seq1 = pF1KSDA1724.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KSDA1724/gi568815596f_26246233.tfa (gi568815596f:26246233_26489067), 242835 bp

>pF1KSDA1724 1158
>gi568815596f:26246233_26489067 (Chr2)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-126  (118070-118138)   100% ->
127-235  (118600-118708)   100% ->
236-310  (120914-120988)   100% ->
311-573  (127135-127397)   100% ->
574-682  (128808-128916)   100% ->
683-731  (137067-137115)   100% ->
732-912  (138727-138907)   99% ->
913-1095  (140122-140304)   100% ->
1096-1158  (142773-142835)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGCTACGAATACGTGAGCCCGGAGCAGCTGGCTGGCTTTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGCTACGAATACGTGAGCCCGGAGCAGCTGGCTGGCTTTGATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACAAG         TACAGTGCTGTGGATACCAATCCACTTTCTCTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACAAGGTA...CAGTACAGTGCTGTGGATACCAATCCACTTTCTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTCATGCATCCATTCTGGAACACTATAGTAAAG         GTATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 118104 ATGTCATGCATCCATTCTGGAACACTATAGTAAAGGTA...TAGGTATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCTACTTGGCTGGCGCCCAATCTGATAACTTTTTCTGGCTTTCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118606 CCTACTTGGCTGGCGCCCAATCTGATAACTTTTTCTGGCTTTCTGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGTATTCAATTTTCTGCTAATGGCATACTTTGATCCTGACTTTTATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118656 CGTATTCAATTTTCTGCTAATGGCATACTTTGATCCTGACTTTTATGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAG         CACCAGGTCACAAGCACGTGCCTGACTGGGTTTGGATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118706 CAGGTA...CAGCACCAGGTCACAAGCACGTGCCTGACTGGGTTTGGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTAGTGGGCATCCTCAACTTCGTAGCCTACACTCTAG         ATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120952 GTAGTGGGCATCCTCAACTTCGTAGCCTACACTCTAGGTA...CAGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGTGGACGGAAAGCAAGCTCGCAGAACCAATTCTAGCACTCCCTTAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127139 TGTGGACGGAAAGCAAGCTCGCAGAACCAATTCTAGCACTCCCTTAGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCTTTTTGATCATGGCCTGGATAGTTGGTCATGTGTTTACTTTGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127189 AGCTTTTTGATCATGGCCTGGATAGTTGGTCATGTGTTTACTTTGTTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGTTTATTCCATCTTTGGAAGAGGATCAACTGGTGTCAGTGTTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127239 ACTGTTTATTCCATCTTTGGAAGAGGATCAACTGGTGTCAGTGTTTTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTTTATCTCCTGCTATGGGTAGTTTTGTTTTCTTTCATCCTGTCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127289 TCTTTATCTCCTGCTATGGGTAGTTTTGTTTTCTTTCATCCTGTCCCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGAAAAGTATAACACAGGGATTCTTTTCCTGCCATGGGGATATGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127339 GGGAAAAGTATAACACAGGGATTCTTTTCCTGCCATGGGGATATGACATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCCAGGTG         ACTATTTCTTTTGTCTACATAGTGACTGCAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 127389 AGCCAGGTGGTA...CAGACTATTTCTTTTGTCTACATAGTGACTGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTGGGAGTTGAGGCCTGGTATGAACCTTTCCTGTTTAATTTCTTATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128840 TGTGGGAGTTGAGGCCTGGTATGAACCTTTCCTGTTTAATTTCTTATATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGACCTATTCACTGCAATGATTATTG         GTTGTGCATTATGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128890 GAGACCTATTCACTGCAATGATTATTGGTA...TAGGTTGTGCATTATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGACTCTTCCAATGAGTTTATTAAACTTTTTCAG         AAGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 137081 GTGACTCTTCCAATGAGTTTATTAAACTTTTTCAGGTA...CAGAAGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAAAAATAACACCTTGAAACTCAATTCAGTCTATGAAGCTATGGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138733 TAAAAATAACACCTTGAAACTCAATTCAGTCTATGAAGCTATGGTTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TATTTTCTCCATGCTTGCTGTTCATTTTGTCTACAGCGTGGATCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138783 TATTTTCTCCATGCTTGCTGTTCATTTTGTCTACAGCGTGGATCCTTTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCACCTTCAGATATTTTAGAGCTACATCCTAGAGTATTCTACTTTATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138833 TCACCTTCAGATATTTTAGAGCTACATCCTAGAGTATTCTACTTTATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGAACAGCCTTTGCCAACAGTACA         TGTCAGCTGATTGTTT
        ||||||||| |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 138883 TGGAACAGCTTTTGCCAACAGTACAGTA...CAGTGTCAGCTGATTGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCAAATGAGTAGTACCCGGTGTCCAACTTTGAATTGGTTGCTGGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140138 GCCAAATGAGTAGTACCCGGTGTCCAACTTTGAATTGGTTGCTGGTTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCTTCTTGGTTGTCTTAGTGGTAAACCTAGGAGTAGCCTCTTACGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140188 CTCTTCTTGGTTGTCTTAGTGGTAAACCTAGGAGTAGCCTCTTACGTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGCATTCTCCTGTATACATTAACAACTGCTTTTACTCTGGCCCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140238 GAGCATTCTCCTGTATACATTAACAACTGCTTTTACTCTGGCCCACATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATTATGGAGTACGAGTG         GTAAAGCAGCTGAGCAGCCATTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 140288 ATTATGGAGTACGAGTGGTG...TAGGTAAAGCAGCTGAGCAGCCATTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1120 CAGATTTACCCCTTCTCATTGAGGAAACCAAACTCAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142797 CAGATTTACCCCTTCTCATTGAGGAAACCAAACTCAGAT