seq1 = pF1KSDF0258.tfa, 2304 bp
seq2 = pF1KSDF0258/gi568815593f_149199508.tfa (gi568815593f:149199508_149435723), 236216 bp

>pF1KSDF0258 2304
>gi568815593f:149199508_149435723 (Chr5)

1-16  (72462-72477)   100% ->
17-145  (100002-100130)   100% ->
146-229  (100764-100847)   100% ->
230-327  (101626-101723)   100% ->
328-436  (102911-103019)   100% ->
437-535  (106799-106897)   100% ->
536-747  (107895-108106)   100% ->
748-927  (110449-110628)   100% ->
928-1020  (112605-112697)   100% ->
1021-1114  (116314-116407)   100% ->
1115-1267  (116644-116796)   100% ->
1268-1479  (118222-118433)   100% ->
1480-1625  (120075-120220)   100% ->
1626-1698  (120884-120956)   100% ->
1699-1810  (123099-123210)   100% ->
1811-1975  (130159-130323)   100% ->
1976-2154  (133188-133366)   100% ->
2155-2283  (136087-136215)   100% ->
2284-2304  (140500-140520)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGAGGCCAGG         TGCTGGAGCAGCTGCTCCCAGAGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  72462 ATGGACCGAGGCCAGGGTA...CAGTGCTGGAGCAGCTGCTCCCAGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACCGGGCTGCTCAGCCTCCTGGACCACGAGTACCTCAGCGATACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 CACCGGGCTGCTCAGCCTCCTGGACCACGAGTACCTCAGCGATACCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAAAAGAAGATGGCCGTGGCCTCCATCCTGCAGAGCCTGCAGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 TGGAAAAGAAGATGGCCGTGGCCTCCATCCTGCAGAGCCTGCAGCCCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAG         CAAAGGAGGTCTCCTACCTGTATGTGAACACAGCAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 CCAGGTT...CAGCAAAGGAGGTCTCCTACCTGTATGTGAACACAGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCCACTCGGGGCCCAGCTTCGTGGAATCCCTCTTTGAAGAATTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100801 CCTCCACTCGGGGCCCAGCTTCGTGGAATCCCTCTTTGAAGAATTTGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230       ACTGTGACCTGAGTGACCTTCGGGACATGCCAGAGGATGATGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ...TAGACTGTGACCTGAGTGACCTTCGGGACATGCCAGAGGATGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGCCCAGCAAAGGAGCCAGCCCTGAGCTAGCCAAGAGCCCACGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101670 GAGCCCAGCAAAGGAGCCAGCCCTGAGCTAGCCAAGAGCCCACGCCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAAC         GCGGCCGACCTGCCTCCACCGCTCCCCAACAAGCCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101720 AAACGTG...CAGGCGGCCGACCTGCCTCCACCGCTCCCCAACAAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCCTGAGGACTACTATGAAGAGGCCCTTCCTCTGGGACCCGGCAAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102948 CCCCTGAGGACTACTATGAAGAGGCCCTTCCTCTGGGACCCGGCAAGTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTGAGTACATCAGCTCCCACA         ATGGCTGCAGCCCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102998 CCTGAGTACATCAGCTCCCACAGTA...CAGATGGCTGCAGCCCCTCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTCGATTGTGGATGGCTACTATGAGGACGCAGACAGCAGCTACCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106818 CTCGATTGTGGATGGCTACTATGAGGACGCAGACAGCAGCTACCCTGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAGGGTGAACGGCGAGCTTAAGAGCTCCT         ATAATGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106868 CCAGGGTGAACGGCGAGCTTAAGAGCTCCTGTA...CAGATAATGACTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACGCAATGAGCAGCTCCTATGAGTCCTACGATGAAGAGGAGGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107906 GACGCAATGAGCAGCTCCTATGAGTCCTACGATGAAGAGGAGGAGGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAAGAGCCCGCAGCCCCGACACCAGTGGCCCTCAGAGGAGGCCTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107956 GAAGAGCCCGCAGCCCCGACACCAGTGGCCCTCAGAGGAGGCCTCCATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCTGGTGAGGGAATGCAGGATATGTGCCTTCCTGCTGCGGAAAAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108006 ACCTGGTGAGGGAATGCAGGATATGTGCCTTCCTGCTGCGGAAAAAGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCGGGCAGTGGGCCAAGCAGCTGACGGTCATCAGGGAGGACCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108056 TTCGGGCAGTGGGCCAAGCAGCTGACGGTCATCAGGGAGGACCAGCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         TGTTACAAAAGCTCCAAGGATCGGCAGCCACATCTGAGGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108106 GGTG...CAGTGTTACAAAAGCTCCAAGGATCGGCAGCCACATCTGAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGCACTGGATACCTGCAGCATCATCTACGTGCCCAAGGACAGCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110489 TGGCACTGGATACCTGCAGCATCATCTACGTGCCCAAGGACAGCCGGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAGGCACGAGCTGCGTTTCACCCAGGGGGCTACCGAGGTCTTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110539 AAGAGGCACGAGCTGCGTTTCACCCAGGGGGCTACCGAGGTCTTGGTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCACTGCAGAGCCGAGAGCAGGCCGAGGAGTGGCTGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110589 GGCACTGCAGAGCCGAGAGCAGGCCGAGGAGTGGCTGAAGGTG...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCATCCGAGAAGTGAGCAAGCCAGTTGGGGGAGCTGAGGGAGTGGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112606 TCATCCGAGAAGTGAGCAAGCCAGTTGGGGGAGCTGAGGGAGTGGAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCCAGATCCCCAGTCCTCCTGTGCAAGTTGGACCTGGACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112656 CCCAGATCCCCAGTCCTCCTGTGCAAGTTGGACCTGGACAAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021  AGGCTGTCCCAAGAGAAGCAGACCTCAGATTCTGACAGCGTGGGTGTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116313 GAGGCTGTCCCAAGAGAAGCAGACCTCAGATTCTGACAGCGTGGGTGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTGACAACTGTTCTACCCTTGGCCGCCGGGAGACCTGTGATCACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116363 GTGACAACTGTTCTACCCTTGGCCGCCGGGAGACCTGTGATCACGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115     GCAAAGGGAAGAAGAGCAGCCTGGCAGAACTGAAGGGCTCAATGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116413 .CAGGCAAAGGGAAGAAGAGCAGCCTGGCAGAACTGAAGGGCTCAATGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAGGGCTGCGGGCCGCAAGATCACCCGTATCATTGGCTTCTCCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116690 CAGGGCTGCGGGCCGCAAGATCACCCGTATCATTGGCTTCTCCAAGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGACACTGGCCGATGACCTGCAGACGTCCTCCACCGAGGAGGAGGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116740 AGACACTGGCCGATGACCTGCAGACGTCCTCCACCGAGGAGGAGGTTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGCTGTG         GCTACCTGAACGTGCTGGTGAACCAGGGCTGGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116790 TGCTGTGGTG...CAGGCTACCTGAACGTGCTGGTGAACCAGGGCTGGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGAACGCTGGTGCCGCCTGAAGTGCAACACTCTGTATTTCCACAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118256 GGAACGCTGGTGCCGCCTGAAGTGCAACACTCTGTATTTCCACAAGGATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACATGGACCTGCGAACCCATGTGAACGCCATCGCCCTGCAAGGCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118306 ACATGGACCTGCGAACCCATGTGAACGCCATCGCCCTGCAAGGCTGTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTGGCCCCGGGCTTTGGGCCCCGACACCCATTTGCCTTCAGGATCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118356 GTGGCCCCGGGCTTTGGGCCCCGACACCCATTTGCCTTCAGGATCCTGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAACCGGCAGGAGGTGGCCATCTTGGAG         GCAAGCTGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118406 CAACCGGCAGGAGGTGGCCATCTTGGAGGTG...CAGGCAAGCTGTTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGGACATGGGTCGCTGGCTCGGGCTGCTGCTGGTGGAGATGGGCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120088 AGGACATGGGTCGCTGGCTCGGGCTGCTGCTGGTGGAGATGGGCTCCAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTCACTCCGGAGGCGCTGCACTATGACTACGTGGATGTGGAGACCTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120138 GTCACTCCGGAGGCGCTGCACTATGACTACGTGGATGTGGAGACCTTAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAGCATCGTCAGTGCTGGGCGCAACTCCTTCCT         ATATGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120188 CAGCATCGTCAGTGCTGGGCGCAACTCCTTCCTGTA...TAGATATGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GATCCTGCCAGAATCAGTGGCCTGAGCCCCGAGTCTATGATGATGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120892 GATCCTGCCAGAATCAGTGGCCTGAGCCCCGAGTCTATGATGATGTTCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TATGAAAAGATGCAG         GACGAGGAGCCCGAGCGCCCCACAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120942 TATGAAAAGATGCAGGTA...CAGGACGAGGAGCCCGAGCGCCCCACAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGCCCAGGTGAAGCGTCACGCCTCCTCCTGCAGTGAGAAGTCCCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123125 GGCCCAGGTGAAGCGTCACGCCTCCTCCTGCAGTGAGAAGTCCCATCGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGGACCCGCAGGTCAAAGTCAAACGCCACGCCTCCA         GTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123175 TGGACCCGCAGGTCAAAGTCAAACGCCACGCCTCCAGTG...CAGGTGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AATCAATACAAGTATGGCAAGAACCGAGCCGAGGAGGATGCCCGGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130164 AATCAATACAAGTATGGCAAGAACCGAGCCGAGGAGGATGCCCGGAGGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CTTGGTAGAAAAAGAGAAGCTGGAGAAAGAGAAAGAGACGATTCGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130214 CTTGGTAGAAAAAGAGAAGCTGGAGAAAGAGAAAGAGACGATTCGGACAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGCTGATAGCACTGAGACAGGAGAAGAGGGAACTGAAGGAAGCCATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130264 AGCTGATAGCACTGAGACAGGAGAAGAGGGAACTGAAGGAAGCCATTCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AGCAGCCCAG         GAGCAAAATTAAAGGCTCTGGAAGAAGCCGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 130314 AGCAGCCCAGGTA...CAGGAGCAAAATTAAAGGCTCTGGAAGAAGCCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGCCACCCTGGAAGCTCAGTGTCGGGCAAAGGAGGAGCGCCGGATTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133219 GGCCACCCTGGAAGCTCAGTGTCGGGCAAAGGAGGAGCGCCGGATTGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TGGAGCTGAAGCTGGTGGCTGTGAAGGAGCGCTTGCAGCAGTCCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133269 TGGAGCTGAAGCTGGTGGCTGTGAAGGAGCGCTTGCAGCAGTCCCTGGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGAGGGCCAGCCCTGGGGCTCTCCGTGAGCAGCAAGCCCAAGAGTGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 133319 GGAGGGCCAGCCCTGGGGCTCTCCGTGAGCAGCAAGCCCAAGAGTGGGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2155        GAAACTGCAAATAAACCCCAGAACAGCGTTCCAGAGCAACCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133369 G...CAGGAAACTGCAAATAAACCCCAGAACAGCGTTCCAGAGCAACCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TCCCTGTCAACTGTGTTTCTGAGCTGAGGAAGAGGAGCCCATCCATCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136130 TCCCTGTCAACTGTGTTTCTGAGCTGAGGAAGAGGAGCCCATCCATCGTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCCTCCAACCAAGGAAGGGTGCTACAGAAAGCCAAG         GAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136180 GCCTCCAACCAAGGAAGGGTGCTACAGAAAGCCAAGGTA...CAGGAATG

   2450     .    :    .
   2289 GGAAATGAAGAAGACC
        ||||||||||||||||
 140505 GGAAATGAAGAAGACC