seq1 = pF1KSDA1960.tfa, 2556 bp
seq2 = pF1KSDA1960/gi568815593r_132722799.tfa (gi568815593r:132722799_132926140), 203342 bp

>pF1KSDA1960 2556
>gi568815593r:132722799_132926140 (Chr5)

(complement)

1-978  (100001-100978)   100% ->
979-1034  (101068-101123)   100% ->
1035-1241  (101320-101526)   100% ->
1242-1811  (101722-102291)   100% ->
1812-1953  (102377-102518)   100% ->
1954-2226  (102619-102891)   100% ->
2227-2556  (103013-103342)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCCCTGGGACCTGGGGGCGACCGCGCCTCCCCGGCCTCGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCCCTGGGACCTGGGGGCGACCGCGCCTCCCCGGCCTCGTCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGCAGCCTGGACCTGTGGCATCTGTCCATGCGCGCGGACTCGGCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGCAGCCTGGACCTGTGGCATCTGTCCATGCGCGCGGACTCGGCCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCTTTCTCCGCAGCCTCCGGCGGCCCCGAGCCGCGCACGCAGTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCTTTCTCCGCAGCCTCCGGCGGCCCCGAGCCGCGCACGCAGTCGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGACAGACCTCCTTCCTTACCTAGACTGGGACTACGTGCGTGTGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGACAGACCTCCTTCCTTACCTAGACTGGGACTACGTGCGTGTGGTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGGCCCGGGCCCCGCCCCGCCCGACGCTGCCCTTTGCACATCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGGCCCGGGCCCCGCCCCGCCCGACGCTGCCCTTTGCACATCCCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCCCGGCCCGCGGTTGCAGCCCGCAGTGGGCCGCAGCCAACAGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCCCGGCCCGCGGTTGCAGCCCGCAGTGGGCCGCAGCCAACAGAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGGGACCCCGGGACCACTGAACAGGCAGGCCACCCCGCTGCTGTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGGGACCCCGGGACCACTGAACAGGCAGGCCACCCCGCTGCTGTACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGCGGCCGAGGCGGAGGCCGCGGCGCAGGCTGCCGAGCCGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGCGGCCGAGGCGGAGGCCGCGGCGCAGGCTGCCGAGCCGCCCAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCCGGCCTCGAGGGCCGCCTACCGCCAGCGGCTTCAGGGCGCGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCCGGCCTCGAGGGCCGCCTACCGCCAGCGGCTTCAGGGCGCGCAGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGAGTGCTCCGGGAGACGTCGTTCCAGCGCAAGGAGCTCCGCATGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGAGTGCTCCGGGAGACGTCGTTCCAGCGCAAGGAGCTCCGCATGAGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCCGCCCGTCTGCGGCCCACTGTCCCAGCGCGGCCCCCGGCGACTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCCGCCCGTCTGCGGCCCACTGTCCCAGCGCGGCCCCCGGCGACTCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCGCTCCGCCTCGCTCAGCCACCCGGGCGGGGAGGGGGAGCCGGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCGCTCCGCCTCGCTCAGCCACCCGGGCGGGGAGGGGGAGCCGGCGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCCGGGCTCCCGCGCCAGGAACTGCCGGCCGGGGTCCCCTCGCCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCCGGGCTCCCGCGCCAGGAACTGCCGGCCGGGGTCCCCTCGCCAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGCGGAAGTGGTGCTTCTCAGAGCCAGGAAAGCTGGATCGTGTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGCGGAAGTGGTGCTTCTCAGAGCCAGGAAAGCTGGATCGTGTGGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGGCGGTGGGCCGGCGCGGGAATGCCTGGGTGAGGCCTGCTCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGGCGGTGGGCCGGCGCGGGAATGCCTGGGTGAGGCCTGCTCCAGCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCCTCCCTGGGCCCGAGCCCTTGGAGTTCCAGCATCCGGCGCTGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCCTCCCTGGGCCCGAGCCCTTGGAGTTCCAGCATCCGGCGCTGGCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTTTGAAGATCACGAGGTCGGATGGCTGCCCGAGACGCAACCCCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTTTGAAGATCACGAGGTCGGATGGCTGCCCGAGACGCAACCCCAAGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCATGAACCTGGACTCCGGGTCCTTGAAGCTCGGTGATGCCTTCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCATGAACCTGGACTCCGGGTCCTTGAAGCTCGGTGATGCCTTCAGGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCAGTCGGAGTCGGAGCGCTTCAGGCGAAGTCTTGGGTTCCTGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCAGTCGGAGTCGGAGCGCTTCAGGCGAAGTCTTGGGTTCCTGGGGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ATCAGGAGGGACCATACCCATTGTCCAG         GCTGTTCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100951 ATCAGGAGGGACCATACCCATTGTCCAGGTA...CAGGCTGTTCCCCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GAGCAGAAACCCCCAGACCATTGTTTCAGACCAAACTTTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101081 GAGCAGAAACCCCCAGACCATTGTTTCAGACCAAACTTTCCAGGTG...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035   GTTCTTGCCTCAGAAAGAGGCTGCGGTGATGTATCCTGCAGAGTTACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101318 AGGTTCTTGCCTCAGAAAGAGGCTGCGGTGATGTATCCTGCAGAGTTACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCAGAGCAGCCCTGCTGACAGTGAACAGAGGGTCTCAGAGACCTGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101368 CCAGAGCAGCCCTGCTGACAGTGAACAGAGGGTCTCAGAGACCTGCATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGCCTGCCTGGCTCCCCTCCCTTCCTGATGAAGTGTTCCTAGAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101418 TGCCTGCCTGGCTCCCCTCCCTTCCTGATGAAGTGTTCCTAGAAGAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCACTGGTCAGAATGAGATCACCACCAGACCCCCATGCCTCCCAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101468 CCACTGGTCAGAATGAGATCACCACCAGACCCCCATGCCTCCCAGGGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCCAGCCAG         TGTCCATGCCTCTGACCAGCCGTATGGAACTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101518 CCCAGCCAGGTA...CAGTGTCCATGCCTCTGACCAGCCGTATGGAACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GCTTAGGCCAAAGAACTGGCCAGGTTACAGTCCCCACAGAGTACCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101754 GCTTAGGCCAAAGAACTGGCCAGGTTACAGTCCCCACAGAGTACCCGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CATGAGTGTCCAGGAACTGCAGGGGCAGATGACTGCTGGCAGGGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101804 CATGAGTGTCCAGGAACTGCAGGGGCAGATGACTGCTGGCAGGGGGTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TGGTTCTGTAGGTATTTCCAGGCCCACAAGCCACACCCCCACTGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101854 TGGTTCTGTAGGTATTTCCAGGCCCACAAGCCACACCCCCACTGGGACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CAAATGATAACATCCCAACTATTGACCCCACTGGACTGACCACCAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101904 CAAATGATAACATCCCAACTATTGACCCCACTGGACTGACCACCAATCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CCCACAGCTGCAGAGAGTGACCTCCTCAAACCTGTCCCAGCTGATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101954 CCCACAGCTGCAGAGAGTGACCTCCTCAAACCTGTCCCAGCTGATGCCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GGGACTTTCAGGCAATGATACTCCAGGTCCCTCTCACAATACTGCCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102004 GGGACTTTCAGGCAATGATACTCCAGGTCCCTCTCACAATACTGCCCTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CCAGGGGCACTGGCCAGCCTGGTTCCAGGCCCACATGGCCTAGTCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102054 CCAGGGGCACTGGCCAGCCTGGTTCCAGGCCCACATGGCCTAGTCAGTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CTCGAGGAGCTGGTTCAGGAGCTGGCCAGATTAGATCCCTCTCTATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 CTCGAGGAGCTGGTTCAGGAGCTGGCCAGATTAGATCCCTCTCTATGTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CCCTCTTGCTTCCCAGCCCAGCCCAGAGCCACCCCTGGGCCTGCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102154 CCCTCTTGCTTCCCAGCCCAGCCCAGAGCCACCCCTGGGCCTGCTGGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 GACTGATTCCTTTAGCAGAGGTCCGGGCTGCAATGCGGCCTGCCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102204 GACTGATTCCTTTAGCAGAGGTCCGGGCTGCAATGCGGCCTGCCTGTGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GAGGCTGGAGAGGAGGCTGCCAGTACTTTTGAGCCAGG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102254 GAGGCTGGAGAGGAGGCTGCCAGTACTTTTGAGCCAGGGTG...CAGGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CTATCAGTTCAGCTTCACCCAGCTCCTGCCGGCTCCTCGGGAGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102380 CTATCAGTTCAGCTTCACCCAGCTCCTGCCGGCTCCTCGGGAGGAGACAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 GGCTTGAAAACCCTGCCACCCACCCTGTGCTTGACCAGCCATGTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102430 GGCTTGAAAACCCTGCCACCCACCCTGTGCTTGACCAGCCATGTGGGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GGGCTCCCTGCACCAAACAACAGCATCCAGGGCAAGAAA         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102480 GGGCTCCCTGCACCAAACAACAGCATCCAGGGCAAGAAAGTG...TAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GGAGCTGGCCGCCCGCCTCCAAAAGATGCTTCAGGACCTTCACACGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102621 GGAGCTGGCCGCCCGCCTCCAAAAGATGCTTCAGGACCTTCACACGGAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 AGGAGCGGCTGCAGGGGGAGGCACAAGCGTGGGCCAGGCGCCAAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102671 AGGAGCGGCTGCAGGGGGAGGCACAAGCGTGGGCCAGGCGCCAAGCGGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 CTGGAGGCTGCAGTGCGCCAGGCCTGTGCCCCTCAGGAGCTGGAGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102721 CTGGAGGCTGCAGTGCGCCAGGCCTGTGCCCCTCAGGAGCTGGAGCGGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 CAGCCGGTTCATGGCCGACCTAGAGCGCGTGCTTGGCCTTCTGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102771 CAGCCGGTTCATGGCCGACCTAGAGCGCGTGCTTGGCCTTCTGCTGCTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 TGGGCAGTCGCCTGGCGCGCGTGCGCCGCGCCCTGGCCCGGGCGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102821 TGGGCAGTCGCCTGGCGCGCGTGCGCCGCGCCCTGGCCCGGGCGGCCTCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 GACAGCGACCCTGATGAGCAG         GCCTCCCTGCTGCAGCGACT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102871 GACAGCGACCCTGATGAGCAGGTA...AAGGCCTCCCTGCTGCAGCGACT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 CCGGCTCCTGCAGCGGCAGGAGGAGGACGCCAAGGAGCTGAAGGAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 CCGGCTCCTGCAGCGGCAGGAGGAGGACGCCAAGGAGCTGAAGGAGCACG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 TAGCGCGGCGCGAGCGGGCCGTGCGGGAGGTGCTGGTGCGAGCACTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 TAGCGCGGCGCGAGCGGGCCGTGCGGGAGGTGCTGGTGCGAGCACTACCG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 GTGGAGGAGCTGCGCGTCTATTGCGCCCTGCTGGCGGGCAAGGCCGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 GTGGAGGAGCTGCGCGTCTATTGCGCCCTGCTGGCGGGCAAGGCCGCCGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 CCTGGCCCAGCAGCGCAACCTGGACGAGCGCATCCGCCTCCTTCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103183 CCTGGCCCAGCAGCGCAACCTGGACGAGCGCATCCGCCTCCTTCAGGACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2447 AACTGGACGCCATCAGGGACGACCTTGGCCATCATGCCCCGTCTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103233 AACTGGACGCCATCAGGGACGACCTTGGCCATCATGCCCCGTCTCCCAGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2497 CCGGCGCGGCCCCCAGGGACCTGTCCTCCAGTTCAGCCGCCCTTCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103283 CCGGCGCGGCCCCCAGGGACCTGTCCTCCAGTTCAGCCGCCCTTCCCTCT

   2600     .    :
   2547 TCTCCTTACA
        ||||||||||
 103333 TCTCCTTACA