seq1 = pF1KSDA1709.tfa, 3075 bp
seq2 = pF1KSDA1709/gi568815587f_34008226.tfa (gi568815587f:34008226_34243528), 235303 bp

>pF1KSDA1709 3075
>gi568815587f:34008226_34243528 (Chr11)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-200  (100517-100608)   100% ->
201-372  (103827-103998)   100% ->
373-495  (105491-105613)   100% ->
496-557  (107598-107659)   100% ->
558-672  (109955-110069)   100% ->
673-780  (110171-110278)   100% ->
781-914  (114234-114367)   100% ->
915-1008  (115537-115630)   100% ->
1009-1107  (116077-116175)   100% ->
1108-1244  (119238-119374)   100% ->
1245-1369  (122588-122712)   100% ->
1370-1520  (123156-123306)   99% ->
1521-1617  (123900-123996)   100% ->
1618-1734  (124801-124917)   99% ->
1735-1836  (126094-126195)   100% ->
1837-1911  (126287-126361)   100% ->
1912-2028  (126950-127066)   100% ->
2029-2162  (128417-128550)   100% ->
2163-2211  (128753-128801)   100% ->
2212-2308  (130966-131062)   100% ->
2309-2419  (131160-131270)   100% ->
2420-2592  (132175-132347)   100% ->
2593-2712  (132864-132983)   100% ->
2713-2811  (133494-133592)   100% ->
2812-2885  (134050-134123)   100% ->
2886-2969  (135220-135303)   100% ->
2970-3075  (137859-137964)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCGGAAAAAGGTGGATAACCGAATCCGGATTCTCATTGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCGGAAAAAGGTGGATAACCGAATCCGGATTCTCATTGAGAATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTAGCTGAGCGGCAAAGATCTCTCTTTGTTGTAGTTGGGGATCGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTAGCTGAGCGGCAAAGATCTCTCTTTGTTGTAGTTGGGGATCGAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATCAG         GTGGTAATACTTCATCACATGTTATCCAAAGCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGATCAGGTA...CAGGTGGTAATACTTCATCACATGTTATCCAAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGTGAAGGCTCGGCCTTCAGTGCTGTGGTGTTATAAGAAAGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 ACTGTGAAGGCTCGGCCTTCAGTGCTGTGGTGTTATAAGAAAGAGCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTAGCAG         TCACCGGAAGAAAAGAATGCGACAGCTGCAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 GTTTAGCAGGTA...CAGTCACCGGAAGAAAAGAATGCGACAGCTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAAATAAAGAATGGAACACTGAACATAAAGCAGGACGACCCCTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103859 AGAAAATAAAGAATGGAACACTGAACATAAAGCAGGACGACCCCTTTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTTCATAGCAGCCACAAACATTCGCTACTGCTACTACAACGAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103909 CTCTTCATAGCAGCCACAAACATTCGCTACTGCTACTACAACGAGACCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGATCCTGGGCAATACCTTCGGCATGTGTGTGCTGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103959 CAAGATCCTGGGCAATACCTTCGGCATGTGTGTGCTGCAGGTG...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTTGAAGCCTTAACTCCAAACTTGCTGGCCAGGACTGTAGAAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105492 ATTTTGAAGCCTTAACTCCAAACTTGCTGGCCAGGACTGTAGAAACAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGGTGGTGGGCTAGTGGTCATCCTCCTACGGACCATGAACTCACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 GAAGGTGGTGGGCTAGTGGTCATCCTCCTACGGACCATGAACTCACTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAATTGTACACAGTGACTATG         GATGTGCATTCCAGGTACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105592 GCAATTGTACACAGTGACTATGGTA...TAGGATGTGCATTCCAGGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAACTGAGGCCCATCAGGATGTGGTGGGAAGATTTAATGAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107617 GAACTGAGGCCCATCAGGATGTGGTGGGAAGATTTAATGAAAGGTA...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    558   GTTTATTCTGTCTCTGGCCTCTTGTAAGAAGTGTCTCGTCATTGATGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109953 AGGTTTATTCTGTCTCTGGCCTCTTGTAAGAAGTGTCTCGTCATTGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCAGCTCAACATCCTGCCCATCTCCTCCCACGTTGCCACCATGGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110003 CCAGCTCAACATCCTGCCCATCTCCTCCCACGTTGCCACCATGGAGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCCTCCCCAGACTCCG         GATGAGAGTCTTGGTCCTTCTGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110053 TGCCTCCCCAGACTCCGGTG...TAGGATGAGAGTCTTGGTCCTTCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGGAGCTGAGGGAGTTGAAGGAGAGCTTGCAGGACACCCAGCCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110195 CTGGAGCTGAGGGAGTTGAAGGAGAGCTTGCAGGACACCCAGCCTGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTGTTGGTGGACTGCTGTAAGACTCTAGACCAG         GCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110245 TGTGTTGGTGGACTGCTGTAAGACTCTAGACCAGGTG...CAGGCCAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGTCTTGAAATTTATCGAGGGCATCTCTGAAAAGACCCTGAGGAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114241 CTGTCTTGAAATTTATCGAGGGCATCTCTGAAAAGACCCTGAGGAGTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTGCACTCACAGCTGCTCGAGGACGGGGAAAATCTGCAGCCCTGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114291 GTTGCACTCACAGCTGCTCGAGGACGGGGAAAATCTGCAGCCCTGGGATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCGATTGCTGGGGCGGTGGCATTTGG         GTACTCCAATATCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114341 GGCGATTGCTGGGGCGGTGGCATTTGGGTA...TAGGTACTCCAATATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGTTACCTCCCCAAGCCCTGATAACCTCCATACTCTGTTTGAATTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115551 TTGTTACCTCCCCAAGCCCTGATAACCTCCATACTCTGTTTGAATTTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTAAAGGATTTGATGCTCTGCAATATCAG         GAACATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115601 TTTAAAGGATTTGATGCTCTGCAATATCAGGTA...CAGGAACATCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTATGAGATTATCCAGTCTCTAAATCCTGAATTTAACAAAGCAGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116088 TTATGAGATTATCCAGTCTCTAAATCCTGAATTTAACAAAGCAGTGATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAGTGAATGTATTTCGAGAACACAGGCAGACTATTCAG         TAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116138 GAGTGAATGTATTTCGAGAACACAGGCAGACTATTCAGGTG...TAGTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATACATCCTGCAGATGCTGTGAAGCTGGGCCAGGCTGAACTAGTTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119241 ATACATCCTGCAGATGCTGTGAAGCTGGGCCAGGCTGAACTAGTTGTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGATGAAGCTGCCGCCATCCCCCTCCCCTTGGTGAAGAGCCTACTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119291 TGATGAAGCTGCCGCCATCCCCCTCCCCTTGGTGAAGAGCCTACTTGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCTACCTTGTTTTCATGGCATCCACCATCAATGG         CTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 119341 CCTACCTTGTTTTCATGGCATCCACCATCAATGGGTA...TAGCTATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGCACTGGCCGGTCACTGTCCCTCAAGCTAATTCAGCAGCTCCGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122595 GGCACTGGCCGGTCACTGTCCCTCAAGCTAATTCAGCAGCTCCGTCAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAGCGCCCAGAGCCAGGTCAGCACCACTGCTGAGAATAAGACCACGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122645 GAGCGCCCAGAGCCAGGTCAGCACCACTGCTGAGAATAAGACCACGACGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAGCCAGATTGGCATCAG         CGCGGACACTGCATGAGGTTTCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||| |||||||||||
 122695 CAGCCAGATTGGCATCAGGTA...CAGCGCGGACACTGTATGAGGTTTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTCCAGGAGTCAATCCGATACGCCCCTGGGGATGCAGTGGAGAAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123179 CTCCAGGAGTCAATCCGATACGCCCCTGGGGATGCAGTGGAGAAGTGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAATGACTTGCTGTGCCTGGATTGCCTCAACATCACTCGGATAGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123229 GAATGACTTGCTGTGCCTGGATTGCCTCAACATCACTCGGATAGTCTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCTGCCCCTTGCCTGAAGCTTGTGAACT         GTACTATGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 123279 GCTGCCCCTTGCCTGAAGCTTGTGAACTGTA...CAGGTACTATGTTAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGAGATACCCTCTTTTGCTACCACAAGGCCTCTGAAGTTTTCCTCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123913 AGAGATACCCTCTTTTGCTACCACAAGGCCTCTGAAGTTTTCCTCCAACG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCTTATGGCCCTCTACGTGGCTTCTCACTACAAG         AACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123963 GCTTATGGCCCTCTACGTGGCTTCTCACTACAAGGTA...CAGAACTCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCAATGATCTCCAGATGCTCTCCGATGCACCTGCTCACCATCTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124808 CCAATGATCTCCAGATGCTCTCCGATGCACCTGCTCACCATCTCTTCTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTTCTGCCTCCTGTGCCCCCCACCCAGAATGCCCTTCCAGAAGTGCTTGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124858 CTTCTGCCTCCCGTGCCCCCCACCCAGAATGCCCTTCCAGAAGTGCTTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGTTATCCAG         GTGTGCCTTGAAGGGGAGATTTCTCGCCAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124908 TGTTATCCAGGTA...CAGGTGTGCCTTGAAGGGGAGATTTCTCGCCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCATCTTGAACAGTCTGTCTCGAGGCAAGAAGGCTTCAGGGGACCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126125 CCATCTTGAACAGTCTGTCTCGAGGCAAGAAGGCTTCAGGGGACCTGATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CCATGGACAGTGTCAGAACAG         TTCCAAGATCCAGACTTTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126175 CCATGGACAGTGTCAGAACAGGTG...CAGTTCCAAGATCCAGACTTTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TGGTCTGTCTGGTGGAAGGGTCGTTCGCATTGCTGTTCACCCAGATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126307 TGGTCTGTCTGGTGGAAGGGTCGTTCGCATTGCTGTTCACCCAGATTATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AAGGG         ATGGGCTATGGCAGCCGTGCTCTGCAGCTGCTGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126357 AAGGGGTA...TAGATGGGCTATGGCAGCCGTGCTCTGCAGCTGCTGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 ATGTACTATGAAGGCAGGTTTCCTTGTCTGGAGGAAAAGGTCCTTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126986 ATGTACTATGAAGGCAGGTTTCCTTGTCTGGAGGAAAAGGTCCTTGAGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 ACCACAGGAAATTCACACCGTAAGCAGCGAG         GCTGTCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 127036 ACCACAGGAAATTCACACCGTAAGCAGCGAGGTA...CAGGCTGTCAGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TGTTGGAAGAGGTCATCACTCCCCGGAAGGACCTGCCTCCTTTACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128427 TGTTGGAAGAGGTCATCACTCCCCGGAAGGACCTGCCTCCTTTACTCCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AAATTGAATGAGAGGCCTGCCGAACGCCTGGATTACCTGGGTGTTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128477 AAATTGAATGAGAGGCCTGCCGAACGCCTGGATTACCTGGGTGTTTCCTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TGGCTTGACCCCCAGGCTCCTCAA         GTTCTGGAAACGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 128527 TGGCTTGACCCCCAGGCTCCTCAAGTA...CAGGTTCTGGAAACGAGCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 GATTTGTTCCTGTTTATCTGAGACAGACCCCG         AATGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128770 GATTTGTTCCTGTTTATCTGAGACAGACCCCGGTG...CAGAATGACCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 ACCGGAGAGCACTCGTGCATCATGCTGAAGACGCTCACTGATGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130975 ACCGGAGAGCACTCGTGCATCATGCTGAAGACGCTCACTGATGAGGATGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 GGCTGACCAGGGAGGCTGGCTTGCAGCCTTCTGGAAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131025 GGCTGACCAGGGAGGCTGGCTTGCAGCCTTCTGGAAAGGTG...CAGATT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 TCCGACGGCGGTTCCTAGCCTTGCTCTCCTACCAGTTCAGTACCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131163 TCCGACGGCGGTTCCTAGCCTTGCTCTCCTACCAGTTCAGTACCTTCTCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 CCTTCCCTGGCTCTGAACATCATTCAGAACAGGAACATGGGGAAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131213 CCTTCCCTGGCTCTGAACATCATTCAGAACAGGAACATGGGGAAGCCAGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 CCAGCCTG         CCCTGAGCCGGGAGGAGCTGGAAGCACTCTTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 131263 CCAGCCTGGTG...CAGCCCTGAGCCGGGAGGAGCTGGAAGCACTCTTCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 TCCCCTATGACCTGAAGCGGCTGGAGATGTATTCACGGAATATGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132208 TCCCCTATGACCTGAAGCGGCTGGAGATGTATTCACGGAATATGGTGGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 TATCACCTCATCATGGACATGATCCCGGCCATCTCTCGCATCTATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132258 TATCACCTCATCATGGACATGATCCCGGCCATCTCTCGCATCTATTTCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 GAACCAGCTGGGGGACCTGGCCCTGTCTGCGGCTCAGTCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 132308 GAACCAGCTGGGGGACCTGGCCCTGTCTGCGGCTCAGTCGGTA...TAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 CTCTTCTCTTGGGGATTGGCCTGCAGCATAAGTCTGTGGACCAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132865 CTCTTCTCTTGGGGATTGGCCTGCAGCATAAGTCTGTGGACCAGCTGGAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 AAGGAGATTGAGCTGCCCTCGGGCCAGTTGATGGGACTTTTCAACCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132915 AAGGAGATTGAGCTGCCCTCGGGCCAGTTGATGGGACTTTTCAACCGGAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2694 CATCCGCAAAGTTGTGAAG         CTATTTAATGAAGTTCAGGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 132965 CATCCGCAAAGTTGTGAAGGTA...TAGCTATTTAATGAAGTTCAGGAAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2735 AGGCCATTGAGGAGCAGATGGTGGCAGCGAAGGATGTGGTCATGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133516 AGGCCATTGAGGAGCAGATGGTGGCAGCGAAGGATGTGGTCATGGAGCCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2785 ACGATGAAGACCCTCAGTGACGACCTA         GATGAAGCAGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 133566 ACGATGAAGACCCTCAGTGACGACCTAGTA...CAGGATGAAGCAGCAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2826 GGAATTTCAGGAGAAACACAAGAAGGAAGTAGGGAAGCTGAAGAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134064 GGAATTTCAGGAGAAACACAAGAAGGAAGTAGGGAAGCTGAAGAGCATGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2876 ACCTCTCTGA         ATACATAATCCGTGGGGACGATGAAGAGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 134114 ACCTCTCTGAGTA...TAGATACATAATCCGTGGGGACGATGAAGAGTGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2917 AATGAAGTTTTGAACAAAGCTGGGCCGAACGCCTCGATCATCAGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135251 AATGAAGTTTTGAACAAAGCTGGGCCGAACGCCTCGATCATCAGCCTGAA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2967 AAG         TGACAAGAAAAGGAAGTTAGAGGCCAAACAAGAACCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135301 AAGGTG...TAGTGACAAGAAAAGGAAGTTAGAGGCCAAACAAGAACCCA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3008 AACAGAGCAAGAAGTTGAAGAACAGAGAGACAAAGAACAAAAAAGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137897 AACAGAGCAAGAAGTTGAAGAACAGAGAGACAAAGAACAAAAAAGATATG

   3300     .    :    .
   3058 AAACTGAAGCGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||
 137947 AAACTGAAGCGGAAGAAA