seq1 = pF1KSDA1874.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KSDA1874/gi568815581r_18561940.tfa (gi568815581r:18561940_18780828), 218889 bp

>pF1KSDA1874 1563
>gi568815581r:18561940_18780828 (Chr17)

(complement)

1-37  (99178-99214)   100% ->
38-127  (100000-100089)   98% ==
330-1563  (117656-118889)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACAGATTTGGCTGAAATGCCTGAGAAAGGAG         CTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> |||
  99178 ATGGAGACAGATTTGGCTGAAATGCCTGAGAAAGGAGGTG...TAGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTCTTCCCAGGATTCTCCCCATTTCCAAGAGAAGAGCACAGAAGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 GTCTTCCCAGGATTCTCCCCATTTCCAAGAGAAGAGCACAGAAGAGGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .
     92 AAGTGGCTGCTCTGCGCCTCACGGCCAGATCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100054 AAGTGGCTGCTCTGCGCCTCACGGCCAGATCCCAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330 TTCAGACATGGAGACTAGACCACAGAGCAAGGATTCAACTTCAGTGCAAG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117656 TTCAGACGTGGAGACTAGACCACAGAGCAAGGATTCAACTTCAGTGCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380 ATTTTTCCAAAGCAGAATCATGCAAAGTTGCAATAATAGACAGACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117706 ATTTTTCCAAAGCAGAATCATGCAAAGTTGCAATAATAGACAGACTGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 CGGAATAGTGTCTATGACTCTAACTTGGAAGCAGCCCTTGAATGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117756 CGGAATAGTGTCTATGACTCTAACTTGGAAGCAGCCCTTGAATGTGAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 TTGGTTAGAGAATCAGCAAGGAAATCAGGAGAGACATTTGAGAGAAATGT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117806 TTGGTTAGAGAAGCAGCAAGGAAATCAGGAGAGACATTTGAGAGAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 TCACTCACATGAATTCACTCTCTGAGGAAACAGACCATAAGCATGATGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 117856 TCACTCACATGAATTCACTCTCTGAGGAAACAGACCATGAGCATGATGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 TACTGGAAAAGCTTCAATCAGAAATCTGTCCTTATCACTGAAGACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117906 TACTGGAAAAGCTTCAATCAGAAATCTGTCCTTATCACTGAAGACAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 TCCCAAAGGATCTTATGCCTTCCATACACTTGAAAAAAGCTTGAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117956 TCCCAAAGGATCTTATGCCTTCCATACACTTGAAAAAAGCTTGAAACAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 AATCAAACTTAATGAAAAAGCAGAGAACTTATAAAGAGAAAAAACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118006 AATCAAACTTAATGAAAAAGCAGAGAACTTATAAAGAGAAAAAACCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730 AAATGTAATGATTGTGGTGAACTCTTCACCTACCATTCAGTGCTTATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| 
 118056 AAATGTAATGATTGTGGTGAACTCTTCACCTGCCATTCAGTGCATATTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 ACACCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCCTATACCTGCAATGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118106 ACACCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCCTATACCTGCAATGAATGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 GGAAATCTTTTAGCCACAGAGCTAATTTAACTAAACACCAGAGAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118156 GGAAATCTTTTAGCCACAGAGCTAATTTAACTAAACACCAGAGAACTCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 ACTAGAATTCTCTTTGAATGCAGTGAATGCAAGAAAACCTTCACAGAAAG
        ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
 118206 ACTAGAATTCTCTTTGAATGCCGTGAATGTAAGAAAACCTTCACAGAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 CTCATCCCTTGCAACACATCAGAGAATTCACGTTGGAGAGAGACCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118256 CTCATCCCTTGCAACACATCAGAGAATTCACGTTGGAGAGAGACCTTATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    980 AATGCAATGAATGTGGGAAAGGTTTTAATCGAAGTACACATCTTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118306 AATGCAATGAATGTGGGAAAGGTTTTAATCGAAGTACACATCTTGTGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030 CATCAGTTGATTCATACTGGAGTGAAGCCTTATGAATGTAATGAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 118356 CATCAGTTGATTCATACTGGAGTGAGGCCTTATGAATGTAATGAATGTGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1080 TAAAGCTTTTATTCATTCATCAGCACTCATTAAACATCAAAGAACTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118406 TAAAGCTTTTATTCATTCATCAGCACTCATTAAACATCAAAGAACTCATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130 CTGGAGAGAAACCTTATAAATGTCAAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118456 CTGGAGAGAAACCTTATAAATGTCAAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1180 TGCTCATCCCTAACTAAGCATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118506 TGCTCATCCCTAACTAAGCATCAGAGAGTTCATACTGGAGAAAAGCCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1230 TGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACTTTTAGTCAGAGCACACATCTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118556 TGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACTTTTAGTCAGAGCACACATCTTGTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1280 AACATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAATGAATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 118606 AACATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAGTGAATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330 GGGAAAACCTTCAGCCGGAGCTCCAATTTTGCTAAACATCAAAGAATTCA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 118656 GGGAAAACCTTCAGCCAGAGCTCCAATTTTGCTAAACATCAAAGAATTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1380 TATTGGAAAGAAACCGTACAAATGTAGCGAGTGTGGAAAAGCCTTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 118706 TATTGGAAAGAAACCGTACAAATGTAGTGAGTGTGGAAAAGCCTTCATTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1430 ATTCATCAGCTCTTATTCAACATCAGAGAACTCATACCGGAGAGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118756 ATTCATCAGCTCTTATTCAACATCAGAGAACTCATACCGGAGAGAAACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480 TTTAGATGTAATGAGTGTGGGAAAAGCTTTAAGTGCAGTTCATCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118806 TTTAGATGTAATGAGTGTGGGAAAAGCTTTAAGTGCAGTTCATCTCTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :
   1530 CAGACATCAAAGAGTTCACACTGAAGAGCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118856 CAGACATCAAAGAGTTCACACTGAAGAGCAACCC