seq1 = pF1KSDA1748.tfa, 2145 bp
seq2 = pF1KSDA1748/gi568815587f_57573091.tfa (gi568815587f:57573091_57800028), 226938 bp

>pF1KSDA1748 2145
>gi568815587f:57573091_57800028 (Chr11)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-226  (109332-109453)   100% ->
227-384  (115418-115575)   100% ->
385-557  (116941-117113)   100% ->
558-660  (117245-117347)   100% ->
661-752  (119521-119612)   100% ->
753-885  (120693-120825)   100% ->
886-1009  (122830-122953)   99% ->
1010-1122  (123671-123783)   100% ->
1123-1982  (125469-126328)   100% ->
1983-2145  (126776-126938)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGCAGAGTCTGGAAAGAGATTCAAACCCAGCAAGTATGTCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCGCAGAGTCTGGAAAGAGATTCAAACCCAGCAAGTATGTCCCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTGCAGCCGCCATCTTCCTAGTGGGAGCTACGACACTCTTCTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGCAGCCGCCATCTTCCTAGTGGGAGCTACGACACTCTTCTTTGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAC         GTGTCCAGGACTAAGCCTGTATGTGTCACCTGCAGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTACGTG...CAGGTGTCCAGGACTAAGCCTGTATGTGTCACCTGCAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCATCTACAATGCAATTATGTTTCTCTTTGTGTTGGCCAACTTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109369 CCCATCTACAATGCAATTATGTTTCTCTTTGTGTTGGCCAACTTCAGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCACCTTCATGGACCCAGGGATTTTCCCTCGAG         CTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109419 GGCCACCTTCATGGACCCAGGGATTTTCCCTCGAGGTA...CAGCTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGATGAGGACAAGGAAGATGATTTCCGAGCTCCCCTTTACAAAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115424 AGGATGAGGACAAGGAAGATGATTTCCGAGCTCCCCTTTACAAAACAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGATAAAGGGCATCCAGGTGCGCATGAAATGGTGTGCCACCTGCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115474 GAGATAAAGGGCATCCAGGTGCGCATGAAATGGTGTGCCACCTGCCGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTACCGTCCCCCTCGATGTTCCCACTGCAGTGTCTGTGACAACTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115524 TTACCGTCCCCCTCGATGTTCCCACTGCAGTGTCTGTGACAACTGTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         GAATTTGATCATCACTGCCCCTGGGTGAATAACTGTATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115574 AGGTA...TAGGAATTTGATCATCACTGCCCCTGGGTGAATAACTGTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTCGCCGGAACTACCGTTATTTTTTCCTTTTCCTCCTTTCCCTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116980 GGTCGCCGGAACTACCGTTATTTTTTCCTTTTCCTCCTTTCCCTGACAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCACATTATGGGTGTGTTTGGCTTTGGCCTCCTTTATGTCCTCTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117030 CCACATTATGGGTGTGTTTGGCTTTGGCCTCCTTTATGTCCTCTACCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGAGGAACTCTCAGGGGTCCGCACGGCTGTCAC         AATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117080 TAGAGGAACTCTCAGGGGTCCGCACGGCTGTCACGTA...CAGAATGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTAATGTGTGTGGCTGGCTTATTCTTCATCCCTGTAGCTGGCCTCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117252 GTAATGTGTGTGGCTGGCTTATTCTTCATCCCTGTAGCTGGCCTCACGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTTCACGTGGTTCTGGTGGCCAGGGGACGCACAACCAATGAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117302 ATTTCACGTGGTTCTGGTGGCCAGGGGACGCACAACCAATGAACAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      GTTACGGGTAAATTCCGGGGAGGTGTGAACCCCTTCACCAATGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117352 ..TAGGTTACGGGTAAATTCCGGGGAGGTGTGAACCCCTTCACCAATGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGCTGTAACAATGTCAGCCGTGTTCTCTGCAGTTCTCCAGCACCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119566 TGCTGTAACAATGTCAGCCGTGTTCTCTGCAGTTCTCCAGCACCCAGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753       GTATTTGGGGAGACCAAAGAAAGAGAAGACAATTGTAATCAGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119616 ...TAGGTATTTGGGGAGACCAAAGAAAGAGAAGACAATTGTAATCAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCCCTTCCTTCGACCAGAAGTTTCAGATGGGCAGATAACTGTGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120737 CTCCCTTCCTTCGACCAGAAGTTTCAGATGGGCAGATAACTGTGAAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGATAATGGCATCCAGGGAGAGCTGAGGAGAACAAAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120787 ATGGATAATGGCATCCAGGGAGAGCTGAGGAGAACAAAGGTG...CAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAGGGAAGCCTGGAGATAACAGAGAGCCAGTCTGCAGATGCTGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122832 TAAGGGAAGCCTGGAGATAACAGAGAGCCAGTCTGCAGATGCTGAACCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CACCTCCTCCTAAGCCAGACCTGAGCCGTTACACAGGGTTGCGAACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122882 CACCTCCTCCTAAGCCAGACCTGAGCCGTTACACAGGGTTGCGAACACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCGGCCTGGCTACTAATGAGG         ATAGTAGCTTATTGGCCAA
        |||||| |||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122932 CTCGGCTTGGCTACTAATGAGGGTA...CAGATAGTAGCTTATTGGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGACAGCCCCCCGACACCTACCATGTACAAGTATCGGCCGGGTTACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123690 GGACAGCCCCCCGACACCTACCATGTACAAGTATCGGCCGGGTTACAGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCAGCAGTACGTCAGCTGCCATGCCGCATTCCTCCAGCGCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123740 GCAGCAGTACGTCAGCTGCCATGCCGCATTCCTCCAGCGCCAAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123    TTGAGTCGTGGGGACAGCTTGAAGGAGCCAACCTCAATTGCAGAGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125466 CAGTTGAGTCGTGGGGACAGCTTGAAGGAGCCAACCTCAATTGCAGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAGCCGTCACCCCAGCTACCGCTCAGAGCCCAGCTTGGAACCAGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125516 CAGCCGTCACCCCAGCTACCGCTCAGAGCCCAGCTTGGAACCAGAGAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCGTTCTCCTACCTTTGGCAAAAGTTTTCACTTCGATCCACTATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125566 TCCGTTCTCCTACCTTTGGCAAAAGTTTTCACTTCGATCCACTATCCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGCTCACGCTCCTCCAGCCTCAAGTCAGCCCAGGGCACAGGCTTTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125616 GGCTCACGCTCCTCCAGCCTCAAGTCAGCCCAGGGCACAGGCTTTGAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGGCCAGTTGCAATCCATTCGTTCAGAGGGCACCACCTCCACCTCCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125666 GGGCCAGTTGCAATCCATTCGTTCAGAGGGCACCACCTCCACCTCCTATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGAGCCTGGCCAACCAGACACGCAATGGAAGCCTATCTTATGACAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125716 AGAGCCTGGCCAACCAGACACGCAATGGAAGCCTATCTTATGACAGCTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTCACACCTTCAGACAGCCCTGATTTTGAGTCAGTGCAGGCAGGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125766 CTCACACCTTCAGACAGCCCTGATTTTGAGTCAGTGCAGGCAGGGCCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCCAGACCCACCTTTAGGCTATACCTCTCCCTTCCTGTCAGCCAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125816 GCCAGACCCACCTTTAGGCTATACCTCTCCCTTCCTGTCAGCCAGGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCCAGCAACGGGAAGCTGAGAGGCACCCACGTTTGGTGCCAACTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125866 CCCAGCAACGGGAAGCTGAGAGGCACCCACGTTTGGTGCCAACTGGCCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACACACCGAGAGCCCTCACCAGTCCGTTACGACAATCTGTCGCGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125916 ACACACCGAGAGCCCTCACCAGTCCGTTACGACAATCTGTCGCGCCACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGTGGCCTCTCTCCAGGAACGAGAGAAGTTGCTGCGCCAGTCACCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125966 TGTGGCCTCTCTCCAGGAACGAGAGAAGTTGCTGCGCCAGTCACCCCCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TCCCGGGCCGTGAGGAAGAACCAGGCTTGGGGGACTCAGGCATTCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126016 TCCCGGGCCGTGAGGAAGAACCAGGCTTGGGGGACTCAGGCATTCAGTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ACACCAGGCTCGGGCCATGCCCCTCGTACTAGTTCCTCCTCAGATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126066 ACACCAGGCTCGGGCCATGCCCCTCGTACTAGTTCCTCCTCAGATGATTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AAAGAGATCACCTTTGGGCAAGACTCCACTGGGACGCCCAGCTGTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126116 AAAGAGATCACCTTTGGGCAAGACTCCACTGGGACGCCCAGCTGTCCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 GTTTTGGCAAGCCAGATGGGCTAAGGGGCCGGGGAGTAGGGTCCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126166 GTTTTGGCAAGCCAGATGGGCTAAGGGGCCGGGGAGTAGGGTCCCCTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CCAGGCCCAACAGCCCCATACCTGGGCCGATCGATGTCTTACAGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126216 CCAGGCCCAACAGCCCCATACCTGGGCCGATCGATGTCTTACAGCAGCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 AAAAGCCCAACCTGGTGTCTCTGAGACAGAAGAAGTGGCCTTGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126266 AAAAGCCCAACCTGGTGTCTCTGAGACAGAAGAAGTGGCCTTGCAGCCAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TACTGACACCCAA         AGATGAAGTACAGCTGAAGACCACCTAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 126316 TACTGACACCCAAGTA...CAGAGATGAAGTACAGCTGAAGACCACCTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AGCAAATCCAACGGGCAGCCCAAGAGCTTAGGCTCAGCCTCCCCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126804 AGCAAATCCAACGGGCAGCCCAAGAGCTTAGGCTCAGCCTCCCCTGGCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 AGGCCAGCCACCTCTCAGTAGCCCCACGAGGGGAGGAGTCAAGAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126854 AGGCCAGCCACCTCTCAGTAGCCCCACGAGGGGAGGAGTCAAGAAGGTGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2111 CAGGGGTTGGTGGTACCACCTATGAGATTTCGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126904 CAGGGGTTGGTGGTACCACCTATGAGATTTCGGTG