seq1 = pF1KSDA1970.tfa, 1569 bp
seq2 = pF1KSDA1970/gi568815582r_23424374.tfa (gi568815582r:23424374_23657343), 232970 bp

>pF1KSDA1970 1569
>gi568815582r:23424374_23657343 (Chr16)

(complement)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-295  (105040-105195)   100% ->
296-485  (112641-112830)   100% ->
486-958  (121984-122456)   100% ->
959-1067  (124579-124687)   100% ->
1068-1221  (127447-127600)   100% ->
1222-1352  (127712-127842)   100% ->
1353-1488  (131965-132100)   100% ->
1489-1569  (132890-132970)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCTCCTGAGGAGACTGCTGCAGCGCGAGAGGCCTTCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCTCCTGAGGAGACTGCTGCAGCGCGAGAGGCCTTCGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGGCCGCCCCGTAGGACGGCGCGAGGCCAACCTGGGCACTGATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGGCCGCCCCGTAGGACGGCGCGAGGCCAACCTGGGCACTGATGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGTTGCGGTGCGAGTGCGGTTCGCTCCCAGCCCCACAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 GGGTTGCGGTGCGAGTGCGGTTCGCTCCCAGCCCCACAGGTA...CAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCTTGCACCTGGGTGGCCTCCGCACTGCCTTGTACAACTACATCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105042 TTCTTGCACCTGGGTGGCCTCCGCACTGCCTTGTACAACTACATCTTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAGAAGTACCAGGGGAGCTTCATCCTGAGGCTAGAGGACACAGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105092 TAAGAAGTACCAGGGGAGCTTCATCCTGAGGCTAGAGGACACAGATCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCGCGTTGTGCCTGGGGCAGCGGAGAATATTGAGGACATGCTGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105142 CTCGCGTTGTGCCTGGGGCAGCGGAGAATATTGAGGACATGCTGGAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAG         GCATCCCGCCTGATGAGAGCCCCCGCCGGGGCGGTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105192 GCAGGTA...CAGGCATCCCGCCTGATGAGAGCCCCCGCCGGGGCGGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGGGCCCTACCAGCAATCTCAGCGGTTGGAGCTGTATGCCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112678 TGCTGGGCCCTACCAGCAATCTCAGCGGTTGGAGCTGTATGCCCAGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAAGCGCTGCTGAAGACCGGAGCTGCTTACCCCTGTTTCTGCTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112728 CAGAAGCGCTGCTGAAGACCGGAGCTGCTTACCCCTGTTTCTGCTCACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCGGCTGGAGCTCCTGAAGAAGGAGGCCTTGCGGAACCACCAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112778 CAGCGGCTGGAGCTCCTGAAGAAGGAGGCCTTGCGGAACCACCAGACGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCG         GTATGACAATCGGTGCAGGAACATGAGCCAGGAGCAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112828 CCGGTA...CAGGTATGACAATCGGTGCAGGAACATGAGCCAGGAGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCCCAGAAGCTGGCCAAGGACCCCAAGCCTGCGATCCGCTTCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122022 TGGCCCAGAAGCTGGCCAAGGACCCCAAGCCTGCGATCCGCTTCCGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCAGGTGGTGCCAGCCTTCCAGGACCTGGTCTATGGCTGGAATAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122072 GAGCAGGTGGTGCCAGCCTTCCAGGACCTGGTCTATGGCTGGAATAGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAAGTGGCCAGCGTGGAGGGAGACCCAGTCATCATGAAGAGCGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122122 TGAAGTGGCCAGCGTGGAGGGAGACCCAGTCATCATGAAGAGCGACGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCCCACATACCACCTGGCCTGCGTGGTGGACGACCACCACATGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122172 TCCCCACATACCACCTGGCCTGCGTGGTGGACGACCACCACATGGGCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGCCACGTGCTGCGAGGCTCTGAGTGGCTCGTCTCCACTGCCAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122222 AGCCACGTGCTGCGAGGCTCTGAGTGGCTCGTCTCCACTGCCAAGCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTCCTCTACCAGGCCCTGGGCTGGCAGCCACCCCACTTCGCCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122272 GCTCCTCTACCAGGCCCTGGGCTGGCAGCCACCCCACTTCGCCCACCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCCTGCTCCTCAACAGGGATGGCAGCAAGCTCTCCAAGAGGCAAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122322 CCCTGCTCCTCAACAGGGATGGCAGCAAGCTCTCCAAGAGGCAAGGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTTTTCCTGGAGCACTTTGCTGCTGATGGCTTCCTGCCCGATTCCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122372 GTTTTCCTGGAGCACTTTGCTGCTGATGGCTTCCTGCCCGATTCCTTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGACATCATCACCAACTGTGGCTCAGGTTTTGCAG         AGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122422 GGACATCATCACCAACTGTGGCTCAGGTTTTGCAGGTA...CAGAGAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AAATGGGCAGGACCCTGCCGGAGCTGATCACACAGTTCAACCTGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124585 AAATGGGCAGGACCCTGCCGGAGCTGATCACACAGTTCAACCTGACACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTCACCTGTCACTCAGCCCTGCTGGACCTGGAGAAGCTCCCAGAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124635 GTCACCTGTCACTCAGCCCTGCTGGACCTGGAGAAGCTCCCAGAATTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAG         ACTGCACCTCCAGCGGCTGGTGAGCAATGAGAGCCAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124685 CAGGTG...CAGACTGCACCTCCAGCGGCTGGTGAGCAATGAGAGCCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGCGCCAGCTGGTGGGGAAGCTGCAGGTCCTTGTGGAGGAGGCCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127485 GGCGCCAGCTGGTGGGGAAGCTGCAGGTCCTTGTGGAGGAGGCCTTTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGCCAGCTGCAAAACAGGGATGTCCTCAACCCAGTCTACGTGGAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127535 TGCCAGCTGCAAAACAGGGATGTCCTCAACCCAGTCTACGTGGAGAGGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCTCCTGCTGAGACAG         GGTCACATTTGCCGCCTGCAGGACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127585 CCTCCTGCTGAGACAGGTG...CAGGGTCACATTTGCCGCCTGCAGGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGTGTCCCCAGTATACTCTTACCTGTGGACTCGCCCTGCAGTAGGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127737 TGGTGTCCCCAGTATACTCTTACCTGTGGACTCGCCCTGCAGTAGGTCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCACAGCTGGACGCCATCTCGGAGAAGGTGGATGTGATTGCCAAGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127787 GCACAGCTGGACGCCATCTCGGAGAAGGTGGATGTGATTGCCAAGCGTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCTGGG         GCTTCTAGAAAGATCTAGTATGAGCTTAACTCAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127837 GCTGGGGTG...TAGGCTTCTAGAAAGATCTAGTATGAGCTTAACTCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATATGCTGAATGGAGAACTGAAGAAGCTATCAGAAGGTCTGGAAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132000 ATATGCTGAATGGAGAACTGAAGAAGCTATCAGAAGGTCTGGAAGGCACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGTACAGTAATGTGATGAAACTCCTTCGGATGGCCCTCAGTGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132050 AAGTACAGTAATGTGATGAAACTCCTTCGGATGGCCCTCAGTGGACAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 G         CAAGGACCTCCTGTAGCTGAGATGATGTTGGCCTTGGGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132100 GGTG...TAGCAAGGACCTCCTGTAGCTGAGATGATGTTGGCCTTGGGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CAAAGGAAGTACGGGAACGGATCCAGAAGGTGGTTTCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132930 CAAAGGAAGTACGGGAACGGATCCAGAAGGTGGTTTCCAGC