seq1 = pF1KSDA1872.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KSDA1872/gi568815579f_3785768.tfa (gi568815579f:3785768_4018879), 233112 bp

>pF1KSDA1872 1113
>gi568815579f:3785768_4018879 (Chr19)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-136  (116720-116778)   100% ->
137-358  (119667-119888)   100% ->
359-544  (121967-122152)   100% ->
545-647  (122501-122603)   100% ->
648-779  (123719-123850)   100% ->
780-866  (125036-125122)   100% ->
867-965  (127991-128089)   100% ->
966-1001  (131975-132010)   100% ->
1002-1073  (133039-133110)   100% ->
1074-1110  (134999-135034)   94%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACCACCGAAGCCACGCTCCGGATGGAAAACGTGGACGTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGACCACCGAAGCCACGCTCCGGATGGAAAACGTGGACGTGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAATGGCAGGACGAAGATCTTCCCAG         GCCACTCCCAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 GGAATGGCAGGACGAAGATCTTCCCAGGTA...CAGGCCACTCCCAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGACGGGGGTGGAACTGCTTGGCAGCCCGGTGGAAGACACATCCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116734 AGACGGGGGTGGAACTGCTTGGCAGCCCGGTGGAAGACACATCCTGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     CTCCTCCCAACACGCTAAATTTCAACGGAGCGCATCGTAAGAGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116784 .CAGCTCCTCCCAACACGCTAAATTTCAACGGAGCGCATCGTAAGAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACGCTGGTGGCCCCAGAGATCAACATTTCTCTGGATCAGAGTGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119713 GACGCTGGTGGCCCCAGAGATCAACATTTCTCTGGATCAGAGTGAGGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTGCTGTCCGATGACTTCTTGGATACCCCTGATGACCTGGATATTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119763 CCCTGCTGTCCGATGACTTCTTGGATACCCCTGATGACCTGGATATTAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGATGACATCGAGACCCCCGATGAGACCGACTCGCTGGAGTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119813 GTGGATGACATCGAGACCCCCGATGAGACCGACTCGCTGGAGTTCCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAATGGCAACGAACTGGAGTGGGAAG         ACGACACCCCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119863 GAATGGCAACGAACTGGAGTGGGAAGGTA...TAGACGACACCCCCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCACCGCCAAGAACATGCCCGGGGACAGCGCGGATCTATTTGGGGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121982 CCACCGCCAAGAACATGCCCGGGGACAGCGCGGATCTATTTGGGGACGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACGACGGAGGACGGCAGCGCCGCCAACGGGCGCCTGTGGCGGACAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122032 ACGACGGAGGACGGCAGCGCCGCCAACGGGCGCCTGTGGCGGACAGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCGGGGAGCAAGAGCACCGTATAGACCTGCACATGATCCGGCCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122082 CATCGGGGAGCAAGAGCACCGTATAGACCTGCACATGATCCGGCCTTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAAGTGGTCACCCACGGAG         GGTACTACGGCGAAGGCCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 122132 TGAAAGTGGTCACCCACGGAGGTG...CAGGGTACTACGGCGAAGGCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACGCCATCATCGTCTTCGCAGCCTGCTTCCTTCCAGACAGCAGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122521 AACGCCATCATCGTCTTCGCAGCCTGCTTCCTTCCAGACAGCAGCCTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGACTACCACTACATCATGGAGAACCTCTTCCT         GTACGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 122571 CGACTACCACTACATCATGGAGAACCTCTTCCTGTG...CAGGTACGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAGCAGCTTAGAGCTCCTGGTGGCTGAGGACTACATGATCGTGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123727 TCAGCAGCTTAGAGCTCCTGGTGGCTGAGGACTACATGATCGTGTACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACGGTGCCACGCCCCGGCGGAGGATGCCTGGAATCGGCTGGCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123777 AACGGTGCCACGCCCCGGCGGAGGATGCCTGGAATCGGCTGGCTGAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTGCTACCAGATGATCGACCGGAG         GTTGCGGAAAAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123827 GTGCTACCAGATGATCGACCGGAGGTG...CAGGTTGCGGAAAAACCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTCCTTGATCATCGTCCACCCCTCGTGGTTCATTCGGACTGTGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125053 AGTCCTTGATCATCGTCCACCCCTCGTGGTTCATTCGGACTGTGCTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCTCTCGCCCTTTCATCAG         CGTCAAGTTCATCAACAAGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125103 ATCTCTCGCCCTTTCATCAGGTG...CAGCGTCAAGTTCATCAACAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCAGTACGTGCACAGCTTGGAAGACCTGGAGCAACTCATCCCTATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128012 CCAGTACGTGCACAGCTTGGAAGACCTGGAGCAACTCATCCCTATGGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGTCCAGATCCCAGACTGCGTCCTGCA         ATACGAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 128062 ACGTCCAGATCCCAGACTGCGTCCTGCAGTG...CAGATACGAAGAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGACTGAAGGCCAGGAGGGAGAG         CGCGAGGCCCCAGCCGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131988 AGACTGAAGGCCAGGAGGGAGAGGTG...CAGCGCGAGGCCCCAGCCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTTTGTGCTGCCCAGGTCTGAAGAGAAGCCAGAGGTGGCACCAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133057 GTTTGTGCTGCCCAGGTCTGAAGAGAAGCCAGAGGTGGCACCAGTGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAG         GTCTGCTCTGGTCTCAGAAGATCAGGAAACAAGCATG
        ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||| -||
 133107 ACAGGTA...CAGGTCTGCTCTGGTCTCAGAAGATCAGGAAACAAGG TG