seq1 = pF1KSDA1810.tfa, 1695 bp
seq2 = pF1KSDA1810/gi568815587r_65028385.tfa (gi568815587r:65028385_65233601), 205217 bp

>pF1KSDA1810 1695
>gi568815587r:65028385_65233601 (Chr11)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-225  (100350-100442)   100% ->
226-378  (100528-100680)   100% ->
379-505  (102006-102132)   100% ->
506-605  (102229-102328)   100% ->
606-671  (102405-102470)   100% ->
672-788  (102566-102682)   100% ->
789-952  (102779-102942)   100% ->
953-1081  (103223-103351)   100% ->
1082-1252  (103430-103600)   100% ->
1253-1439  (103687-103873)   100% ->
1440-1591  (104888-105039)   100% ->
1592-1695  (105114-105217)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCGCACGGCAGTGATGATGGCGGCCAGCCTGGCGCTGACCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCGCACGGCAGTGATGATGGCGGCCAGCCTGGCGCTGACCGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGTGGCTCACGCCTACTACCTCAAACACCAGTTCTACCCCACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGGTGGCTCACGCCTACTACCTCAAACACCAGTTCTACCCCACTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACCTGACCAAGTCCAGCCCCAGCATGGCA         GTCCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 TGTACCTGACCAAGTCCAGCCCCAGCATGGCAGTG...TAGGTCCTGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCAGGCCTTTGTCCTTGTCTTCCTTCTGGGCAAGGTGATGGGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100359 ATCCAGGCCTTTGTCCTTGTCTTCCTTCTGGGCAAGGTGATGGGCAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCTTTGGGCAACTGAGGGCAGCAGAGATGGAG         CACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100409 GTTCTTTGGGCAACTGAGGGCAGCAGAGATGGAGGTA...CAGCACCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAACGTTCCTGGTACGCCGTCACAGAGACTTGTCTGGCCTTCACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100535 TGGAACGTTCCTGGTACGCCGTCACAGAGACTTGTCTGGCCTTCACCGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTCGGGATGACTTCAGCCCCCGCTTTGTTGCACTCTTCACTCTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100585 TTTCGGGATGACTTCAGCCCCCGCTTTGTTGCACTCTTCACTCTTCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCCTCAAATGTTTCCACTGGCTGGCTGAGGACCGTGTGGACTTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100635 CTTCCTCAAATGTTTCCACTGGCTGGCTGAGGACCGTGTGGACTTTGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      TATGCCATCCTGATGACGATGGTGCTCACCATCTTCATCAAGTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100685 ..CAGTATGCCATCCTGATGACGATGGTGCTCACCATCTTCATCAAGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCTGCACTCCGTGGACCTCCAGAGTGAGAACCCCTGGGACAACAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GTGCTGCACTCCGTGGACCTCCAGAGTGAGAACCCCTGGGACAACAAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTGTACATGCTCTACACAGAGCTGTTTACAG         GCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102101 TGTGTACATGCTCTACACAGAGCTGTTTACAGGTG...CAGGCTTCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGTTCTGCTGTACATGGCCTTCATGACCATCATGATCAAGGTGCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102238 AGGTTCTGCTGTACATGGCCTTCATGACCATCATGATCAAGGTGCACACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCCCACTCTTTGCCATCCGGCCCATGTACCTGGCCATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102288 TTCCCACTCTTTGCCATCCGGCCCATGTACCTGGCCATGAGGTG...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACAGTTCAAGAAAGCTGTGACAGATGCCATCATGTCTCGCCGAGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102405 ACAGTTCAAGAAAGCTGTGACAGATGCCATCATGTCTCGCCGAGCCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAACATGAACACCCT         GTATCCAGATGCCACCCCAGAGGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102455 GCAACATGAACACCCTGTA...CAGGTATCCAGATGCCACCCCAGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCCAGGCAATGGACAATGTCTGCATCATCTGCCGAGAAGAGATGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 CTCCAGGCAATGGACAATGTCTGCATCATCTGCCGAGAAGAGATGGTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGTGCCAAGAGACTGCCCTGCAACCACATTTTCCATACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102641 TGGTGCCAAGAGACTGCCCTGCAACCACATTTTCCATACCAGGTG...CA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    789  CTGCCTGCGCTCCTGGTTCCAGCGGCAGCAGACCTGCCCCACCTGCCGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102778 GCTGCCTGCGCTCCTGGTTCCAGCGGCAGCAGACCTGCCCCACCTGCCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGGATGTCCTTCGTGCATCGCTGCCAGCGCAGTCACCACCACCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102828 ATGGATGTCCTTCGTGCATCGCTGCCAGCGCAGTCACCACCACCCCCGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCCTGCGGATCAGGGGCCACCCCCTGCCCCCCACCCCCCACCACTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102878 GCCTGCGGATCAGGGGCCACCCCCTGCCCCCCACCCCCCACCACTCTTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCAGCCCCCCAACT         TCCCCCAGGGCCTCCTGCCTCCTTTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102928 CTCAGCCCCCCAACTGTG...CAGTCCCCCAGGGCCTCCTGCCTCCTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTCCAGGCATGTTCCCACTGTGGCCCCCCATGGGCCCCTTTCCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103249 CCTCCAGGCATGTTCCCACTGTGGCCCCCCATGGGCCCCTTTCCACCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCCGCCTCCCCCCAGCTCAGGAGAGGCTGTGGCTCCTCCATCCACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103299 CCCGCCTCCCCCCAGCTCAGGAGAGGCTGTGGCTCCTCCATCCACCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAG         CCCTTTCTCGGCCCAGTGGAGCAGCTACAACCACAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103349 CAGGTG...CAGCCCTTTCTCGGCCCAGTGGAGCAGCTACAACCACAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTGGCACCAGTGCTACTGCTGCTTCTGCCACAGCATCTGGCCCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103468 GCTGGCACCAGTGCTACTGCTGCTTCTGCCACAGCATCTGGCCCAGGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGCTCTGCCCCAGAGGCTGGCCCTGCCCCTGGTTTCCCCTTCCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103518 TGGCTCTGCCCCAGAGGCTGGCCCTGCCCCTGGTTTCCCCTTCCCTCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCTGGATGGGTATGCCCCTGCCTCCACCCTTTG         CCTTCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103568 CCTGGATGGGTATGCCCCTGCCTCCACCCTTTGGTA...CAGCCTTCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCAATGCCTGTGCCCCCTGCGGGCTTTGCTGGGCTGACCCCAGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103695 CCAATGCCTGTGCCCCCTGCGGGCTTTGCTGGGCTGACCCCAGAGGAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACGAGCTCTGGAGGGCCATGAGCGGCAGCACCTGGAGGCCCGGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103745 ACGAGCTCTGGAGGGCCATGAGCGGCAGCACCTGGAGGCCCGGCTGCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCCTGCGTAACATCCACACACTGCTGGACGCCGCCATGCTGCAGATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103795 GCCTGCGTAACATCCACACACTGCTGGACGCCGCCATGCTGCAGATCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGTACCTCACCGTGCTGGCCTCCTTGGG         GCCCCCCCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103845 CAGTACCTCACCGTGCTGGCCTCCTTGGGGTG...CAGGCCCCCCCGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCCACTTCAGTCAACTCCACTGAGGAGACTGCCACTACAGTTGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104900 TGCCACTTCAGTCAACTCCACTGAGGAGACTGCCACTACAGTTGTTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTGCCTCCTCCACCAGCATCCCTAGCTCAGAGGCCACGACCCCAACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104950 CTGCCTCCTCCACCAGCATCCCTAGCTCAGAGGCCACGACCCCAACCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGAGCCTCCCCACCAGCCCCTGAAATGGAAAGGCCTCCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105000 GGAGCCTCCCCACCAGCCCCTGAAATGGAAAGGCCTCCAGGTA...CAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCCTGAGTCAGTGGGCACAGAGGAGATGCCTGAGGATGGAGAGCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105115 TCCTGAGTCAGTGGGCACAGAGGAGATGCCTGAGGATGGAGAGCCCGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CAGCAGAGCTCCGCCGGCGCCGCCTGCAGAAGCTGGAGTCTCCTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105165 CAGCAGAGCTCCGCCGGCGCCGCCTGCAGAAGCTGGAGTCTCCTGTTGCC

   1800 
   1693 CAC
        |||
 105215 CAC