seq1 = pF1KSDB1496.tfa, 831 bp
seq2 = pF1KSDB1496/gi568815575f_103685581.tfa (gi568815575f:103685581_103890595), 205015 bp

>pF1KSDB1496 831
>gi568815575f:103685581_103890595 (ChrX)

1-191  (100000-100188)   98% ->
192-453  (100885-101146)   100% ->
454-622  (102218-102386)   100% ->
623-696  (102857-102930)   100% ->
697-762  (103753-103818)   100% ->
763-831  (104947-105015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTTGTTAGAGTGCTGTGCAAGATGTCTGGTAGGGGCCCCCTTTGC
        |-||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GG CTTGTTAGAGTGCTGTGCAAGATGTCTGGTAGGGGCCCCCTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCTGGTGGCCACTGGATTGTGTTTCTTTGGGGTGGCACTGTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TTCCCTGGTGGCCACTGGATTGTGTTTCTTTGGGGTGGCACTGTTCTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGTGGACATGAAGCCCTCACTGGCACAGAAAAGCTAATTGAGACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GCTGTGGACATGAAGCCCTCACTGGCACAGAAAAGCTAATTGAGACCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTCCAAAAACTACCAAGACTATGAGTATCTCATCAATGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100148 TTCTCCAAAAACTACCAAGACTATGAGTATCTCATCAATGTGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATCCATGCCTTCCAGTATGTCATCTATGGAACTGCCTCTTTCTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 GATCCATGCCTTCCAGTATGTCATCTATGGAACTGCCTCTTTCTTCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTATGGGGCCCTCCTGCTGGCTGAGGGCTTCTACACCACCGGCGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100935 TTTATGGGGCCCTCCTGCTGGCTGAGGGCTTCTACACCACCGGCGCAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGCAGATCTTTGGCGACTACAAGACCACCATCTGCGGCAAGGGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 AGGCAGATCTTTGGCGACTACAAGACCACCATCTGCGGCAAGGGCCTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGCAACGGTAACAGGGGGCCAGAAGGGGAGGGGTTCCAGAGGCCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101035 CGCAACGGTAACAGGGGGCCAGAAGGGGAGGGGTTCCAGAGGCCAACATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGCTCATTCTTTGGAGCGGGTGTGTCATTGTTTGGGAAAATGGCTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101085 AAGCTCATTCTTTGGAGCGGGTGTGTCATTGTTTGGGAAAATGGCTAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CATCCCGACAAG         TTTGTGGGCATCACCTATGCCCTGACCGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101135 CATCCCGACAAGGTG...TAGTTTGTGGGCATCACCTATGCCCTGACCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGTGGCTCCTGGTGTTTGCCTGCTCTGCTGTGCCTGTGTACATTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102247 TGTGTGGCTCCTGGTGTTTGCCTGCTCTGCTGTGCCTGTGTACATTTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAACACCTGGACCACCTGCCAGTCTATTGCCTTCCCCAGCAAGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102297 TCAACACCTGGACCACCTGCCAGTCTATTGCCTTCCCCAGCAAGACCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCAGTATAGGCAGTCTCTGTGCTGATGCCAGAATGTATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102347 GCCAGTATAGGCAGTCTCTGTGCTGATGCCAGAATGTATGGTG...TAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTTCTCCCATGGAATGCTTTCCCTGGCAAGGTTTGTGGCTCCAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102858 TGTTCTCCCATGGAATGCTTTCCCTGGCAAGGTTTGTGGCTCCAACCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGTCCATCTGCAAAACAGCTGAG         TTCCAAATGACCTTCCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102908 TGTCCATCTGCAAAACAGCTGAGGTG...CAGTTCCAAATGACCTTCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGTTTATTGCTGCATTTGTGGGGGCTGCAGCTACACTGGTTTCCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103771 CTGTTTATTGCTGCATTTGTGGGGGCTGCAGCTACACTGGTTTCCCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763        CTCACCTTCATGATTGCTGCCACTTACAACTTTGCCGTCCTTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103821 G...CAGCTCACCTTCATGATTGCTGCCACTTACAACTTTGCCGTCCTTA

    850     .    :    .    :    .
    806 AACTCATGGGCCGAGGCACCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||
 104990 AACTCATGGGCCGAGGCACCAAGTTC