seq1 = pF1KSDA2003.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KSDA2003/gi568815579r_57601638.tfa (gi568815579r:57601638_57804982), 203345 bp

>pF1KSDA2003 1311
>gi568815579r:57601638_57804982 (Chr19)

(complement)

1-33  (96012-96044)   100% ->
34-160  (100004-100130)   100% ->
161-1311  (102195-103345)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGGCCACTCTGAGGACGCCAACTCAG         GGCACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  96012 ATGGCAGCGGCCACTCTGAGGACGCCAACTCAGGTG...CAGGGCACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACCTTTGAAGATGTGGCCGTACACTTCTCCTGGGAGGAATGGGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 GACCTTTGAAGATGTGGCCGTACACTTCTCCTGGGAGGAATGGGGTCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGATGAGGCTCAAAGATGCCTGTACCGTGATGTGATGCTGGAGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 TTGATGAGGCTCAAAGATGCCTGTACCGTGATGTGATGCTGGAGAACTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCTTTTAACCTCTCTAG         ATGTTCATCGTCAGAAGCAGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||| ||||||||||||
 100112 GCTCTTTTAACCTCTCTAGGTA...CAGATGTTCATCATCAGAAGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTTGGAGAAAAACATTTCAGAAGCAATGTGGGCAGAGCCTTGTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102217 CCTTGGAGAAAAACATTTCAGAAGCAATGTGGGCAGAGCCTTGTTTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGACCTGCACATTCCATGTGTCAGGGGAGCCTTCCACCTGCAGAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102267 AGACCTGCACATTCCATGTGTCAGGGGAGCCTTCCACCTGCAGAGAAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGAAGGACTTCCTGGCCAAGTTGGGATTTCTCCATCAACAGGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102317 GGGAAGGACTTCCTGGCCAAGTTGGGATTTCTCCATCAACAGGCTGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTGGGGAGCAATCAAATAGCAAAAGCGACGGTGGGGCCATCAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102367 CACTGGGGAGCAATCAAATAGCAAAAGCGACGGTGGGGCCATCAGTCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGGAAAAACTCATTACAACTGTGGAGAACACACAAAAGCATTCAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102417 GAGGAAAAACTCATTACAACTGTGGAGAACACACAAAAGCATTCAGCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAACACACACTTGTTCAGCAGCAGAGAACCCTCACTACAGAAAGATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102467 AAACACACACTTGTTCAGCAGCAGAGAACCCTCACTACAGAAAGATGTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATATGCAGTGAATGTGGGAAATCCTTTAGCAAAAGCTACAGTCTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102517 CATATGCAGTGAATGTGGGAAATCCTTTAGCAAAAGCTACAGTCTCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCATTGGAGACTTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATGTCGAGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102567 ACCATTGGAGACTTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATGTCGAGAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGAAGTCCTTTAGGCAAAGCTCTAGTCTCATTCAGCACCGGAGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102617 GGGAAGTCCTTTAGGCAAAGCTCTAGTCTCATTCAGCACCGGAGAGTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACTGCAGTACGACCTCATGAATGTGATGAATGTGGAAAATTATTTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102667 CACTGCAGTACGACCTCATGAATGTGATGAATGTGGAAAATTATTTAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACAAGTCTAACCTCATTAAACATCGGAGAGTTCACACTGGGGAAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102717 ACAAGTCTAACCTCATTAAACATCGGAGAGTTCACACTGGGGAAAGGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TATGAGTGCAGTGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCAAAGGTCTGCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 TATGAGTGCAGTGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCAAAGGTCTGCACTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TCAACATCGGGGAGTTCACACTGGGGAGAGGCCTTATGAGTGCAGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102817 TCAACATCGGGGAGTTCACACTGGGGAGAGGCCTTATGAGTGCAGTGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGGGAAGTTTTTTACATATCATTCCAGTCTCATAAAACACCAGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 GTGGGAAGTTTTTTACATATCATTCCAGTCTCATAAAACACCAGAAAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CACAGTGGATCCAGGCCTTATGAGTGCAGCGAATGTGGGAAGTCATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102917 CACAGTGGATCCAGGCCTTATGAGTGCAGCGAATGTGGGAAGTCATTTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCAAAACTCTAGCCTCATTGAACACCATAGGGTTCACACTGGAGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102967 CCAAAACTCTAGCCTCATTGAACACCATAGGGTTCACACTGGAGAAAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTTATAAGTGCAGCGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCAAAGGTCTGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103017 CTTATAAGTGCAGCGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCAAAGGTCTGCACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTTCAACATCGGGGAGTTCACACTGGGGAGAGGCCTTATGAGTGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103067 CTTCAACATCGGGGAGTTCACACTGGGGAGAGGCCTTATGAGTGCAGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ATGTGGGAAGTTCTTTCCCTACAGCTCCAGTCTCCGAAAACACCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103117 ATGTGGGAAGTTCTTTCCCTACAGCTCCAGTCTCCGAAAACACCAGAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTCACACTGGATCAAGACCCTATGAGTGCAGTGAATGTGGGAAATCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103167 TTCACACTGGATCAAGACCCTATGAGTGCAGTGAATGTGGGAAATCCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ACTCAAAATTCCGGCCTCATTAAGCACAGGAGGGTTCACACTGGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103217 ACTCAAAATTCCGGCCTCATTAAGCACAGGAGGGTTCACACTGGGGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GCCTTATGAGTGCACGGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCATAACTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103267 GCCTTATGAGTGCACGGAATGTGGGAAATCCTTTAGCCATAACTCCAGCC

   1300     .    :    .    :    .
   1283 TTATTAAACATCAGAGAATTCATAGTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 103317 TTATTAAACATCAGAGAATTCATAGTCGA