seq1 = pF1KSDB0029.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KSDB0029/gi568815593r_147294038.tfa (gi568815593r:147294038_147553587), 259550 bp

>pF1KSDB0029 1710
>gi568815593r:147294038_147553587 (Chr5)

(complement)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-128  (128625-128713)   100% ->
129-313  (134957-135141)   100% ->
314-478  (137715-137879)   100% ->
479-540  (139931-139992)   100% ->
541-621  (140900-140980)   100% ->
622-690  (144792-144860)   100% ->
691-811  (147858-147978)   100% ->
812-968  (151892-152048)   100% ->
969-1110  (152755-152896)   99% ->
1111-1281  (154336-154506)   100% ->
1282-1461  (155743-155922)   100% ->
1462-1624  (157867-158029)   100% ->
1625-1710  (159465-159550)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTACCAAGGCAAGAAGAACATCCCGCGGATCACG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGTCCTACCAAGGCAAGAAGAACATCCCGCGGATCACGGTG...TAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGACCGTCTCCTTATCAAGGGAGGCAGAATCGTCAATGATGATCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128627 TGACCGTCTCCTTATCAAGGGAGGCAGAATCGTCAATGATGATCAGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTATGCTGATATTTACATGGAAGATGGCTTAATAAA         ACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 128677 TTTATGCTGATATTTACATGGAAGATGGCTTAATAAAGTA...CAGACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATTGGAGACAATCTGATTGTTCCTGGAGGAGTGAAGACCATTGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134961 ATTGGAGACAATCTGATTGTTCCTGGAGGAGTGAAGACCATTGAAGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGGAAGATGGTGATCCCTGGAGGCATCGATGTCCATACTCACTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135011 TGGGAAGATGGTGATCCCTGGAGGCATCGATGTCCATACTCACTTCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCCATATAAGGGAATGACCACAGTAGATGACTTCTTCCAAGGGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135061 TGCCATATAAGGGAATGACCACAGTAGATGACTTCTTCCAAGGGACAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGCCTTAGCAGGTGGCACCACCATGATCA         TTGACCATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 135111 GCGGCCTTAGCAGGTGGCACCACCATGATCAGTA...CAGTTGACCATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGCCTGAGCCTGAGTCCAGCCTGACTGAGGCCTATGAGAAATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137725 GGTGCCTGAGCCTGAGTCCAGCCTGACTGAGGCCTATGAGAAATGGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTGGGCTGATGGGAAGAGTTGCTGTGACTATGCCCTGCATGTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137775 AGTGGGCTGATGGGAAGAGTTGCTGTGACTATGCCCTGCATGTGGACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCACTGGAATGACAGCGTCAAGCAGGAAGTGCAGAACCTCATCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137825 ACCCACTGGAATGACAGCGTCAAGCAGGAAGTGCAGAACCTCATCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAG         GGGTTAACTCCTTCATGGTTTATATGGCTTATAAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137875 CAAAGGTG...CAGGGGTTAACTCCTTCATGGTTTATATGGCTTATAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTGTATCAAGTATCTAACACAGAG         CTCTATGAGATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 139967 ATTTGTATCAAGTATCTAACACAGAGGTA...CAGCTCTATGAGATCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCTGCCTGGGAGAGCTGGGGGCCATTGCTCAAGTTCATGCTGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140915 ACCTGCCTGGGAGAGCTGGGGGCCATTGCTCAAGTTCATGCTGAGAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATATCATTGCCCAG         GAGCAAACCCGCATGTTGGAAATGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 140965 GGATATCATTGCCCAGGTA...CAGGAGCAAACCCGCATGTTGGAAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGATAACTGGCCCAGAAGGCCATGTACTGAGCAGGCCAGAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 144817 GGATAACTGGCCCAGAAGGCCATGTACTGAGCAGGCCAGAAGAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691    CTGGAAGCTGAGGCTGTGTTCCGTGCCATCACCATTGCCAGCCAAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147855 CAGCTGGAAGCTGAGGCTGTGTTCCGTGCCATCACCATTGCCAGCCAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAATTGCCCTCTCTACGTCACAAAGGTCATGAGCAAGAGTGCAGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147905 CAATTGCCCTCTCTACGTCACAAAGGTCATGAGCAAGAGTGCAGCTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCATCTCACAAGCCAGGAAAAAAG         GAAATGTAGTCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 147955 TCATCTCACAAGCCAGGAAAAAAGGTG...TAGGAAATGTAGTCTTTGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGCCCATCACTGCCAGCCTCGGCATAGATGGAACCCATTATTGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151909 GAGCCCATCACTGCCAGCCTCGGCATAGATGGAACCCATTATTGGAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAACTGGGCCAAGGCGGCTGCATTTGTGACATCCCCACCCCTGAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151959 GAACTGGGCCAAGGCGGCTGCATTTGTGACATCCCCACCCCTGAGCCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCCAACTACTCCGGACTACATCAACTCCTTGCTGGCCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 152009 ACCCAACTACTCCGGACTACATCAACTCCTTGCTGGCCAGGTT...CAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGGGATCTGCAGCTATCTGGGAGTGCCCACTGCACCTTCAGCACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152756 GGGGATCTGCAGCTATCTGGGAGTGCCCACTGCACCTTCAGCACTGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAAAGCAATTGGGAAGGACAACTTCACAGCCATTCCTGAGGGCACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152806 GAAAGCAATTGGGAAGGACAACTTCACAGCCATTCCTGAGGGCACCAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTGTGGAGGAGCGGATGTCTGTTATCTGGGACAAGGCTGTG         
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...>>>
 152856 GTGTGGAGGAGCGGATGTCTGTCATCTGGGACAAGGCTGTGGTA...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCACAGGGAAAATGGACGAAAACCAGTTCGTGGCTGTGACAAGCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154336 GCCACAGGGAAAATGGACGAAAACCAGTTCGTGGCTGTGACAAGCACAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGCTGCCAAGATCTTCAACCTGTATCCCCGCAAGGGAAGAATATCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154386 CGCTGCCAAGATCTTCAACCTGTATCCCCGCAAGGGAAGAATATCTGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTTCTGACAGCGACCTCGTCATCTGGGATCCAGATGCTGTGAAGATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154436 GTTCTGACAGCGACCTCGTCATCTGGGATCCAGATGCTGTGAAGATCGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTGCCAAGAACCACCAGTCT         GCGGCAGAGTACAACATCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 154486 TCTGCCAAGAACCACCAGTCTGTA...TAGGCGGCAGAGTACAACATCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGAAGGGATGGAGCTGCGCGGGGCTCCTCTGGTTGTCATCTGCCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155763 TGAAGGGATGGAGCTGCGCGGGGCTCCTCTGGTTGTCATCTGCCAGGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGATCATGCTGGAAGATGGCAACCTGCACGTGACCCAGGGGGCTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155813 AGATCATGCTGGAAGATGGCAACCTGCACGTGACCCAGGGGGCTGGCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCATACCCTGCAGCCCGTTCTCCGACTATGTCTACAAGCGCATTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155863 TTCATACCCTGCAGCCCGTTCTCCGACTATGTCTACAAGCGCATTAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACGGAGGAAG         ATGGCAGACCTGCATGCCGTCCCAAGGGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 155913 ACGGAGGAAGGTA...CAGATGGCAGACCTGCATGCCGTCCCAAGGGGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGTACGATGGGCCTGTGTTTGACCTGACCACCACCCCCAAAGGTGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157898 TGTACGATGGGCCTGTGTTTGACCTGACCACCACCCCCAAAGGTGGCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCCGCAGGCTCTGCTCGGGGCTCTCCTACTCGGCCGAACCCACCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157948 CCCGCAGGCTCTGCTCGGGGCTCTCCTACTCGGCCGAACCCACCTGTGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAATCTTCATCAGTCGGGATTTAGCCTGTCAG         GCACCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 157998 GAATCTTCATCAGTCGGGATTTAGCCTGTCAGGTG...TAGGCACCCAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGATGAGGGGGTTCGCTCAGCCAGCAAGCGCATCGTGGCGCCCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159474 TGGATGAGGGGGTTCGCTCAGCCAGCAAGCGCATCGTGGCGCCCCCAGGC

   1800     .    :    .    :    .
   1684 GGCCGTTCTAATATCACATCTCTGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||
 159524 GGCCGTTCTAATATCACATCTCTGAGT