seq1 = pF1KSDA1612.tfa, 1626 bp
seq2 = pF1KSDA1612/gi568815582f_56351613.tfa (gi568815582f:56351613_56576202), 224590 bp

>pF1KSDA1612 1626
>gi568815582f:56351613_56576202 (Chr16)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-300  (101651-101796)   100% ->
301-347  (106936-106982)   100% ->
348-448  (110922-111022)   100% ->
449-565  (114540-114656)   100% ->
566-657  (115264-115355)   100% ->
658-786  (115553-115681)   100% ->
787-900  (116293-116406)   100% ->
901-980  (118391-118470)   100% ->
981-1285  (118875-119179)   100% ->
1286-1408  (123216-123338)   100% ->
1409-1467  (123895-123953)   100% ->
1468-1626  (124432-124590)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGGAAGCGGCCAGCGGAGCCCGGCCCAGCCCGGGTGGGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGGAAGCGGCCAGCGGAGCCCGGCCCAGCCCGGGTGGGAAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAAAGAAGGAGGTGATGGCGGAGTTTTCGGACGCTGTTACGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAAAGAAGGAGGTGATGGCGGAGTTTTCGGACGCTGTTACGGAAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTGAAAAAGCAGGTGGCTGAGGCCTGGAGCCGCAGGACGCCGTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTTGAAAAAGCAGGTGGCTGAGGCCTGGAGCCGCAGGACGCCGTTCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACG         AAGTCATTGTCATGGACATGGACCCTTTTCTTCACTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACGGTA...CAGAAGTCATTGTCATGGACATGGACCCTTTTCTTCACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGATCCCAAACTTCATCCAAAGCCAAGACTTCTTAGAAGGGCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101688 TGTGATCCCAAACTTCATCCAAAGCCAAGACTTCTTAGAAGGGCTTCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAACTGATGAACTTGGACTTCCATGAGAAGTATAATGATTTATATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101738 AGGAACTGATGAACTTGGACTTCCATGAGAAGTATAATGATTTATATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCAGCAG         TCTGATGATTTGAAGAAGAGAAGAGAGCCTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101788 TTCCAGCAGGTA...AAGTCTGATGATTTGAAGAAGAGAAGAGAGCCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCTCCACTTTAAG         GAAAATTCTGTTTGAAGATTTCCGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106968 CATCTCCACTTTAAGGTA...TAGGAAAATTCTGTTTGAAGATTTCCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTGGCTTTCTGATATTTCTAAAATTGACCTGGAATCAACCATTGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110948 CCTGGCTTTCTGATATTTCTAAAATTGACCTGGAATCAACCATTGACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCTGTGCTAAATATGAATTCACTG         ATGCCCTGCTGTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110998 TCCTGTGCTAAATATGAATTCACTGGTA...CAGATGCCCTGCTGTGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGATGATGAGCTGGAAGGGCGCCGGATTGCCTTCATCCTGTACCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114556 TGATGATGAGCTGGAAGGGCGCCGGATTGCCTTCATCCTGTACCTGGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCCCTGGGACAGGAGCATGGGTGGTACCCTGGACCTGTACAGCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114606 CTCCCTGGGACAGGAGCATGGGTGGTACCCTGGACCTGTACAGCATTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 G         AACACTTTCAGCCGAAGCAGATTGTCAAGTCTCTTATCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114656 GGTA...CAGAACACTTTCAGCCGAAGCAGATTGTCAAGTCTCTTATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCGTGGAACAAACTGGTTTTCTTTGAAGTATCTCCTGTGTCCTTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115304 TTCGTGGAACAAACTGGTTTTCTTTGAAGTATCTCCTGTGTCCTTTCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         GTGTCTGAAGTGCTGTCTGAAGAAAAGTCACGTTTGTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115354 AGGTA...CAGGTGTCTGAAGTGCTGTCTGAAGAAAAGTCACGTTTGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATAAGTGGCTGGTTTCATGGTCCATCATTGACTCGGCCTCCCAACTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115592 ATAAGTGGCTGGTTTCATGGTCCATCATTGACTCGGCCTCCCAACTACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAACCCCCCATACCTCGGAGCCCTCACATCCCACAAGAT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115642 TGAACCCCCCATACCTCGGAGCCCTCACATCCCACAAGATGTA...AAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGAGATTTTGTATGATTGGATCAACCCTACTTATCTGGACATGGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116294 ATGAGATTTTGTATGATTGGATCAACCCTACTTATCTGGACATGGATTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAGTTCAAATTCAAGAAGAGTTTGAAGAAAGTTCTGAAATTCTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116344 CAAGTTCAAATTCAAGAAGAGTTTGAAGAAAGTTCTGAAATTCTCCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGTTTCTTAAG         CCTGAGAAATTCACGAAAGTCTGTGAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116394 GGAGTTTCTTAAGGTA...TAGCCTGAGAAATTCACGAAAGTCTGTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCTTGGAGCATGGACATGTGGAATGGAGCAGCCGAGGTCCCCCTAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118419 CCTTGGAGCATGGACATGTGGAATGGAGCAGCCGAGGTCCCCCTAACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AG         GTTTTATGAGAAAGCTGAGGAGAGTAAGCTTCCTGAGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118469 AGGTA...CAGGTTTTATGAGAAAGCTGAGGAGAGTAAGCTTCCTGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTGAAGGAGTGCATGAAGTTATTTCGCTCTGAGGCACTATTCTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118914 ATTGAAGGAGTGCATGAAGTTATTTCGCTCTGAGGCACTATTCTTGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCTCCAACTTCACAGGCCTGAAGCTTCATTTCTTGGCCCCTTCGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118964 TCTCCAACTTCACAGGCCTGAAGCTTCATTTCTTGGCCCCTTCGGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GATGAGATGAATGATAAAAAAGAGGCAGAAACCACTGATATCACTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119014 GATGAGATGAATGATAAAAAAGAGGCAGAAACCACTGATATCACTGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGGGACTAGCCATAGTCCTCCTGAGCCAGAGAATAATCAGATGGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119064 AGGGACTAGCCATAGTCCTCCTGAGCCAGAGAATAATCAGATGGCCATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCAACAACAGCCAACAGAGCAATGAGCAGACAGACCCAGAGCCAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119114 GCAACAACAGCCAACAGAGCAATGAGCAGACAGACCCAGAGCCAGAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AATGAAACAAAGAAAG         AATCAAGTGTTCCCATGTGCCAAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119164 AATGAAACAAAGAAAGGTA...TAGAATCAAGTGTTCCCATGTGCCAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGAACTGAGGCATTGGAAGACCGGTCACTACACTTTAATTCATGACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123241 GGAACTGAGGCATTGGAAGACCGGTCACTACACTTTAATTCATGACCATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCAAGGCTGAATTTGCCCTAGACTTAATTCTGTACTGTGGCTGTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 123291 GCAAGGCTGAATTTGCCCTAGACTTAATTCTGTACTGTGGCTGTGAAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1409        GCTGGGAGCCAGAATATGGCGGTTTTACTTCTTACATTGCCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123341 A...AAGGCTGGGAGCCAGAATATGGCGGTTTTACTTCTTACATTGCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGGTGAAGATGAAGAG         CTGCTAACAGTGAATCCAGAAAGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 123938 AGGTGAAGATGAAGAGGTA...CAGCTGCTAACAGTGAATCCAGAAAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATTCTTTGGCATTGGTCTACAGAGACAGAGAGACTCTGAAATTTGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124457 ATTCTTTGGCATTGGTCTACAGAGACAGAGAGACTCTGAAATTTGTCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CATATTAACCACCGAAGCCTGGAACAAAAGAAAACCTTCCCAAACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124507 CATATTAACCACCGAAGCCTGGAACAAAAGAAAACCTTCCCAAACAGAAC

   1700     .    :    .    :    .    :
   1593 AGGTTTCTGGGACTTTTCATTCATCTATTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124557 AGGTTTCTGGGACTTTTCATTCATCTATTATGAA