seq1 = pF1KSDA1617.tfa, 2682 bp
seq2 = pF1KSDA1617/gi568815588r_7063773.tfa (gi568815588r:7063773_7481898), 418126 bp

>pF1KSDA1617 2682
>gi568815588r:7063773_7481898 (Chr10)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-195  (111524-111618)   100% ->
196-436  (114010-114250)   100% ->
437-525  (195945-196033)   100% ->
526-772  (197749-197995)   100% ->
773-870  (204910-205007)   100% ->
871-972  (233250-233351)   100% ->
973-1120  (238194-238341)   99% ->
1121-1203  (253962-254044)   100% ->
1204-1330  (261362-261488)   100% ->
1331-1444  (275971-276084)   100% ->
1445-1487  (279377-279419)   100% ->
1488-1558  (281415-281485)   100% ->
1559-1698  (284212-284351)   100% ->
1699-1808  (293166-293275)   100% ->
1809-1984  (305734-305909)   100% ->
1985-2151  (309238-309404)   100% ->
2152-2415  (309741-310004)   100% ->
2416-2544  (310843-310971)   100% ->
2545-2682  (317989-318126)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCACTTTGTCAGCTTCCAATATGCAAGACCCTTCATCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCACTTTGTCAGCTTCCAATATGCAAGACCCTTCATCTTCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGAAAAGTGTCTCGGCTCAGCTAATGGAAATGGAGACCTTGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGAAAAGTGTCTCGGCTCAGCTAATGGAAATGGAGACCTTGATTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          AAGAAGGCTCAAGCTTGGAGGAAACTGGCTTTAACTGGGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGAAGAAGGCTCAAGCTTGGAGGAAACTGGCTTTAACTGGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAATATTTGGAAGAGACAGGAGCAAGTGCTGCTCCCCACACATCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111565 GAATATTTGGAAGAGACAGGAGCAAGTGCTGCTCCCCACACATCATTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAC         GTTGAAATCAGCATTCAGAGCAACTTCCAGCCAGGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111615 ACACGTA...AAGGTTGAAATCAGCATTCAGAGCAACTTCCAGCCAGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAATTGGAAGTGGCTAATAAGAACAACCCGGACACGTACTGGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114047 TGAAATTGGAAGTGGCTAATAAGAACAACCCGGACACGTACTGGGTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGATCATTACCACGTGCGGGCAGCTGCTGCTTCTGCGCTACTGCGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114097 ACGATCATTACCACGTGCGGGCAGCTGCTGCTTCTGCGCTACTGCGGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGGGAGGACCGCAGGGCCGACTTCTGGTGTGACGTAGTCATCGCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114147 CGGGGAGGACCGCAGGGCCGACTTCTGGTGTGACGTAGTCATCGCGGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCACCCCGTGGGGTGGTGCACACAGAACAACAAGGTGTTGATGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114197 TGCACCCCGTGGGGTGGTGCACACAGAACAACAAGGTGTTGATGCCGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACG         CAATCAAAGAGAAGTACACAGACTGGACAGAATTTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114247 GACGGTG...CAGCAATCAAAGAGAAGTACACAGACTGGACAGAATTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATACGTGACTTGACTGGTTCGAGGACAGCACCCGCCAACCTCCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195982 CATACGTGACTTGACTGGTTCGAGGACAGCACCCGCCAACCTCCTGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GT         CCTCTGCGAGGGAAAGGCCCTATAGACCTCATTACAGTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196032 GTGTA...CAGCCTCTGCGAGGGAAAGGCCCTATAGACCTCATTACAGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGTTCCTTAATAGAACTTCAGGATTCCCAGAACCCTTTTCAGTACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197788 GGTTCCTTAATAGAACTTCAGGATTCCCAGAACCCTTTTCAGTACTGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTTAGTGTGATTGAAAATGTTGGAGGAAGATTACGCCTTCGCTATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197838 AGTTAGTGTGATTGAAAATGTTGGAGGAAGATTACGCCTTCGCTATGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GATTGGAGGACACTGAATCCTATGACCAGTGGTTGTTTTACTTGGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197888 GATTGGAGGACACTGAATCCTATGACCAGTGGTTGTTTTACTTGGATTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGACTTCGACCAGTTGGTTGGTGTCAAGAGAATAAATACAGAATGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197938 AGACTTCGACCAGTTGGTTGGTGTCAAGAGAATAAATACAGAATGGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACCTTCAG         AAATCTATCCTTTGAAGATGGCCTCTGAATGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 197988 ACCTTCAGGTA...CAGAAATCTATCCTTTGAAGATGGCCTCTGAATGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AATGTACTCTGGAAAAATCCCTTATTGATGCTGCCAAATTTCCTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204943 AATGTACTCTGGAAAAATCCCTTATTGATGCTGCCAAATTTCCTCTTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGGAAGTGTTTAAG         GATCACGCAGATTTGCGAAGCCATTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 204993 ATGGAAGTGTTTAAGGTA...CAGGATCACGCAGATTTGCGAAGCCATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTCACAGTTGGGATGAAGCTTGAGACAGTGAATATGTGCGAGCCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233276 CTTCACAGTTGGGATGAAGCTTGAGACAGTGAATATGTGCGAGCCCTTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACATCTCTCCTGCGTCGGTGACTAAG         GTTTTTAACAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 233326 ACATCTCTCCTGCGTCGGTGACTAAGGTG...TAGGTTTTTAACAATCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTTTTCAAGTGACTATTGACGACCTAAGACCTGAACCAAGTAAACTGTC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 238209 TTTTTTCAAGTGACTATTGATGACCTAAGACCTGAACCAAGTAAACTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AATGCTGTGCCATGCAGATTCTTTGGGGATTTTGCCAGTACAGTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238259 AATGCTGTGCCATGCAGATTCTTTGGGGATTTTGCCAGTACAGTGGTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTAAAAATGGAGTCAGCCTCACTCCTCCCAAAG         GTTACTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 238309 TTAAAAATGGAGTCAGCCTCACTCCTCCCAAAGGTT...CAGGTTACTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGCCAGGACTTCGACTGGGCAGATTATCACAAGCAGCATGGGGCGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253970 GGCCAGGACTTCGACTGGGCAGATTATCACAAGCAGCATGGGGCGCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGCCCCTCCCTTCTGCTTCCGAAAT         ACATCATTCAGTCGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 254020 AGCCCCTCCCTTCTGCTTCCGAAATGTA...CAGACATCATTCAGTCGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTTTCACAAAGAACATGAAACTTGAAGCTGTGAACCCCAGGAATCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261378 GTTTCACAAAGAACATGAAACTTGAAGCTGTGAACCCCAGGAATCCAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAACTGTGTGTGGCCTCCGTTGTGAGTGTGAAGGGGCGGCTAATGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261428 GAACTGTGTGTGGCCTCCGTTGTGAGTGTGAAGGGGCGGCTAATGTGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCACCTGGAAG         GGCTGCAGACTCCTGTTCCAGAGGTCATTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 261478 TCACCTGGAAGGTA...CAGGGCTGCAGACTCCTGTTCCAGAGGTCATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTGATGTGGAATCCATGGACATCTTCCCAGTGGGCTGGTGTGAAGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276001 TTGATGTGGAATCCATGGACATCTTCCCAGTGGGCTGGTGTGAAGCCAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCTTATCCTTTGACTGCACCACACAAAACAGTCT         CACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 276051 TCTTATCCTTTGACTGCACCACACAAAACAGTCTGTA...CAGCACAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GAAGAGAAAGATTGCAGTCGTGCAACCAGAGAAACA         ATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 279384 GAAGAGAAAGATTGCAGTCGTGCAACCAGAGAAACAGTA...CAGATTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGCCCACAGTGCCTGTTAAGAAAATACCTCATGACCTTTGTTTATTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281420 CGCCCACAGTGCCTGTTAAGAAAATACCTCATGACCTTTGTTTATTCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CACCTGGACACCACAG         GAACCGTCAACGGGAAATACTGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 281470 CACCTGGACACCACAGGTA...CAGGAACCGTCAACGGGAAATACTGCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCCTCAGCTCTTCATCAACCACAGGTGTTTCTCAGGCCCTTACCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284237 TCCTCAGCTCTTCATCAACCACAGGTGTTTCTCAGGCCCTTACCTGAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAGGAAGGATTGCAGAGCTACCTCAGTCGGTGGGACCGGGCAAATGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284287 AAGGAAGGATTGCAGAGCTACCTCAGTCGGTGGGACCGGGCAAATGCGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTGGTTCTTAAAGAG         GTTCTTAGCATGATAATCAACGCAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 284337 CTGGTTCTTAAAGAGGTA...AAGGTTCTTAGCATGATAATCAACGCAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CTACAAGCCTGGAAGGGTATTAAGAGAATTACAGCTGGTAGAAGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293192 CTACAAGCCTGGAAGGGTATTAAGAGAATTACAGCTGGTAGAAGATCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACTGGAATTTCCAGGAAGAGACGCTGAAGGCCAA         ATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 293242 ACTGGAATTTCCAGGAAGAGACGCTGAAGGCCAAGTA...TAGATACAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GGCAAAACATACAGGGCTGTGGTCAAAATCGTACGGACATCTGACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305741 GGCAAAACATACAGGGCTGTGGTCAAAATCGTACGGACATCTGACCAAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CGCAAATTTCTGCCGCCGAGTCTGTGCCAAGCTAGAGTGCTGTCCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305791 CGCAAATTTCTGCCGCCGAGTCTGTGCCAAGCTAGAGTGCTGTCCAAATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGTTTAGTCCTGTGCTGATATCTGAAAACTGCCCAGAGAACTGCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305841 TGTTTAGTCCTGTGCTGATATCTGAAAACTGCCCAGAGAACTGCTCCATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CATACCAAAACCAAATACA         CCTATTACTATGGAAAGAGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 305891 CATACCAAAACCAAATACAGTA...CAGCCTATTACTATGGAAAGAGAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GAAGATCTCCAAGCCCCCCATCGGGGAAAGCAACCCCGACAGCGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309260 GAAGATCTCCAAGCCCCCCATCGGGGAAAGCAACCCCGACAGCGGACACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CCAAACCCGCCAGGCGGAGGAAGCGACGGAAATCCATTTTCGTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309310 CCAAACCCGCCAGGCGGAGGAAGCGACGGAAATCCATTTTCGTGCAGAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AAACGGAGGTCTTCTGCCGTGGACTTCACCGCGGGCTCGGGGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 309360 AAACGGAGGTCTTCTGCCGTGGACTTCACCGCGGGCTCGGGGGAGGTA..

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152     GAAAGTGAAGAGGAGGACGCTGACGCCATGGACGATGACACCGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309410 .CAGGAAAGTGAAGAGGAGGACGCTGACGCCATGGACGATGACACCGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GTGAGGAGACCGGCTCCGAGCTCCGGGATGACCAGACGGACACCTCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309787 GTGAGGAGACCGGCTCCGAGCTCCGGGATGACCAGACGGACACCTCGTCG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCGGAGGTGCCCTCGGCCCGGCCCCGGAGGGCCGTCACCCTGCGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309837 GCGGAGGTGCCCTCGGCCCGGCCCCGGAGGGCCGTCACCCTGCGGAGCGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CTCAGAGCCCGTGCGCCGGCCACCCCCAGAGAGGACACGAAGGGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309887 CTCAGAGCCCGTGCGCCGGCCACCCCCAGAGAGGACACGAAGGGGCCGCG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GGGCGCCGGCTGCCTCCTCAGCAGAGGAAGGGGAGAAGTGCCCGCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309937 GGGCGCCGGCTGCCTCCTCAGCAGAGGAAGGGGAGAAGTGCCCGCCGACC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 AAGCCCGAGGGGACAGAG         GACACGAAACAGGAGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 309987 AAGCCCGAGGGGACAGAGGTG...CAGGACACGAAACAGGAGGAGGAGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 GAGACTGGTTCTGGAGAGCAACCCGTTGGAGTGGACGGTCACCGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310866 GAGACTGGTTCTGGAGAGCAACCCGTTGGAGTGGACGGTCACCGACGTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TGAGGTTCATTAAGCTGACAGACTGTGCCCCCTTGGCCAAGATATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310916 TGAGGTTCATTAAGCTGACAGACTGTGCCCCCTTGGCCAAGATATTTCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GAGCAG         GATATTGACGGCCAAGCACTCCTGCTTCTGACCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310966 GAGCAGGTA...CAGGATATTGACGGCCAAGCACTCCTGCTTCTGACCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 TCCGACGGTGCAGGAGTGCATGGAGCTGAAGCTGGGGCCTGCCATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318024 TCCGACGGTGCAGGAGTGCATGGAGCTGAAGCTGGGGCCTGCCATCAAGT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 TATGCCACCAGATCGAGAGAGTCAAAGTGGCTTTCTACGCCCAGTACGCC
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