seq1 = pF1KSDA1431.tfa, 2604 bp
seq2 = pF1KSDA1431/gi568815579f_56439019.tfa (gi568815579f:56439019_56655389), 216371 bp

>pF1KSDA1431 2604
>gi568815579f:56439019_56655389 (Chr19)

1-208  (100001-100208)   100% ->
209-300  (100607-100698)   100% ->
301-427  (108490-108616)   100% ->
428-523  (108789-108884)   100% ->
524-687  (109940-110103)   100% ->
688-802  (111049-111163)   100% ->
803-898  (111492-111587)   100% ->
899-2604  (114666-116371)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGGGGCGGCGAGCGCGAGTGTCCGCGAGCCGACGCCGCTCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGGGGCGGCGAGCGCGAGTGTCCGCGAGCCGACGCCGCTCCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGAGGCGCCCCCCGCACAAAGCCCCGGGCGGGCCGAGGCCCGACTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGAGGCGCCCCCCGCACAAAGCCCCGGGCGGGCCGAGGCCCGACTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGACTCCAGCCACCTTGGCCCTCCCTGCCCGGGGAAGGCCGCGCTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGACTCCAGCCACCTTGGCCCTCCCTGCCCGGGGAAGGCCGCGCTCAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGGCCTCGCATCCAAAGGCCAGCGAGGAGCGGCCCCTACGGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGGCCTCGCATCCAAAGGCCAGCGAGGAGCGGCCCCTACGGGGCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACAGAG         CTCTGCCTTCCAGGGACACTGCTCTTCCCCAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACAGAGGTG...CAGCTCTGCCTTCCAGGGACACTGCTCTTCCCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGAAACAAGAAGCTGGAGGCTGTGGGGACAGGAATTGAACCTAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100640 AGAGAAACAAGAAGCTGGAGGCTGTGGGGACAGGAATTGAACCTAAAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGTCCCAG         GGCTTGGTGACATTTGGGGATGTGGCTGTAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100690 ATGTCCCAGGTG...CAGGGCTTGGTGACATTTGGGGATGTGGCTGTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTCTCCCAAGAGGAGTGGGAGTGGCTGAACCCCATTCAGAGGAACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108522 TTTCTCCCAAGAGGAGTGGGAGTGGCTGAACCCCATTCAGAGGAACTTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGGAAGGTGATGTTGGAGAACTACAGGAACCTGGCATCGCTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108572 ACAGGAAGGTGATGTTGGAGAACTACAGGAACCTGGCATCGCTGGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     GACTTTGTGTTTCTAAGCCCGATGTGATCTCCTCGTTGGAACAAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108622 .TAGGACTTTGTGTTTCTAAGCCCGATGTGATCTCCTCGTTGGAACAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAAGAGCCTTGGACAGTGAAGCGAAAGATGACAAGAGCCTGGTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108835 AAAAGAGCCTTGGACAGTGAAGCGAAAGATGACAAGAGCCTGGTGCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          ACTTGAAGGCTGTGTGGAAGATCAAGGAGTTACCTCTCAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108885 GTG...CAGACTTGAAGGCTGTGTGGAAGATCAAGGAGTTACCTCTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGACTTCTGCGAAGGAAAGCTATCCCAGGCAGTGATAACAGAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109981 AAGGACTTCTGCGAAGGAAAGCTATCCCAGGCAGTGATAACAGAGAGACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACAAGCTATAATCTGGAGTACTCTCTGTTAGGGGAACACTGGGATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110031 CACAAGCTATAATCTGGAGTACTCTCTGTTAGGGGAACACTGGGATTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCTCTGTTTGAGACACAGCCG         GGCTTGGTGACTATCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110081 ATGCTCTGTTTGAGACACAGCCGGTA...CAGGGCTTGGTGACTATCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACCTGGCTGTTGACTTCCGCCAGCAGCTACACCCAGCTCAGAAGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111067 AACCTGGCTGTTGACTTCCGCCAGCAGCTACACCCAGCTCAGAAGAATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGTAAGAATGGGATATGGGAGAACAACAGTGACCTGGGATCAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111117 CTGTAAGAATGGGATATGGGAGAACAACAGTGACCTGGGATCAGCAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       GACATTGTGTGGCTAAGCCAGATTTAGTCTCTTTACTAGAGCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111167 ...CAGGACATTGTGTGGCTAAGCCAGATTTAGTCTCTTTACTAGAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAAGGAGCCCTGGATGGTGAAGCGAGAGCTGACAGGAAGCCTGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111536 GAGAAGGAGCCCTGGATGGTGAAGCGAGAGCTGACAGGAAGCCTGTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AG         GCCAGCGATCTGTACATGAGACCCAGGAATTATTTCCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111586 AGGTG...CAGGCCAGCGATCTGTACATGAGACCCAGGAATTATTTCCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCAAGATTCATATGCTGAAGGGGTAACAGACAGAACCTCAAACACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114705 AGCAAGATTCATATGCTGAAGGGGTAACAGACAGAACCTCAAACACTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTGATTGTTCCAGTTTCAGAGAAAATTGGGATTCTGACTATGTGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 114755 CTTGATTGTTCCAGTTTCAGAGAAAATTGGGATTCTGACTATGTGTTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAGGAAGCTTGCAGTAGGTCAAGAGACACAATTCAGGCAAGAGCCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114805 AAGGAAGCTTGCAGTAGGTCAAGAGACACAATTCAGGCAAGAGCCAATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTCATAACAAAACCCTCTCTAAGGAAAGAGAACGTACATATAACAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114855 CTCATAACAAAACCCTCTCTAAGGAAAGAGAACGTACATATAACAAATCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGAAGATGGTCCTATTTGGACGATTCAGAAGAGAAAGTTCATAATCGTGA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114905 GGAAGATGGTTCTATTTGGACGATTCAGAAGAGAAAGTTCATAATCGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTCAATTAAAAATTTTCAAAAAAGTTCAGTGGTAATAAAACAAACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114955 TTCAATTAAAAATTTTCAAAAAAGTTCAGTGGTAATAAAACAAACAGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCTATGCAGGAAAAAAGCTTTTCAAGTGTAATGAATGTAAGAAAACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115005 TCTATGCAGGAAAAAAGCTTTTCAAGTGTAATGAATGTAAGAAAACTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ACCCAGAGCTCATCTCTTACTGTTCATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115055 ACCCAGAGCTCATCTCTTACTGTTCATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACCTTATAAATGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTGACGGCTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115105 ACCTTATAAATGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTTAGTGACGGCTCATCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTGCCCGACACCAGAGATGTCACACTGGCAAGAAGCCCTATGAGTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115155 TTGCCCGACACCAGAGATGTCACACTGGCAAGAAGCCCTATGAGTGCATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GAGTGTGGGAAAGCTTTCATACAGAACACATCCCTTATCCGTCACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115205 GAGTGTGGGAAAGCTTTCATACAGAACACATCCCTTATCCGTCACTGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 ATACTATCATACTGGGGAGAAACCCTTTGATTGCATCGATTGTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115255 ATACTATCATACTGGGGAGAAACCCTTTGATTGCATCGATTGTGGGAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CCTTCAGTGACCACATAGGGCTTAATCAACACAGGAGAATTCATACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115305 CCTTCAGTGACCACATAGGGCTTAATCAACACAGGAGAATTCATACTGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GAGAAACCTTACAAATGTGATGTATGTCACAAATCCTTCAGGTATGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115355 GAGAAACCTTACAAATGTGATGTATGTCACAAATCCTTCAGGTATGGTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CTCCCTTACTGTACATCAAAGGATTCATACCGGAGAAAAACCATATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115405 CTCCCTTACTGTACATCAAAGGATTCATACCGGAGAAAAACCATATGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GTGATGTTTGCAGAAAAGCCTTCAGCCATCATGCATCACTCACTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115455 GTGATGTTTGCAGAAAAGCCTTCAGCCATCATGCATCACTCACTCAACAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CAAAGAGTACATTCTGGAGAAAAGCCTTTTAAGTGTAAAGAGTGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115505 CAAAGAGTACATTCTGGAGAAAAGCCTTTTAAGTGTAAAGAGTGCGGAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 AGCTTTTAGGCAGAATATACACCTTGCCAGTCATTTAAGGATTCATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115555 AGCTTTTAGGCAGAATATACACCTTGCCAGTCATTTAAGGATTCATACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 GGGAGAAGCCTTTTGAATGTGCGGAGTGTGGAAAATCCTTCAGCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115605 GGGAGAAGCCTTTTGAATGTGCGGAGTGTGGAAAATCCTTCAGCATCAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 TCTCAGCTTGCCACTCATCAGAGAATCCATACTGGAGAGAAGCCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115655 TCTCAGCTTGCCACTCATCAGAGAATCCATACTGGAGAGAAGCCCTATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 ATGTAAGGTTTGTAGTAAAGCGTTCACCCAGAAGGCTCACCTTGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115705 ATGTAAGGTTTGTAGTAAAGCGTTCACCCAGAAGGCTCACCTTGCACAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 ATCAGAAAACCCATACAGGAGAGAAACCATATGAGTGCAAGGAATGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115755 ATCAGAAAACCCATACAGGAGAGAAACCATATGAGTGCAAGGAATGCGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 AAAGCCTTCAGCCAGACCACACACCTCATTCAACATCAGAGAGTTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115805 AAAGCCTTCAGCCAGACCACACACCTCATTCAACATCAGAGAGTTCACAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 TGGTGAGAAACCCTATAAATGTATGGAATGTGGGAAGGCCTTTGGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115855 TGGTGAGAAACCCTATAAATGTATGGAATGTGGGAAGGCCTTTGGTGATA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 ACTCATCCTGTACTCAACATCAAAGACTGCACACTGGCCAAAGACCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115905 ACTCATCCTGTACTCAACATCAAAGACTGCACACTGGCCAAAGACCTTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 GAATGTATTGAGTGTGGAAAGGCATTCAAGACAAAATCCTCCCTTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115955 GAATGTATTGAGTGTGGAAAGGCATTCAAGACAAAATCCTCCCTTATTTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 TCATCGCAGAAGTCATACTGGAGAAAAACCTTATGAATGCAGTGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116005 TCATCGCAGAAGTCATACTGGAGAAAAACCTTATGAATGCAGTGTGTGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 GCAAAGCCTTTAGTCATCGTCAATCCCTTAGTGTACATCAGAGAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116055 GCAAAGCCTTTAGTCATCGTCAATCCCTTAGTGTACATCAGAGAATCCAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 TCTGGAAAGAAACCATATGAATGTAAGGAATGTAGGAAAACCTTCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116105 TCTGGAAAGAAACCATATGAATGTAAGGAATGTAGGAAAACCTTCATCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2388 AATTGGACACCTTAATCAACATAAGAGAGTTCATACTGGAGAGAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116155 AATTGGACACCTTAATCAACATAAGAGAGTTCATACTGGAGAGAGATCTT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2438 ATAACTATAAGAAAAGCAGAAAAGTCTTCAGGCAAACTGCTCACTTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116205 ATAACTATAAGAAAAGCAGAAAAGTCTTCAGGCAAACTGCTCACTTAGCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 CATCATCAGCGAATTCATACTGGAGAGTCGTCAACATGCCCCTCTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116255 CATCATCAGCGAATTCATACTGGAGAGTCGTCAACATGCCCCTCTTTACC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 TTCCACGTCAAATCCTGTGGATCTGTTTCCCAAATTTCTCTGGAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116305 TTCCACGTCAAATCCTGTGGATCTGTTTCCCAAATTTCTCTGGAATCCAT

   2650     .    :    .
   2588 CCTCCCTCCCATCACCA
        |||||||||||||||||
 116355 CCTCCCTCCCATCACCA