seq1 = pF1KSDB0021.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KSDB0021/gi568815597f_180988903.tfa (gi568815597f:180988903_181189883), 200981 bp

>pF1KSDB0021 981
>gi568815597f:180988903_181189883 (Chr1)

1-981  (100001-100981)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCAAGCTGGAGGCTCATCGCATCGTCAGCATCTCTCTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTCAAGCTGGAGGCTCATCGCATCGTCAGCATCTCTCTGGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCTACAACTCGCGGGTCCAGCGCGGCGGCATCAAGCTGCATAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCTACAACTCGCGGGTCCAGCGCGGCGGCATCAAGCTGCATAAGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGTCTCGCTGGTGCTGCGCAGCGCCCGCCAAGTCTACCTGAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGTCTCGCTGGTGCTGCGCAGCGCCCGCCAAGTCTACCTGAGCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGTGCCCCGGCCTCTACCTGGCCGGTCCCGCTGGGACCCCGGCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGTGCCCCGGCCTCTACCTGGCCGGTCCCGCTGGGACCCCGGCGCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCGCAGCAGCAGCCCGGGGAGCCGGCGGCCGGGCCACCCGCCGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCGCAGCAGCAGCCCGGGGAGCCGGCGGCCGGGCCACCCGCCGGCTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGAGCCGCCCCCGCCCGCCGCTCGTGCCTCTTGGCCGGAGACCGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGAGCCGCCCCCGCCCGCCGCTCGTGCCTCTTGGCCGGAGACCGAGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCCGGAGCGCTCCTCCGTCTCAGACGCGCCGCGGGTAGGGGACGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCCGGAGCGCTCCTCCGTCTCAGACGCGCCGCGGGTAGGGGACGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCGGTGGCCACGGTGACTGGAGTCGGGGACGTTTTTCAGGGCGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCGGTGGCCACGGTGACTGGAGTCGGGGACGTTTTTCAGGGCGGAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGACGCGACGGAAGCTGCCTGGAGCCGCGTGGAGGGGCCGCGCCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGACGCGACGGAAGCTGCCTGGAGCCGCGTGGAGGGGCCGCGCCAGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGCCAGAGAAGCCGAGGGTACCGCCGGAGGCTGGGGCGTCTTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGGCCAGAGAAGCCGAGGGTACCGCCGGAGGCTGGGGCGTCTTCCCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTATCTCGTGCCGCGCGCCGCCCCTGCGGCTGCCCCCTAGGCGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTATCTCGTGCCGCGCGCCGCCCCTGCGGCTGCCCCCTAGGCGGGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCCGCCGGGTACACCGGCCGCGACCCCCCGCGCTGCCTGCTGCTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACCCGCCGGGTACACCGGCCGCGACCCCCCGCGCTGCCTGCTGCTGCGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCGCGACCAGCGGAGGACGAGCCCCCCGCGCCGCCCGCGGTGTGCCCCAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCGCAACCAGCGGAGGACGAGCCCCCCGCGCCGCCCGCGGTGTGCCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAGCGCTGCGCGGCGGGGGTGGGCGGCGGCCCAGCGGGCTGCCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAGCGCTGCGCGGCGGGGGTGGGCGGCGGCCCAGCGGGCTGCCCGGCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGGCTCGACCCCGCTCAAGAAGCCCCGCCGGAACTTAGAGCAGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCGGCTCGACCCCGCTCAAGAAGCCCCGCCGGAACTTAGAGCAGCCGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGTGGAGGAGAGGACGACGACGCGGAGGAGATGGAGACCGGGAACGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGTGGAGGAGAGGACGACGACGCGGAGGAGATGGAGACCGGGAACGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAACCTCATCAGCATCTTCGGTTCCAGTTTCTCGGGACTCCTACGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TAACCTCATCAGCATCTTCGGTTCCAGTTTCTCGGGACTCCTACGGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCCCGGGGGCGGCAGAGAGGAAGAGGAGGGAGAGGAGAGCGGTCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCCCGGGGGCGGCAGAGAGGAAGAGGAGGGAGAGGAGAGCGGTCCGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCGCCGAGCCCGGGCAGATCTGCTGCGATAAGCCGGTGCTGAGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCGCCGAGCCCGGGCAGATCTGCTGCGATAAGCCGGTGCTGAGAGACAT

    950     .    :    .    :    .    :
    951 GAACCCCTGGAGCACAGCCATCGTGGCCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAACCCCTGGAGCACAGCCATCGTGGCCTTC