seq1 = pF1KSDB1480.tfa, 2958 bp
seq2 = pF1KSDB1480/gi568815597f_22610983.tfa (gi568815597f:22610983_23013567), 402585 bp

>pF1KSDB1480 2958
>gi568815597f:22610983_23013567 (Chr1)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-126  (170439-170503)   100% ->
127-811  (173410-174094)   100% ->
812-967  (252055-252210)   100% ->
968-1303  (253895-254230)   100% ->
1304-1428  (271377-271501)   100% ->
1429-1591  (281902-282064)   99% ->
1592-1700  (284490-284598)   100% ->
1701-1765  (285432-285496)   100% ->
1766-1888  (295005-295127)   100% ->
1889-2136  (295728-295975)   100% ->
2137-2352  (296971-297186)   100% ->
2353-2502  (298040-298189)   100% ->
2503-2696  (299400-299593)   100% ->
2697-2852  (301462-301617)   100% ->
2853-2958  (302480-302585)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGCGGAGGCTGGGGGCCGCGCTGCTGCTGCTGCCGCTGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGCGGAGGCTGGGGGCCGCGCTGCTGCTGCTGCCGCTGCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGTGGAAG         AAACGCTAATGGACTCCACTACAGCGACTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGTGGAAGGTG...CAGAAACGCTAATGGACTCCACTACAGCGACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGAGCTGGGCTGGATGGTGCATCCTCCATCAGGG         TGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 170469 CTGAGCTGGGCTGGATGGTGCATCCTCCATCAGGGGTG...CAGTGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGGTGAGTGGCTACGATGAGAACATGAACACGATCCGCACGTACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173416 GAGGTGAGTGGCTACGATGAGAACATGAACACGATCCGCACGTACCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGCAACGTGTTTGAGTCAAGCCAGAACAACTGGCTACGGACCAAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173466 GTGCAACGTGTTTGAGTCAAGCCAGAACAACTGGCTACGGACCAAGTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGGCGCCGTGGCGCCCACCGCATCCACGTGGAGATGAAGTTTTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173516 TCCGGCGCCGTGGCGCCCACCGCATCCACGTGGAGATGAAGTTTTCGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGTGACTGCAGCAGCATCCCCAGCGTGCCTGGCTCCTGCAAGGAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173566 CGTGACTGCAGCAGCATCCCCAGCGTGCCTGGCTCCTGCAAGGAGACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACCTCTATTACTATGAGGCTGACTTTGACTCGGCCACCAAGACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173616 CAACCTCTATTACTATGAGGCTGACTTTGACTCGGCCACCAAGACCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAACTGGATGGAGAATCCATGGGTGAAGGTGGATACCATTGCAGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173666 CCAACTGGATGGAGAATCCATGGGTGAAGGTGGATACCATTGCAGCCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAGCTTCTCCCAGGTGGACCTGGGTGGCCGCGTCATGAAAATCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173716 GAGAGCTTCTCCCAGGTGGACCTGGGTGGCCGCGTCATGAAAATCAACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGAGGTGCGGAGCTTCGGACCTGTGTCCCGCAGCGGCTTCTACCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173766 CGAGGTGCGGAGCTTCGGACCTGTGTCCCGCAGCGGCTTCTACCTGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCAGGACTATGGCGGCTGCATGTCCCTCATCGCCGTGCGTGTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173816 TCCAGGACTATGGCGGCTGCATGTCCCTCATCGCCGTGCGTGTCTTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGCAAGTGCCCCCGCATCATCCAGAATGGCGCCATCTTCCAGGAAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173866 CGCAAGTGCCCCCGCATCATCCAGAATGGCGCCATCTTCCAGGAAACCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTCGGGGGCTGAGAGCACATCGCTGGTGGCTGCCCGGGGCAGCTGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173916 GTCGGGGGCTGAGAGCACATCGCTGGTGGCTGCCCGGGGCAGCTGCATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCAATGCGGAAGAGGTGGATGTACCCATCAAGCTCTACTGTAACGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173966 CCAATGCGGAAGAGGTGGATGTACCCATCAAGCTCTACTGTAACGGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGCGAGTGGCTGGTGCCCATCGGGCGCTGCATGTGCAAAGCAGGCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174016 GGCGAGTGGCTGGTGCCCATCGGGCGCTGCATGTGCAAAGCAGGCTTCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGCCGTTGAGAATGGCACCGTCTGCCGAG         GTTGTCCATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 174066 GGCCGTTGAGAATGGCACCGTCTGCCGAGGTA...CAGGTTGTCCATCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGACTTTCAAGGCCAACCAAGGGGATGAGGCCTGTACCCACTGTCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252067 GGACTTTCAAGGCCAACCAAGGGGATGAGGCCTGTACCCACTGTCCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AACAGCCGGACCACTTCTGAAGGGGCCACCAACTGTGTCTGCCGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252117 AACAGCCGGACCACTTCTGAAGGGGCCACCAACTGTGTCTGCCGCAATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTACTACAGAGCAGACCTGGACCCCCTGGACATGCCCTGCACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 252167 CTACTACAGAGCAGACCTGGACCCCCTGGACATGCCCTGCACAAGTA...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    968    CCATCCCCTCCGCGCCCCAGGCTGTGATTTCCAGTGTCAATGAGACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253892 CAGCCATCCCCTCCGCGCCCCAGGCTGTGATTTCCAGTGTCAATGAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TCCCTCATGCTGGAGTGGACCCCTCCCCGCGACTCCGGAGGCCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253942 TCCCTCATGCTGGAGTGGACCCCTCCCCGCGACTCCGGAGGCCGAGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCTCGTCTACAACATCATCTGCAAGAGCTGTGGCTCGGGCCGGGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253992 CCTCGTCTACAACATCATCTGCAAGAGCTGTGGCTCGGGCCGGGGTGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCACCCGCTGCGGGGACAATGTACAGTACGCACCACGCCAGCTAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254042 GCACCCGCTGCGGGGACAATGTACAGTACGCACCACGCCAGCTAGGCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACCGAGCCACGCATTTACATCAGTGACCTGCTGGCCCACACCCAGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254092 ACCGAGCCACGCATTTACATCAGTGACCTGCTGGCCCACACCCAGTACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTTCGAGATCCAGGCTGTGAACGGCGTTACTGACCAGAGCCCCTTCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254142 CTTCGAGATCCAGGCTGTGAACGGCGTTACTGACCAGAGCCCCTTCTCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CTCAGTTCGCCTCTGTGAACATCACCACCAACCAGGCAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 254192 CTCAGTTCGCCTCTGTGAACATCACCACCAACCAGGCAGGTA...CAGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CCATCGGCAGTGTCCATCATGCATCAGGTGAGCCGCACCGTGGACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271379 CCATCGGCAGTGTCCATCATGCATCAGGTGAGCCGCACCGTGGACAGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TACCCTGTCGTGGTCCCAGCCGGACCAGCCCAATGGCGTGATCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271429 TACCCTGTCGTGGTCCCAGCCGGACCAGCCCAATGGCGTGATCCTGGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ATGAGCTGCAGTACTATGAGAAG         GAGCTCAGTGAGTACAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 271479 ATGAGCTGCAGTACTATGAGAAGGTA...CAGGAGCTCAGTGAGTACAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GCCACAGCCATAAAAAGCCCCACCAACACGGTCACCGTGCAGGGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281920 GCCACAGCCATAAAAAGCCCCACCAACACGGTCACCGTGCAGGGCCTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AGCCGGCGCCATCTATGTCTTCCAGGTGCGGGCACGCACCGTGGCAGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 281970 AGCCGGCGCCATCTATGTCTTCCAGGTGCGGGCACGCACCGTGGCAGGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ACGGGCGCTACAGCGGCAAGATGTACTTCCAGACCATGACAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 282020 ACGGGCGCTACAGCGGCAAGATGTACTTCCAGACCATGACAGAAGGTG..

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592     CCGAGTACCAGACAAGCATCCAGGAGAAGTTGCCACTCATCATCGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282070 .CAGCCGAGTACCAGACAAGCATCCAGGAGAAGTTGCCACTCATCATCGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CTCCTCGGCCGCTGGCCTGGTCTTCCTCATTGCTGTGGTTGTCATCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284536 CTCCTCGGCCGCTGGCCTGGTCTTCCTCATTGCTGTGGTTGTCATCGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TCGTGTGTAACAG         ACGGGGGTTTGAGCGTGCTGACTCGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 284586 TCGTGTGTAACAGGTG...AAGACGGGGGTTTGAGCGTGCTGACTCGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 TACACGGACAAGCTGCAACACTACACCAGTGGCCACA         TGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 285460 TACACGGACAAGCTGCAACACTACACCAGTGGCCACAGTA...CAGTGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CCCAGGCATGAAGATCTACATCGATCCTTTCACCTACGAGGACCCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295009 CCCAGGCATGAAGATCTACATCGATCCTTTCACCTACGAGGACCCCAACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGGCAGTGCGGGAGTTTGCCAAGGAAATTGACATCTCCTGTGTCAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295059 AGGCAGTGCGGGAGTTTGCCAAGGAAATTGACATCTCCTGTGTCAAAATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAGCAGGTGATCGGAGCAG         GGGAGTTTGGCGAGGTCTGCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 295109 GAGCAGGTGATCGGAGCAGGTA...CAGGGGAGTTTGGCGAGGTCTGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGGCCACCTGAAGCTGCCAGGCAAGAGAGAGATCTTTGTGGCCATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295750 TGGCCACCTGAAGCTGCCAGGCAAGAGAGAGATCTTTGTGGCCATCAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CGCTCAAGTCGGGCTACACGGAGAAGCAGCGCCGGGACTTCCTGAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295800 CGCTCAAGTCGGGCTACACGGAGAAGCAGCGCCGGGACTTCCTGAGCGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GCCTCCATCATGGGCCAGTTCGACCATCCCAACGTCATCCACCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295850 GCCTCCATCATGGGCCAGTTCGACCATCCCAACGTCATCCACCTGGAGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 TGTCGTGACCAAGAGCACACCTGTGATGATCATCACCGAGTTCATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295900 TGTCGTGACCAAGAGCACACCTGTGATGATCATCACCGAGTTCATGGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 ATGGCTCCCTGGACTCCTTTCTCCGG         CAAAACGATGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 295950 ATGGCTCCCTGGACTCCTTTCTCCGGGTA...AAGCAAAACGATGGGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 TTCACAGTCATCCAGCTGGTGGGCATGCTTCGGGGCATCGCAGCTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296986 TTCACAGTCATCCAGCTGGTGGGCATGCTTCGGGGCATCGCAGCTGGCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GAAGTACCTGGCAGACATGAACTATGTTCACCGTGACCTGGCTGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297036 GAAGTACCTGGCAGACATGAACTATGTTCACCGTGACCTGGCTGCCCGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 ACATCCTCGTCAACAGCAACCTGGTCTGCAAGGTGTCGGACTTTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297086 ACATCCTCGTCAACAGCAACCTGGTCTGCAAGGTGTCGGACTTTGGGCTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 TCACGCTTTCTAGAGGACGATACCTCAGACCCCACCTACACCAGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297136 TCACGCTTTCTAGAGGACGATACCTCAGACCCCACCTACACCAGTGCCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 G         GGCGGAAAGATCCCCATCCGCTGGACAGCCCCGGAAGCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297186 GGTA...CAGGGCGGAAAGATCCCCATCCGCTGGACAGCCCCGGAAGCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TCCAGTACCGGAAGTTCACCTCGGCCAGTGATGTGTGGAGCTACGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298080 TCCAGTACCGGAAGTTCACCTCGGCCAGTGATGTGTGGAGCTACGGCATT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GTCATGTGGGAGGTGATGTCCTATGGGGAGCGGCCCTACTGGGACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298130 GTCATGTGGGAGGTGATGTCCTATGGGGAGCGGCCCTACTGGGACATGAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 CAACCAGGAT         GTAATCAATGCCATTGAGCAGGACTATCGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 298180 CAACCAGGATGTA...CAGGTAATCAATGCCATTGAGCAGGACTATCGGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 TGCCACCGCCCATGGACTGCCCGAGCGCCCTGCACCAACTCATGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299431 TGCCACCGCCCATGGACTGCCCGAGCGCCCTGCACCAACTCATGCTGGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 TGTTGGCAGAAGGACCGCAACCACCGGCCCAAGTTCGGCCAAATTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299481 TGTTGGCAGAAGGACCGCAACCACCGGCCCAAGTTCGGCCAAATTGTCAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 CACGCTAGACAAGATGATCCGCAATCCCAACAGCCTCAAAGCCATGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299531 CACGCTAGACAAGATGATCCGCAATCCCAACAGCCTCAAAGCCATGGCGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 CCCTCTCCTCTGG         CATCAACCTGCCGCTGCTGGACCGCACG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 299581 CCCTCTCCTCTGGGTA...CAGCATCAACCTGCCGCTGCTGGACCGCACG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 ATCCCCGACTACACCAGCTTTAACACGGTGGACGAGTGGCTGGAGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301490 ATCCCCGACTACACCAGCTTTAACACGGTGGACGAGTGGCTGGAGGCCAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 CAAGATGGGGCAGTACAAGGAGAGCTTCGCCAATGCCGGCTTCACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301540 CAAGATGGGGCAGTACAAGGAGAGCTTCGCCAATGCCGGCTTCACCTCCT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2825 TTGACGTCGTGTCTCAGATGATGATGGA         GGACATTCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 301590 TTGACGTCGTGTCTCAGATGATGATGGAGTA...AAGGGACATTCTCCGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2866 GTTGGGGTCACTTTGGCTGGCCACCAGAAAAAAATCCTGAACAGTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302493 GTTGGGGTCACTTTGGCTGGCCACCAGAAAAAAATCCTGAACAGTATCCA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :
   2916 GGTGATGCGGGCGCAGATGAACCAGATTCAGTCTGTGGAGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302543 GGTGATGCGGGCGCAGATGAACCAGATTCAGTCTGTGGAGGTT