seq1 = pF1KSDA1609.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KSDA1609/gi568815582r_84379916.tfa (gi568815582r:84379916_84598086), 218171 bp

>pF1KSDA1609 1368
>gi568815582r:84379916_84598086 (Chr16)

(complement)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-384  (102174-102404)   100% ->
385-529  (108665-108809)   99% ->
530-958  (111028-111456)   99% ->
959-1077  (115377-115495)   99% ->
1078-1257  (117379-117558)   100% ->
1258-1368  (118061-118171)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACAGCAGAAGCCGTGTGGGGCGGAGCTTTTGTTCACAGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAACAGCAGAAGCCGTGTGGGGCGGAGCTTTTGTTCACAGTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTGAGGAACAGGCAGAGATTGATCAATTGTTTGATGCTCTGTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCTGAGGAACAGGCAGAGATTGATCAATTGTTTGATGCTCTGTCATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATAAAAACAGCCCGAATGTCTCATCCAAATCCTTCTCTCTGAAGGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATAAAAACAGCCCGAATGTCTCATCCAAATCCTTCTCTCTGAAGGCACTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAG         AACCACGTCGGGGAAGCTCTTCCCCCAGAGATGGTCAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGCA...CAGAACCACGTCGGGGAAGCTCTTCCCCCAGAGATGGTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGCTGTATGATGGCATGCGGAGGGTCGACCTGACAGGGAAGGCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102212 CAGGCTGTATGATGGCATGCGGAGGGTCGACCTGACAGGGAAGGCGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACCCAGTGAGAACGTGTCCCAGGAGCAGTTCACAGCATCCATGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102262 GACCCAGTGAGAACGTGTCCCAGGAGCAGTTCACAGCATCCATGTCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTTGAAAGGAAACTCCGAGGAGAAGAGTCTCATGATTATGAAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102312 CTGTTGAAAGGAAACTCCGAGGAGAAGAGTCTCATGATTATGAAAATGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCTGCCACAGAAGGTCCCGTGAAGGCCAGAGAAGTCCAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102362 TTCTGCCACAGAAGGTCCCGTGAAGGCCAGAGAAGTCCAAAAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385   TTTACAGAGGATCTGGTTGGCTCTGTGGTGCACGTGCTAAGCCACAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 AGTTTACAGAGGATCTGGTTGGCTCTGTGGTGCACGTGCTAAGCCACAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGAGCTGAGAGGCTGGACTGGGAAGGAAGCCCCAGGGCCCAACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 CAGGAGCTGAGAGGCTGGACTGGGAAGGAAGCCCCAGGGCCCAACCCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTGCAGGTGCTGGCTGCTCAGCTGCTCTCTGAGATGAAGCTGCAAG   
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||>>>
 108763 GGTGCAGGTGCTGGCTGCTCAGCTGCTCTCTGACATGAAGCTGCAAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530       ATGGCAAGAGACTTCTGGGGCCCCAGTGGCTGGACTATGACTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 ...TAGATGGCAAGAGACTTCTGGGGCCCCAGTGGCTGGACTATGACTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACCGAGCTGTGATCGAGGACTGGGTGTTCAGGGTCCCCCATGTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111072 GACCGAGCTGTGATCGAGGACTGGGTGTTCAGGGTCCCCCATGTGGCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ATTCCTGAGTGTGGTCATTTGCAAGGGCTTTCTCGTCCTGTGCTCGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 111122 ATTCCTGAGTGTGGTCATTTGCAAGGGCTTTCTCATCCTGTGCTCGTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGATCTGACTACCCTGGTCCCTGAGCGTCAAGTGGACCAGGGCAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111172 TTGATCTGACTACCCTGGTCCCTGAGCGTCAAGTGGACCAGGGCAGGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTTGAGAGCATCCTGGATGTCCTCTCTGTCATGTACATCAACGCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111222 TTTGAGAGCATCCTGGATGTCCTCTCTGTCATGTACATCAACGCCCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCTCGGGAGCAGCGGCACCGCTGGCGCCTGCTCTTTTCGTCTGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 111272 GCCTCGGGAGCAGCGGCACCGCTGGTGCCTGCTCTTTTCGTCTGAGCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATGGACACAGCTTCTCCCAGCTCTGTGGCCACATCACTCACCGGGGGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 111322 ATGGACACAGCTTCTCCCAGCTCTGTGGCCACATCACTCACCGGGGACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TGTGTGGCTGTCCTCGAGGACCATGACAAGCATGTGTTCGGTGGGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111372 TGTGTGGCTGTCCTCGAGGACCATGACAAGCATGTGTTCGGTGGGTTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTCTTGCTCTTGGGAGGTGAAGCCTCAGTTTCAAG         GGGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111422 CTCTTGCTCTTGGGAGGTGAAGCCTCAGTTTCAAGGTA...CAGGGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATAGATGCTTCCTGTTCTCCATCTGCCCCAGCATGGCTGTGTACACACAC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115383 ACAGATGCTTCCTGTTCTCCATCTGCCCCAGCATGGCTGTGTACACACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACGGGCTACAACGACCACTACATGTACTTGAACCATGGACAGCAGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115433 ACGGGCTACAACGACCACTACATGTACTTGAACCATGGACAGCAGACGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCCGAACGGACTG         GGTATGGGGGGGCAGCACAATTACTTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115483 CCCGAACGGACTGGTG...CAGGGTATGGGGGGGCAGCACAATTACTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGCTTTGGGTGGATGTTGATTTTGGGAAAGGACACAGCAGAGCCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117407 GGCTTTGGGTGGATGTTGATTTTGGGAAAGGACACAGCAGAGCCAAGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACGTGCACCACGTACAACAGCCCGCAGCTGTCGGCTCAGGAGAACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117457 ACGTGCACCACGTACAACAGCCCGCAGCTGTCGGCTCAGGAGAACTTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GTTTGATAAGATGGAGGTGTGGGCGGTTGGAGACCCCTCAGAGGAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117507 GTTTGATAAGATGGAGGTGTGGGCGGTTGGAGACCCCTCAGAGGAGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TG         GCCAAGGGCAACAAGAGCATCCTGGATGCGGACCCTGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117557 TGGTG...AAGGCCAAGGGCAACAAGAGCATCCTGGATGCGGACCCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCCCAGGCCCTGCTGGAGATCAGTGGGCATTCGCGCCACAGCGAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118100 GCCCAGGCCCTGCTGGAGATCAGTGGGCATTCGCGCCACAGCGAAGGGCT

   1400     .    :    .    :
   1347 CCGGGAAGTCCCGGACGATGAA
        ||||||||||||||||||||||
 118150 CCGGGAAGTCCCGGACGATGAA