seq1 = pF1KSDB0028.tfa, 1665 bp
seq2 = pF1KSDB0028/gi568815597r_56910698.tfa (gi568815597r:56910698_57391030), 480333 bp

>pF1KSDB0028 1665
>gi568815597r:56910698_57391030 (Chr1)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-207  (245602-245741)   100% ->
208-306  (254390-254488)   100% ->
307-438  (318617-318748)   100% ->
439-558  (319390-319509)   100% ->
559-597  (319970-320008)   100% ->
598-663  (321606-321671)   100% ->
664-723  (328088-328147)   100% ->
724-786  (364988-365050)   100% ->
787-895  (367392-367500)   100% ->
896-1444  (375600-376148)   100% ->
1445-1572  (379759-379886)   100% ->
1573-1665  (380241-380333)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAACTGAGACAGAACTTCAAGTAGCTGTGAAAACCAGCGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAACTGAGACAGAACTTCAAGTAGCTGTGAAAACCAGCGCCAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACTCCAGAAAGAAAG         GTCAGGATCGCAGTGAAGCCACTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACTCCAGAAAGAAAGGTA...TAGGTCAGGATCGCAGTGAAGCCACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATAAAGAGGTTTAAAGGTGAAGGGGTCCGGTACAAAGCCAAATTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245626 TGATAAAGAGGTTTAAAGGTGAAGGGGTCCGGTACAAAGCCAAATTGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGATTGATGAAGTTTCCGCAGCTCGGGGAGACAAGTTATGTCAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245676 GGGATTGATGAAGTTTCCGCAGCTCGGGGAGACAAGTTATGTCAAGATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGATGAAACTCAAG         GGCGTTGTTGCTGGCGCTCGTTCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 245726 CATGATGAAACTCAAGGTG...CAGGGCGTTGTTGCTGGCGCTCGTTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGGAGAACACAAACAGAAAATCTTTTTAACCATCTCCTTTGGAGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254415 AAGGAGAACACAAACAGAAAATCTTTTTAACCATCTCCTTTGGAGGAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAATCTTTGATGAGAAGACAGGG         GCCCTTCAGCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 254465 AAAATCTTTGATGAGAAGACAGGGGTA...TAGGCCCTTCAGCATCATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTGTTCATGAAATATCCTACATTGCAAAGGACATTACAGATCACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318634 TGCTGTTCATGAAATATCCTACATTGCAAAGGACATTACAGATCACCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTTTGGATATGTTTGTGGGAAGGAAGGGAATCACAGATTTGTGGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318684 CCTTTGGATATGTTTGTGGGAAGGAAGGGAATCACAGATTTGTGGCCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAACAGCCCAGGCG         GCTGAACCTGTTATTCTGGACTTGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 318734 AAAACAGCCCAGGCGGTG...CAGGCTGAACCTGTTATTCTGGACTTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATCTCTTTCAACTCATTTATGAATTGAAGCAAAGAGAAGAATTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319416 AGATCTCTTTCAACTCATTTATGAATTGAAGCAAAGAGAAGAATTAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAAGGCACAAAAGGATAAGCAGTGTGAACAAGCTGTGTACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 319466 AAAAGGCACAAAAGGATAAGCAGTGTGAACAAGCTGTGTACCAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559    ACAATATTGGAAGAGGATGTTGAAGATCCTGTGTACCAG        
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 319967 TAGACAATATTGGAAGAGGATGTTGAAGATCCTGTGTACCAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  TACATTGTGTTTGAGGCTGGACACGAGCCAATCCGTGATCCCGAAACGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321605 GTACATTGTGTTTGAGGCTGGACACGAGCCAATCCGTGATCCCGAAACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGAAAACATTTATCAG         GTTCCCACCAGCCAAAAGAAGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 321655 AAGAAAACATTTATCAGGTA...TAGGTTCCCACCAGCCAAAAGAAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGTGTTTATGATGTGCCAAAAAGTCAACCTGTAAGT         GCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 328112 GGTGTTTATGATGTGCCAAAAAGTCAACCTGTAAGTGTA...CAGGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GACCCAATTAGAACTTTTTGGGGACATGTCCACACCCCCTGATATAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364993 GACCCAATTAGAACTTTTTGGGGACATGTCCACACCCCCTGATATAACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTCCCCCC         ACTCCTGCAACTCCAGGTGATGCCTTTATCCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 365043 CTCCCCCCGTA...CAGACTCCTGCAACTCCAGGTGATGCCTTTATCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TCTTCATCTCAGACCCTTCCAGCGAGTGCAGATGTGTTTAGTTCTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367425 TCTTCATCTCAGACCCTTCCAGCGAGTGCAGATGTGTTTAGTTCTGTACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TTTCGGCACTGCTGCTGTACCCTCAG         GTTACGTTGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 367475 TTTCGGCACTGCTGCTGTACCCTCAGGTA...CAGGTTACGTTGCAATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCGCTGTCCTCCCGTCCTTCTGGGGTCAGCAGCCCCTCGTCCAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375615 GCGCTGTCCTCCCGTCCTTCTGGGGTCAGCAGCCCCTCGTCCAACAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATGGTCATGGGTGCCCAGCCACCAGTCGCTCAGGTGATGCCGGGGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375665 ATGGTCATGGGTGCCCAGCCACCAGTCGCTCAGGTGATGCCGGGGGCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCCCATCGCATGGGGCCAGCCGGGTCTCTTTCCTGCCACTCAGCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375715 GCCCATCGCATGGGGCCAGCCGGGTCTCTTTCCTGCCACTCAGCAGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGCCAACTGTGGCCGGGCAGTTTCCGCCAGCCGCCTTCATGCCCACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375765 GGCCAACTGTGGCCGGGCAGTTTCCGCCAGCCGCCTTCATGCCCACACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACTGTTATGCCTTTGCCAGCTGCCATGTTCCAAGGTCCCCTCACCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375815 ACTGTTATGCCTTTGCCAGCTGCCATGTTCCAAGGTCCCCTCACCCCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCCACCGTCCCAGGCACGAGTGACTCCACCAGGTCAAGTCCACAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375865 TGCCACCGTCCCAGGCACGAGTGACTCCACCAGGTCAAGTCCACAGACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAAGCCCAGGCAGAAAATGGGCAAAGAAACGTTTAAGGATTTCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375915 ACAAGCCCAGGCAGAAAATGGGCAAAGAAACGTTTAAGGATTTCCAGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCCCAGCCTCCGCCCGTGCCCTCCCGCAAACCCGACCAGCCCTCCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375965 GCCCAGCCTCCGCCCGTGCCCTCCCGCAAACCCGACCAGCCCTCCCTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGTACCTCAGAGGCCTTCTCCAGTTACTTCAACAAAGTCGGGGTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 376015 CTGTACCTCAGAGGCCTTCTCCAGTTACTTCAACAAAGTCGGGGTGGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGGATACAGACGACTGTGATGACTTTGACATCTCCCAGTTGAATTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 376065 AGGATACAGACGACTGTGATGACTTTGACATCTCCCAGTTGAATTTGACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCTGTGACTTCTACCACACCATCGACCAACTCAC         CTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 376115 CCTGTGACTTCTACCACACCATCGACCAACTCACGTG...TAGCTCCAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCCAGCCCCTAGACAGAGCTCTCCATCCAAATCATCTGCATCCCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379766 CCCAGCCCCTAGACAGAGCTCTCCATCCAAATCATCTGCATCCCATGCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GTGATCCTACCACAGATGACATCTTTGAAGAGGGCTTTGAAAGTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379816 GTGATCCTACCACAGATGACATCTTTGAAGAGGGCTTTGAAAGTCCCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAAAGCGAAGAGCAAGAAGCT         CCTGATGGATCACAGGCCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 379866 AAAAGCGAAGAGCAAGAAGCTGTA...TAGCCTGATGGATCACAGGCCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 ATCCAACAGTGATCCATTTGGTGAGCCCAGTGGGGAGCCCAGTGGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380261 ATCCAACAGTGATCCATTTGGTGAGCCCAGTGGGGAGCCCAGTGGTGATA

   1750     .    :    .    :
   1643 ATATAAGTCCACAGGCCGGTAGC
        |||||||||||||||||||||||
 380311 ATATAAGTCCACAGGCCGGTAGC