seq1 = pF1KSDA1969.tfa, 1728 bp
seq2 = pF1KSDA1969/gi568815579f_21043550.tfa (gi568815579f:21043550_21284031), 240482 bp

>pF1KSDA1969 1728
>gi568815579f:21043550_21284031 (Chr19)

1-96  (99998-100094)   98% ->
97-223  (122786-122912)   100% ->
224-319  (124022-124117)   100% ->
320-1728  (139074-140482)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 AT GGACGACTTGAAATATGGAGTGTATCCTCTCAAGGAAGCAAGTGGAT
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATAGGACGACTTGAAATATGGAGTGTATCCTCTCAAGGAAGCAAGTGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 GCCCTGGGGCTGAGAGGAATCTTCTAGTTTACTCTTATTTTGAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100048 GCCCTGGGGCTGAGAGGAATCTTCTAGTTTACTCTTATTTTGAAAAGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97       GAGACATTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 ...CAGGAGACATTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GGAGTGGGAATGCCTGAACCCTGCTCAGCAGAATTTATATATGAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122830 GGAGTGGGAATGCCTGAACCCTGCTCAGCAGAATTTATATATGAATGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 TGTTAGAAAACTACAAAAACCTGGTCTTCTTGG         GTGTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122880 TGTTAGAAAACTACAAAAACCTGGTCTTCTTGGGTG...CAGGTGTTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GTCTCTAAGCAAGACCCAGTCACCTGTCTGGAGCAAGAAAAAGAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124030 GTCTCTAAGCAAGACCCAGTCACCTGTCTGGAGCAAGAAAAAGAGCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 GAATATGAAGAGACATGAGATGGTGGATGAACCCCCAG         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124080 GAATATGAAGAGACATGAGATGGTGGATGAACCCCCAGGTA...CAGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 TGTGTTCTTATTTTACCAAAGACCTTTGGCCAGAGCAAGACATAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139077 TGTGTTCTTATTTTACCAAAGACCTTTGGCCAGAGCAAGACATAAAAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 TCTTTTCAACAAGTAATACTGAGAAGATATGGCAAATGTGAACATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139127 TCTTTTCAACAAGTAATACTGAGAAGATATGGCAAATGTGAACATGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 TTTACAGTTAAGAAAAGGCTCCGCAAGTGTAGATGAGTATAAGGTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139177 TTTACAGTTAAGAAAAGGCTCCGCAAGTGTAGATGAGTATAAGGTGCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 AAGAAGGTTATAATGAGCTAAACCAGTGTTTGACAACTACCCAGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139227 AAGAAGGTTATAATGAGCTAAACCAGTGTTTGACAACTACCCAGAGCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 ATATTTCCATGTGATAAATATGTGAAAGTCTTTCATAAATTTTTAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139277 ATATTTCCATGTGATAAATATGTGAAAGTCTTTCATAAATTTTTAAATGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 AAATAGACATAAGACAAGACATACTGGAAAGAAACCTTTCAAATGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139327 AAATAGACATAAGACAAGACATACTGGAAAGAAACCTTTCAAATGTAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 AATGTGGCAAATCATTTTGCATGCTTTTACACCTAAGTCAACATAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139377 AATGTGGCAAATCATTTTGCATGCTTTTACACCTAAGTCAACATAAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 ATTCATATTAGAGAGAATTCTTACCAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139427 ATTCATATTAGAGAGAATTCTTACCAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 TAAATGGTTCTCAACCCTTACTAGACACAAGAGAATTCATACTGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139477 TAAATGGTTCTCAACCCTTACTAGACACAAGAGAATTCATACTGGAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 AACCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAAGCAGTCCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139527 AACCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAAGCAGTCCTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823 CTTACTACACATAAGATAATTCATACTGGGGAGAAACCATATAGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139577 CTTACTACACATAAGATAATTCATACTGGGGAGAAACCATATAGATGTGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873 AGAATGTGGCAAAGCCTTCAACCGGTCCTCACACCTTACTACACATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139627 AGAATGTGGCAAAGCCTTCAACCGGTCCTCACACCTTACTACACATAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    923 TAATTCATACTGGAGAGAAGCCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139677 TAATTCATACTGGAGAGAAGCCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973 TTTAACCAGTCTTCAACCCTTAGTACACATAAGTTCATTCATGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139727 TTTAACCAGTCTTCAACCCTTAGTACACATAAGTTCATTCATGCTGGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023 GAAACCCTACAAATGTGAGGAATGTGACAAAGCTTTTAATCGATTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139777 GAAACCCTACAAATGTGAGGAATGTGACAAAGCTTTTAATCGATTCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073 ACCTTACTAAACATAAGATAATTCATACTGGAGAAAAATCTTACAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139827 ACCTTACTAAACATAAGATAATTCATACTGGAGAAAAATCTTACAAATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123 GAAGAATGTGGCAAAGGCTTTAATTGGTCCTCAACCCTTACTAAACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139877 GAAGAATGTGGCAAAGGCTTTAATTGGTCCTCAACCCTTACTAAACATAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1173 AAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGTGTGTGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139927 AAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGTGTGTGGCAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1223 CCTTTAATGAGTCCTCAAACCTTACTACACATAAGATGATTCATACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139977 CCTTTAATGAGTCCTCAAACCTTACTACACATAAGATGATTCATACTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1273 GAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCGGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140027 GAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCGGTCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1323 ACAACTTACTGCACATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140077 ACAACTTACTGCACATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1373 GTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAGCCAGTCATCAATCCTTACTACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140127 GTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAGCCAGTCATCAATCCTTACTACACAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1423 AAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140177 AAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1473 AGCTTTTAACCGATCCTCAAATCTTACTAAACATAAGATAATTCATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140227 AGCTTTTAACCGATCCTCAAATCTTACTAAACATAAGATAATTCATACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1523 GAGAGAAATCTTACAAATGTGAAGAATGTGGTAAAGCCTTTAACCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140277 GAGAGAAATCTTACAAATGTGAAGAATGTGGTAAAGCCTTTAACCAATCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573 TCAACTCTTACTAAACATAGGAAAATTCATACTAGACAGAAACCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140327 TCAACTCTTACTAAACATAGGAAAATTCATACTAGACAGAAACCCTACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1623 CTGTGAAGAATGTGACAATACATTTAACCAGTCCTCAAACCTTATTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140377 CTGTGAAGAATGTGACAATACATTTAACCAGTCCTCAAACCTTATTAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1673 AAAATAATTCATACTGGAGAGAAACTCTACAAATGTCAAGAATGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140427 AAAATAATTCATACTGGAGAGAAACTCTACAAATGTCAAGAATGTGGGAA

   1750     .
   1723 AGCCTT
        ||||||
 140477 AGCCTT