seq1 = pF1KSDA1585.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KSDA1585/gi568815595r_136051150.tfa (gi568815595r:136051150_136295113), 243964 bp

>pF1KSDA1585 1731
>gi568815595r:136051150_136295113 (Chr3)

(complement)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-1731  (142376-143964)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCCCGTGAATGCTACTGCTCTCTACATTTCCGCGAGCCGCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCCCGTGAATGCTACTGCTCTCTACATTTCCGCGAGCCGCCTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCAACTACGACCCCGGAGACCCCAAGGCGTTTACTGAGATTAACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCAACTACGACCCCGGAGACCCCAAGGCGTTTACTGAGATTAACAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGCCTTACTTCCGACAGTCCCTTTCGTGCTGTGTTTGCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 TCTTGCCTTACTTCCGACAGTCCCTTTCGTGCTGTGTTTGCGGTG...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  GACATTTGCTACAAGATCCTATTGCACCCACCAACTCCACCTGCCAACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142375 GGACATTTGCTACAAGATCCTATTGCACCCACCAACTCCACCTGCCAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATGTCTGCAAAACTTGTAAAGGCAAGAAAATGATGATGAAACCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142425 TTATGTCTGCAAAACTTGTAAAGGCAAGAAAATGATGATGAAACCTTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTAGCTGGTGCAAAGACTATGAGCAGTTTGAGGAAAACAAGCAGTTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142475 GTAGCTGGTGCAAAGACTATGAGCAGTTTGAGGAAAACAAGCAGTTAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCCTAGTGAACTGCTACAAAAAACTATGCGAGTATATAACACAGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142525 ATCCTAGTGAACTGCTACAAAAAACTATGCGAGTATATAACACAGACTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACTGGCACGGGATATAATAGAAGCAGTTGACTGTTCTTCTGATATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142575 ACTGGCACGGGATATAATAGAAGCAGTTGACTGTTCTTCTGATATTTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTGCTTAATGATGGATCATTGTTTTGTGAGGAGACAGAAAAACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142625 CTTTGCTTAATGATGGATCATTGTTTTGTGAGGAGACAGAAAAACCCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATTCATCCTTTACTTTGTGTTTGACACATTCCCCTTTACCTTCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142675 GATTCATCCTTTACTTTGTGTTTGACACATTCCCCTTTACCTTCAACCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAACCCACAACTGATCCTCAAGCTAGTTTATCTCCAATGTCTGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142725 AGAACCCACAACTGATCCTCAAGCTAGTTTATCTCCAATGTCTGAAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCTCAGCATTGCTATTGGCAGTTCTGTTATCAATGGTTTGCCTACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142775 CCCTCAGCATTGCTATTGGCAGTTCTGTTATCAATGGTTTGCCTACTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AATGGGCTTTCAATAGATAGATTTGGTATAAATATTCCTTCACCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142825 AATGGGCTTTCAATAGATAGATTTGGTATAAATATTCCTTCACCTGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCAAATACGATTGACGTATGTAATACTGTTGACATAAAAACTGAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142875 TTCAAATACGATTGACGTATGTAATACTGTTGACATAAAAACTGAGGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGTCTGACAGCCTGCCACCCGTTTGTGACACAGTAGCCACTGACTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142925 TGTCTGACAGCCTGCCACCCGTTTGTGACACAGTAGCCACTGACTTATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCCACAGGCATTGATATCTGCAGTTTCAGTGAAGATATAAAACCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142975 TCCACAGGCATTGATATCTGCAGTTTCAGTGAAGATATAAAACCTGGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTCTCTGTTACTGAGTGTTGAGGAAGTACTCCGCAGCTTAGAAACTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143025 CTCTCTGTTACTGAGTGTTGAGGAAGTACTCCGCAGCTTAGAAACTGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAAATACAGAGGTCTGTTGCCCTAATTTGCAGCCGAACTTGGAAGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143075 CAAATACAGAGGTCTGTTGCCCTAATTTGCAGCCGAACTTGGAAGCCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTATCCAATGGACCTTTTCTGCAGCTTTCTTCCCAGTCTCTTAGCCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143125 GTATCCAATGGACCTTTTCTGCAGCTTTCTTCCCAGTCTCTTAGCCATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTTTTTATGTCCACCAGTCCTGCACTTCATGGGTTATCATGTACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143175 TGTTTTTATGTCCACCAGTCCTGCACTTCATGGGTTATCATGTACAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAACTCCGAAGATAGCAAAATTGAATAGAAAACGATCCAGATCAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143225 CAACTCCGAAGATAGCAAAATTGAATAGAAAACGATCCAGATCAGAGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GACAGTGAGAAAGTTCAGCCACTTCCAATTTCTACCATTATCCGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143275 GACAGTGAGAAAGTTCAGCCACTTCCAATTTCTACCATTATCCGAGGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AACACTGGGGGCATCTGCTCCTGTGACAGTGAAACGGGAGAGCAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143325 AACACTGGGGGCATCTGCTCCTGTGACAGTGAAACGGGAGAGCAAAATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CTCTTCAACCTATAGCAACTGTTCCCAATGGAGGCACAACACCTAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143375 CTCTTCAACCTATAGCAACTGTTCCCAATGGAGGCACAACACCTAAAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AGCAAAACTGTACTTTTATCTACTAAAAGCATGAAAAAGAGTCATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143425 AGCAAAACTGTACTTTTATCTACTAAAAGCATGAAAAAGAGTCATGAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGGATCCAAGAAATCTCACTCTAAAACCAAGCCAGGTATTCTTAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143475 TGGATCCAAGAAATCTCACTCTAAAACCAAGCCAGGTATTCTTAAAAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ACAAAGCAGTAAAGGAAAAGATTCCTAGTCATCATTTTATGCCAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143525 ACAAAGCAGTAAAGGAAAAGATTCCTAGTCATCATTTTATGCCAGGAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCTACCAAGACTGTGTACAAAAAACCCCAGGAAAAGAAAGGGTGTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143575 CCTACCAAGACTGTGTACAAAAAACCCCAGGAAAAGAAAGGGTGTAAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TGGGCGTGCTACTCAAAATCCAAGTGTTCTTACATGCCGAGGCCAACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143625 TGGGCGTGCTACTCAAAATCCAAGTGTTCTTACATGCCGAGGCCAACGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCCCTTGCTACTCTAACCGCAAAGCCTGCTTAGATTGTATATGTCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143675 GCCCTTGCTACTCTAACCGCAAAGCCTGCTTAGATTGTATATGTCGTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TGCCAAAACTCCTATATGGCCAATGGGGAGAAGAAGCTGGAGGCATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143725 TGCCAAAACTCCTATATGGCCAATGGGGAGAAGAAGCTGGAGGCATTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CGTGCCAGAAAAGGCCTTGGAGCAGACCAGGCTCACTTTGGGCATTAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143775 CGTGCCAGAAAAGGCCTTGGAGCAGACCAGGCTCACTTTGGGCATTAACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TGACTAGCATTGCTGTGCGTAACGCTAGTACCAGCACCAGTGTAATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143825 TGACTAGCATTGCTGTGCGTAACGCTAGTACCAGCACCAGTGTAATAAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GTCACAGGGTCCCCAGTAACGACGTTTTTAGCTGCCAGTACACATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143875 GTCACAGGGTCCCCAGTAACGACGTTTTTAGCTGCCAGTACACATGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TAAAAGTTTGGATGAAGCTATAGACATGAGATTCGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143925 TAAAAGTTTGGATGAAGCTATAGACATGAGATTCGACTGT