.7 4.2e-76
XP_011536883 (OMIM: 188470,606523) PREDICTED: SLIT (1045) 2518 286.7 4.2e-76
XP_016863065 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 979) 2266 259.4 6.3e-68
XP_016863066 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 979) 2266 259.4 6.3e-68
XP_016863067 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 979) 2266 259.4 6.3e-68
XP_011532603 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 941) 2029 233.8 3.2e-60
NP_001333130 (OMIM: 188470,606523) SLIT-ROBO Rho G (1062) 1449 171.1 2.6e-41
XP_011532605 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 591) 1091 132.2 7.6e-30
XP_016863069 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 709) 1091 132.3 8.6e-30
NP_001028289 (OMIM: 606525) SLIT-ROBO Rho GTPase-a (1075) 1091 132.4 1.2e-29
XP_016863064 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1093) 1091 132.4 1.2e-29
XP_016856330 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 840) 1083 131.5 1.8e-29
XP_016856329 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 931) 1084 131.6 1.8e-29
XP_016856328 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 931) 1084 131.6 1.8e-29
XP_016856327 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 931) 1084 131.6 1.8e-29
XP_011507661 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 841) 1083 131.5 1.8e-29
XP_011507658 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 986) 1084 131.7 1.9e-29
XP_011507657 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1083) 1084 131.7 2e-29
XP_011507656 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1084) 1084 131.7 2e-29
NP_001164108 (OMIM: 606524) SLIT-ROBO Rho GTPase-a (1070) 1083 131.6 2.1e-29
XP_005277568 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1070) 1083 131.6 2.1e-29
NP_056141 (OMIM: 606524) SLIT-ROBO Rho GTPase-acti (1071) 1083 131.6 2.1e-29
XP_005277567 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R (1071) 1083 131.6 2.1e-29
NP_001287881 (OMIM: 606524) SLIT-ROBO Rho GTPase-a ( 789) 1079 131.0 2.3e-29
XP_005277572 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 789) 1079 131.0 2.3e-29
XP_005277571 (OMIM: 606524) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 790) 1079 131.0 2.3e-29
XP_016857574 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 458) 1023 124.8 1e-27
NP_001258799 (OMIM: 614703) SLIT-ROBO Rho GTPase-a ( 459) 1011 123.5 2.5e-27
NP_001258801 (OMIM: 614704) SLIT-ROBO Rho GTPase-a ( 458) 999 122.2 6.2e-27
NP_001316913 (OMIM: 614704) SLIT-ROBO Rho GTPase-a ( 459) 987 120.9 1.5e-26
XP_016857575 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 428) 908 112.3 5.4e-24
XP_011540317 (OMIM: 614704) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 428) 884 109.7 3.3e-23
NP_001317613 (OMIM: 614703) SLIT-ROBO Rho GTPase-a ( 305) 784 98.8 4.6e-20
XP_016857581 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 305) 784 98.8 4.6e-20
XP_016857580 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 305) 784 98.8 4.6e-20
XP_016857577 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 306) 772 97.5 1.1e-19
XP_016857578 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 306) 772 97.5 1.1e-19
XP_005277478 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 306) 772 97.5 1.1e-19
XP_005277479 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 306) 772 97.5 1.1e-19
XP_016857638 (OMIM: 614704) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 306) 744 94.4 9.2e-19
XP_005277556 (OMIM: 614704) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 306) 744 94.4 9.2e-19
XP_016857576 (OMIM: 614703) PREDICTED: SLIT-ROBO R ( 307) 649 84.2 1.1e-15
>>NP_001657 (OMIM: 300023) rho GTPase-activating protein (946 aa)
initn: 6252 init1: 6252 opt: 6252 Z-score: 3669.6 bits: 690.3 E(85289): 1.2e-197
Smith-Waterman score: 6252; 100.0% identity (100.0% similar) in 946 aa overlap (1-946:1-946)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAEFMRRRAEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAEFMRRRAEVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 LEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTRQQSRESAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTRQQSRESAAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTYQAYHMESVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTYQAYHMESVN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 AEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGATEAGPLRKSSLKKGGRLVEKRQAKFMEHKLKCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGATEAGPLRKSSLKKGGRLVEKRQAKFMEHKLKCT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 KARNEYLLSLASVNAAVSNYYLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAAESRTQASQVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KARNEYLLSLASVNAAVSNYYLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAAESRTQASQVQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 GLGSLEEAVEALDPPGDKAKVLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICVEMELRDEILP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLGSLEEAVEALDPPGDKAKVLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICVEMELRDEILP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 RAQNIQSRLDRQTIETEEVNKTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPSTESLKSTSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAQNIQSRLDRQTIETEEVNKTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPSTESLKSTSSD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 PGSRQAGRRRGQQQETETFYLTKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEALQRGDKEEQEVSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGSRQAGRRRGQQQETETFYLTKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEALQRGDKEEQEVSW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 TQYTQRKFQKSRQPRPSSQYNQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCIRFINLNGLQHEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TQYTQRKFQKSRQPRPSSQYNQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCIRFINLNGLQHEG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 IFRVSGAQLRVSEIRDAFERGEDPLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSLEPPLFPPDLFGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IFRVSGAQLRVSEIRDAFERGEDPLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSLEPPLFPPDLFGE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 LLASSELEATAERVEHVSRLLWRLPAPVLVVLRYLFTFLNHLAQYSDENMMDPYNLAVCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLASSELEATAERVEHVSRLLWRLPAPVLVVLRYLFTFLNHLAQYSDENMMDPYNLAVCF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 GPTLLPVPAGQDPVALQGRVNQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEKCMAPPSASCLGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPTLLPVPAGQDPVALQGRVNQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEKCMAPPSASCLGD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 AQLESLGADNEPELEAEMPAQEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRRGDVLRLHERAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQLESLGADNEPELEAEMPAQEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRRGDVLRLHERAS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 SDWWRGEHNGMRGLIPHKYITLPAGTEKQVVGAGLQTAGESGSSPEGLLASELVHRPEPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDWWRGEHNGMRGLIPHKYITLPAGTEKQVVGAGLQTAGESGSSPEGLLASELVHRPEPC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 TSPEAMGPSGHRRRCLVPASPEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKTSVRQGLGPASTTSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSPEAMGPSGHRRRCLVPASPEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKTSVRQGLGPASTTSP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KA0 SPGPRSPKAPPSSRLGRNKGFSRGPGAPASPSASHPQGLDTTPKPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPGPRSPKAPPSSRLGRNKGFSRGPGAPASPSASHPQGLDTTPKPH
910 920 930 940
>>NP_001158213 (OMIM: 300023) rho GTPase-activating prot (986 aa)
initn: 4812 init1: 4812 opt: 4812 Z-score: 2828.0 bits: 534.7 E(85289): 8.8e-151
Smith-Waterman score: 6109; 95.9% identity (95.9% similar) in 978 aa overlap (9-946:9-986)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAEFMRRRAEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAEFMRRRAEVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 LEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTRQQSRESAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTRQQSRESAAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTYQAYHMESVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTYQAYHMESVN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KA0 AEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGATEAGPLRKSSLKKGGRLVEK-------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGATEAGPLRKSSLKKGGRLVEKLWPPQRPVAASSC
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260
pF1KA0 ---------------------------RQAKFMEHKLKCTKARNEYLLSLASVNAAVSNY
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 APVCWLQAGFLVHPPWWGAMCAPSTHQRQAKFMEHKLKCTKARNEYLLSLASVNAAVSNY
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 YLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAAESRTQASQVQGLGSLEEAVEALDPPGDKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAAESRTQASQVQGLGSLEEAVEALDPPGDKAK
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 VLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICVEMELRDEILPRAQNIQSRLDRQTIETEEVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICVEMELRDEILPRAQNIQSRLDRQTIETEEVN
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KA0 KTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPSTESLKSTSSDPGSRQAGRRRGQQQETETFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPSTESLKSTSSDPGSRQAGRRRGQQQETETFY
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KA0 LTKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEALQRGDKEEQEVSWTQYTQRKFQKSRQPRPSSQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEALQRGDKEEQEVSWTQYTQRKFQKSRQPRPSSQY
490 500 510 520 530 540
510 520 530 540 550 560
pF1KA0 NQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCIRFINLNGLQHEGIFRVSGAQLRVSEIRDAFER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCIRFINLNGLQHEGIFRVSGAQLRVSEIRDAFER
550 560 570 580 590 600
570 580 590 600 610 620
pF1KA0 GEDPLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSLEPPLFPPDLFGELLASSELEATAERVEHVSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEDPLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSLEPPLFPPDLFGELLASSELEATAERVEHVSRL
610 620 630 640 650 660
630 640 650 660 670 680
pF1KA0 LWRLPAPVLVVLRYLFTFLNHLAQYSDENMMDPYNLAVCFGPTLLPVPAGQDPVALQGRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LWRLPAPVLVVLRYLFTFLNHLAQYSDENMMDPYNLAVCFGPTLLPVPAGQDPVALQGRV
670 680 690 700 710 720
690 700 710 720 730 740
pF1KA0 NQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEKCMAPPSASCLGDAQLESLGADNEPELEAEMPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEKCMAPPSASCLGDAQLESLGADNEPELEAEMPA
730 740 750 760 770 780
750 760 770 780 790 800
pF1KA0 QEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRRGDVLRLHERASSDWWRGEHNGMRGLIPHKYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRRGDVLRLHERASSDWWRGEHNGMRGLIPHKYI
790 800 810 820 830 840
810 820 830 840 850 860
pF1KA0 TLPAGTEKQVVGAGLQTAGESGSSPEGLLASELVHRPEPCTSPEAMGPSGHRRRCLVPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLPAGTEKQVVGAGLQTAGESGSSPEGLLASELVHRPEPCTSPEAMGPSGHRRRCLVPAS
850 860 870 880 890 900
870 880 890 900 910 920
pF1KA0 PEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKTSVRQGLGPASTTSPSPGPRSPKAPPSSRLGRNKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKTSVRQGLGPASTTSPSPGPRSPKAPPSSRLGRNKG
910 920 930 940 950 960
930 940
pF1KA0 FSRGPGAPASPSASHPQGLDTTPKPH
::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSRGPGAPASPSASHPQGLDTTPKPH
970 980
>>NP_055665 (OMIM: 606525) SLIT-ROBO Rho GTPase-activati (1099 aa)
initn: 2690 init1: 1124 opt: 2703 Z-score: 1595.1 bits: 306.7 E(85289): 4.1e-82
Smith-Waterman score: 2717; 47.3% identity (74.6% similar) in 924 aa overlap (1-917:1-905)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAEFMRRRAEVE
:... :..... . ::::.:.::.: :: ::..::: :.: : .:::.: ::.::.::.:
NP_055 MSSQTKFKKDKEIIAEYEAQIKEIRTQLVEQFKCLEQQSESRLQLLQDLQEFFRRKAEIE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 LEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTRQQSRESAAL
:::::.::::::::::. . :::::: :.:. ::::..:: ..:..::..::. :.:
NP_055 LEYSRSLEKLAERFSSK---IRSSREHQ-FKKDQYLLSPVNCWYLVLHQTRRESRDHATL
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTYQAYHMESVN
.... . . :::.:.::: :: :::... :...:::.:..:: :. :::. :: ::..
NP_055 NDIFMNNVIVRLSQISEDVIRLFKKSKEIGLQMHEELLKVTNELYTVMKTYHMYHAESIS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KA0 AEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGAT-EAGPLRKSSLKKGGRLVEKRQAKFMEHKLKC
::.::.:::.::::. ..: . : : :.::.:: .. ::::::. :.::::
NP_055 AESKLKEAEKQEEKQFNKSGDLSMNLLRHEDRPQRRSSVKKIEKMKEKRQAKYSENKLKC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 TKARNEYLLSLASVNAAVSNYYLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAAESRTQASQV
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NP_055 TKARNDYLLNLAATNAAISKYYIHDVSDLIDCCDLGFHASLARTFRTYLSAEYNLETSRH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 QGLGSLEEAVEALDPPGDKAKVLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICVEMELRDEIL
.:: .:.::. :: .:: :... ::::::.:...:: :::: .. ... .. :.:
NP_055 EGLDVIENAVDNLDSRSDKHTVMDMCNQVFCPPLKFEFQPHMGDEVCQVSAQQPVQTELL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 PRAQNIQSRLDRQTIETEEVNKTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPSTESLKSTSS
: ...:::: ::.::: ::: ::.:.: .... .: :: :.:: : ::::.::..:
NP_055 MRYHQLQSRLATLKIENEEVRKTLDATMQTLQDMLTVEDFDVSDAFQHSRSTESVKSAAS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 DPGSRQAG--RRRGQQQETETFYLTKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEALQRGDKEEQE
. . . .::..::::: ::.::..::..: ....::::::. :...: .:.. :
NP_055 ETYMSKINIAKRRANQQETEMFYFTKFKEYVNGSNLITKLQAKHDLLKQTLGEGERAECG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 VSWTQYTQRKFQKSRQPRPSSQYNQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCIRFINLNGLQ
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NP_055 TTRPPCLPPKPQKMRRPRPLSVYSHKLFNGSMEAFIKDSGQAIPLVVESCIRYINLYGLQ
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 HEGIFRVSGAQLRVSEIRDAFERGEDPLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSLEPPLFPPDL
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NP_055 QQGIFRVPGSQVEVNDIKNSFERGEDPLVDDQNERDINSVAGVLKLYFRGLENPLFPKER
540 550 560 570 580 590
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pF1KA0 FGELLASSELEATAERVEHVSRLLWRLPAPVLVVLRYLFTFLNHLAQYSDENMMDPYNLA
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NP_055 FQDLISTIKLENPAERVHQIQQILVTLPRVVIVVMRYLFAFLNHLSQYSDENMMDPYNLA
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 VCFGPTLLPVPAGQDPVALQGRVNQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEKCMAPPSASC
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NP_055 ICFGPTLMHIPDGQDPVSCQAHINEVIKTIIIHHEAIFPSPRELEGPVYEKCMAGGEEYC
660 670 680 690 700 710
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pF1KA0 LGDAQLESLGADNEPELE-AEMPAQEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRRGDVLRLH
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NP_055 --DSPHSEPGAIDEVDHDNGTEPHTSDEEVEQIEAIAKFDYMGRSPRELSFKKGASLLLY
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KA0 ERASSDWWRGEHNGMRGLIPHKYITLPAGTEKQVVGAGLQTAGESGSSPEGLLASELVHR
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NP_055 HRASEDWWEGRHNGVDGLIPHQYIVVQDMDDAFSDSLSQKADSEASSGP--LLDDKASSK
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KA0 PEPCTSPEAMGPSGHRRRCLVPASPEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKT-SVRQGLGPA
. . : .. : . . . ... : :. : : : : .::::.
NP_055 NDLQSPTEHISDYG-----FGGVMGRVRLRSDGAAIPRRRSG-----GDTHSPPRGLGPS
840 850 860 870 880
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pF1KA0 STTSPSPG--PRSPKAPPSSRLGRNKGFSRGPGAPASPSASHPQGLDTTPKPH
: : . : ::. : .: ::
NP_055 IDTPPRAAACPSSPHKIPLTR-GRIESPEKRRMATFGSAGSINYPDKKALSEGHSMRSTC
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>>NP_065813 (OMIM: 188470,606523) SLIT-ROBO Rho GTPase-a (1085 aa)
initn: 2450 init1: 1140 opt: 2649 Z-score: 1563.7 bits: 300.9 E(85289): 2.3e-80
Smith-Waterman score: 2649; 47.1% identity (76.1% similar) in 858 aa overlap (1-854:1-847)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAEFMRRRAEVE
:.. ....... . ::::.::::.: :: :: .::: : :.: .:::.: .:.:..::.:
NP_065 MSTPSRFKKDKEIIAEYESQVKEIRAQLVEQQKCLEQQTEMRVQLLQDLQDFFRKKAEIE
10 20 30 40 50 60
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pF1KA0 LEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTRQQSRESAAL
::::.:::::::: . . :...::...:. .::::..:: .::...:..:.. :.:
NP_065 TEYSRNLEKLAERFMA---KTRSTKDHQQYKKDQNLLSPVNCWYLLLNQVRRESKDHATL
70 80 90 100 110
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pF1KA0 SEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTYQAYHMESVN
:.. . . .:. .:.:: :. :::... ::...:..:..:: :. :::. :: ::..
NP_065 SDIYLNNVIMRFMQISEDSTRMFKKSKEIAFQLHEDLMKVLNELYTVMKTYHMYHAESIS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 AEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGATEAGPLRKSSLKKGGRLVEKRQAKFMEHKLKCT
::.::.:::.::::. ::: . : :.::.:: .. ::::::. :.:::
NP_065 AESKLKEAEKQEEKQIGRSGDPVFHIRLEERHQRRSSVKKIEKMKEKRQAKYSENKLKSI
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pF1KA0 KARNEYLLSLASVNAAVSNYYLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAAESRTQASQVQ
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NP_065 KARNEYLLTLEATNASVFKYYIHDLSDLIDCCDLGYHASLNRALRTYLSAEYNLETSRHE
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pF1KA0 GLGSLEEAVEALDPPGDKAKVLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICVEMELRDEILP
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NP_065 GLDIIENAVDNLEPRSDKQRFMEMYPAAFCPPMKFEFQSHMGDEVCQVSAQQPVQAELML
300 310 320 330 340 350
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pF1KA0 RAQNIQSRLDRQTIETEEVNKTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPSTESLKSTSSD
: :..:::: ::.:::.:: .::::.. ..:. .: :: . :: : ::::.::: :.
NP_065 RYQQLQSRLATLKIENEEVKKTTEATLQTIQDMVTIEDYDVSECFQHSRSTESVKSTVSE
360 370 380 390 400 410
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pF1KA0 P--GSRQAGRRRGQQQETETFYLTKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEALQRGDKEEQEV
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NP_065 TYLSKPSIAKRRANQQETEQFYFMKLREYLEGSNLITKLQAKHDLLQRTLGEGHRAEYMT
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pF1KA0 SWTQYTQRKFQKSRQPRPSSQYNQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCIRFINLNGLQH
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NP_065 TRPPNVPPKPQKHRKSRPRSQYNTKLFNGDLETFVKDSGQVIPLIVESCIRFINLYGLQH
480 490 500 510 520 530
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pF1KA0 EGIFRVSGAQLRVSEIRDAFERGEDPLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSLEPPLFPPDLF
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NP_065 QGIFRVSGSQVEVNDIKNSFERGENPLADDQSNHDINSVAGVLKLYFRGLENPLFPKERF
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 GELLASSELEATAERVEHVSRLLWRLPAPVLVVLRYLFTFLNHLAQYSDENMMDPYNLAV
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NP_065 NDLISCIRIDNLYERALHIRKLLLTLPRSVLIVMRYLFAFLNHLSQYSDENMMDPYNLAI
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pF1KA0 CFGPTLLPVPAGQDPVALQGRVNQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEKCMAPPSASCL
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NP_065 CFGPTLMPVPEIQDQVSCQAHVNEIIKTIIIHHETIFPDAKELDGPVYEKCMAGDDY-C-
660 670 680 690 700 710
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pF1KA0 GDAQLESLGADNEPELEA--EMPAQEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRRGDVLRLH
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NP_065 -DSPYSEHGTLEEVDQDAGTEPHTSEDECEPI-EAIAKFDYVGRSARELSFKKGASLLLY
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pF1KA0 ERASSDWWRGEHNGMRGLIPHKYITLPAGTEKQVVGAGLQTAGESGSSPEGLLASELVHR
.::: :::.:.:::. ::.::.::.. . . .. .:..:.: ..:
NP_065 HRASEDWWEGRHNGIDGLVPHQYIVVQDMDDTFSDTLSQKADSEASSGP----VTEDKSS
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pF1KA0 PEPCTSPEAMGPSGHRRRCLVPASPEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKTSVRQGLGPAS
. .:: :.:. :
NP_065 SKDMNSPTDRHPDGYLARQRKRGEPPPPVRRPGRTSDGHCPLHPPHALSNSSVDLGSPSL
830 840 850 860 870 880
>>XP_016863068 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO Rho G (876 aa)
initn: 2628 init1: 1124 opt: 2641 Z-score: 1560.2 bits: 299.9 E(85289): 3.6e-80
Smith-Waterman score: 2641; 50.2% identity (77.8% similar) in 808 aa overlap (22-825:40-841)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAE
.:.: :: ::..::: :.: : .:::.: :
XP_016 AGGAGGCLLMPCSTQDLQWELGSALGAAFRQEIRTQLVEQFKCLEQQSESRLQLLQDLQE
10 20 30 40 50 60
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pF1KA0 FMRRRAEVELEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTR
:.::.::.::::::.::::::::::. . :::::: :.:. ::::..:: ..:..::
XP_016 FFRRKAEIELEYSRSLEKLAERFSSK---IRSSREHQ-FKKDQYLLSPVNCWYLVLHQTR
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pF1KA0 QQSRESAALSEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTY
..::. :.:.... . . :::.:.::: :: :::... :...:::.:..:: :. :::
XP_016 RESRDHATLNDIFMNNVIVRLSQISEDVIRLFKKSKEIGLQMHEELLKVTNELYTVMKTY
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pF1KA0 QAYHMESVNAEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGAT-EAGPLRKSSLKKGGRLVEKRQA
. :: ::..::.::.:::.::::. ..: . : : :.::.:: .. :::::
XP_016 HMYHAESISAESKLKEAEKQEEKQFNKSGDLSMNLLRHEDRPQRRSSVKKIEKMKEKRQA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 KFMEHKLKCTKARNEYLLSLASVNAAVSNYYLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAA
:. :.:::::::::.:::.::..:::.:.::.::: ::.:::: ::: .:....:.: .:
XP_016 KYSENKLKCTKARNDYLLNLAATNAAISKYYIHDVSDLIDCCDLGFHASLARTFRTYLSA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 ESRTQASQVQGLGSLEEAVEALDPPGDKAKVLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICV
: ..:. .:: .:.::. :: .:: :... ::::::.:...:: :::: .. .
XP_016 EYNLETSRHEGLDVIENAVDNLDSRSDKHTVMDMCNQVFCPPLKFEFQPHMGDEVCQVSA
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360 370 380 390 400 410
pF1KA0 EMELRDEILPRAQNIQSRLDRQTIETEEVNKTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPS
.. .. :.: : ...:::: ::.::: ::: ::.:.: .... .: :: :.:: : :
XP_016 QQPVQTELLMRYHQLQSRLATLKIENEEVRKTLDATMQTLQDMLTVEDFDVSDAFQHSRS
370 380 390 400 410 420
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pF1KA0 TESLKSTSSDPGSRQAG--RRRGQQQETETFYLTKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEAL
:::.::..:. . . .::..::::: ::.::..::..: ....::::::. :...:
XP_016 TESVKSAASETYMSKINIAKRRANQQETEMFYFTKFKEYVNGSNLITKLQAKHDLLKQTL
430 440 450 460 470 480
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pF1KA0 QRGDKEEQEVSWTQYTQRKFQKSRQPRPSSQYNQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCI
.:.. : .. : :: :.::: : :...::.:.:: ::..::: .::::::::
XP_016 GEGERAECGTTRPPCLPPKPQKMRRPRPLSVYSHKLFNGSMEAFIKDSGQAIPLVVESCI
490 500 510 520 530 540
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pF1KA0 RFINLNGLQHEGIFRVSGAQLRVSEIRDAFERGEDPLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSL
:.::: :::..::::: :.:..:..:...:::::::::. . .:..:::::::::::.:
XP_016 RYINLYGLQQQGIFRVPGSQVEVNDIKNSFERGEDPLVDDQNERDINSVAGVLKLYFRGL
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pF1KA0 EPPLFPPDLFGELLASSELEATAERVEHVSRLLWRLPAPVLVVLRYLFTFLNHLAQYSDE
: :::: . : .:... .:: ::::......: :: :.::.::::.:::::.:::::
XP_016 ENPLFPKERFQDLISTIKLENPAERVHQIQQILVTLPRVVIVVMRYLFAFLNHLSQYSDE
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pF1KA0 NMMDPYNLAVCFGPTLLPVPAGQDPVALQGRVNQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEK
:::::::::.::::::. .: :::::. :...:....:.:.. . .:: : ::::::
XP_016 NMMDPYNLAICFGPTLMHIPDGQDPVSCQAHINEVIKTIIIHHEAIFPSPRELEGPVYEK
670 680 690 700 710 720
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pF1KA0 CMAPPSASCLGDAQLESLGADNEPELE-AEMPAQEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSF
::: : :. :: .: . . . : :. .::.: : : ::. .::::
XP_016 CMAGGEEYC--DSPHSEPGAIDEVDHDNGTEPHTSDEEVEQIEAIAKFDYMGRSPRELSF
730 740 750 760 770 780
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pF1KA0 RRGDVLRLHERASSDWWRGEHNGMRGLIPHKYITLPAGTEKQVVGAGLQTAGESGSSPEG
..: : :..::: :::.:.:::. :::::.::.. . . . .. .:..:.:
XP_016 KKGASLLLYHRASEDWWEGRHNGVDGLIPHQYIVVQDMDDAFSDSLSQKADSEASSGPLL
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pF1KA0 LLASELVHRPEPCTSPEAMGPSGHRRRCLVPASPEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKTS
XP_016 DDKASSKNDLQSPTEHISDYGFGGVMGRTSRRP
850 860 870
>>XP_016863063 (OMIM: 606525) PREDICTED: SLIT-ROBO Rho G (1117 aa)
initn: 2628 init1: 1124 opt: 2641 Z-score: 1558.8 bits: 300.0 E(85289): 4.3e-80
Smith-Waterman score: 2655; 47.5% identity (74.3% similar) in 903 aa overlap (22-917:40-923)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MAAHGKLRRERGLQAEYETQVKEMRWQLSEQLRCLELQGELRRELLQELAE
.:.: :: ::..::: :.: : .:::.: :
XP_016 AGGAGGCLLMPCSTQDLQWELGSALGAAFRQEIRTQLVEQFKCLEQQSESRLQLLQDLQE
10 20 30 40 50 60
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pF1KA0 FMRRRAEVELEYSRGLEKLAERFSSRGGRLGSSREHQSFRKEPSLLSPLHCWAVLLQHTR
:.::.::.::::::.::::::::::. . :::::: :.:. ::::..:: ..:..::
XP_016 FFRRKAEIELEYSRSLEKLAERFSSK---IRSSREHQ-FKKDQYLLSPVNCWYLVLHQTR
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pF1KA0 QQSRESAALSEVLAGPLAQRLSHIAEDVGRLVKKSRDLEQQLQDELLEVVSELQTAKKTY
..::. :.:.... . . :::.:.::: :: :::... :...:::.:..:: :. :::
XP_016 RESRDHATLNDIFMNNVIVRLSQISEDVIRLFKKSKEIGLQMHEELLKVTNELYTVMKTY
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 QAYHMESVNAEAKLREAERQEEKRAGRSVPTTTAGAT-EAGPLRKSSLKKGGRLVEKRQA
. :: ::..::.::.:::.::::. ..: . : : :.::.:: .. :::::
XP_016 HMYHAESISAESKLKEAEKQEEKQFNKSGDLSMNLLRHEDRPQRRSSVKKIEKMKEKRQA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 KFMEHKLKCTKARNEYLLSLASVNAAVSNYYLHDVLDLMDCCDTGFHLALGQVLRSYTAA
:. :.:::::::::.:::.::..:::.:.::.::: ::.:::: ::: .:....:.: .:
XP_016 KYSENKLKCTKARNDYLLNLAATNAAISKYYIHDVSDLIDCCDLGFHASLARTFRTYLSA
250 260 270 280 290 300
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pF1KA0 ESRTQASQVQGLGSLEEAVEALDPPGDKAKVLEVHATVFCPPLRFDYHPHDGDEVAEICV
: ..:. .:: .:.::. :: .:: :... ::::::.:...:: :::: .. .
XP_016 EYNLETSRHEGLDVIENAVDNLDSRSDKHTVMDMCNQVFCPPLKFEFQPHMGDEVCQVSA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 EMELRDEILPRAQNIQSRLDRQTIETEEVNKTLKATLQALLEVVASDDGDVLDSFQTSPS
.. .. :.: : ...:::: ::.::: ::: ::.:.: .... .: :: :.:: : :
XP_016 QQPVQTELLMRYHQLQSRLATLKIENEEVRKTLDATMQTLQDMLTVEDFDVSDAFQHSRS
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:::.::..:. . . .::..::::: ::.::..::..: ....::::::. :...:
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XP_016 RYINLYGLQQQGIFRVPGSQVEVNDIKNSFERGEDPLVDDQNERDINSVAGVLKLYFRGL
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: :::: . : .:... .:: ::::......: :: :.::.::::.:::::.:::::
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:: .. . . . : .. : . . . ... : :. : : :
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XP_011 AESKLKEAEKQEEKQFNKSGDLSMNLLRHEDRPQRRSSVKKIEKMKEKRQAKYSENKLKC
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XP_011 MRYHQLQSRLATLKIENEEVRKTLDATMQTLQDMLTVEDFDVSDAFQHSRSTESVKSAAS
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XP_011 CGTTSRRDGRLRLPHFPWPSCPPAPHFVPHPALQGRRNARTRNQDSGQAIPLVVESCIRY
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XP_011 PLFPKERFQDLISTIKLENPAERVHQIQQILVTLPRVVIVVMRYLFAFLNHLSQYSDENM
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pF1KA0 MDPYNLAVCFGPTLLPVPAGQDPVALQGRVNQLVQTLIVQPDRVFPPLTSLPGPVYEKCM
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XP_011 MDPYNLAICFGPTLMHIPDGQDPVSCQAHINEVIKTIIIHHEAIFPSPRELEGPVYEKCM
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pF1KA0 APPSASCLGDAQLESLGADNEPELE-AEMPAQEDDLEGVVEAVACFAYTGRTAQELSFRR
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XP_011 AGGEEYC--DSPHSEPGAIDEVDHDNGTEPHTSDEEVEQIEAIAKFDYMGRSPRELSFKK
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XP_011 GASLLLYHRASEDWWEGRHNGVDGLIPHQYIVVQDMDDAFSDSLSQKADSEASSGP--LL
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pF1KA0 ASELVHRPEPCTSPEAMGPSGHRRRCLVPASPEQHVEVDKAVAQNMDSVFKELLGKT-SV
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XP_011 DDKASSKNDLQSPTEHISDYG-----FGGVMGRVRLRSDGAAIPRRRS-----GGDTHSP
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pF1KA0 RQGLGPASTTSPSPG--PRSPKAPPSSRLGRNKGFSRGPGAPASPSASHPQGLDTTPKPH
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XP_011 PRGLGPSIDTPPRAAACPSSPHKIPLTR-GRIESPEKRRMATFGSAGSINYPDKKALSEG
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XP_011 AERFMAK---TRSTKDHQQYKKDQNLLSPVNCWYLLLNQVRRESKDHATLSDIYLNNVIM
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XP_011 RFMQISEDSTRMFKKSKEIAFQLHEDLMKVLNELYTVMKTYHMYHAESISAESKLKEAEK
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XP_011 QEEKQIGRSGDPVFHIRLEERHQRRSSVKKIEKMKEKRQAKYSENKLKSIKARNEYLLTL
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XP_011 EATNASVFKYYIHDLSDLIDCCDLGYHASLNRALRTYLSAEYNLETSRHEGLDIIENAVD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]