seq1 = pF1KSDB0012.tfa, 1431 bp
seq2 = pF1KSDB0012/gi568815593r_16351660.tfa (gi568815593r:16351660_16565665), 214006 bp

>pF1KSDB0012 1431
>gi568815593r:16351660_16565665 (Chr5)

(complement)

1-625  (100001-100625)   100% ->
626-886  (101924-102184)   100% ->
887-1049  (102396-102558)   100% ->
1050-1162  (107037-107149)   100% ->
1163-1306  (112510-112653)   100% ->
1307-1431  (113882-114006)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGTACACCTGCATAACTTGCCGGGTGGCGTTCCGCGACGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGTACACCTGCATAACTTGCCGGGTGGCGTTCCGCGACGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGCAGCGGGCCCACTATAAGACGGACTGGCACCGCTACAACCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGCAGCGGGCCCACTATAAGACGGACTGGCACCGCTACAACCTGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAGGTGGCCAGCATGGCCCCAGTGACCGCCGAGGGCTTCCAGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAGGTGGCCAGCATGGCCCCAGTGACCGCCGAGGGCTTCCAGGAGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCGGGCGCAGCGGGCCGTCGCGGAGGAGGAGAGCAAGGGCTCGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCGGGCGCAGCGGGCCGTCGCGGAGGAGGAGAGCAAGGGCTCGGCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACTGCACCGTTTGCAGTAAGAAGTTTGCCTCTTTCAACGCCTACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACTGCACCGTTTGCAGTAAGAAGTTTGCCTCTTTCAACGCCTACGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCACCTCAAGTCCCGGCGTCACGTTGAGCTGGAGAAGAAGGCCGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCACCTCAAGTCCCGGCGTCACGTTGAGCTGGAGAAGAAGGCCGTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCAGTGAATCGGAAAGTGGAGATGATGAATGAAAAGAACTTGGAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCAGTGAATCGGAAAGTGGAGATGATGAATGAAAAGAACTTGGAGAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTGGGCGTGGACAGTGTGGACAAGGATGCCATGAACGCGGCCATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTGGGCGTGGACAGTGTGGACAAGGATGCCATGAACGCGGCCATCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGCCATCAAGGCCCAGCCGTCCATGTCTCCCAAGAAGGCGCCCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGCCATCAAGGCCCAGCCGTCCATGTCTCCCAAGAAGGCGCCCCCAGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTGCAAAGGAGGCCAGGAATGTCGTGGCCGTGGGTACTGGTGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTGCAAAGGAGGCCAGGAATGTCGTGGCCGTGGGTACTGGTGGCCGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GACCCACGACCGAGACCCGAGTGAGAAACCACCCCGGCTCCAGTGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GACCCACGACCGAGACCCGAGTGAGAAACCACCCCGGCTCCAGTGGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACAGCAGGCGAAGAAGTTGGCAAAGCAGCAGGAGGAGGACAGCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACAGCAGGCGAAGAAGTTGGCAAAGCAGCAGGAGGAGGACAGCGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGAAGAGGACCTGGATGGAGACG         ATTGGGAAGATATTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100601 GAGGAAGAGGACCTGGATGGAGACGGTG...CAGATTGGGAAGATATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCTGATGAAGAATTGGAATGTGAGGATACTGAAGCAATGGACGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101940 TTCTGATGAAGAATTGGAATGTGAGGATACTGAAGCAATGGACGATGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGAGCAGGATGCAGAGGAGGAAGAGGCTGAGGAAGGCCCACCCCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101990 TGGAGCAGGATGCAGAGGAGGAAGAGGCTGAGGAAGGCCCACCCCTTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCATCCCTATCACGGACTGCTTATTTTGTTCCCATCATTCCAGCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102040 GCCATCCCTATCACGGACTGCTTATTTTGTTCCCATCATTCCAGCTCGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GATGAAGAATGTGGCTCACATGACCAAAGACCACAGTTTCTTTATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102090 GATGAAGAATGTGGCTCACATGACCAAAGACCACAGTTTCTTTATTCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATATAGAATATCTTTCAGATATTAAGGGACTGATTAAATACTTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102140 ATATAGAATATCTTTCAGATATTAAGGGACTGATTAAATACTTGGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887     GAGAGAAAGTTGGTGTTGGCAAGATTTGCTTGTGGTGCAACGAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102190 .TAGGAGAGAAAGTTGGTGTTGGCAAGATTTGCTTGTGGTGCAACGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGGGAAGTCCTTCTACTCCACAGAAGCTGTACAGGCACATATGAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102442 AGGGAAGTCCTTCTACTCCACAGAAGCTGTACAGGCACATATGAATGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AAAGCCACTGTAAGCTCTTCACAGATGGCGATGCTGCTTTGGAATTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102492 AAAGCCACTGTAAGCTCTTCACAGATGGCGATGCTGCTTTGGAATTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GACTTCTATGATTTTAG         GAGTAGCTATCCAGATCACAAGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102542 GACTTCTATGATTTTAGGTA...TAGGAGTAGCTATCCAGATCACAAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AGGGGAGGACCCCAATAAGGCTGAGGAGTTGCCCTCAGAAAAGAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107061 AGGGGAGGACCCCAATAAGGCTGAGGAGTTGCCCTCAGAAAAGAACTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AATATGATGATGAAACCATGGAATTGATTCTGCCTTCTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107111 AATATGATGATGAAACCATGGAATTGATTCTGCCTTCTGGTA...CAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GCCAGAGTGGGTCATCGCTCCTTGATGAGATACTACAAACAGCGATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112512 GCCAGAGTGGGTCATCGCTCCTTGATGAGATACTACAAACAGCGATTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTTGTCAAGAGCTGTGGCAGTTGCCAAAAATCGGAAGGCCGTGGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112562 CTTGTCAAGAGCTGTGGCAGTTGCCAAAAATCGGAAGGCCGTGGGCCGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TACTTCAGCAGTACAGAGCCCTGGGATGGACTGGCAGCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112612 TACTTCAGCAGTACAGAGCCCTGGGATGGACTGGCAGCACAGGTA...TA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307  GAGCGGCTCTTATGCGAGAGCGAGACATGCAGTATGTCCAAAGGATGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113881 GGAGCGGCTCTTATGCGAGAGCGAGACATGCAGTATGTCCAAAGGATGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 ATCAAAATGGATGCTGAAGACAGGAATGAAGAACAATGCCACCAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113931 ATCAAAATGGATGCTGAAGACAGGAATGAAGAACAATGCCACCAAGCAGA

   1450     .    :    .    :    .
   1406 TGCACTTTCGGGTCCAAGTGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||
 113981 TGCACTTTCGGGTCCAAGTGAGATTC